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LotjaGi3g1v0318200.1

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi3g1v0318200
Transcript ID LotjaGi3g1v0318200.1
Related isoforms 1
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description Phosphomethylpyrimidine synthase; TAIR: AT3G55850.1 Amidohydrolase family; Swiss-Prot: sp|O34355|YTCJ_BACSU Putative amidohydrolase YtcJ; TrEMBL-Plants: tr|K7M0Q9|K7M0Q9_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi3g1v0318200
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr3:67337481..67349148) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

GTTTTATGGTGGAAGCAGTACCAAACAAGGAAACAGCAGAGGTAGCAGAAGACAAGGTTAAGAAATTGGTTTCTCGATGG ATTTTCTTCCTCACATATTCGTCTCTACAGCAATCATCATTCTCTCCCTCGCAATCGTGCCTCTATCTCATTTCCATCCA ACCTTTAACTGTAAGTCTTTAAGCAAACCAACTCTTACTATAAACAACTAAGAAATGTAACAGGGACACTGCAACTGTTG ATTTATTTTCGTTTACGAGCTGAAAATTCAATGAATAGCATAAAATTATGATTTGTTTCTTTTTTGTTTTGAATTCTTGT TTTTTTGTTTACAGATTTTTTGGCTTGGAAGTCACCATTGTCTCAGCCAGTGGCCAGTTTGGTTTTAAGGAATGGGGTGA TATTTACCAGTGATGACACTCTTCCATTTGCAGAATCTATGGCAGTGGCCAATGGGAGGGTTCTTCGTGTTGGCAACCAT TCATTTGTCCAGGTTTGTCCTTGTTTTGCTGCTAGCAGCATCACTTCCCCATTTGTTGAAAAATTGAAAAAGAGCAACTT TGATTGTACCTGGTTGTTATTGTTGTTTCTGTTCATGTATGAGGCTTCAAACTGCAAACTGGTTCTGACCCAGATGTGTT TTTCAACTTTTTTGTAGGAATTGGCAGGTTATGGAACTCAAGTGTTGGATCTTGGTGGGAAAGTTGTGGTTCCTGGGTTT ATTGATTCCCATGTGCATTTCATTAATGGTGGATTGCGGGTTAAGAATATTCCATTTTCTGAATTATTCTTTTTCACATT CTTACTTGCTTTAGTCTTTTAGTTTGTTTATATTTTCTGAAATGATCATATGGGCATGTGGTAAATTTGCTTTAAACGTT TGATAATCATGGGAATTTTCATAAGAAGAGACTTATTTAGAGCTGCTAGCTATTAATCATGTTCAGTACAGATGTGAGCA 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TATTTTAAAAAAATTACTGGAATATATTTATTTTCTATGCAGTAAATTTTAACACCTTTGTCCTGAAGTCTCATTTTTCC TACTCAGGATGTGATTAACAAAATGGGCCATACCTTGAGCGAATGGATTTATTTGGGTGGTGTCAAAGCTTTTGCTGATG GATCTCTGGGTTCCAATAGTGCATTGTTTTATGAGGTGAGATCAAGCATTCATATTTTCCATATAAATTCTTTCAAGTTA CACTGACATAAGAAGTGCAGTAGATAGAAATATTTATTATACAAACTCAGATTCTGCCTTGACCCACTATGGAACAAGGT TAATCAGTCTTGTACAATTGAGAGAGGAATTCGAGAGGCTCCTGACAGTTCTGACTCACGAAAACAACTCCTCTAATTCC