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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi1g1v0652500 |
| Transcript ID | LotjaGi1g1v0652500.1 |
| Related isoforms 2 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | COP9 signalosome complex subunit 2; TAIR: AT2G26990.1 proteasome family protein; Swiss-Prot: sp|Q8W207|CSN2_ARATH COP9 signalosome complex subunit 2; TrEMBL-Plants: tr|G7L2Q4|G7L2Q4_MEDTR COP9 signalosome complex subunit 2; Found in the gene: LotjaGi1g1v0652500 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr1:121179055..121192170) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
CGAGACCAAAAACAAAAAAAGAAGCCGAGACACGCATCACTGCTATTACTCCTTTTCTTCTCGTTTCCCCTTCCCCTTCT CTCAGTTCTCTGCACTCCCTCACCGGATTCCCACTATCAACCGAGTGTCCAACTCGGTGTTGCAGACTCGCCGGTTCCAA CCATAAAACCCTAACTCGGAACCCTCAAACTCAATCGATTTCGCACAACAGCAACAACATGGCTTCTGGTACGCGCTCTT TTCTCCCTTTCTTCCGTGCCCTCGCAAGTTCTCAAGCTAAATCGCTTCCTTTATTCATGTATTTTTTTTGTTCATTCTCT GTTTTGATTTCAATAAGCTTCGATTTTTTGAATCCTGCTTTGATCACAATCACATGCGTGATTTTCACTCGGTAGGGAAA TTTTTGACCTTAACTTTGGGTTTTCGTGGCATTTACTTCGTAGTGGTTGCAATTTGAGCACGAACTCTAAAACCCTAGAA TGTGTCTGTGAATCGGTAATTGATGACTATGTGTTGGTGGGTTCCGTTGTATGTGGTGATACCGGTGTTTAGGGCAGTTT GTTATAATGAAAATAGTGAAGCTTTGAGTAAAACTGAGTTTTCTGATGTTTTTATGTTTCAATGATCTTGTGGGTTGTGT ATAGGGAGACAATGCAGCTGATTATTGTATATACACTGAATGCAACTTCCTCAACATACTTGTTGTTCTCGAAAGAACCC TAAGACTAAGTAGCTTGAATGTGAAAGAAAACCTAGTTGTATTCAAAGTAAAAAGAAGTGAACATACAATGGGTACGATT GACCACCTTTATATAATAGTTAGGTCGTCCATCCTAAATGTCTAGGTACATTGAATAGAAGTGGTTGTGGGTAACAAAAT ATAATAACGGGGGTGAGCTTAACCCTGGAAATCCCTGAAGACTCGGTCATAGCAACGTCTGCCCTGCCTCTGCCTAGTAG 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ATTTTCAAGCTATGGTTGAGTTGCAGTTTGGTCACAAACTTAAGAGTGTCCAAACTGATGGGGGAGGGGAATTTAAACCC TTATCCTCTCATTTTCAGAAGTTGGGAATTATTCATAGACTTACCTGCCCACATACTCACCATCAAAATGGGAGTGTAGA GAGAAAACATAGGCATATAGTTGAAACTGGTTTAGCTTTGTTGTCTCATGCCTCAATGCCTTTGCATTTCTGGGATCATG CTTTTCTTGCTGCCACTTATCTCATAAATAGAATGTCTACAACAACTTTACAAGGTGCAAGTCCTTACTTCAAATTGTAT GGTCAACATCCTGATTTTAAGAGTCTAAAGGTCTTTGGGTCAGCTTGCTTTCCTTTTCTTAGACCTTATAATTCTACTAA ATTGTCTTTGCATTCCAAAGAGTGTGTGTTTATAGGGTACTCAATTAATCACAAAGGATACAAGTGTTTGGATCAATCTG