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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi3g1v0011200 |
| Transcript ID | LotjaGi3g1v0011200.1 |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Nuclear pore complex protein Nup93a; TAIR: AT2G41620.1 Nucleoporin interacting component (Nup93/Nic96-like) family protein; Swiss-Prot: sp|O22224|NP93A_ARATH Nuclear pore complex protein NUP93A; TrEMBL-Plants: tr|Q2HVW5|Q2HVW5_MEDTR Nucleoporin interacting component, putative; Found in the gene: LotjaGi3g1v0011200 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr3:1238231..1250533) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
TGCAAATGCAATGTTTATTCGGTATCTCACTGGACCAGAACCTCGCTTTTCAATTTTTTAGGGCTCAAGAAAACAGTGTC TGAGTCTGAGAGACTGAGACTAAAACCCTTTCTTTCTTTCTCTTCGCTCCGAGCTCGATAGCCATGGCGAACGAAGACTT GGCCAGTTGGTCAGATCTTCTCCATTCTTCCACGAAGCTTCTCGAACAAGCCGCACCTTCTGCTCAGTTCCCTCCTCTCC AGGTACCTCGAACTCAACCCCGATCCACTTTTTCAATTTTTTGCAACTCAAAAACAAAATGAACTAAATTCTGACTTTCC ATTTCGCTTTTCATTCCTGAATCTGAAATCAACGCGTTTTGATTGTGAAACAATAAGGATACCTTCAATTTCACTGATTA TATGAATTAGTAGCCACTGGTTAGAACATAAGAAAATAACTGTTGATTAAGGTCGCGTTTCGAAGAGCTTATTTGAGCTT ATCTTTTAGTATAAGCACTTAAGAAAGTGTTTGTGTAAGCTTATGGCTCACCTATAGGCTGTTTTGAACTTGTTTACTAA GCTGCTTAGTTTAGATTTCATTATGAATAAAACACCTAGCTACAAGCTTTTTTGAACATATATTTCAATGAGCTTCTCAA GTAAGGTTGATTAAGGTTGTGTTTGGAAGAGCTTATTTAAGCTTATCTTTTAGTATAAACACTTAAGTTGTTGAGCTTGT TACATAAGTTTCTCTGATTAGAATATGAATAAGCGCTTATACCTAGCTACAAGCTTTTTTGAATGAGCTTCTTGGGTAAG TAAGCAAACGTTTATGTGGTAAGTGTTTATTACTACAAGCGCTTAGCTAAGCTGTTTACCTAAACACACCCTAAATATAG ATTTTGGTTTTGAATTTACTTTCTTATGTTGTTCAGAGGAACTTAGATCAACTGGAAGCATTGTCTAAGAAGCTTAAATC 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CDS sequence (LotjaGi3g1v0011200.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGCGAACGAAGACTTGGCCAGTTGGTCAGATCTTCTCCATTCTTCCACGAAGCTTCTCGAACAAGCCGCACCTTCTGC TCAGTTCCCTCCTCTCCAGAGGAACTTAGATCAACTGGAAGCATTGTCTAAGAAGCTTAAATCCAAAACTGTGAGGGCTG AGGCGCCTTCTCAATCTATCGCTGCAACCAGACTGCTTGCTCGTGAGGGTATAAATGCTGAGCAGCTTGCAAGGGATCTG AAGTCATTTGAATTGAAGACAACTTTTGAGGATGTTTTTCCTGTTGAGGCAACAAGCGTTGAGGAGTATTTGCAGCAGGT TCATGAAATGGCAATGGTCTCTGCTGTCCAGGAAGCTCAGAAGGATAATCTCAGGAGTTTCAATGATTATATGATGAAAG TTTTGGAGGAAGATTGGCATAAAGAAAAGCGTGACTTCCTTCAGAGTCTTAACCGAATTTCAACATTACCTCGGACAAAC ATGGTAACTAACAGCAATGGGGGTACCCGCCAAGGCCAGATTGTGTCCGTGGCTTCCAATGTACCTAGCATGGAGGTTGT TCCTTTTACTACCAGACCTATTGCGGAGAAAAAGGCATCTGTCTATGCTGAAGTTGTGAAAAACCTGAATAGAGCAAGGC AGTCTGGGCTACCATTTAAACCTGCTGCAGCTTTCAAGGGTGCATATGAAAGTTTAAACATTGATGCTAGTGGTGGAAAA TCAGTAACAATGCGAAAGATATGGCACCTTGTTCAGATGCTGATGGATACGGACTCACCATTGCAACATGTTTCAAAAAA GATGTCATTGATTATTGGGGCAAGACGCCACCTTGAATGGGGACATGAGAAATACATCATGGATACTATACAAAGTCATC CCGCCCAAGCTGCTCTTGGCGGTGGTGTAGGAAATTTGCAAAGAATCCGTGCCTTCCTTCGGATTCGGTTGAGAGATTAT GGGGCACTGGATTTCGATGCTGGTGATGCTCGGCGGCAGCCTCCTGTTGATACTACATGGCAGCAGATATATTTTTGCCT GAGGTCTGGTTATTATGATGAAGCAAGAAATGTTGCCCTATCTTCTCGTGCTTCACATCAATTTGCTCCTCTGCTCACGG AGTGGATCAATACTGGAGGAATGGTAGCAGAAGAGATTGCAGTTGCTGCATCTGAAGAATGTGAAAGAATGTTGAGAACT GGTGATCGGGTAGGCCGAGCTGGATATGACAAGAAAAAGTTACTGCTGTTTGCCATTATATCAGGTTCTCGAAGGCATAT