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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi3g1v0039400 |
| Transcript ID | LotjaGi3g1v0039400.2 |
| Related isoforms 1 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Trehalose-6-phosphate synthase; TAIR: AT1G78580.1 trehalose-6-phosphate synthase; Swiss-Prot: sp|Q9SYM4|TPS1_ARATH Alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase [UDP]-forming] 1; TrEMBL-Plants: tr|K7MCQ5|K7MCQ5_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi3g1v0039400 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr3:4226570..4247555) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
ATGCCGGGAAACAAGTACAACGGCATCCCGGACGATCACTTTCCGCCGGGGCGGTTAGAGCGCCTCATGAGAGATCGGGA ATTGCGGGAATTGCGAAAAAGAGGAGTTCATGATTCCGTAACGGAGAACGGCGGTGGCGGCGGTGAAGGGGTTGAGAAGG AGTTAAGGAAGGAAGAGGATAATAATGAAAATAATAATAGTGATAATAATGGTGTGGTTGAAGGTGGTGGTGGTGGTGGT GGTGGTGGTGAGAGGCAAGAAGGGAAGGGATATAGGCAGAGGCTATTGGTGGTGGCGAACAGGTTGCCAGTGTCAGCGGT TAGGAAAGGTGAGGATTCGTGGTCTCTCGAGATCAGTGCTGGTGGCCTCGTCAGCGCTCTGTTAGGTGAGTATGTACATG CGTCATAATCACATACTCATGTTACATTGCAGCACAGCACACACACTATCCGTTTTTGAATTCTGCTTTTGCTTTCTGGT ACTAATTGATTTTGTTCTTAATATGATTATTAATTTCTATATTTGAAAACTTTAATGGCTTTTACTACCTTTTTGGGTTC TTGCTTTAAAAGGAAATCTCATTACTCTTATTGCTATTATCTTTAATGGTAATTATTGTTTTATTAATTATATTTTTATT TGAGGTTAATTTTTTTAAACTTATTTAAAAGTTTAACACTACCTCTAATCCACCTTAATTTTTTTTTTGTCAAGCACTTT ATTTTTTCTCTATTTCTTTATACCAATGAGATCTTTTAATGGTTTTGACTCTTGATACATTACATTAATTTACTTTTTCA TCTCATTTCTTTTCACTTTCCTCACATCGCCTTCATATCTCTTTTTTATTACTGTCTCTTTGAGTTTGGATGTTCTACAC CTTCTCTTCCTATATACTATGTTTTTCTTTTGAGTAAAATACACTCACCCCCTCAAGATTTGTGAGAATAACACTTAGCT 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TGTAGCGCTAGTCACATCTTTGAGGGATGGAATGAATCTTGTCAGCTATGAATTTGTGGCCTGCCAAGAGAAAAAGAAAG GAGTTCTCATACTTAGTGAAGTAATTACAGAAACTTATTAGTGATTTTATATTTTATTCCAGTTTACAAATTCAGGCTAT GTTATTGCACAATAATGAATAAATTCAAAAGTTGGAAGACATGGTTATGTCAAAACTATCAATAGAACTCCAGGTTAGAG ATAAAAACTGATATGGAACTTTTAGGAGTGTTAGTTGTTCACACAGTACAGGTGCCTTTATGATCAAGTGGTCAAGATTT TATTTTTGCTGCCTCTTTTCTTCCAAATAAAAGTTAAATTTACTCACAGGTAGTGTAGGCTGTAGATTGTCCATGCTTCA AGTCAAAAGGCCCTTGTTTCATGGATTGCTTAAACTTTTAGGTTTTAAAATGTTTTGAATGACTGATAGGTGTCAATGTT CCATCTTTTAAAAAAAGAACGTTTCATTTTTTTTTTCTTTCTGGATCATTGATTATAGTTCCAATATAAGTTTATAGGAA