GTAGAATTTATATCTCTAAAGATGTTCTTTTTCATGAACATCGCTTTCCCTATCCTAGTCTTTTTCCTGATGAGACTACT TCTTCTACCTCAGCTGAGTTTTTCCCTTTATCTACTATCCCTATAGTTTCACACACTACACCACCTGCATTGGCTAGTTC TGGCTTTTCCTCACCAGGTTCAGCTGATTCACCACAACTGCAGCAGCCTCCAAGTGTTACTGTTTCAGCAGATGTTCCTT CTTCATCAGTTTCTGCAGATACTTCCCCAGCATTATCTTCTGCTCATGATCAGCCAGCTGATACTCCTGTTTCAGTGGCT GTTGCAGCTCCTCCAGTGGCTGTTAACAGTCATCCTATGCAAACTAGAGCCAAATCAGGAATTGTCAAGCCAAGGTTACA ACCCACTCTGTTACTTACTCACATGGAACCAACTTCTGTCAAGCAAGCTATGAAGGATGCTAAGTGGTATAAGGCAATGC AAGAAGAGTACACAGCTCTTATGAACAATGGTACATGGACTCTTGTTCCTCTACCAACTAACAGAACAGCGGTGGGGTGT AAGTGGATTTTCAGAATCAAAGAGAATCCTGATGGCTCTATCAACAAGTACAAAGCACGGCTGGTGGCTAAAGGCTATAG TCAAGTCCAAGGGTTTGATTATTCTGAGACCTTTTCCCCAGTAGTGAAGCCTATTACAGTGAGACTTATCCTTTCACTTG CTATTTCAAGAGGCTGGCCACTACAACAGCTGGATGTCAACAATGCTTTTCTTAATGGTGTGTTGGAAGAAGAGGTGTAC ATGGTACAACCTCCTGGTTTTGAGCACAAGGACAAGAATCTGGTCTGCAAGTTGCAAAAGGCCCTTTATGGCCTCAAACA AGCTCCAAGAGCTTGGTTTCATAGGCTGAAAGAGGTTCTCATCAAGTTTGGTTTCCAAGCCAGCAAGTGTGATCCCTCCT TATTCACCTACTATTCCTCACAAGGCTGCATTTACATGCTTGTTTATGTGGATGATATCATCATCACTGGGGCTTCTATG ACTCTCATTCAACAACTTACAACTCAACTTCATTCTATTTTTGCTCTAAAACAGCTTGGTCAACTTGACTATTTTTTGGG TGTTCAAGTCACTCATTTGACTAGTGGAAGCTTGCTGCTGAATCAAACTAAGTATATTTCAGACCTTCTCACCAAAGTCA ACATGCTTGATGCTGCAGCTATTTCCACTCCTATGCAATGTGGCGTCAAACTCTCCAAACATGAAGGTTCTGTTCTAAAG GATCCTACTGAGTATAGAAGTGTAGTTGGTGCACTTCAATATGCAACCATTACTCGCCCAGAAATCTCATTTGCAGTCAA CAAGGTGTGCCAATTTCTGGCACAACCTCATGAGGAGCATTGGAAAGCTGTCAAAAGGATTCTAAGATACCTAAAGGGCA CTCTTACTCATGGTGTACTTCTTCAACCATGTTCCATGACCAGGCCTCTCCCTTTGATTGCCTACTGTGATGCTGATTGG GGATCTGACCCTGATGATCGCAGGTCCACATCAGGCTCATGTGTTTTTCTTGGTTCCAATCTTATTTCTTGGACAGCTAA GAAGCAGACTCTGGTTGCAAGGTCAAGCACTGAGGCAGAGTATAGGAGTCTAGCAAATACTACTGCAGAACTGTTATGGG TGCAATCTTTACTCACAGAACTGAAAATTCCCTTTACTACTCCTACAGTTTATTGTGACAACATGAGCACAGTGTTGCTG ACTCACAATCCTATTTTGCACACCATAACTAAGCATATGGAAATGGATATATTTTTTGTAAGAGAGAAGGTTCAGGACAA GAGTCTCCTTGTTCAGCATGTGCCCTCTGAACATCAAAAAGCTGACATCTTCACCAAAGCTCTCTCCCCAACAAGGTTTC TACAGCTCAAGGACAAACTGAATGTAGTTGACAAGCTTCAGCTTTTGTCACCTCCTTCAGTTTGAGGGGGTGTATTAGAG TATATAGGTGATATGAAAATATTGGTTATGCTTAGTGTGTGTGTGCCAGCTGGAATGCCAGCTGGACACAGTTGTTAATT