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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi3g1v0319100 |
| Transcript ID | LotjaGi3g1v0319100.1 |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | DNA-directed RNA polymerase subunit; TAIR: AT2G40030.1 nuclear RNA polymerase D1B; Swiss-Prot: sp|Q5D869|NRPE1_ARATH DNA-directed RNA polymerase V subunit 1; TrEMBL-Plants: tr|K7M0Q7|K7M0Q7_SOYBN DNA-directed RNA polymerase subunit; Found in the gene: LotjaGi3g1v0319100 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr3:67698559..67723889) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
TAGAAACCAAGAGTCAATGGGGACAAAAGCATAATTGCTGAACCAAAACCCCGCTCCTGAAAGCCAGGACTGCAAAATCT GCAAAAAGTACAAAACGCAAAAACAAATTTCCCCCAATTTTAATTCATTGAAATTACAAAAATTCACACAAAAATTGAAA TTGAAATTGAAATACAACAAAACCCATTTGACTCACTCACTCACACACTCTCTCTCAGTCACTCTCATTTCCCTTCTTCT ACTTCTCTCTGCAAAACCCTCAAGCTCTCTCTCTCAGCAGCTGCAGAATCGAACGCTCTCGACTCGGTACTTCGATTTTC CTTCTTCCATGCTTCTGCATTTTCGTTTCATGCAAAATCGGTTCGATCTATGTCGCGTTTCGGTTCCGATTCTTGCATTT CGCATTTCGCATTTCGCTTTCTCATTTCTCTGTTTTTGTTTGGGTTTAGGGTTTTTCGTTCAGCCAGCTCTGTGAGACGC TCAGAGTACGCACACCACACATTCTCGCTTCTCAGAAGCGAGAAAAACAGGTCGAAATCGAAATATTTTATGCTCATTTT GTATTTTGTGTTTGTTTTCCTGGATTTTTTTTGTTTGACTAGCTGTGTTTCCTTCGGAGATCATCATCATTTTGGGGGAA ATTTTCAATGCATTACTCATTTCCTTTCTTTTTAGGGCTTTTGTTTTCTTAAATACCTTATTCACACTCCTTTGCTTTTG ATTTTATTTTATTTTTTAAAATTTTCGGAATGCGTCTAGCTTCGTTGAAATGGAAGCGTAGGCGAGTGAGCTTTTGTTTT GGTGAAAAGGGATTCGAAGTGTCGGGGGAGCTGTGTCTTTTTAGATGGTTGGGTCAGATGATGGTTATCTTGCATGTTAT GTATTTTTGGGTCTGTTGGGGTGTTACTTAGTAGATGAGTTCTTAGGTTACTTTGTGTTCTCTAGAGAAGTTGATTAGTG 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AGAATATTTGTAAATCGTCATTGAATTATTTTTTCTATCATTTAGAATCATTGAGTCTTTTAAAATTTGAGTTTTAAATA TATATTTTATTTGCTCTTATTAATAAATTATTTTAACATATTTGAATTTAATTTTTATAGATCTGTACCTGTAACGGACG GGATATTAACAAGTTTTTGAGGTTGTTTTATTAATATAGAGTTTATGTATTGAAGGTGAAAGCAAGAAAATTATACTTTG AATGAATGTGATTTACTTGATACTTCGGTGTGATAGTGATTCTCTTTGCTCTTATTTCTTCTATTGATTGGGTCAAGTAT TATTATTACTAGTGGAATCCACTCAATCCAGTACTGTCAATACCAACTAGTAACAATAAGACTCCTAAGATATTTATCCT