GCCTTGATCTATGGCATGGATAATTTAATTTTTACATATTTCTTTCATGTGATTAGATATGTATAATGTTGATCTGAGTC TGACACTTGATATTTGGCATGCTTCTTGTAGTTTGCTGGTGCAGCACAGTCTCTTGGTGCTGGAGCAATTCTTGTCAACC CTTGGAATGTTACAGAAGTTGCTACTGCAATTGGTCGGGCTTTGAACATGACACCTGCAGAAAGAGAAAAGAGACACAAG CATAATTATGTTCATGTAATATCCCACACTGCTCAAGAATGGGCAGGAACTTTTGTAAGGTATGTGTATTAGTATTTAGA TTTTGTTAACATGTTCCATGAAAGTAATTGTTAGTTGGTGGTTGTTCATAAATCTATTGGCAGCTGTTTGCTTGTTCTTA ATTGGTCGTATATGAAGGCTTATGTTGTTTTTTTAGGAATAGTAGAAAGGATGTGTAATTGTCAGTGGAAGAATATATCT AAAGCTTTGACTTTCGGGAATGAACCACGTTACCTTATGAATCTTCAACTATTTGCAGTGAACTAAATGATACTGTTATT GAGGCACAACTAAGGACAAGACAAGTTCCGCCCCGGCTACCAACCAAGACAGCAATTGAACGTTTTCTGCAGTCAACTAA TAGACTGCTCATTTTGGTACGGTGTCTCAAAATGTAACTTGTGACTTCTGTGAATGTCTTCTTGTTTCCTCCTTCTCTTT TACTCCTCACTTGAGTGTCTCATACTAGATTCTGCTTTCTTCATTTCATGGACATATACAGTTAAATAACATGTTAAACT GTGCAAGAGTATGGTATTTTATTTGGATGCAAAGTGCCAGATTGGCATTGAACTTAAAATTAGTGTTTAGGTGGAAAAGG AGGAAAGTGAGAAATTCAGCTGTCAATAATATTAGATTGTTTCGAGGTATCTGTGATACAAAATATTAATCCCATAGTTC TATTAAATATATAATTAAGTGAAATACTAGTATAATGCTACATGATCATAAGTACTCTGATACGATATCAAGAACCTAAC TATCCAAAAAAGTTCAGTTATTAGATTAGGTGAAGGCTCATGAATGGTTTCCATCTAAATGCCGTATGTTGAGTGTGTGA TTGTGTTGGATTTACAGTTGTCTCAAGAGTCAAGACTTTCTCACAGTGATGCTTAATTCAGAAGTTCATTTTTCCATTAT TTTGCAACCCCCTCCATGGAATAATTGGATATGTTTGATTGTTTTAAAATGATTCACTAACCATAAATCATCACCTAACG TCTATTATGGATTTTAGTATTTAACATTTCTCTGACATTGGCTACACACTCTGCAGGGATTCAGTGGAACTTTAACTGAA CCAGTCGAGAAAACAGGTGATCAGATTAAAGAAATGGAACTTAAGGTGCACCCTGAACTGAGACAACCCTTGATGGCGCT TTGCAGTGATCCAAATACCACAGTGGTTGTGCTCAGTGGAAGTGGCAGAAAAGTCCTGGATGATGTAATTCTTAGCACAT TACTTTCTTTCCCAGTGAACTATAACATAAATCCACTATTAACATATTCCTATACAGAACTTCAAAGAATATGACATGTG GTTGGCTGCGGAGAACGGGATGTTTTTACAACCTTCAAAAGGTGAATGGATGACAACTATGCCAGAGCATCTGAATATGG AATGGGTTGACAGCGTAAAGGTGCTCATTTTGAAGTTTTAAGGGCTTGTTTGATTTCCTTATCTGTTTTCTTAATCTACA AACTATTTTCTTAAACAATGTTGAATTTTTTTCTGAAGAAGAAACGAAAAAAAAAATAGTTTGAGAGATATGTTTTTCAA AACTGCAAGACATGTGACTTGAAAACTAAAAACATGTATTCCTTCCTTCATGTTATTGACATTCATTGCTGATCCTGCAT TTCAGCATGTTCTTGAGTACTTCACAGAAAGAACACCTCGGTCACATTTCGATTATGAAGAAAGGGAAACTTCACTTGTA TGGAATTACAAATATGCAGGTGCTTGAATTATTCTCACCGAAAATTTATTTCTGTATTGTTTTCCAGCTTTCTTTCCTGT TACTGATCTTATAATCTCAACCAGATGTTGAGTTTGGAAAACTTCAAGCAAGGGACATGCTGCAGCATCTCTGGACAGGT CCGATTTCTAATGCTTCAGTTGAAGTTGTTCAAGGGAGCCGATCGGTTGAGGTTCGAGCTGTTGGTGTTACAAAGGTAAC