CCCTGGTACCAGTATACATGATAACTGCCTTTTAACCTCTCAGATGAACACCTCCCTATCCAGCCCATTTCTCCTATGTT TTCTAACATAGACTCTGTTAATTATTGGTTTGCTAACGAAATAACTTTTTTTTTTAAATCTACTTATTGTCATCCATTTT CTGACTGCCTATGGGTTATAGGTGACAAGGAGAATTAGAGAAACGGGATTTAGCTCCTAGTTTAACCATGCTCATCTAAT CATGCAGTTGTCATTGTGATTAACTATGGTATTTCAAATTTTTTAGCCATATATTGATGAGCCTGACAATTATGGTCTTC ACGTGACTGAACCTGAAGCTCTTCTCAACATGACGTTGGAGTCAGATTTAAATGGTCTACAGGTGATTTCTTCTTTTGTT ATTAGCTACCAACTTCTTATTTGTTTATATGAAATTTCAGTTATGGACTGGCTGCCTTCCTGTTGATTATATCAGGTTGC TATTCATGCTATAGGGGACAAAGCAAATGACCTTATCTTGGACATATATGGTTCAGTTGCTTCTACAAATGGAATGAGAG ATCGAAGATTCAGGGTAACATTTTAGCAAAACAATGGAAAGCTTCAATAATTTTCCATTTTACTTGTTGCGATCTGGATG ATGGGAAAATTTTGATTCAGTGCTATATATTCTAATTAAATCATTGTGACATCAAAGAACTGAAACTCTGCTTTCAGATT GAGCATGCCCAACAGTTGGCATTTGGAACTCCAGACCGATTTGGCAAACAACGGGTTGTTGCTTCCATGCAGGTTTCTCA TGATCATTATCTTGTGGCTTTTTTAAACTATAATATTAAAAATGATACTAGAATAATCACTAGAGTGGCTACATTGTGAA ATTAAAACGAGAGGGTACCTGACCTATCTGCTCAACCCATTAATCACCATGTCTCTCTTTTACGATGATTATCTCATTTG GACTATACTGAGTCTATTTTGTAAAAAAATTCTAGTGTCTTGCTAATCTCAAGAGCATAAAGGTAAGGAAAATAAAGTCA TACGAGTATCATTCGACCTTTGATGCTGAAAGTCGGAACTGTTTACAAACACATAAAAGGGAAACTATCATAATAAGAGT CGCAAATCTGAAGAACAGATATTTTCTAAATCTACCATCCATACGGGGCTTAAAGGTTCATTCCTAACAGCTCTGGGGAA AAAAGACCAATAATTGTATACAGTTCTGTTGCGTCAAGAAAGTGGATTTTCCAAATGTTTTTTTGCAGAAGCTGATATTT CAAAATCCTAGTACTTTGCATTGTTATGAAACCTCTTATTTTTACTAGTCTGTGATCCCCAAACTAACCAGTCCCTTCTC CTTGCTTCAATTTGGCGGATTATTGGCCTCACCTAAAAAGTACTTAGTATGAGCCCTTTTAAATGGATTATGTCCACTCC ATGTATTATATGTTTGGGTAGTACAAAAATGTTCCTTTCAAGGTTTGTAATTTTTTATTGCCAATCATCAACAGCCAGAC CAATTATTGGATGATGCTGAATCTGCAAGTAAAAAGCTTGGCAAGGATAGAGCTGAAAAGGAGTCATATTTATTTCGGTC ACTCTTGGATAGCAATGCATTATTGGCATTTGGTTCTGACTGGCCAGTAAGCATGTCACATTTATCAGCACTCATCACTA TGCACATTTCCTGATTCCTTAACATGAATTAATTAAGAGGTACTTCGCCATTACTATGTCTGTTTTGCAGGTGGTAGACA TCAATCCCTTAAGTGGTATTAAGACAGCAATGAGAAGAAGGCCTCCCACTTGGGAAAGTGCATGGATTCCATCAGAGTGC ATTTCTTTAGATGATGCGATAAAGGCGTAAGCAGCATTAAAGCACTCATGTTATTCTGATTTTACGTTCCTCATTAATAT CTTGCCTGCTTGTGGGATTAGAGCTACTTTTGGTGGATCCTGGCAAATTTTTACATTTGTCAAACAAAATAAGAATGGTT TGTTTTTCCGTTTGCATTAACTTTGTAAACTTAATTTCACAGATCTCAAGGCACAAACAGAGTAGTAGGATTTTGTTGGG