CAAGTTAAATCTGAGTAAGCTTGCGAATAACTAATCAAGAGAAAGAAACATAGAACTCTAAAATCTAATATGTGTCAACT CGTCCAAATAGACAACTTAGGGAATTCTTTCTGAATTATATAATCTTGCCAGCGTCCTTTGGATTCCTCATTCAAATAGA ACTCTTTGACCATTCTCCTCTAGTTTTTAAATTGCCTTTGGACAATACATCCATTGTCAGAAACTCCACTGCCCTTCACA GAAAGCACAAATAGGTTGTTGTACTGGTCCTGTACTCAAATGCATGAGCCCATGGGTGTCACTTTGGCACACCCATGCAT TTCGATTCAGTTTGAAATTTTTACTTTCATTTATCCTTTTAGAATGTAATTTGCTTCCAACTTTTCTTTTCAATATTTTT TAGCAATTTATTAGTTTGTTGTTCTTTCATATGCTTTAGTGCATTCATAATCATCCATGCATACATTACATATATTCTTT TTAATAACCTTTCTATTTTCTCTCCTAAATATATAGGGGACCCCCGTATTAACTCTGCAAATATAATCTGGGTTAATCCT 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AGAGAATTAAATTCTCCCCAAGGGTTTCTCTTCACAAAGGATTTCTCGTTTCACTCTCAAACTATCAATTATACAGAATG ATTCCATTCCTAACTTGATTTCCCCCTATTTATCTACCAATCCCATTCCCTCCCATTCCCCTTCTATCTAACTAGCATAA CTAAAGGACTAACTAATTAACAAAACAGCTGGCCTTACCTAGTGATCGGAAAAGGCCCATAAAATCACGGACCCAGCTTC ACATTTCTTCCTTTGGCCAAAGTCTTACTCTCAAGCCTATACGTCTGTGTTTTGAGAAATACCCAATCACCAACCTAGTG ATGCACCTCCTGTGTGTCAAGCTGTGTCTTCGTTGTGTTTGTGCCAACAGTAACTTAGTCCATATCACATCCAGAATAAC ATCCCTCACTTCCATCATTTGATTAATCTTCTGCACTGCTGATGGAAATGTCCTAAATAGAGTAAATAAAGGGTAAATAT ATATATATATATATTTGTATATTACATCTTTATTATCTTAATCAGGATTGATAGATTCTTTCATTCTTTCCTTATTTTAG GTGATTGTTATCCCAAAACTTGTGGGACTACTCTTGTATATATATACTGTACATTGTTCATAGAATAATCAGCCAGAATA TTTCATTCATTCAAGTGGTACATCGGGCCTTAGAATATAATGAATTGATCTCTGCCATGAAGTGCCTTAAAAGGGGTAAA CATTGTACATCTATTGTGTTTTATAGTAAACCAGCATTGTGCCCAATTCTACCCGTCTTCATTCTTTGTTTAGGAATGTT GCTAAGTTGTATCTGCTGAGAGATTGTGATTTTTGGATGGCAGATGGCTTGTTTCATGCATTAAACCCCCCCCCCCCCCA ATGCTTACTTGCTTGTTTTCTTGTCTGTAATCTGTCTCTTTTGGTAGTCTTTTCATCCTCCTTAGTTTTCTTTAGTGTTG 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TGTGATGAAAGATGATTCCCAGATGACCAACGCTTGGGATGGAAACGTGGAACAGACCAAAACAATTTCAAATGATTGGA CTGCTTGGGGGAAAAATAAATCGGAAATACAGGATAATGTGGCTGAAAAGGCCGAAGGGGAGTGTGGGAGCTCTGAAATG TGGAAAACTGCTGTTATCCAAGAAGGCTCTTCCAAGTCCAATGCTTGGAAGTCAAACATAGAGCAACGTAGTGATGAGGA TTCTTGGAGCTCTCAGAAACTGAAAGCTGATGTTATCCAGGACTCTTCCAAGCCAAGCTCTTGGGGAGCTAAACCCAAGT CGAATGACTCCTCCAATTGGGGAAGAAATAAAGATGAAATACAGGATGTTGTGTCTAGAAGAGCCGAAGATGATTCTTGG AGCTCTAAGAAACAGCTTGGTTCTGATGCTACCCAAGAAGACTCTTCCAAGTTCAGCTTTTGGGGAGGTAACAAAGATAC