CTATAGTTCATAACAATGGACCTCTCTTTGTTATATTTTCACATGAACTTTTTCATACAGGTATAATGTCTAATCTAAAT TCTTTTTGTAATCAGGGAGCAGCTATTGACCGCATCCTGGGGGAGATAGTCCACAGTAAATCCATGACATCGCCGATCGA TTATGTTCTTTGTATAGGACATTTTCTGGGGAAGGTGAATTGAATGTTCATTTATTAATGTTATGTTCTGAAAATTTACT TTTTTTTATATTTGTTTATCTCATTTTTTTATATCCATTTTCAGTTTGTTGTAAATTTTTTCCAATAATAGCAATACTGT CTAGCCTCTGCTTGCTCATCACATTATTGTGCTACATGCTGCAAGAACTTTTATGTGTAAAAACAAAAAAGCTGAAGCCG AAAATGTGAATGTTATAGGATGAAATTCAAAGAAGCTTTTAATAAACTAGAAAGAGAAACTTCCGAGATGAACTTAACAT TATTGATTGTAACAGGATGAAGACATTTACTCCTTTTTTGAGCCGGATCTTCCTTCCATCGGTGTTAGCCTTCCCCGAAG TAAGGTATCAACAACAGATGCTGTTAAGTTTCCTGTTGATAGGAGACAGTCTTTGAAGACCCCGGCTAGTAAAAATGGAG CAAAGGCTTCACAAAACAAGGCACTGAGGGCAGTGACAAACTCTGAGAAGAAAGCAAACAACCATGTCTGCAGTGCGCCA CGACGCCCCGCGCCACCTGAAAAGACATCATGGAACGTCCTTGATCTAAAGAAAGAGAATTATTTCTCATGTGCTGTTGG AAGACATAGAACAAATGCTCGGTACACTCTTGGTTCACCAGATGATGTGGTTGGTTTTCTGATGGAATTAGCGGATGCAT CATTGTACTCTTCTCCACCAAGTTAA
CDS sequence (LotjaGi3g1v0039400.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGCCGGGAAACAAGTACAACGGCATCCCGGACGATCACTTTCCGCCGGGGCGGTTAGAGCGCCTCATGAGAGATCGGGA ATTGCGGGAATTGCGAAAAAGAGGAGTTCATGATTCCGTAACGGAGAACGGCGGTGGCGGCGGTGAAGGGGTTGAGAAGG AGTTAAGGAAGGAAGAGGATAATAATGAAAATAATAATAGTGATAATAATGGTGTGGTTGAAGGTGGTGGTGGTGGTGGT GGTGGTGGTGAGAGGCAAGAAGGGAAGGGATATAGGCAGAGGCTATTGGTGGTGGCGAACAGGTTGCCAGTGTCAGCGGT TAGGAAAGGTGAGGATTCGTGGTCTCTCGAGATCAGTGCTGGTGGCCTCGTCAGCGCTCTGTTAGGTGTAAAGGAGTTTG AGGCAAGGTGGATAGGTTGGGCCGGTGTCAATGTACCAGATGAAATTGGACAGAAGGCACTTACTAAAGCATTGGCTGAA AAGAGGTGTATCCCAGTATTTCTTGATGAAGAAATTGTTCATCAATATTACAATGGCTACTGCAACAACATCCTGTGGCC CCTTTTCCATTACCTTGGGCTTCCACAAGAAGATCGTCTTGCCACCACGCGTAGTTTTCAGTCTCAATTTGCAGCATATG AGAAAGCAAACCAAATGTTTGCTGATGTTGTGAACCAGCATTATGAAGAGGGTGATGTTGTATGGTGCCATGATTACCAT CTCATGTTCCTTCCAAAATGCTTAAAGAAATACAACAGCAACATGAAAGTTGGATGGTTTCTCCACACCCCATTCCCGTC TTCTGAAATTCACAGGACACTGCCGTCTCGTTCAGAGCTCCTTCATTCTGTTCTTGCAGCTGATTTAGTTGGCTTTCACA CCTATGATTATGCAAGACACTTTGTTAGTGCTTGTACTCGTATCCTTGGGCTTGAAGGTACACCTTATGGTGTTGAATAT CAAGGGAAGCTGACTCGAGTAGCCGCATTTCCAATTGGGATAGACTCAGAACGGTTTATACGTGCACTTGACCTTCCCAA AGTAAAGGAGCACATTAAAGAATTACAAGAAAGATTTAAGGGCAGAAAGGTAATGTTAGGCGTCGACCGCCTTGATATGA TCAAAGGCATCCCTCAGAAAATTCTCGCGTTTGAAAAGTTTTTGGAAGAAAATCCTAGTTGGCATGATAAAGTCGTTTTG