CTGTTTTGAACAGCTGTCAATTCTGTTAGAGGAACAGCTGTCAATTCTGTTAGAGGTTGTTACCATTCAGTTAGAGTTAG CTTAGCTGTTAGTTTAGCTTGTAGAGCAAGCTTCTTCAATCCTATATAAGGATTCAATCCTCATTGTATCGGTTAACAAT TCATAGTGAATATTTCATATGCAAATCTTTTTCTCTTTCTCTGGTTTTCCTATTAATTCCTATCCAACAGAAAAGTAAAA CCCTCTTCCTTAGTCCATATGAAATTGTGTTAAAAATATAAATTATATATGGCGTTATGCATGCAATTTAACATAGAAAA CTACATTTTAAGCTTCCTTCTCCTCTTTCCCCCTTTTCTCTCTACTCATCTCAACTATTTGCTATTTATATGGTTATTTG CATTCCACTTGATTTTCCATCATTCTTTCATAATTTCATTGTAATTTCAGTGATGTGCTTAGTGTGTCTAACATGGTTGC ATGACACTTCTCCTTCTTGAGGTGTTTGATTATATCATATACTTTTCTGATACTAACGCTCGTATGACACTAGATGACAT GTGTTGAGCACTTTCATGAGGTGTCTTATTAAAAATATTTAGCAGGTTGGAAACTTGCCGTGCTCAACATCTGCACTTGC CATCACTCAAATAAGACTTGATACTTGATGGATATGACTCTTAGTATAGAAAATATTTCATAATATCATTAATTCATTTT CGTAGGGAGTATTTATTCAGTATCTTTAGTGATCTCTTGTTAGTGTTTCCATGTTTCATGTTTCATGATTTAAATCCTTA ACTAATTAGGATTAGAGTCTCAATATTAGTATAAATGGGATTAATGCTCGACTTCTCACATCATTATACTCTGAATATTT TTGATTTTGATTTTCAAAGGGTTCATTGGTGACAAACTTCTTAGTAAGTTTTAAGCGTGACGCCTTGAAGGGTGTGTCAG AATATCTAGAAAGTATCTTATAATGTCATTATTGTTTCTTATCATTTTTAGAGTATCTTTGATGATCTCTTATGTGTGTT TCCATATCTATTGCATTTTCATGATTTGTTTTCTTAATTAACTAGGTGCCTAATATTTGGATTAAAAGGGGTTAGAGTTT AATATTTGTTAGACATTATTACACTCAGAATATTAATATAATTTTACTATTCCAAGTATATGTTTCCTTTTTCTTACTCC TAAAACCCTGAAATTTTTTAAATATTGAATGCAGCAACTTTACCAGAAAGCACTCACTATTAAGTCAGCAATTCCCCATC CAAGAATAATGGGAATAATCCATGAATGTGGGGGGAAAATGCATATGGCAGAGCGCCAGTGGGCTGATGCAGCTACGGAT TTCTTTGAAGCTTTTAAGAATTATGATGAAGCTGGGAATCAGAGGCGTATCCAATGCTTGAAGTAAGCAACACATCCTTT TAGTTTTCACTTTGATTTTCAGTTCCATACATTTTCTACAATGACATATCTATGCATTTCACATTTTTAAATTACAAAAA ATACAATTAAATTAACTACTCATTTGAGTCATTTCAGTTATAATTTATTAATTTTTACAAAGATAGATATACTTATCTTC TAAAATCCATATTATTCTCCTCAGTTTTAGCATTTATACTTATCTTCAAGCATTCTTCTTTGTATTTATTATTTTCTTCC ATAAATGGTTTTATTTGCCAGGTACCTTGTTCTTGCCAACATGTTGATGGAGTCGGAAGTAAATCCATTTGATGGACAGG AGGCAAAGCCGTAAGCCCTCTATATTTTATTCATGTTTACTTGAATCATTTTTCAGACCTCTCATTCCTTGATTTAACTG AGTTTTGTTTTTATTTCCAATATGTATTTCAGATACAAGAATGACCCTGAAATTTTGGCAATGACAAATTTGATAGCAGC CTATCAAAGGAATGAAATATTGGAATTTGAGAAAATCTTGAAGGTAATTTTTCTGCGACTTGGTTTTTATTCTTGTTTAG GTGGATTGGGAATATGTGAAGAAGACCCTTAGAAGCATTAAAAGAGGGTAGGCTAGATGGTGAATAATCCAATAGTTAGA GAGGTAGGCCAAGGAAAGTTATTGGCAAAACCAGTAAGAGATATAGATTAAAATGGTCTATGATAGGGCTTGATTCATGA