CGATCGCCTGCTTAGAGATCAACCAACTCTCTTTAGTACAATAGAGGATTTCTTGTGGTTCAAATTGTCAGCTGTGCGGG ATTGCCCTGGGGGATCTTCGTCTATTGTTCTAAGTGATGGTCTGATACCATACAGTTTGGATGATTTGCAAATTTACCTG AATAAATTTGAACCATCATACTACACAAAAAATGGAAAAGATCCCCTTGTATATCCCTATATCTTGCTTTTAAGCATTCA ATTGCTTCCAGCTGTATTACACTTGTCTAAGGAAACGGGAGATGAAGGATATAACATTGATGCTGCCCACCTATCAATTG TGCTAGCTGATCACGGTGTCCTTTCTGAAGGTGCTGGTGCTGGGCAAAAGTTGGGAGTGATGGATGCTTATGCGGAAGTG TCCACCATTATCAGGCAATATGGATCTATGTATTTGCGTCTTGGTGATCTCCAAATGGCACTAGAATATTATGCACAAGC TGCTGCTGCAGTTGGAGGTGGCCAGTTGTCATGGACTGGTAGAGGTAATGTTGATCAACAAAGGCAGAGAAATTTGATGC TGAAACAGCTTCTAACAGAGTTACTGTTAAGGGATGGAGGCATATATCTTTTACTTGGTGCAAGAGGTGCTGGAGAAGAA GGGGAATTGGGACGTTTTGTTACTGATTTCAAAGCAAGAAAACAATTTTTATATGAAGCTGCATGCCAATGTCAGGAGGC TGGGATGTATGACAAATCTATAGAAATTCAGAAGAGAGTGGGTTCCTTCTCAATGGCGCTGGATACTATCAATAAGTGCC TCTCTGAAGCCATTTGTGCCCTTTTCCGTGGAAGATTAGACGGTGAGAGCCAGACTGCTGGCCTCATCCATTCTGGCAAT GAGATTTTGGAAGCATATCCTTACTATCCAGATGTCAGTCCTCAAGAGAGAATAGATGTTTTTGAGCAGCAAGCTGTGTT AAGAGAACTCGAGTCAATATTATCAATTCACAAATTGTCTAGACTGGGGCATCATGTTGATGCATTAAGGGAGGTTGCAA AACTTCCATTTCTCCCTCTAGATCCCCGGGGCCCTGATGTTGCCATTGATGTGTTTGAGAATTTATCTCCTCATGTCCAA GCTTGTATTCCGGATCTTTTGAAGGTTGCTCTCACTTGTCTGGACTATGTAACGGACTCTGATGGATCACTTCGCGCCTT AAGGGCAAAGATTGCGAGTTTTATTGCAAATAACCTTAAGAGGAATTGGCCTCGTGATTTGTATGAGAGAGTTGCGCAGA GGTTGTAA
Protein sequence (LotjaGi3g1v0011200.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MANEDLASWSDLLHSSTKLLEQAAPSAQFPPLQRNLDQLEALSKKLKSKTVRAEAPSQSIAATRLLAREGINAEQLARDL KSFELKTTFEDVFPVEATSVEEYLQQVHEMAMVSAVQEAQKDNLRSFNDYMMKVLEEDWHKEKRDFLQSLNRISTLPRTN MVTNSNGGTRQGQIVSVASNVPSMEVVPFTTRPIAEKKASVYAEVVKNLNRARQSGLPFKPAAAFKGAYESLNIDASGGK SVTMRKIWHLVQMLMDTDSPLQHVSKKMSLIIGARRHLEWGHEKYIMDTIQSHPAQAALGGGVGNLQRIRAFLRIRLRDY GALDFDAGDARRQPPVDTTWQQIYFCLRSGYYDEARNVALSSRASHQFAPLLTEWINTGGMVAEEIAVAASEECERMLRT GDRVGRAGYDKKKLLLFAIISGSRRHIDRLLRDQPTLFSTIEDFLWFKLSAVRDCPGGSSSIVLSDGLIPYSLDDLQIYL NKFEPSYYTKNGKDPLVYPYILLLSIQLLPAVLHLSKETGDEGYNIDAAHLSIVLADHGVLSEGAGAGQKLGVMDAYAEV STIIRQYGSMYLRLGDLQMALEYYAQAAAAVGGGQLSWTGRGNVDQQRQRNLMLKQLLTELLLRDGGIYLLLGARGAGEE GELGRFVTDFKARKQFLYEAACQCQEAGMYDKSIEIQKRVGSFSMALDTINKCLSEAICALFRGRLDGESQTAGLIHSGN EILEAYPYYPDVSPQERIDVFEQQAVLRELESILSIHKLSRLGHHVDALREVAKLPFLPLDPRGPDVAIDVFENLSPHVQ ACIPDLLKVALTCLDYVTDSDGSLRALRAKIASFIANNLKRNWPRDLYERVAQRL
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 2 | 853 | 852 | 0.0 | – | |
| PANTHER | 2 | 853 | 852 | 0.0 | ||
| Pfam | 240 | 842 | 603 | 4.6E-101 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Cellular component | Nuclear pore | Any of the numerous similar discrete openings in the nuclear envelope of a eukaryotic cell, where the inner and outer nuclear membranes are joined. | ||
| Molecular function | Structural constituent of nuclear pore | The action of a molecule that contributes to the structural integrity of the nuclear pore complex, a protein-lined channel in the nuclear envelope that allows the transfer of macromolecules. |
Expression pattern of LotjaGi3g1v0011200.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…