CTTCAAATTGCTGTGCCAACAAGAACAGATGTTCCAGAGTATCAAAAGCTTACAAGTCAGGTTCATGAAATTGTTGGTCG CATCAATGGCAGATTTGGATCATTGATTACTGTTCCTATACATCACCTGGATCGCTCTCTTGACTTTCATGCATTGTGTG CTTTGTATGCTGTTACTGATGTAGCGCTAGTCACATCTTTGAGGGATGGAATGAATCTTGTCAGCTATGAATTTGTGGCC TGCCAAGAGAAAAAGAAAGGAGTTCTCATACTTAGTGAATTTGCTGGTGCAGCACAGTCTCTTGGTGCTGGAGCAATTCT TGTCAACCCTTGGAATGTTACAGAAGTTGCTACTGCAATTGGTCGGGCTTTGAACATGACACCTGCAGAAAGAGAAAAGA GACACAAGCATAATTATGTTCATGTAATATCCCACACTGCTCAAGAATGGGCAGGAACTTTTGTAAGTGAACTAAATGAT ACTGTTATTGAGGCACAACTAAGGACAAGACAAGTTCCGCCCCGGCTACCAACCAAGACAGCAATTGAACGTTTTCTGCA GTCAACTAATAGACTGCTCATTTTGGGATTCAGTGGAACTTTAACTGAACCAGTCGAGAAAACAGGTGATCAGATTAAAG AAATGGAACTTAAGGTGCACCCTGAACTGAGACAACCCTTGATGGCGCTTTGCAGTGATCCAAATACCACAGTGGTTGTG CTCAGTGGAAGTGGCAGAAAAGTCCTGGATGATAACTTCAAAGAATATGACATGTGGTTGGCTGCGGAGAACGGGATGTT TTTACAACCTTCAAAAGGTGAATGGATGACAACTATGCCAGAGCATCTGAATATGGAATGGGTTGACAGCGTAAAGCATG TTCTTGAGTACTTCACAGAAAGAACACCTCGGTCACATTTCGATTATGAAGAAAGGGAAACTTCACTTGTATGGAATTAC AAATATGCAGATGTTGAGTTTGGAAAACTTCAAGCAAGGGACATGCTGCAGCATCTCTGGACAGGTCCGATTTCTAATGC TTCAGTTGAAGTTGTTCAAGGGAGCCGATCGGTTGAGGTTCGAGCTGTTGGTGTTACAAAGGGAGCAGCTATTGACCGCA TCCTGGGGGAGATAGTCCACAGTAAATCCATGACATCGCCGATCGATTATGTTCTTTGTATAGGACATTTTCTGGGGAAG GATGAAGACATTTACTCCTTTTTTGAGCCGGATCTTCCTTCCATCGGTGTTAGCCTTCCCCGAAGTAAGGTATCAACAAC AGATGCTGTTAAGTTTCCTGTTGATAGGAGACAGTCTTTGAAGACCCCGGCTAGTAAAAATGGAGCAAAGGCTTCACAAA ACAAGGCACTGAGGGCAGTGACAAACTCTGAGAAGAAAGCAAACAACCATGTCTGCAGTGCGCCACGACGCCCCGCGCCA CCTGAAAAGACATCATGGAACGTCCTTGATCTAAAGAAAGAGAATTATTTCTCATGTGCTGTTGGAAGACATAGAACAAA TGCTCGGTACACTCTTGGTTCACCAGATGATGTGGTTGGTTTTCTGATGGAATTAGCGGATGCATCATTGTACTCTTCTC CACCAAGTTAA
Protein sequence (LotjaGi3g1v0039400.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MPGNKYNGIPDDHFPPGRLERLMRDRELRELRKRGVHDSVTENGGGGGEGVEKELRKEEDNNENNNSDNNGVVEGGGGGG GGGERQEGKGYRQRLLVVANRLPVSAVRKGEDSWSLEISAGGLVSALLGVKEFEARWIGWAGVNVPDEIGQKALTKALAE KRCIPVFLDEEIVHQYYNGYCNNILWPLFHYLGLPQEDRLATTRSFQSQFAAYEKANQMFADVVNQHYEEGDVVWCHDYH LMFLPKCLKKYNSNMKVGWFLHTPFPSSEIHRTLPSRSELLHSVLAADLVGFHTYDYARHFVSACTRILGLEGTPYGVEY QGKLTRVAAFPIGIDSERFIRALDLPKVKEHIKELQERFKGRKVMLGVDRLDMIKGIPQKILAFEKFLEENPSWHDKVVL LQIAVPTRTDVPEYQKLTSQVHEIVGRINGRFGSLITVPIHHLDRSLDFHALCALYAVTDVALVTSLRDGMNLVSYEFVA