TTGAGTTCAGCAAAAATCAAAACACACATACGTAGTCAAAATATCCATGGCATTAGGTTATGATGTTGATGCCTTGCTCA TCTGTACTAAGAAGAAAATAGAATTTAGAGAGACATGAGCCCATGTTTTTTAGGAGTATAGTAATAAAACCGTATTTATG TGTTCTGTGTGATTGCATACTCAGACACTAAAATTCTTGCATCTAACATTTATGTGCATGCTGATAAGCAAATGAAGGAT AAGATAATATATTGGATGAAGAAGAGGGAATAAGTTACACAGGGTCTGGTAATTCGAGAACCAGCCTCTCATTTAAACAT CACAGCAGAAATTCTGAATAATAAAAATCACACACACCTCCTACTTAATAACCCACCCCTAGGCAGTTTTAATAAAACAT AACTAACATAAACTGTTATTATACTTACTAATAATAACTCACCCAATTCAAATAACTATTCCTAACTGCCGTGTGCTAGT TGTGTAGCTTCTCCTGGGCCATTAGTGGCTGCCACGCCACCCCCTATGGTGGTGGTTGATCCCAATTTCTTCTTTCTGCG GCTGTAGACATGGATAATTGGGGTTCTCCCCCTATAACTTGATTTCTTCATATAACATTATTAGTAATTGTATTGCTAAT GTAGTAATGTGTAATCTCTAGACTGCTTGCTCAACTGATTGGAGCTCTTCACTTTTTTTTTTGTCAAATTCTACTTTCGA CATCATATATATGATTTTCTTTTGACTATTTGTGCATTGATTCTAAAACTCTATCTCCTTGACAGTTACACCATTTCTGC TGCTCGTGCAAGCTTCCTTGACAAGGATCTGGGGTCCTTGTCTCCGGGGAAACTGGCAGATTTTGTCATATTATCGATGG ATTCATGGAAAGACTTTGCTGAGGAAGCATCTGCATCTGTTGAAGAAACATATGTTTCTGGTGTGAGAGCATATCCTCGA AGTTGAAGTTCTTCCATCGTTAGTTGATCAAGATTTTCATACTGAATATGTGGACGCAAAGAATGGTGGTAGTGGCAGTT TTTCGGTTCAGATGAACTCAAGGGGCTGAAGGGGCACATCCGATATAGCAAAGAGTCAAAATTTTATGGCAGCCTCAAAC CATAGAAAGGTATTGTTACTATTGCAATGTTTCAAGAGGTTTTTTTTTTATAAAAGCAATTTAGATTCAAATTATCATAA TGATTAATGGTGCTCCCAGAGATTGTTTCTTCAATACCAGCAGTATAACGTTTTAAGTTGAGCTTGAAAGTGATATCATC ACTCAAAATATCGGTTTAGTTAGAATTGGATGTCATATGCAATGACTGTATTCTGTGTTGGCAAGCACATTTTTTAATTT ATTTATCCAAGTTTATATTGTCATTTTAGTTTCTAAATTTAAATATTAGTTTTAACATATTCTTGGCTTTAGTGAACACA TGAATAATACTAGCAGCGCAGTTTTTATGTATTTTTAACACATTTTTTATTAGATAAAGTTTATGTGGATCTTATTAAAT AAAATGTGGTTTCAGGTGTGACCGTATAGTTTCACTAATATATTAGAAAGAGATTAATGCTAAGCATATGAAAAATGTGA TGGTTTTAAACGAGGTCAATATCAAGAGACATCATGTTCCCTGATCCCTGAAAATGACCATACAAACACACAATTCACGT AAAACCAATACCCAACTTCTCAACTTGTTAATAACAATGATTTACATAGGTAGTTTCTTTAGGCCACTTTTGGGTTTGGT TGGTTTCCCAGCGTCTTCTATCTCACTTATCATGCATTGTGTTTCTTCTTATTCGTTGCCCATCATTTGGAATGGTATTC GTTTGCCTTCTTTTAGTGCTATTAGGGGGCTTAGGCAAGGTGACTTGCTCTCGCCGTAGTTGCTTATTCTTTGCATCGAA CAACTTGTTCTTATTCTTTGTGTGAGGTAGTATGGGTAGGTGGAAACCCGTCGCAATTTCTCAAGGGTGTCCCACATGCA