AACAAAGCCGAAGTCAAATGATTGGTCCAGCTGGGGTGGAAATAGAGATGGAATACAGGATGGTGGGTCTAAAAGAGCCC AAGATGATTCTTGGAGCTCTCAAAAAGATGTTACCAGAGAAAGCTCTTCTAAGGTTGATGCATGGGGTGCAAATAATGAG GCATCAAACCCCAAGTCAAATGATTGGTCAGCCTGGGGGAAAAATAAAGATGGAACACAAGATGGTGGTTCAGAGAGAGC CCAAGATGATTCATCAAGCTTGGGTAAGTGGAAAGCTGAATCACAAGTTGAAGCTGATACGGTGCAAGAAGACTCTTCTA AATCCAAAGCCTGGGAACGTAATTCTGACAATGTGAAGGTTGGCAATAGCTCTTGGGGAAAACCCAAATTTCCAGAAACT CAAGCTTGGGATCCCCAGAAAGAGACAAATCAAGGTGCAGGTTCACGTGGGTGGGACTCACAAATTGCTTCTGCTAATTC 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CDS sequence (LotjaGi3g1v0319100.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGAGGAGAATCCAACTTTGAGCTTTTTAGATGGGAACGTTGTGGGGATCCAATTTGGTATGGCTACTCGGCAGGAAAT TTGTACAGCATCGATAAGTGACTCCTCAATTAGTCATGCTAGTCAGCTTTCAAATCCATTCCTTGGGCTACCCCTTGAAT ATGGCAGATGTGAATCTTGTGGTACTTCTGAAGCAGGAAAATGTGAAGGTCACTTTGGATATATTGAGCTTCCAGTTCCA ATATATCATCCTAGTCATGTTAGTGAATTAAAGAAAATGCTGAGCCTGGTCTGCTTAAACTGTTTAAAGATGAAGAAAAC CAAGTTTCCATCTTCAAGCAGTGGTTTGGCACAGAGGTTATTGTCTCCCTGCTGTCAGGAGCCTAATGCTGCACAAGTTT CTATACGGGAAGTCAAAACAGGTGATGGAGCTTGCTACTTAGTACTTAAAGTGTCTAAGTCAAAGATGCAGGATGGTTTT TGGAGGTTTTTGGACAAATATGGCTATCGTTATGAGGTTGATCATACTCGAGCTTTGCTTCCTTGTGAGGTGATGGAAAT GATCAAGAGATTTCCTCTAGAAACCAAGAAAAAACTAGCTGGAAAAGGATATTTTCCTCAAGATGGATATGTAATAAAGT ATCTTCCTGTACCACCAAATTGCTTGTCTGTGCCTGTTGTTTCCGATGGCGTCAGTGTCATGTCTTCGGATCCTTCCATG ACATTTCTGAGAAAATTGCTCAGGAAGGTTGAAGTCATCAGAAGTTCAAGATCTGGTGAACCAAACTTTGAGTCTCATCA AGTGGAAGCAAATGACTTGCAGTCTGTGGTTGATCAGTATCTTCAAATTAGGGGCTGTGCTAAACCTGCCCGTGATATAG AAACACACTTCGGTGTCAATAAAGAGCTGAGTGATGCATCAAACAAAGCATGGCTTGATAAAATGAAAAGTCTATTTATA AGTAAGGGTTCAGGTTTTTCTTCAAGGAGTGTGATAACTGGAGATGGGTACAAGAGGATAAATGAAGTAGGAATTCCGCA TGAAATTGCTCAGAGGATAACGTTTGAAGAGAGAGTAAATTCCCATAATATGTGTTATTTACAGAAGTTGGTTGATGAAA ATTTGTGTCTGGCCTACAAGGAAGGTGTGTCAACTTACTCACTGAGGGAGGGCTCAAAGGGGCACACATATCTTAAGCCT GGTCAGATAGTTCATAGAAGGATAATGGATGGGGATATCGTCTTCATTAACAGACCACCTACAACTCACAAACACTCATT ACAAGCACTTGTAGTCTACATACATGATGACCACACAGTGAAGATAAATCCTTTAATTTGTGGACCCCTTGGAGCTGATT TTGATGGTGACTGTGTCCATCTATTTTATCCACAGTCACTTGCTGCTAAGGCTGAAGTAGTGGAGCTATTCTCGGTGGAG