CQEKKKGVLILSEFAGAAQSLGAGAILVNPWNVTEVATAIGRALNMTPAEREKRHKHNYVHVISHTAQEWAGTFVSELND TVIEAQLRTRQVPPRLPTKTAIERFLQSTNRLLILGFSGTLTEPVEKTGDQIKEMELKVHPELRQPLMALCSDPNTTVVV LSGSGRKVLDDNFKEYDMWLAAENGMFLQPSKGEWMTTMPEHLNMEWVDSVKHVLEYFTERTPRSHFDYEERETSLVWNY KYADVEFGKLQARDMLQHLWTGPISNASVEVVQGSRSVEVRAVGVTKGAAIDRILGEIVHSKSMTSPIDYVLCIGHFLGK DEDIYSFFEPDLPSIGVSLPRSKVSTTDAVKFPVDRRQSLKTPASKNGAKASQNKALRAVTNSEKKANNHVCSAPRRPAP PEKTSWNVLDLKKENYFSCAVGRHRTNARYTLGSPDDVVGFLMELADASLYSSPPS
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| MobiDBLite | 1 | 87 | 87 | - | – | |
| PANTHER | 13 | 929 | 917 | 0.0 | – | |
| PANTHER | 13 | 929 | 917 | 0.0 | – | |
| MobiDBLite | 14 | 39 | 26 | - | – | |
| MobiDBLite | 49 | 64 | 16 | - | – | |
| SUPERFAMILY | 93 | 561 | 469 | 2.89E-156 | – | |
| TIGRFAM | 94 | 559 | 466 | 1.1E-187 | ||
| Pfam | 94 | 559 | 466 | 1.2E-186 | ||
| CDD | 94 | 559 | 466 | 0.0 | – | |
| Gene3D | 134 | 557 | 424 | 1.2E-178 | – | |
| Gene3D | 336 | 544 | 209 | 1.2E-178 | – | |
| SUPERFAMILY | 591 | 925 | 335 | 1.88E-24 | ||
| CDD | 592 | 811 | 220 | 3.76132E-56 | – | |
| Gene3D | 594 | 777 | 184 | 4.2E-13 | ||
| Pfam | 613 | 818 | 206 | 5.7E-55 | ||
| Gene3D | 681 | 763 | 83 | 4.2E-13 | – | |
| MobiDBLite | 860 | 879 | 20 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Catalytic activity | Catalysis of a biochemical reaction at physiological temperatures. In biologically catalyzed reactions, the reactants are known as substrates, and the catalysts are naturally occurring macromolecular substances known as enzymes. Enzymes possess specific binding sites for substrates, and are usually composed wholly or largely of protein, but RNA that has catalytic activity (ribozyme) is often also regarded as enzymatic. | ||
| Molecular function | Alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming) activity | Catalysis of the reaction: UDP-glucose + D-glucose-6-phosphate = UDP + alpha,alpha-trehalose-6-phosphate. | ||
| Biological process | Trehalose biosynthetic process | The chemical reactions and pathways resulting in the formation of trehalose, a disaccharide isomeric with sucrose and obtained from certain lichens and fungi. |
Expression pattern of LotjaGi3g1v0039400.2, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…