GTGGACTTTATAGCCCTACACCTAGTTAGATAAAACTTTGGTTGTTATTGTTGTATTCTATTGAGCCTAGAATGAGAATA TGTCTGCACTAATTTGATCTCAACACTTTCTCTTATTTTGTATCCAATGTTTGTTGGAAATGAATGTGGATATTTTGCCT TCCAGAGTAATAGAAGAACCATCATGGATGATCCATTCATTAGAAATTACATTGAGGATCTGCTAAAGAATATCAGAACT CAAGTCTTGCTGAAGCTCATCAAACCTTATACAAGGATCAGGATCCCATTTATATCTAAGGTATAAATTACTTACCCCAC GTTGCATTTCAACTTAATTTCTCAGCTACTCCTGCCCCCAGCCCATCAAACAAATTAATGGAATTAAAAAAGGATTAAAG GAGAATACATTGCTAAATACAGCATTTTTCTTTCAAAAAATATTTAAATACAACTTGATAACTCAGCCATTCCTTCCACT CCCTGGTTTAAGGGGTGATGGGATAATGTTAGTTGGGTAAGAGTCTGCTCATTGTGAAGAGACTAAGCCAAACATTATTT TGTGCACTGATTCTCCTCCGTTCTTGCAGATGGCTGTTGCTCTTTCCTTTTCTTATAAGAAATATTTATTTTTACATTGA ACTTATGAGGCACTTAAGTTATGTTTAATCTTAATATTTTTGATGCAATAAACCCCATTAATTTGCAGGAACTTAATGTG CCTGAGCATGATGTTGAGCAGCTACTGGTGTCCCTTATTTTGGACAATAGAATTCAAGGACACATTGATCAAGTGAATCG GCTCTTAGAACGCTCTGACAGGTCAGTTTTTATATTTTAATTCCTCTCAACTGGATTTAGTCTACTCATAATATTGTGTA TATAAACTGGGTATTCTGTTAACATTAAAAATACATGATTCAGGTCGAAAGGAATGAAAAAGTACACAGCTGTAGACAAA TGGAACACACAGCTAAAATCTCTTTATCAAACTATCAGCAACAGAGTTGGTTAAACCATAGTGTTTGGCGGAAGGATTAT CGTCTTGTTGCCCGGAATAGCAGTTTTGTTGTGAACAGCTCCCTGTATGCAAAGTCGGGATTATATTACTCTAAATAGTG AAATCAAACTGGCGCTTGTTATTCTTACTTTATAAAATTTAATTGTTTGAAACATTCATGAATCAAGGGTGGTACAGAAT GCTGTAGTTTATTATTTTACTTCTGTAGTTATATTGCTGTTAGCCTTAAACTTTTCAGTTAAGCTTTTGATTGTGTTAGT TGCATGTTAGTCGCTGTTACTTATTGTGTTAGTTCAAAATTGTGATGTTTTACTCCTTTTCTCCTTAATCTTGTTTCTCG ATATCGTAATAAGATGAGGTTCAATTGATCCTTCATCCATGGCTTCCACTAGCAACCCTTTCTCCTATGCAGAAAATTGA GAATCACGTTTTTGCACACTATTAGTACCTAACTTGATGAATCAAATTTCCTCAGTGGTGACAACAAATGGAAGATGTCA TTAGGGCACACAAACTGCAATGTTGTGGCAAATTTTGAGAAGATTGTGACAATGGTGTAATCGATCCAACTTATTCAGAA TGGGAGCGATTAGATTTTATGCTCTACACTTGGCTTAAGTTGGATTGAAAATGGTGTAGTCAATCCAAAGTATCCA
CDS sequence (LotjaGi1g1v0652500.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGCTTCTGATGCTGATATGGAGGACTATGGATTTGAGTACTCTGATGAGGAGCAAGAGGAGCAAGATGTTGATATTGA GAATCAATATTACAATTCAAAAGGTTTGGTTGAAACTGATCCAGAAGGTGCACTTTCTGGTTTTGCTGAGGTAGTACGCA TGGAGCAAGAAAAGGCAGAATGGGGATTTAAAGCTCTAAAGCAAACTGTCAAACTTTATTATCGACTTGGAAGATATAAA GAGATGATGGAAGCCTACAGGGAGATGTTGACTTATATTAAGTCAGCGGTGACCCGTAATTACAGTGAAAAATGCATAAA