AAACAGCTCCTCAGCTCTCACAGTGGTAATCTGAACCTACAATTATCCTCGGATTCCTTATTGTCACTGAAGATGTTAGT GAAGAAAGGTTTTATGGATAGAGCAGCAGCTAATCAATTGGCAATGTTTCTTTCCTTGCCTTTGCCACAGCCTGCTTTGC TGAAGGCCGGTTCTGGTGATTGTTATTGGACATCAACCCAAATTTTGCAGTGTGCTTTGCCTTTATCTTTTGATTGTACT GGGGGACGTTACTTGATTAGGGAGAGTGATATCTTAGGATTTGATTTGGGTAGGGATGTTCTTCCTGCAGTTATAAATGA AATAGCAGCGTCAGTGTTCTTTGGGAAGGGTCCTCAAGAGGCATTGAATTTCTTTGATGTGTTACAACCGTTTTTGATGG AATGCATATTCAGTAATGGATTTAGCGTTGGCTTACATGACTTTTCAATATCTGGGGCCGTGAAAAGGATTACAGACAGA AACATAGGGAAAGTTTCCCCACTGTTGTATCAGTTGAGGTTTATATACAATGAGTTGGTGGCACAGCAATTAGAGAAGCA CATGCAAGACATTGAACTTCCTGCTATAAAATTTGCTTCAAAATCATCCCGACTTGGGGATATGATTGATTCCAAAAGTA AATCAGCTCTTGATAAGGTGACACAACAGATAGGGTTCCTTGGGCAGCAACTCTTTGTGCGAGGGCGACTGTATTCCAAG GGGTTGTTGGAGGATGTTGCGTCACATTTTAAATTAAAATGTGACTATGATGGAGATGGTTATCCCTCAGCTGAATATGG ATTACTCAGAGGTTGTTTTTTCCATGGTTTGGACCCATTTGAAGAGTTAGTACATTCAATTTCCACAAGAGAGATAATGG TTCGCTCTTCAAGAGGATTGTCTGAGCCTGGAACTTTATTTAAAAACTTGATGGCCATCCTTCGGGATGTTGTAGTTTGT TATGATGGAACTGTGCGAAATGTATGTAGTAATTCCATCATTCAGTTCGAGTATGGGTTAAAAGCCGGAGACAATGCTAG CTACTTATTCCCTGCTGGTGAGCCTGTAGGTGTCTTAGCTGCAACTGCAATGTCAAATCCTGCATATAAGGCAGTTCTTG ATGCTAGTCCTAGCAGCAATTGTTCTTGGGAACTTATGAAGGAAATACTACTCTGCAAGGTCCACTTTCGAAATGAACCA ATTGATCGCCGAGTAATTTTATACTTGAATGACTGTGATTGTGGAAGGAGTTATTGCCGGGAAAATGCAGCGTATGCGGT TAAAAATCAATTGAGAAAAGTCAGCCTTAAGGACACAGCTGTAGATTTCATTGTTGAATACCAACAACAGCGGAAACGTA AAGGTTCTGAAATTGATGCTGGCCTTGTTGGTCATATTCATTTGGATGAGGTGAAGTTGGAGGAACTTAAGATCAATATG 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AAGTGGAAAGCTGAATCACAAGTTGAAGCTGATACGGTGCAAGAAGACTCTTCTAAATCCAAAGCCTGGGAACGTAATTC TGACAATGTGAAGGTTGGCAATAGCTCTTGGGGAAAACCCAAATTTCCAGAAACTCAAGCTTGGGATCCCCAGAAAGAGA CAAATCAAGGTGCAGGTTCACGTGGGTGGGACTCACAAATTGCTTCTGCTAATTCTGACAGTGATAGAAATTTTCAATGG GGAAAGCAAGGAAGAGAATCATTTAAGAAAAGTCAAGGTTGGGGATCAAATGCTGGTGACATGAAAAATAAGAATCGTCC TGGCAGAGCACCTGGACCAAGGTTGGATATGTATTCATCTGAGGAACAGGATATTCTCAAGGATATTGAACCTATTGTCC AGTCCATCAGACGAATAATGCAACAAGAAGGGTACAATGATGGGGATCCGCTGGGTGCTGATGACCAACGGTTTATCCTG GAGAATGTCTTTGAACACCATCCAGAGAAAGAAACCAAAATGGGCGCTGGCATTGATTTTGTCATGGTAAGCAGGCACAC CAATTTTCAGGATAGCAGATGCCTGTATGTGGTTTTAAAGGATGGGCGAAGGGAAGACTTCTCGTACCGAAAGTGCCTGG ATAGCTGGATAAGGAAAAAATATCCTGAGATTGCTGAATCATTCTTAGGCAAATATTTCCGGAAGCCCCGTCCTAGGGAC CAGACCCCAAATCAAACGCAGGATCAGACCTCAACTCCAGTGGGGGATCAGCCTCAAACTCCGGTGCCTGCAGAAACCAA TGAGTAG
