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LotjaGi3g1v0526200.1

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi3g1v0526200
Transcript ID LotjaGi3g1v0526200.1
Related isoforms 1
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description Pre-mRNA-processing protein 40C; TAIR: AT3G19840.1 pre-mRNA-processing protein 40C; Swiss-Prot: sp|Q9LT25|PR40C_ARATH Pre-mRNA-processing protein 40C; TrEMBL-Plants: tr|K7LP03|K7LP03_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi3g1v0526200
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr3:94275613..94294472) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

ATGTATACCCATAAATAAATAAATAAAACATAGCACACACAATTTTTTTTATGAACTCAATTAAAATCGAAAATAAAGAA AGAAAAAGGAAGAAATAGAATAGAGAGGTTGGGCAGAAGAGAAGTAAGCCCTAGCCCGCGTTGGTTGGATTTGTAGTAGT AGTTGTGTTGATCTGCTCTGTGCTCACTCCCTCTTTCCATTTCCCTCCCTCGCTTCACTCTTCTTCTCAAACTCCAATTT CACCCTCTTCCTTCTCCCCTCTCTGGTTAAGATCCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTCCAATTTCGCATTCAAAAACCTCG ATTCCTTTTATGCAATTTCACGTTAATTCTCACTCCTTGTTTTCAATGCAGATCAATTTCAATGGCTTCGCCTGCGTGGC TGCCCCAGGAGCCACAGAACCCGCCGTTATCTGCTGAAACACCTCCGCCTGCGTCTTCTTCCGCTCCCGGTATGTCTTGC TGAGCCCTTACGCTTTTCAATCTACTGAGAATTTGTTAATTACTGAATCATCAATTTCAGCAACTGCTCATGCATAATTA GTTAATTCAACTGTATTTTGTAGCGCCGGCCGCACCGTTCCCTTACGGCGCGCATCAAAATGTCAACGTTTCTGGGACTC CTCAGCAGTCTCCGTCCCATTCTGTAAGTGTAGTACCGACTTGTGTAGTTTATGGTGATATGATATTGTACTTCTTTCAT AAACATGAGCTCTTTGTTGATTTTATTTGTTGCGTTTTAATGCAGGTGGTCAAGTCTAATGCGGGGAATGTTCCGGTTCC TGGTCACCCCTCACATGCGGCCCCTTCATTTTCATATAATATTTCCCAAACTGGCGCAGGTTTTCCTAGTAATCAGCATC CACAATCTACCACTGTAAGGCTCGTAGTCTTATTAGTTATACGTTGAACAGAGTGTAGTTTTTGAGATTGAGTAGATTGC 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CCTTTTAGTACATGTAATGAGATTGAAAACTCAAACATCAAAGATTTTCAGAGCATGCCATACACCATGGGATCAACCAT TGCACATTTGTCATGGAAAGCTTGTTTGATCAGGAAAGCTTATTAAGGCCATGGAAAAAGCGGTGCTTTCTCCTTGTTGA GTGGCTCCGAGATTCTTTTGTCATGACATATGGAACAAAGTGCACCTGCATTGGCATAAAGTACCACTAAGCAACACTGT TTTCCCAATACAAAATGCATCACTCAATCACTCCGGAAGACTGAAAATACTAATGAATTCGTAACGGAAAATTTTTGAAG ACGCAAAGAATGCCATTACTAGAACAAAAAATTGACTGACCGAGTACAACAGCTTTCTAAAGATCAGATTTACTTGAACT CAAGCTCTGATTTCACTATAGAAGGTAAGCATACTAAGCAACATAACTCTACTGGAAATGGCATGCACTTTACTTGCTGA GTTATTTATATGCAACCATTAAGCAAACCATTAACATGTTAGCAAACCATTTAACTTTCCACAGTAAAAAAAAAATATCA