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LotjaGi3g1v0430500.1

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi3g1v0430500
Transcript ID LotjaGi3g1v0430500.1
Related isoforms 2
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description Acetyl-coenzyme A synthetase; TAIR: AT5G35930.4 AMP-dependent synthetase and ligase family protein; Swiss-Prot: sp|F4K1G2|AEE19_ARATH Putative acyl-activating enzyme 19; TrEMBL-Plants: tr|A0A0B2P8T2|A0A0B2P8T2_GLYSO Putative acyl-activating enzyme 19; Found in the gene: LotjaGi3g1v0430500
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr3:84165805..84201156) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

CACCGCCTCAATTATTGCCACCACTACCGGTCTACCGCCATGTAATGTTGATAGAAAATGGTGGTTATTGTGAATTTTCA AAGTTCACAACTAATTTTTAAAACTTAAAACCAGAAACATTAGTGCACTAGTAAAGTATAAATAAAAAAAAGCCTAATGT TCACTTCATTTCAGTCCAATCTTCAGAGGTCCATCCTTCAACTCCAACAACAAACAGAGCAACCATAGCTCGGAAGTAAC AGATGAACGACAACGACGATGAACACTGCGAAGAAGGGCTTAGAAAGTCACAGTTTTGCTGCATTTCACACCAGTTCCTA CAAATAGCCTCCGCAAACCCTAACAAAATCGCAGTGATTCATGCTTCTGGCGTCGCCCAAATTTCCCGCGAAAAATCGAC CACCCCCAACTCCGACGACGACATCACCACGCTCCTTGAACACCGCGTTCATTCCACGTCGCCGCCACTGTACCACGGCG ACCGTTACTTCACATACACTCACGTCTTGGAAGTGGTTCGTTCCCTCAGCCATCGCCTCCGCTCTATCCTGCTTGGTGCG GATGATCCCCACTTGATCAAAACCATACCTCAAGGTTCGTTTCTCAATTCATGATTGAAAGCATTGTTAGTTACTTAATT TTAACTGTAAAGGTTGGAACTTTAATGTTGTTAACTGTAAAGGTTGGAACTTTATTGTGATAGTTTTTCATTTTATGGTT CTTGCTTTTGTAAACAATGTTGAGTTTCATGTGGTCTTAGTTTCTCAAATTTCGAATCTTCATAATAAGCGGTTGTAGGC TGTGTTTGGTTTTCAGTTTGGAAGTCCGTTTGTGGTATTGGAATTTGAGATCACACATTCCAATGCCCCAACCGTGAAAG AGGCTTTAGACCTCCGTTTGGTGAATGCACTTTCAAACTGAAAACCAAACAAACACGTAGTTGTTATTTGATAGCTTGTT 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TGCAGGGTGATATATTTTCGTCGCCATTAATGATTGCTGGCCATATTTTTGTTGGTTGTCGTGATGATTACTTGCACTGT GTTGCCCTTGAAATTCCAAAGCAACATGATAGTTCAAAGCTTGTGTAATTCTAAATGTGTTCTCTGGTAGTGGCAAGTGC CAGTTTGGATAGGTATTTGTGGCACCAAAATCACTTTCAAATACCAGCATACTTATTCTATGCAAAATTAAGTTTGGAAT TGTTTCCAAAATTAATTATGATGGTAAATTCATGTCAGAGCAAAAGCTTTGAAGCATGGGCCTAGGTAGTTCATTTTTGC TGTTTTATCCGGTAGTCAGTTGGATTGTACATACATACAATGTTTCTACAAAAAGTGAATCAAAATGTGTTATTTTTCCG TTTTCATGCTTTGTAACCGTAAACTAGACTCACCATTTTGGACAATGTGGGACTTCCAAGATGTTTCATTGCAATCTACC GTTCTTCCTTTTTTTGGGTCAAGCTCTACAATTCAACCCCAACATGATGATCATGCAATTGTCCTTTAATCAAACATTGA GTTTATTTACCCCAAAAAATAACATTTTGAGTTGAATATAACTTTTGATATCAAAAGCATGATGTCAAGCTTTTGGATTT CCATTCCCTTGTCACAAAGATTCTTCTTTGACTTTTTTCCCACCTAAGGAATTGTTCGATAGGATATGGATTGGATATAA AACATTCCTTTCAAAATATGAACTTTGGGCAAAACGGAAAAGAAGAATGTAACTTTCCTGGCAGCCATTCCC 