ACTTCTCATTTATTTTTTGACGACGATGTCTCCCTGTTTGTTAAGGTGGATGTAGCTCATATTCAGGTGGTTTAGAGGGT GCTTGAGGTTTTGTGGTGCTTCTGGTCTTAAAATTAATTTTGTGAAGTCTAAGACAATGGCATCTTGGTATTTGGGTGAG GCTTTGGAGGAGAGGATTGTGGTTGTTACTTTCATACCTTTTACTTCTAATATAGGCAAGTGCGTGGGCTTCCCTACTCT TCATGGTCATGTTATAAAGGATGCTTTTGCTTTCATTGTGATCGAGTGGACTCAAGCTTATTGTCTTGGAAGAGTAACTT GGTGAATAAACTTGCCCTTATCACTTTGGCTAAGTCAGTTTTGTCCGTTATTCCTATTTATGTCATGCAATTGAATAAAC TATTTGTGATAAAACGGATGTCGTTACACGTCGTTTTATTTGGGGTAGTTGCAACCAATTCGGGTATTCCTTTGGTGGCT TGGGCTAAGATGACGTGTCCTTGGAAGCAAGGGGGCCTTGGTCTTCAAAGTGCAAGGATGAACGTCGTGTTGTTGGGCGT ACACTTATAGAGCTTGATTCAGCGAACTGATAAGTTTTGGACTTAGATCATGACTCCTACGTCTACTGCTGAAAGCGATT TACTAACTTGTGTGGACAATACAAGCTCTCCTTTATGGATATTGGTTTTAAAAGCTAGAAATGTGTTGCAAGATAGTTTT AATTTTTTGTTTGGTTGTGATGATTCATCATTTTGGTATTCCAATTGATTCCTTCGTGTCCCTTAATGTGAGAAGGTTTT GCATGTTGATATGCATGATTCGCATGTTATGTTGAGGGATGATTTCCCTTCTGGTCATTTTGATGCTTTTCAGTTATTCA CTTTTCTTCCTCCTAATCTGCCTCATTCTTATCTTAGTTCCAACAAGTTCATTTTTGTGTCATTGTTTAGATGGTCAGCA AAGTGCTTGATTTTGTTCGTTGGTCTTCGGGCGCAAGCTTCTCGTGCTTGAGAGTATTCACTTCTTTGTTTGGAAAACTA CTCATGACGTTGTGCCCACCTTTTCCTTATTGTCTCGTCGCAGGTTAACTCTTTATGATACTTGCAAAATCTGTTCTACA ACTCTTAAAATGCTCCAACGTTGTACTCGTGACTAGGACTTCGGTGTCCCGAAACAATTCTTTGGGCATGCAATTGGAGG TTGTCGGGATTTTGTGGTACAATATTGTGATTTGAGATATCGTTTGGGTTCTTGGTTATGTTTGTCGGTCACATTGGTGT AACTGATAGCCTACATGCTAAGATGTTAGCAGTTCATAACGAGTTGGATGTTTGTTGACAACACAATTTTAATTTAGGCA AACTGGTATCTTTTATGATTCATTTTGTGCCTTTTAAATGATATTTGTCATGAGTTTCATAATTATGC 

CDS sequence (LotjaGi3g1v0318200.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGACTCAGGTGAAACTGAGTGGTGTGAATAAAAAGGAAGAGTTTGTCAGAAGGATCGAAGTTGCAGTACAAAGCACAAA ACATAGTTCCTGGATTTTGGGTGGTGGATGGAACAATGATCTATGGGGAGGAGATCTGCCAGCTGCTTCTTGGATCGATG ATGTTACTCTTAACAATCCTGTTTGGCTATCAAGAATGGATGGTCACATGGGCTTGGCTAACTCAGTAGCATTGAGATTG GCTGGGATTACAAATTTAACTGATAATCCTAGAGGAGGATCTATAGTGAGGACTTCCAATGGAGAACCTACTGGACTGCT AATTGATTCTGCAATGTCACTTGTGATCTCTCAGATTCCAGAGGATTCAGTGCATGATAGGAGGGAGGCATTGCTTAGAG CAAGCAATCTTGCCCTAACAAGAGGGGTCACAACAGTTGTTGATATGGGAAGATATTATCCTGGGGTTTCAGCAGATCTT TCTTGGGAGGATTTTTCAGACGTTTATCAATGGTCTAGTTCTATGTCAAAGATGAAGATTAGAGTGTGTTTATTTTTTCC