AAGCTTTTCCTAAGATTAGTTTGAGGCTTTGAGCATAAACATGAGAATGAGTATACTACTACTAACTAAATGCCCAAAAT TCAACATTGCAAAAGGAGAATGTAGCAGGAAAAGTTAGTAAAGAAGAGTTACAAAATCCATTAAAACTTAGTTTGGTGTT TGGAGTGATTGACAGAATTGAACTGAATCTGATGGAATGTACTCTATATCAATATACCCAAAGCTTCTTTTTCTTTTCCA CCAATTTGAGAGTATGGCATGGATATGTGTGTATGTTTGCTTCTTTTTCCCAATCTATCAATCAAATTACCCAATAATGA AGATGAGAGAACAAACCTGAGAGTTGTTCCTTACACCAAAATTCTGCAGTGCATCATCATCATTTAGAAGCTTGTGATTA TTGTATGACAAGCAACATTTTGCCCACACTCCCCTCCTGCAGTTACATCAATTTTTGCAACACAGAGTTCCACAAAATCA GATTCAGAGATGAACTATTGCAGCCAAATCAAACATCAAAAACGGAGAAATTGGAACTGACCAAGAAATCTGACGATGAC CCATGTTGGATTGTTCCATGTCATTCACCTTTTTCTTGATGGCAAGCTTCAAATCCTTGACTGTGGCCGAATTCATCACT GTAACATCTTTACCAACAACAACAACAAAAACCAGTGAGTGAGTGAGGAATTGAATTTGCAATTTGCAGAACAATTTGGA AGCGAGTGAGTGATGAAGTTGCTTACCGAAAGAAGTTGCATCCAATTTGATGATAGAAATGCGCATGGCACTGCCCAATT CAAGACCGATGAGAGTGTCAACATCGTACAATGTTGGGTTTTTGGGAACATCAGAGAGTATTGGATCATCTAGCAATGCT TTTAGCATTGACTGTACCCTAGCCTTCTTGTCCCTTCTCTCCTCGTATTCTCCCATCTCATGTATTGTTCTTCTAATTTT TTAGATTTAAACCCTCCTCTTTCTTAACTATGAAATTCTCACTAAATTTCTCAATTTTGG 

CDS sequence (LotjaGi3g1v0526200.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGGCTTCGCCTGCGTGGCTGCCCCAGGAGCCACAGAACCCGCCGTTATCTGCTGAAACACCTCCGCCTGCGTCTTCTTC CGCTCCCGCGCCGGCCGCACCGTTCCCTTACGGCGCGCATCAAAATGTCAACGTTTCTGGGACTCCTCAGCAGTCTCCGT CCCATTCTGTGGTCAAGTCTAATGCGGGGAATGTTCCGGTTCCTGGTCACCCCTCACATGCGGCCCCTTCATTTTCATAT AATATTTCCCAAACTGGCGCAGGTTTTCCTAGTAATCAGCATCCACAATCTACCACTAACATACCGGATTCTGTTGCACT GGATGCTAGTAAAATTTCATCTGCATCAAGTATCCGACATCCTGCCCCTGCTCATACTTTTATACCCACAATGCCGCTAC CCTCTGAACCCCCTAACTATCGGCCAGCTACATCATGGATGCCAACTCCCCCAACTTTTCCTATGCATCATGTGATGGCT GGAGCTCCTGGGAATCCTGGCCCCCCTGGATTGGCATCAGCAACAATAATATCTTCTAATGCATCTATACCATCCACAAG CACAGATTCTTCCTCAGCTACAGTACTAAGACCAAATATGCCAGCTGCAGCCATTGCCTCAGATCCCACTGCCCCACCGA AAGGCTTACCCTATCAATCCATACCTTCCATGGTTGCTCCCCCTCAGGGATTTTGGTTACAGCCTCCACAGATGAGTGCA GTAAGGCCACCATTTTTTCAATATCCTGCCTCTTTTCCTGGCCCCTTTCCATTCCAAGCACGTGGTATTACTCCCTCTGC TGTTTCAGTACCTGATTCTTATCCTCCTGGTGTTACTCCTGCGGGTGCTGCCGGTAGCACTCCCGCCTCTTCTGCTTCCA ATCATCAACCAGTGGGAACAGCTGGTTTGCAACCAGATGACAAGAGGAATGTCACGAAGAATGAGGATGCTGCTAATGAT CAATTAGATGCCTGGACTGCTCATAAGACTGAAGCAGGAGTTGTATACTATTATAATGCCTTGACAGGAGAATCAACGTA TGATAAACCTGCTGGCTTTAAAGGGGAGCCTCACCAAGTTTCTGTGCAGCCAACTCCAGCTTCAATGGTAGATTTGCCTG GTACTGATTGGATGTTGATTTCTACGAGCGATGGTAAAAAATATTACTACAACAATCAAACCAAGACAAGCTGCTGGCAA