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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi4g1v0084900 |
| Transcript ID | LotjaGi4g1v0084900.1 |
| Related isoforms 1 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Exocyst complex component 8; TAIR: AT1G10180.1 LOW protein: exocyst complex component-like protein; Swiss-Prot: sp|Q9SY60|EX84C_ARATH Exocyst complex component EXO84C; TrEMBL-Plants: tr|V7CHW6|V7CHW6_PHAVU Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi4g1v0084900 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr4:11167174..11197161) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
AAATACTCATTTGTTAAAAAAAAATATCTAACACTCAACTTTTCCTCTCATACTTTCGCACTCACCATCTTGTCCTCTCC TCTCATCACACGCTCCCACCATCCTCTCCTCTCCTCTTCTTAGTTTCCCACTCCACCCAACCTCCTTCTCTTCTAATATC ATCACTCAACCAATCCCCCAACATCCTTCTTCTCTCATCACACATGCACCCAAACCCTTCTCTTCCTACACCTGTTCCAG TCACACTGCTCCTCGGCCAGCCACAGTGCTCGTCTGAAAACCAGCCTCTAGCCACACCTTTCCACTAGGATAAGGTAAGC ACTCAAATTTCCCCAAAAATTTTCCTTAATTTTGGATGGGTCGTTGTCATTTTTTTCGCACATATGATGAGTGCGAATTT TGTGCTGATTTCGCCCATGATTGTTTGAAATTTGTGTTGATTTTGTTGTGTTGATTTCGCATATATATGTGCGATTTTGT TCTGAACGATTTTACTCAAGTGATTGGTTGCATTCTAGTATAGATTCACAACCTAGATTACATGCCTTTTACTTCAATTG CTTGTTTGTTGCCTTAAAAACTGTATTACATAAAACTCGTTAGGTTTTGGGAGAGAAAAGGAGGATCATTAATTTTCTCA TGATTAATGATGACTTTGAGGTGTATTTTTACTAGGATAGGAAAAAGTGAAGCTCCAAATAATTTTAGGTTGACATGGTC TTTATTCTGATATATAGCATGAACACATATTTTATAGAAAGAATTAGATAAGTATTAGTGTTGTAAGGACTAGTACTTGC TCATGTCTTCTAATAAAAGATTCTTACACTAGTGGATGAGGGGTGGAAATATGTATTTTGATTTCAAGCCTTTGAACCAC ATTATCAACCTTATTAACCTCCTTTGACAACACAAGGTCCATGACCACGATGTCTAAAATAATTGAATATGTAAAAATCA 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CDS sequence (LotjaGi4g1v0084900.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGAGAGTAGCGAGGAAGAAGAAGATTTCCCTTCCATTGAGAGCATAATCCCCCAATCCAAGGTTGACTCACTCTACCA GTCTAAAACCGAACAGGGGATTAGAAAGCTTTGCTGTGAGCTCTTAGATTTGAAGGATGCTGTGGAGAACTTAAGTGGCA ATATGCACTCAAAATTCTTAGCTTTCTTGAGGATATCTGAAGAGGCTGTGGAAGTAAAACATGAATTGATTGAGCTGCAA AAGCACATCTCAGATCAAGGTATTCTTGTACAGGATTTAATGACTGGTGTCTGCTGTGAATTGGATAAGTGGAAGTCAAG TAATGATGTTACTGACATTCACAATGAACCTGAAGTACCTGAACTCCTTGAGCCCTTACCAAATGAGATGAATAACCAGA AAACAATATTCTTGGAAAATATTGATGTACTTATTGCTGAGCATAAGTTTGAAGAAGCATTAGAGGCATTAGATGCTGAA GAAAGAAACTGTGCTGAGTTGAAAGGCTCAGTGAATAACGCTTCAGATGAAGTTTCCTCATACAAATCTGGTTTCTTGGA AAGAAAGGCAGTGCTTGAAGATCAGCTAATTGCAATTGTTGAGCAACCTTCTGTTAGTTTTCCTGAGCTGAAGAAAGCCT TAAATGGTTTATTAAAGCTTGGAAAAGGTCCTGTAGCACATCAACTAATGCTGAAATTTTATGGGTCTCACCTCCAGAAG AGAGTTGAGGCTTTGCTTCCATCAAGTTCTTTCTGTCCTGCAACATTTCCTTCTACATTATCTAAAATGGTTTTTTCTGT AATTTCACTGACAATAAAGGAATCTGCTTTGATATTTGGAGATAATCCTGTTTATACCAACAGAGTTGTTCAGTGGGCAG AGTGGGAAATTGAATATTTTGTACGATTGGTGAAAGAGAATGCACCCTCATCTGAGACTGTTTCCGCCTTACGTGCTGCT AGCATCTGCATTGAGGCTAGTCTGAACTATTGCTCAATCTTGGAGTCACAAGGATTAAAATTGTCTAAGTTGCTGTTGGT GCTACTGCGTCCTTCTGTTGAAGAAGTTTTAGAATCCAATTTTAGACGTGCTAAAAGAGTAGTTCTTGACATGGCAGAAT