AATGGAGACATGGTCACGTTTAGTGGATGTGATTAACAAAATGGGCCATACCTTGAGCGAATGGATTTATTTGGGTGGTG TCAAAGCTTTTGCTGATGGATCTCTGGGTTCCAATAGTGCATTGTTTTATGAGCCATATATTGATGAGCCTGACAATTAT GGTCTTCACGTGACTGAACCTGAAGCTCTTCTCAACATGACGTTGGAGTCAGATTTAAATGGTCTACAGGTTGCTATTCA TGCTATAGGGGACAAAGCAAATGACCTTATCTTGGACATATATGGTTCAGTTGCTTCTACAAATGGAATGAGAGATCGAA GATTCAGGATTGAGCATGCCCAACAGTTGGCATTTGGAACTCCAGACCGATTTGGCAAACAACGGGTTGTTGCTTCCATG CAGCCAGACCAATTATTGGATGATGCTGAATCTGCAAGTAAAAAGCTTGGCAAGGATAGAGCTGAAAAGGAGTCATATTT ATTTCGGTCACTCTTGGATAGCAATGCATTATTGGCATTTGGTTCTGACTGGCCAGTGGTAGACATCAATCCCTTAAGTG GTATTAAGACAGCAATGAGAAGAAGGCCTCCCACTTGGGAAAGTGCATGGATTCCATCAGAGTGCATTTCTTTAGATGAT GCGATAAAGGCTTACACCATTTCTGCTGCTCGTGCAAGCTTCCTTGACAAGGATCTGGGGTCCTTGTCTCCGGGGAAACT GGCAGATTTTGTCATATTATCGATGGATTCATGGAAAGACTTTGCTGAGGAAGCATCTGCATCTGTTGAAGAAACATATG TTTCTGGTGTGAGAGCATATCCTCGAAGTTGA 

Protein sequence (LotjaGi3g1v0318200.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MTQVKLSGVNKKEEFVRRIEVAVQSTKHSSWILGGGWNNDLWGGDLPAASWIDDVTLNNPVWLSRMDGHMGLANSVALRL AGITNLTDNPRGGSIVRTSNGEPTGLLIDSAMSLVISQIPEDSVHDRREALLRASNLALTRGVTTVVDMGRYYPGVSADL SWEDFSDVYQWSSSMSKMKIRVCLFFPMETWSRLVDVINKMGHTLSEWIYLGGVKAFADGSLGSNSALFYEPYIDEPDNY GLHVTEPEALLNMTLESDLNGLQVAIHAIGDKANDLILDIYGSVASTNGMRDRRFRIEHAQQLAFGTPDRFGKQRVVASM QPDQLLDDAESASKKLGKDRAEKESYLFRSLLDSNALLAFGSDWPVVDINPLSGIKTAMRRRPPTWESAWIPSECISLDD AIKAYTISAARASFLDKDLGSLSPGKLADFVILSMDSWKDFAEEASASVEETYVSGVRAYPRS 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
CDD 1 432 432 7.69911E-152
PANTHER 2 462 461 2.7E-170
PANTHER 2 462 461 2.7E-170
Gene3D 2 420 419 2.7E-107
Gene3D 4 120 117 2.7E-107
Pfam 4 460 457 8.8E-68
SUPERFAMILY 28 421 394 2.27E-26
Gene3D 421 436 16 2.7E-107

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
Molecular function Hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds Catalysis of the hydrolysis of any carbon-nitrogen bond, C-N, with the exception of peptide bonds.

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi3g1v0318200.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…