ATCCCAAATGAGGTGGCTGAATTGAAGAAGAAGCAAGATGGTGATGTTACAAAAGATCATTTAATGTCAGTTCCAAATAC TAATGTATTGTCTGATAGAGGGTCTGGAATGGTTACTCTGAATGCTCCTGCTATTAATACTGGTGGTCGTGATGCTGCAG CTCTTAAACCCTCTAGTGTACAGAGTTCACCATCGGCATTGGATTTGATCAAGAAGAAGCTGCAGGACTCAGGAGCACCT GTTGCTTCCTCTTCTATTCCTGTGCCATCTGTGCAAACAGGATCTGAAACGAATGGTTCAAAAGCAACTGAAACAACAGC TAAGGGCCTGCAGAATGATAACAACAAGGATAAACAAAAAGATGCTAATGGTGATGCTAACGTCTCTGATACATCCTCGG ATTCTGAAGATGAAGATAGTGGACCTTCAAAAGAGGAGTGCATAATTCAATTTAAGGAGATGCTTAAGGAGCGTGGAGTG GCACCATTCTCAAAGTGGGAGAAAGAACTGCCAAAGATAGTATTTGATCCGCGTTTTAAGGCTATTCCAAGTTATTCTGC CAGGAGATCCTTGTTTGAGCATTATGTTAAAACTCGTGCTGAAGAAGAACGCAAAGAAAAACGTGCCGCACTGAGGGCTG CAATTGAGGGATTTAAGCAGTTACTGGATGAAGCTTCAGAGGATATTAATCAAAGTACTGATTATCAAACTTTTCGTAAG AAATGGGGAAACGATCCACGGTTTGAGGTATTGGACCGCAAGGAACGGGAGCACCTATTGAATGAAAGGGTGCTTCCTTT GAAGAAAGCTGCTGATGAAAAAGCTCGAGCAATACGTGCAGCTGCTTCTGCCAGTTTTAAGTCAATGCTCAAGGAACAAG GAGATATAACTTCTAACTCTCGTTGGTCCAGGGTTAAAGAAAGTTTAAGGGATGACCCAAGATATAAATCTGTGAGACAT GAGGATAGGGAAGTTATGTTCAATGAGTATATATCTGAATTGAAAGCTGCTGAACATGCGGCAGAACGAGAGATCAAAGC TAAAAGGGAGGAGCAGGATAAGCTGCGGGAGAGAGAACGGGAGACGCGCAAAAGGAAGGAAAGAGAAGAACAGGAAATGG AAAGGGTCCGATTAAAAATTCGAAGGAAGGAGGCTGTTACTTCTTTTCAAGCTTTACTTGTGGAGACAATCAAAGATCCT CTGGCCTCATGGACAGAATCTAAGCCTAAATTAGATAAGGATCCTCAAGGACGTGCAAGTAATTCTGACCTTGATCCAGC TGACACAGAAAAACTCTTTCGGGAACACATTAAGATGCTTCAGGAACGTTGTGCACACGAGTTTAGAGCTCTCTTAGCTG AAGTCTTGACTTCTGAAGCCGCATCTCAAGAAACCGAGGATGGGAAAACACTGCTTAATTCATGGTCTACGGCGAAACGT CGTTTAAAATCTGATCCGAGATATAACAAGGTTCCGAGAAAAGAAAGAGAAGCTTTGTGGCGCCGGTATGCAGAGGATAT GGTGCGGCGTCAAAAGTCGGCTCATGATTCAAGGGAAGAAAAACATACAGATGCAAAAGGTAGAAATCCCCTGGAATCGT CCAAACTTCCACCAGAGTCAGGGAGATCGCATGAAAGAAGATAA 

Protein sequence (LotjaGi3g1v0526200.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MASPAWLPQEPQNPPLSAETPPPASSSAPAPAAPFPYGAHQNVNVSGTPQQSPSHSVVKSNAGNVPVPGHPSHAAPSFSY NISQTGAGFPSNQHPQSTTNIPDSVALDASKISSASSIRHPAPAHTFIPTMPLPSEPPNYRPATSWMPTPPTFPMHHVMA GAPGNPGPPGLASATIISSNASIPSTSTDSSSATVLRPNMPAAAIASDPTAPPKGLPYQSIPSMVAPPQGFWLQPPQMSA VRPPFFQYPASFPGPFPFQARGITPSAVSVPDSYPPGVTPAGAAGSTPASSASNHQPVGTAGLQPDDKRNVTKNEDAAND QLDAWTAHKTEAGVVYYYNALTGESTYDKPAGFKGEPHQVSVQPTPASMVDLPGTDWMLISTSDGKKYYYNNQTKTSCWQ IPNEVAELKKKQDGDVTKDHLMSVPNTNVLSDRGSGMVTLNAPAINTGGRDAAALKPSSVQSSPSALDLIKKKLQDSGAP