Protein sequence (LotjaGi3g1v0319100.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MEENPTLSFLDGNVVGIQFGMATRQEICTASISDSSISHASQLSNPFLGLPLEYGRCESCGTSEAGKCEGHFGYIELPVP IYHPSHVSELKKMLSLVCLNCLKMKKTKFPSSSSGLAQRLLSPCCQEPNAAQVSIREVKTGDGACYLVLKVSKSKMQDGF WRFLDKYGYRYEVDHTRALLPCEVMEMIKRFPLETKKKLAGKGYFPQDGYVIKYLPVPPNCLSVPVVSDGVSVMSSDPSM TFLRKLLRKVEVIRSSRSGEPNFESHQVEANDLQSVVDQYLQIRGCAKPARDIETHFGVNKELSDASNKAWLDKMKSLFI SKGSGFSSRSVITGDGYKRINEVGIPHEIAQRITFEERVNSHNMCYLQKLVDENLCLAYKEGVSTYSLREGSKGHTYLKP GQIVHRRIMDGDIVFINRPPTTHKHSLQALVVYIHDDHTVKINPLICGPLGADFDGDCVHLFYPQSLAAKAEVVELFSVE KQLLSSHSGNLNLQLSSDSLLSLKMLVKKGFMDRAAANQLAMFLSLPLPQPALLKAGSGDCYWTSTQILQCALPLSFDCT GGRYLIRESDILGFDLGRDVLPAVINEIAASVFFGKGPQEALNFFDVLQPFLMECIFSNGFSVGLHDFSISGAVKRITDR NIGKVSPLLYQLRFIYNELVAQQLEKHMQDIELPAIKFASKSSRLGDMIDSKSKSALDKVTQQIGFLGQQLFVRGRLYSK GLLEDVASHFKLKCDYDGDGYPSAEYGLLRGCFFHGLDPFEELVHSISTREIMVRSSRGLSEPGTLFKNLMAILRDVVVC YDGTVRNVCSNSIIQFEYGLKAGDNASYLFPAGEPVGVLAATAMSNPAYKAVLDASPSSNCSWELMKEILLCKVHFRNEP IDRRVILYLNDCDCGRSYCRENAAYAVKNQLRKVSLKDTAVDFIVEYQQQRKRKGSEIDAGLVGHIHLDEVKLEELKINM AEVFQRCQEKLDSFNRKRKFNQIFKRTELFFSESCVSPNFSAPCLTFIWPAGDGNDLHETTKILADTICPALLDTIIQGD PRINSANIIWVNPDTNTWVRNPSKSSNGELALDIILEKESIKQNGDAWRIVLDSCLPVLHLIDTRRSIPYAIKQIQELLG ISCTFDQAIQRLAASVKMVAKGVLREHLILLASSMTCGGNLVGFNTGGYKALARQLNIQVPFTDATLFTPKRCFERAAEK CHTDSLSSIVASCSWGKPVAVGTGSKFDVLWDAKEIKSNDLDGMDVYNFLHMVKSLTNGEEENNACLGEDIDDLLEEENA DYSLSPQHTSGVDAVFEETFEAMNGPESNGWGSTTDRTETKSTQWSAWESNKAETKDGGSQRVHEDSWTSRDVMKDDSQM TNAWDGNVEQTKTISNDWTAWGKNKSEIQDNVAEKAEGECGSSEMWKTAVIQEGSSKSNAWKSNIEQRSDEDSWSSQKLK ADVIQDSSKPSSWGAKPKSNDSSNWGRNKDEIQDVVSRRAEDDSWSSKKQLGSDATQEDSSKFSFWGGNKDTTKPKSNDW SSWGGNRDGIQDGGSKRAQDDSWSSQKDVTRESSSKVDAWGANNEASNPKSNDWSAWGKNKDGTQDGGSERAQDDSSSLG KWKAESQVEADTVQEDSSKSKAWERNSDNVKVGNSSWGKPKFPETQAWDPQKETNQGAGSRGWDSQIASANSDSDRNFQW GKQGRESFKKSQGWGSNAGDMKNKNRPGRAPGPRLDMYSSEEQDILKDIEPIVQSIRRIMQQEGYNDGDPLGADDQRFIL ENVFEHHPEKETKMGAGIDFVMVSRHTNFQDSRCLYVVLKDGRREDFSYRKCLDSWIRKKYPEIAESFLGKYFRKPRPRD QTPNQTQDQTSTPVGDQPQTPVPAETNE
