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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi3g1v0547000 |
| Transcript ID | LotjaGi3g1v0547000.1 |
| Related isoforms 2 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | NBS-LRR disease resistance protein; TAIR: AT3G14470.1 NB-ARC domain-containing disease resistance protein; Swiss-Prot: sp|Q7XA40|RGA3_SOLBU Putative disease resistance protein RGA3; TrEMBL-Plants: tr|A0A072TYL3|A0A072TYL3_MEDTR NBS-LRR type disease resistance protein; Found in the gene: LotjaGi3g1v0547000 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr3:96345624..96363247) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
CTTACTGCTTTTGCTTTGTCCCTTGTCATCAAGCACTAGCAATAGTGCCTGTATTAAAGGCAACTTTACAACTCAGCAGC TTCACCTCCTGGGCCCAATGCATCATACTCTCTTCATATGAACGGTTATTTTTTACTATATGTCCATTATTAATTGCTGG GACCCGGAATGTGACAAAAATTCGCCATTAATTGATTAAAGTTATTCAGTCATGTGAACCACTTTAGTAAACTTTGGTCC TTTAATTTCGGATCCCTCAGTTCATATATATCCCTTAGTTCATGATCACCATTCTCAACTTTGATTTTCGATCAAATACT GATTTCTCTTTTGTCTTCTGTGCTGCTCTTAATTTCTTCCCAAGTATGGCTGAGCAAATTCCATATAATGTTGCTGCAAG CCTCATAAACACGTTGGCTTCTGCAGCCTTTCGTGAACTCGGACGGGTTTATGGTGTCATGGATGAGTTGGAAAGTCTTA AGAGGACAGTTGAATCCATCAAAGCTGTGCTCCTTGATGCTGAGGAGAGGCAAGAACGAGAACATGCTGTCCAACTCTGG ATAACAAGGCTCAAAGATGTACTTTATCCTGCTGAAGACGTGCTTGATGGATTTGCCATTGAGGATATGAGGCACAATGT GAACTCAGGTAACAATAACAGAGTGAAAGAGGTATTTCATTCCTTATCTCCTAACCGACTTACTTTTCGTCTGAAAATGG CTCATAAAATTGAAAAATTACAGAAAAAGTTCAATGATGTAGTGCAAGAAATGTCTATATTGACTTTAAACCCAAGAACT CTGGTGGTTGAGCAAACGCACGGTGTGAGTGTGAGTGTGAGAAGAGAGACTGCTTCCTTTGTGTTAGCATCAAATATCGT TGGGAGGGAAGATAGTAAAAGGGTGATTATAAATTTGTTGAGGGAACCAAATGAAAGTCTAAACATTTCCGTGGTTGCAA 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CDS sequence (LotjaGi3g1v0547000.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGTGGGTATGTGTTTCTGATAACTTTGATGTCAAAATGATTGTGAGGAATATGTTGGTGTCATTAACCAAAGAAAAAAT TGATAATAATTTACCATTACAGAAGTTGCAAGATGATCTTCTTGAAAAGTTAAGTGGTAAAAAATACTTGTTAGTCCTTG ATGACACTTGGAATGAGAGTTATCAAAAATGGACTCAATTGAGAAAATACTTGATGTGTGGTGCTCAAGGTAGTAAGGTT TTAGTAACAACTCGTAGTCAAATTGTGGCACAAACAATGGGTGTACAAGTCATTCATGTTTTGAATAGTTTGACTCTAGA AGAATCTTGGGGGCTGTTAAAGAAAATTACATTTGAGGATGATGCCACACAAGTTAGTCAAAGTCTAGAATCAATTGGTG AGAAGATAGCAGAAAAGTGTAGAGGAGTTCCACTAGCTATTAGAACACTGGGAGGCCTACTACAGAGTAAAAGTGAAGAA AGTGAATGGATGAATGTTTTACAAGGTGACTTTTGGAAATTATGTGAAGATGAAGACAGTATAATACCTGTTCTGAAACT GAGTTACCAAAACTTATCGCCTCAAATCAGACAATGTTTTGCTTATTGCTCTTTATATCCTAAGGATTTGGAAATTGAGA AGGATGATTTGATTGAATAG
Protein sequence (LotjaGi3g1v0547000.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MWVCVSDNFDVKMIVRNMLVSLTKEKIDNNLPLQKLQDDLLEKLSGKKYLLVLDDTWNESYQKWTQLRKYLMCGAQGSKV LVTTRSQIVAQTMGVQVIHVLNSLTLEESWGLLKKITFEDDATQVSQSLESIGEKIAEKCRGVPLAIRTLGGLLQSKSEE SEWMNVLQGDFWKLCEDEDSIIPVLKLSYQNLSPQIRQCFAYCSLYPKDLEIEKDDLIE
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Gene3D | 1 | 100 | 100 | 3.5E-19 | – | |
| PANTHER | 1 | 218 | 218 | 3.1E-67 | – | |
| PANTHER | 1 | 218 | 218 | 3.1E-67 | – | |
| Pfam | 1 | 191 | 191 | 8.0E-38 | ||
| SUPERFAMILY | 1 | 203 | 203 | 6.2E-44 | ||
| PRINTS | 43 | 57 | 15 | 7.2E-8 | – | |
| Gene3D | 107 | 173 | 67 | 1.3E-6 | – | |
| PRINTS | 140 | 154 | 15 | 7.2E-8 | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | ADP binding | Interacting selectively and non-covalently with ADP, adenosine 5'-diphosphate. |
Expression pattern of LotjaGi3g1v0547000.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…