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LotjaGi4g1v0030500.1

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi4g1v0030500
Transcript ID LotjaGi4g1v0030500.1
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description WAT1-related protein; TAIR: AT1G25270.1 nodulin MtN21 /EamA-like transporter family protein; Swiss-Prot: sp|Q4PT23|WTR6_ARATH WAT1-related protein At1g25270; TrEMBL-Plants: tr|I3SMA9|I3SMA9_LOTJA WAT1-related protein; Found in the gene: LotjaGi4g1v0030500
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr4:3768509..3786185) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

AAATATAGTTAACCGTGAGTAAGATAACAGTGATGGAGTGATAGCACTTTCTGAAATTCGAACGTAGACCCCCTCCTATA AATACCCATTTGCTTAGCTACAATTTTCACACCTTCATCTTCTCTCTCTATTTCCTTTTCCCCCAAAAGGCCAAAACACC CTTGCAGCTAGCACCATGGTGAACATGAATGGTGTGTGCCATTTAATGCAAGGGCTGAAACCAGCGCTGCTAATGTTGTT TGTGCAGGTTGCTTATGCGGCAGTTAATATCGTCTACAAGCTCGCCATAAACGATGGAATGAGCATGACGGTCGCCACTG CCTACCGCCTCACTTTTGCATCCGCCTTCACTGTCCCTCTTGCTCTTTTCTTTGATAGGTTGATTGCTTAATTTGCACCT ATAAGCACCTTTACTTTCTTTTACACTTACTATTACTACTCTAAAAATGATTTGTAAACACATCAACACAATGTCATGCA TGCAAACACCCTTGGTTTATGACGGTCAGAAACCACCACATATTACATAATATTTGTTTTGTGGCGGTTTTTGACCGCCA CACTTTATGATGTTTGGGTATTTAAATGTGTTGACGAGTCATTACTTTTACTACTCACTAATGCGACTTTGGTTTAGGAT ATTTTACAATTCATCAATTTTTACACGGTTGTCCAAATGAAAAAAAAGTTTATTTTTGACATGGCAAACAATCATTAGAT GCACATAAAAAAAAGTTTTAGACTACAAAAGTGTCACGGACATATAATTGTTATACCGCTTATTGGTGGTTTTTTACCAC CATTAGTGGCGGTTTTTGAACGGCAATTAAATGGCCGCCAAGAATTGTATGCACACTATCACTTTTTACTCTAACAGTAA TCCAAATTCTAATAGCTATAGGATGTAAACATATGAGGAGGAGTGTGAAGCGCTATCCTATCCTATTGTACCATATAAAA 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GTGTCGAGTATCAGAGTAGCACCCAAGAGGATAATCGAAGTAGGAAGATAACAGAATAAAAAAAAAAAGTACACCTCGAG AGAGTGACGACGTATTAACATTACAACGTGGGGACTCTCTCTCCGGCAGAATGCTTGGAGTTGCGCCCCCACATGGTTCA CAGTAACTATTTGGTGCATCGCCGATGATTTTAATGTTGTTAGATATGTGGAGGAGAGGAGAGGAGGGGATTGCGGATTG CCTCTAACTCTTCAGGGGGATGCCAAGATGGAGGAGTTCAACAACTTCATTGATAACATGGAGGTCACAGACATTCCGTT AATTGGCCATAAATTCACTTGGTTCAGGCCCAAAGGTCAATCCATGAGTAGATTGGATAGGTCTCTTACTTCTCAAG 