VASSSIPVPSVQTGSETNGSKATETTAKGLQNDNNKDKQKDANGDANVSDTSSDSEDEDSGPSKEECIIQFKEMLKERGV APFSKWEKELPKIVFDPRFKAIPSYSARRSLFEHYVKTRAEEERKEKRAALRAAIEGFKQLLDEASEDINQSTDYQTFRK KWGNDPRFEVLDRKEREHLLNERVLPLKKAADEKARAIRAAASASFKSMLKEQGDITSNSRWSRVKESLRDDPRYKSVRH EDREVMFNEYISELKAAEHAAEREIKAKREEQDKLRERERETRKRKEREEQEMERVRLKIRRKEAVTSFQALLVETIKDP LASWTESKPKLDKDPQGRASNSDLDPADTEKLFREHIKMLQERCAHEFRALLAEVLTSEAASQETEDGKTLLNSWSTAKR RLKSDPRYNKVPRKEREALWRRYAEDMVRRQKSAHDSREEKHTDAKGRNPLESSKLPPESGRSHERR 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
MobiDBLite 1 97 97 -
MobiDBLite 8 30 23 -
MobiDBLite 41 61 21 -
PANTHER 46 890 845 5.3E-275
PANTHER 46 890 845 5.3E-275
MobiDBLite 76 97 22 -
MobiDBLite 278 311 34 -
MobiDBLite 284 300 17 -
Gene3D 319 361 43 6.9E-13
ProSiteProfiles 319 352 34 9.537
SMART 320 352 33 3.6E-7
Pfam 324 350 27 9.7E-8
SUPERFAMILY 324 354 31 1.19E-7
ProSitePatterns 325 350 26 -
CDD 325 350 26 6.08415E-7
Gene3D 362 418 57 7.9E-11
SMART 372 404 33 0.0012
SUPERFAMILY 376 408 33 2.07E-8
ProSitePatterns 377 402 26 -
ProSiteProfiles 377 404 28 11.704
CDD 382 404 23 9.76122E-6
MobiDBLite 478 544 67 -
MobiDBLite 478 510 33 -
SUPERFAMILY 539 604 66 5.36E-16
Gene3D 542 610 69 7.7E-21
ProSiteProfiles 544 598 55 11.29
SMART 544 598 55 1.9E-9
Pfam 550 595 46 6.9E-12
SUPERFAMILY 603 672 70 2.49E-10
ProSiteProfiles 608 666 59 9.442
Coils 608 628 21 -
Gene3D 611 667 57 3.8E-14
SMART 611 666 56 0.1
Pfam 614 662 49 5.4E-7
Gene3D 668 744 77 2.3E-17
SUPERFAMILY 677 737 61 2.22E-13
ProSiteProfiles 679 733 55 10.547
SMART 679 733 55 3.3E-11
Pfam 682 730 49 4.7E-14
Coils 731 786 56 -
MobiDBLite 745 770 26 -
SUPERFAMILY 775 844 70 1.83E-8
Gene3D 779 839 61 3.6E-18
ProSiteProfiles 782 839 58 8.298
SMART 782 839 58 0.11
MobiDBLite 805 827 23 -
SUPERFAMILY 834 912 79 5.63E-9
Gene3D 840 906 67 4.3E-17
ProSiteProfiles 841 906 66 8.455
SMART 841 906 66 46.0
Pfam 847 903 57 3.4E-5
MobiDBLite 859 879 21 -
MobiDBLite 859 947 89 -
MobiDBLite 880 929 50 -

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
Molecular function Protein binding Interacting selectively and non-covalently with any protein or protein complex (a complex of two or more proteins that may include other nonprotein molecules).

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi3g1v0526200.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…