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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi2g1v0242800 |
| Transcript ID | LotjaGi2g1v0242800.2 |
| Related isoforms 3 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | F-box protein family; TAIR: AT3G23880.1 F-box and associated interaction domains-containing protein; Swiss-Prot: sp|Q9LIR8|FBK67_ARATH F-box/kelch-repeat protein At3g23880; TrEMBL-Plants: tr|D3YBB5|D3YBB5_TRIRP Galactose oxidase; Found in the gene: LotjaGi2g1v0242800 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr2:70594833..70612933) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
TGTCCATATAGGAAGAGTGCAAAAGAAGGAAGAGTACAAGAGAAGGAAGAGGCAACGTTTCTTTCTCCTATCTTTATATA AAACTATAACATTTCAGCCTTGATGCTACAAAGTGATCAAGTGCACCAAAATGAAGAGAAACAGTAGCAGCAGAGGACTA GTAAACATGAAGAAAAAGACCCTCAATCTGCCTGAAGAATTGATAATTCAGATCCTGTTGAGGCTGCCAGTAAAGTCCCT TGTGCGCTTCAAGTGCGTGTGTAAGTCATGGCTTTCACTAATCTCTGATCCCCACTTTGCAGAATCAAATTTTAAACTTG CTGCCACCACACCCACCCACAGGCTCTTGTTCATAGCAAATTCTGCTCCGGAAACTCAATCTATAGACTTAGATCATGAT GCAATGTCTCTTAATTCTTCTGCTTCCACTACGATAAAACTTAATTTTCTGCAGCTTCCTCCATCATCTTATTTTAGTCT TAGCATTGTTGGTTCGTGTAGAGGGTTTCTGCTTCTGAATTGTAACACAAATCTATTTCTTTGGAATCCATCCACCGGTG TTCACAATCAAATACTTTGTTCACCTATTGCATCCAATGTGAATGCCTTCCTATATGGTTTTGGGTATGACCCGTCACAA GATGACTATTTGGTTGCTCTAGCATCATATGAAAGAAATACAACTGATTTTTTGACCCATTTGGAGTTTTTCTCATTGAG AGCTAATACATGGAAAGAAATTGAGGATACTCATTTGCCTTATATGAATGCTGGTTTTTATTGGAACGGTGGTGGTGGTG ATCCTAAAGTAGGGTCGCTCTTGAATAATTCTATTCATTGGGTGGCTTTTCATCATGATACATTGGTGGATCTTATTGTT GCATTTGATTTAATTGAAAAGAGAGTTTCTGAGATACCTCTGCCAGATGATTTTGAGCATGAACCAATAGATTATGATTT 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TTCATCAGGAAGACGATGATACAATTAATATATGGGTGATGGAGAGGTACAAAGTTCAGTCATCTTGGGTTATTACTCTT GTTGTATCTTTTAGTGAAATTCCCACTCAATACTTTTCCCCAATATGCTCTACAAAAAATGGTGACATTGTTGGAACAGA TGGTGATAAAGGACTGGTGAAGTATAATGACAAAGGACAGCTACTAGAGCATCACTCTTATGATGAATATCCTTATGTTT CCCTAGTCATGTATACAGAGTCTCTGCTTTCACTCCCTGTTGTTGGTGATTAAGAACTAGCACTAGCAAGCTGAAAATGT GTGACAAGAACAAACAAGAAGAATGCGGTTGTGTAATATCATGTATGCCTCTTTAGAATGAGGTTTCTCTTTTTATTTGC ATTATTGTGATATACAATATTGATGAAATTTAAGTTTTCTTAACTTTTTTTTAAAATAACTTTTAAGTTTTCCTAATGGT TGACTCTGAATCTTCAAATAAGGCCCACAACCAACTCTTGAAGGGTGCTGGAACCCTTCTTTCGAGCACACACATCGACG GATGGTGATCGATCCATCATTCCTAGAACCAAACACTTGACCAATTCTGACTCCAAAACCCACATATGCTTCATATGCAT GATAAAACTGGTAGACTTCATATGCTGAACTAAATTCTTGACCTAGAAATGGTTCAGACTTATAGTTGTAAGGCCCTAAG TTCAACTTGGAACAAATTTTATGGAAGTTTGAATAAAATTGAAGTTTTTGGCTATGCTTGATAACTGGCAGATTAGAACT GTCAACTTGTGTGAATTTTTA