CDS sequence (LotjaGi4g1v0030500.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGGTGAACATGAATGGTGTGTGCCATTTAATGCAAGGGCTGAAACCAGCGCTGCTAATGTTGTTTGTGCAGGTTGCTTA TGCGGCAGTTAATATCGTCTACAAGCTCGCCATAAACGATGGAATGAGCATGACGGTCGCCACTGCCTACCGCCTCACTT TTGCATCCGCCTTCACTGTCCCTCTTGCTCTTTTCTTTGATAGGAAGAAGAGGCCAAAAATTACTTGGAGGGTGCTTGTT TTGGCATTTCTGTGTGGAATGTTTGGGGGTAGTTTATTTCTAAATCTTTACGCCGTTGGTTTGGCTTTGACATCAGCAAC TTTTATGTTGGCTGTGGTCAACCTTATTCCTGGTATTACCTTCATCATGGCTACATCTTTTGGATTGGAAAAATTAAATT TGGGAGCAGCAGAAGGGAAGGCCAAGGTGATGGGAACTATTGTTGGAATTAGCGGGGCAATGGTGCTAACCTTTCTCAAA GGGTTCGAAATTAATATTTTGTCTTCTAAAATTGACCTTATGCATCCACATCATGACCAAAGTGGGCATATGATGCGGCC TCATGTAGATTTTAGTAATAAACTATTAGGTGTTCCTTGCGCCATAGCAAGTTGCTGCTCTTTTTCTTTGTGGTTAATCA CTCAGGCTAAGATGAACCAAGAATACCCGAGTCATCACTCAAGCTCAGCGTTGATGTCAACCATGGGAGCAATACAATCC ATTGTTATTGCTCTTTGTTTTGATAGGGATTGGAGCCAATGGAAGCTGGGTTTTAATATCAGGCTTCTAACAGTGGCTTA TTCGGGAATTGTGGGCTCTGGTATGGTGGTTGTTGTTATTGCGTGGTGCATAAAGATGAGAGGCCCTCTATTTGCGTCTA TTTTCAATCCAGTGCAACTATTACTTGTCGCCATCGCTGCTTATTTATTGTTGGATGAGAAGTTGTATTTAGGAAGTGTG CTTGGAGCAGTGTTGATTGTCATTGGCCTATATGCGGTGCTTTGGGGTAAGAGCAAAGAAATGAAAAAGAAGACTCAATT AGTGCCAATACAAAACACCACAAAGGCCGAAGTTATTGAGGTTGCTATTATGTCCCCTCCGATAATTAAATTGTGA 

Protein sequence (LotjaGi4g1v0030500.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MVNMNGVCHLMQGLKPALLMLFVQVAYAAVNIVYKLAINDGMSMTVATAYRLTFASAFTVPLALFFDRKKRPKITWRVLV LAFLCGMFGGSLFLNLYAVGLALTSATFMLAVVNLIPGITFIMATSFGLEKLNLGAAEGKAKVMGTIVGISGAMVLTFLK GFEINILSSKIDLMHPHHDQSGHMMRPHVDFSNKLLGVPCAIASCCSFSLWLITQAKMNQEYPSHHSSSALMSTMGAIQS IVIALCFDRDWSQWKLGFNIRLLTVAYSGIVGSGMVVVVIAWCIKMRGPLFASIFNPVQLLLVAIAAYLLLDEKLYLGSV LGAVLIVIGLYAVLWGKSKEMKKKTQLVPIQNTTKAEVIEVAIMSPPIIKL 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
Phobius 1 28 28 -
Phobius 1 15 15 -
PANTHER 11 357 347 2.1E-188
PANTHER 11 357 347 2.1E-188
TMHMM 12 34 23 -
Pfam 15 157 143 1.0E-11
Phobius 16 23 8 -
Phobius 24 28 5 -
Phobius 29 43 15 -
TMHMM 44 66 23 -
Phobius 44 66 23 -
SUPERFAMILY 50 157 108 4.32E-5
Phobius 67 77 11 -
Phobius 78 100 23 -
TMHMM 79 101 23 -
Phobius 101 105 5 -
TMHMM 106 128 23 -
Phobius 106 129 24 -
Phobius 130 140 11 -
Phobius 141 159 19 -
TMHMM 145 167 23 -
Phobius 160 194 35 -
Phobius 195 214 20 -
TMHMM 195 213 19 -
Pfam 196 334 139 2.0E-14
Phobius 215 225 11 -
TMHMM 225 247 23 -
Phobius 226 245 20 -
Phobius 246 264 19 -
SUPERFAMILY 254 339 86 4.18E-10
TMHMM 262 284 23 -
Phobius 265 283 19 -
Phobius 284 289 6 -
TMHMM 289 311 23 -
Phobius 290 309 20 -
Phobius 310 314 5 -
Phobius 315 334 20 -
TMHMM 316 335 20 -
Phobius 335 371 37 -

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
Cellular component Membrane A lipid bilayer along with all the proteins and protein complexes embedded in it an attached to it.
Cellular component Integral component of membrane The component of a membrane consisting of the gene products and protein complexes having at least some part of their peptide sequence embedded in the hydrophobic region of the membrane.
Molecular function Transmembrane transporter activity Enables the transfer of a substance, usually a specific substance or a group of related substances, from one side of a membrane to the other.

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi4g1v0030500.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…