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 2 | 1385 | 1384 | 0.0 | – | |
| PANTHER | 2 | 1385 | 1384 | 0.0 | – | |
| Gene3D | 11 | 113 | 103 | 9.1E-8 | – | |
| SUPERFAMILY | 13 | 1234 | 1222 | 5.72E-165 | – | |
| Pfam | 38 | 281 | 244 | 1.6E-11 | ||
| SMART | 208 | 507 | 300 | 8.4E-52 | ||
| Pfam | 325 | 478 | 154 | 5.2E-33 | ||
| Gene3D | 326 | 473 | 148 | 2.2E-40 | – | |
| Gene3D | 353 | 408 | 56 | 2.2E-40 | – | |
| Pfam | 482 | 627 | 146 | 3.4E-7 | ||
| Pfam | 756 | 1171 | 416 | 3.6E-9 | ||
| MobiDBLite | 1303 | 1348 | 46 | - | – | |
| MobiDBLite | 1306 | 1334 | 29 | - | – | |
| MobiDBLite | 1414 | 1716 | 303 | - | – | |
| MobiDBLite | 1438 | 1462 | 25 | - | – | |
| MobiDBLite | 1463 | 1488 | 26 | - | – | |
| MobiDBLite | 1489 | 1525 | 37 | - | – | |
| MobiDBLite | 1556 | 1579 | 24 | - | – | |
| MobiDBLite | 1608 | 1626 | 19 | - | – | |
| MobiDBLite | 1648 | 1678 | 31 | - | – | |
| MobiDBLite | 1684 | 1699 | 16 | - | – | |
| Gene3D | 1727 | 1819 | 93 | 6.0E-19 | – | |
| Pfam | 1744 | 1813 | 70 | 8.5E-23 | – | |
| MobiDBLite | 1832 | 1868 | 37 | - | – | |
| MobiDBLite | 1839 | 1868 | 30 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | DNA binding | Any molecular function by which a gene product interacts selectively and non-covalently with DNA (deoxyribonucleic acid). | ||
| Molecular function | DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity | Catalysis of the reaction: nucleoside triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1). Utilizes a DNA template, i.e. the catalysis of DNA-template-directed extension of the 3'-end of an RNA strand by one nucleotide at a time. Can initiate a chain 'de novo'. | ||
| Biological process | Transcription, DNA-templated | The cellular synthesis of RNA on a template of DNA. |
Expression pattern of LotjaGi3g1v0319100.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
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