CDS sequence (LotjaGi3g1v0430500.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGAACGACAACGACGATGAACACTGCGAAGAAGGGCTTAGAAAGTCACAGTTTTGCTGCATTTCACACCAGTTCCTACA AATAGCCTCCGCAAACCCTAACAAAATCGCAGTGATTCATGCTTCTGGCGTCGCCCAAATTTCCCGCGAAAAATCGACCA CCCCCAACTCCGACGACGACATCACCACGCTCCTTGAACACCGCGTTCATTCCACGTCGCCGCCACTGTACCACGGCGAC CGTTACTTCACATACACTCACGTCTTGGAAGTGGTTCGTTCCCTCAGCCATCGCCTCCGCTCTATCCTGCTTGGTGCGGA TGATCCCCACTTGATCAAAACCATACCTCAAGGTAGCAATGATGTCAGCTGTGAAGAGGGAGCTTTTCAGACGTCCGAGT CCTCGGAAACTGTCGTGCCGGGTGCAGAGCCAATGGCTGACTCAGGTGAAGAGTACAGGCCGAAGATTGTGGGGATTTAT ATGCCTCCTTCTGTTGAGTATGTTGTTGCTTTCCTTTCGGTACTTCGGTGCGGGGAAGCGTTCTTGCCTCTTGATCCGTT TTGGCCGAAAGAAAGGATATTGTCGGTTGCTTCTTCTTCGAACGTTGATCTCATTATAGGGTCGTGGTCTTCGTTTGGTA AAAGTAACTTGGATGATCTTGACGAATCACATTGGCTGGTGAAGTCGGTTAATTGTCCTGTTTTGAACTACTCCATTGAA GAAAACGTTCAAGAATCTGGTTGTTCGTCAAATTTGGCGTGGCCTTGTGCCAGTGAAAAGAAGAGGTCATTCTGTTATTT GATGTACACTTCTGGGTCAACTGGAAAGCCTAAAGGAGTATGCGGCACTGAACGAGGTCTTTCAAATCGATTTTTATGGA TGCAAGGAATGTACCCTTTGACAGGGCGGGAACTATTATTGTTTAAGTCATCAATTAGCTTCATTGACCACCTGCAAGAA TTTCTCAGTGCCATTTTGACTGCTTGTGTACTAGTTATTCCTCCTTTCAGAGAGCTTAGAGAAAATGTGTATTCTATAAT AGACTTTCTGCAGGCTTACAGCTGTTCCATCACTAATGAGGACAATTCTTCCTGGATTGCAAACTCATGCTGGCATGCGG ATTGA 

Protein sequence (LotjaGi3g1v0430500.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MNDNDDEHCEEGLRKSQFCCISHQFLQIASANPNKIAVIHASGVAQISREKSTTPNSDDDITTLLEHRVHSTSPPLYHGD RYFTYTHVLEVVRSLSHRLRSILLGADDPHLIKTIPQGSNDVSCEEGAFQTSESSETVVPGAEPMADSGEEYRPKIVGIY MPPSVEYVVAFLSVLRCGEAFLPLDPFWPKERILSVASSSNVDLIIGSWSSFGKSNLDDLDESHWLVKSVNCPVLNYSIE ENVQESGCSSNLAWPCASEKKRSFCYLMYTSGSTGKPKGVCGTERGLSNRFLWMQGMYPLTGRELLLFKSSISFIDHLQE FLSAILTACVLVIPPFRELRENVYSIIDFLQAYSCSITNEDNSSWIANSCWHAD 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
PANTHER 22 355 334 6.7E-77
PANTHER 22 355 334 6.7E-77
SUPERFAMILY 68 358 291 5.29E-34
Gene3D 135 370 236 8.1E-36
CDD 153 359 207 1.21159E-45
Pfam 156 358 203 1.9E-24
ProSitePatterns 267 278 12 -

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
Molecular function Catalytic activity Catalysis of a biochemical reaction at physiological temperatures. In biologically catalyzed reactions, the reactants are known as substrates, and the catalysts are naturally occurring macromolecular substances known as enzymes. Enzymes possess specific binding sites for substrates, and are usually composed wholly or largely of protein, but RNA that has catalytic activity (ribozyme) is often also regarded as enzymatic.

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi3g1v0430500.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…