CAGCATTATGGACTATGTATCAGGTTCAGCAAGTCAGAACTTTGGTCTTCTGCAGGAATTCTACCAGACAACTCTGAAAG CCCTTGAAGAAGCAAAGAATGAGAGATTGTGGTTTAAGACAAATCTCAAGCTTTGTAAAATTTTCTTTGATATTGGGGAA TATGGACGGATGAGTAAGATCCTGAAGGAACTTCACAGGTCTTGTCAAAGAGAAGATGGTACAGATGACCATAAGAAAGG AACCCAACTTTTGGAGGTTTATGCAATAGAAATTCAAATGTACACAGAGACAAAGAACAACAAAAAACTCAAGCAACTTT ACCAGAAAGCACTCACTATTAAGTCAGCAATTCCCCATCCAAGAATAATGGGAATAATCCATGAATGTGGGGGGAAAATG CATATGGCAGAGCGCCAGTGGGCTGATGCAGCTACGGATTTCTTTGAAGCTTTTAAGAATTATGATGAAGCTGGGAATCA GAGGCGTATCCAATGCTTGAAGTACCTTGTTCTTGCCAACATGTTGATGGAGTCGGAAGTAAATCCATTTGATGGACAGG AGGCAAAGCCATACAAGAATGACCCTGAAATTTTGGCAATGACAAATTTGATAGCAGCCTATCAAAGGAATGAAATATTG GAATTTGAGAAAATCTTGAAGAGTAATAGAAGAACCATCATGGATGATCCATTCATTAGAAATTACATTGAGGATCTGCT AAAGAATATCAGAACTCAAGTCTTGCTGAAGCTCATCAAACCTTATACAAGGATCAGGATCCCATTTATATCTAAGGAAC TTAATGTGCCTGAGCATGATGTTGAGCAGCTACTGGTGTCCCTTATTTTGGACAATAGAATTCAAGGACACATTGATCAA GTGAATCGGCTCTTAGAACGCTCTGACAGGTCGAAAGGAATGAAAAAGTACACAGCTGTAGACAAATGGAACACACAGCT AAAATCTCTTTATCAAACTATCAGCAACAGAGTTGGTTAA
Protein sequence (LotjaGi1g1v0652500.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MASDADMEDYGFEYSDEEQEEQDVDIENQYYNSKGLVETDPEGALSGFAEVVRMEQEKAEWGFKALKQTVKLYYRLGRYK EMMEAYREMLTYIKSAVTRNYSEKCINSIMDYVSGSASQNFGLLQEFYQTTLKALEEAKNERLWFKTNLKLCKIFFDIGE YGRMSKILKELHRSCQREDGTDDHKKGTQLLEVYAIEIQMYTETKNNKKLKQLYQKALTIKSAIPHPRIMGIIHECGGKM HMAERQWADAATDFFEAFKNYDEAGNQRRIQCLKYLVLANMLMESEVNPFDGQEAKPYKNDPEILAMTNLIAAYQRNEIL EFEKILKSNRRTIMDDPFIRNYIEDLLKNIRTQVLLKLIKPYTRIRIPFISKELNVPEHDVEQLLVSLILDNRIQGHIDQ VNRLLERSDRSKGMKKYTAVDKWNTQLKSLYQTISNRVG
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 1 | 438 | 438 | 9.0E-296 | – | |
| MobiDBLite | 1 | 22 | 22 | - | – | |
| PANTHER | 1 | 438 | 438 | 9.0E-296 | – | |
| Gene3D | 49 | 409 | 361 | 6.0E-118 | – | |
| ProSiteProfiles | 243 | 412 | 170 | 24.617 | ||
| Pfam | 306 | 406 | 101 | 1.7E-25 | ||
| SUPERFAMILY | 335 | 411 | 77 | 4.62E-18 | ||
| SMART | 341 | 423 | 83 | 1.3E-21 | – | |
| SMART | 341 | 423 | 83 | 1.3E-21 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
Expression pattern of LotjaGi1g1v0652500.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…