CDS sequence (LotjaGi2g1v0242800.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGAAGAGAAACAGTAGCAGCAGAGGACTAGTAAACATGAAGAAAAAGACCCTCAATCTGCCTGAAGAATTGATAATTCA GATCCTGTTGAGGCTGCCAGTAAAGTCCCTTGTGCGCTTCAAGTGCGTGTGTAAGTCATGGCTTTCACTAATCTCTGATC CCCACTTTGCAGAATCAAATTTTAAACTTGCTGCCACCACACCCACCCACAGGCTCTTGTTCATAGCAAATTCTGCTCCG GAAACTCAATCTATAGACTTAGATCATGATGCAATGTCTCTTAATTCTTCTGCTTCCACTACGATAAAACTTAATTTTCT GCAGCTTCCTCCATCATCTTATTTTAGTCTTAGCATTGTTGGTTCGTGTAGAGGGTTTCTGCTTCTGAATTGTAACACAA ATCTATTTCTTTGGAATCCATCCACCGGTGTTCACAATCAAATACTTTGTTCACCTATTGCATCCAATGTGAATGCCTTC CTATATGGTTTTGGGTATGACCCGTCACAAGATGACTATTTGGTTGCTCTAGCATCATATGAAAGAAATACAACTGATTT TTTGACCCATTTGGAGTTTTTCTCATTGAGAGCTAATACATGGAAAGAAATTGAGGATACTCATTTGCCTTATATGAATG CTGGTTTTTATTGGAACGGTGGTGGTGGTGATCCTAAAGTAGGGTCGCTCTTGAATAATTCTATTCATTGGGTGGCTTTT CATCATGATACATTGGTGGATCTTATTGTTGCATTTGATTTAATTGAAAAGAGAGTTTCTGAGATACCTCTGCCAGATGA TTTTGAGCATGAACCAATAGATTATGATTTGTGGGGTCGCTCTTGA
Protein sequence (LotjaGi2g1v0242800.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MKRNSSSRGLVNMKKKTLNLPEELIIQILLRLPVKSLVRFKCVCKSWLSLISDPHFAESNFKLAATTPTHRLLFIANSAP ETQSIDLDHDAMSLNSSASTTIKLNFLQLPPSSYFSLSIVGSCRGFLLLNCNTNLFLWNPSTGVHNQILCSPIASNVNAF LYGFGYDPSQDDYLVALASYERNTTDFLTHLEFFSLRANTWKEIEDTHLPYMNAGFYWNGGGGDPKVGSLLNNSIHWVAF HHDTLVDLIVAFDLIEKRVSEIPLPDDFEHEPIDYDLWGRS
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 12 | 278 | 267 | 1.5E-85 | – | |
| PANTHER | 12 | 278 | 267 | 1.5E-85 | – | |
| ProSiteProfiles | 14 | 64 | 51 | 11.246 | ||
| Pfam | 18 | 56 | 39 | 1.3E-10 | ||
| Gene3D | 19 | 56 | 38 | 2.0E-10 | – | |
| SUPERFAMILY | 19 | 141 | 123 | 1.83E-16 | ||
| SMART | 20 | 59 | 40 | 4.7E-8 | ||
| TIGRFAM | 121 | 266 | 146 | 4.6E-14 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Protein binding | Interacting selectively and non-covalently with any protein or protein complex (a complex of two or more proteins that may include other nonprotein molecules). |
Expression pattern of LotjaGi2g1v0242800.2, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…