CTGCTGATTGCTTTACATTGTCACCAGCGTTCGCGTCTTCACTTTCTGCGATTGCATCATCATCCAATAACATGCTTGTT GAAAGTGGAATGCGATTTATGCACATAGTTGAAGAGATACTGGAACAGCTAACACCGTTGGCTAGTCTGCACTTTGGAGG AAATGTACTAAGTAGAATTTTACAACTATTTGATAAATACATAGATGCCCTTATCAAAGCGCTACCAGGTCCTTCTGATG ATGAGAATCTTCCAGAACTGAAAGAAGCTGTGCCTTTCAGAGCTGAGACAGACTCAGAACAACTTGCAATATTAGGTATA GCATTTACCATATTGGATGAACTATTACCAAATGCTGTATTATCAACATGGATGCTGCAAAATGAAATCAAGGAACCGAA CAGTGGACTCACGGAGAATGTAGTATTAAATACAAATGCTAGTATGGAATTAAAGGAGTGGAGGAAACATCTTCAGCATT CTTTTGACAAACTTCGAGATCACTTCTGTCGGCAGTATGTTCTGACTTTCATCTATTCAAGAGAGGGAAAAACACGATTG AATGCACATATTTACTTGAGTGATAATAGAGAGGATCTTTACTGGGATTCTACCCCATTGCCTTCACTTCCTTTTCAGGC ATTATTTGCAAAGCTACAGCAATTAGCAACTGTTGCTGGAGATGTATTACTTGGGAAAGAGAAAATACAGAAAATTTTGC TTGCTAGGTTGACAGAGACTGTTGTCATGTGGTTGTCTGATGAGCAAGAGTTCTGGGGTGTGTTGGAAGATACTTCAGCT CCTCTACAGCCACTTGGTTTGCAGCAGTTAATTCTTGATATGCACTTCACTGTTGAAATAGCACGCTATGCGGGATATCC ATCTCGACATGTCCATCAGATTGCATCAGCTATTATTGCTCGTGCCATCCGGACCTTCTCCGCCAGAGGTGTAAACCCAC AAAGCGCACTTCCTGAGGATGAATGGTTTGTTGAAATGGCAAAGTCAGCAATAAACAAGCTCTTGCTTGGGGCATCAGGA TCAGAGACATCAGACATTGATGAAGATCACATCATTGTTCATGATGACGATGATGTCTCAGACACAGATACTGTTTCATC CCTGTCTACTATGGACTCTACCGAATCTTTCGCTTCGGCTAGCATGGCAGAACTTGACAGCCCCTCTAACCTGTCTGATA ATGATAACTGA
Protein sequence (LotjaGi4g1v0084900.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MESSEEEEDFPSIESIIPQSKVDSLYQSKTEQGIRKLCCELLDLKDAVENLSGNMHSKFLAFLRISEEAVEVKHELIELQ KHISDQGILVQDLMTGVCCELDKWKSSNDVTDIHNEPEVPELLEPLPNEMNNQKTIFLENIDVLIAEHKFEEALEALDAE ERNCAELKGSVNNASDEVSSYKSGFLERKAVLEDQLIAIVEQPSVSFPELKKALNGLLKLGKGPVAHQLMLKFYGSHLQK RVEALLPSSSFCPATFPSTLSKMVFSVISLTIKESALIFGDNPVYTNRVVQWAEWEIEYFVRLVKENAPSSETVSALRAA SICIEASLNYCSILESQGLKLSKLLLVLLRPSVEEVLESNFRRAKRVVLDMAESADCFTLSPAFASSLSAIASSSNNMLV ESGMRFMHIVEEILEQLTPLASLHFGGNVLSRILQLFDKYIDALIKALPGPSDDENLPELKEAVPFRAETDSEQLAILGI AFTILDELLPNAVLSTWMLQNEIKEPNSGLTENVVLNTNASMELKEWRKHLQHSFDKLRDHFCRQYVLTFIYSREGKTRL NAHIYLSDNREDLYWDSTPLPSLPFQALFAKLQQLATVAGDVLLGKEKIQKILLARLTETVVMWLSDEQEFWGVLEDTSA PLQPLGLQQLILDMHFTVEIARYAGYPSRHVHQIASAIIARAIRTFSARGVNPQSALPEDEWFVEMAKSAINKLLLGASG SETSDIDEDHIIVHDDDDVSDTDTVSSLSTMDSTESFASASMAELDSPSNLSDNDN
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 1 | 769 | 769 | 0.0 | – | |
| PANTHER | 1 | 769 | 769 | 0.0 | ||
| SUPERFAMILY | 137 | 357 | 221 | 2.51E-43 | ||
| Pfam | 138 | 341 | 204 | 1.5E-13 | ||
| Coils | 143 | 177 | 35 | - | – | |
| MobiDBLite | 757 | 776 | 20 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Cellular component | Exocyst | A protein complex peripherally associated with the plasma membrane that determines where vesicles dock and fuse. At least eight complex components are conserved between yeast and mammals. | ||
| Biological process | Exocytosis | A process of secretion by a cell that results in the release of intracellular molecules (e.g. hormones, matrix proteins) contained within a membrane-bounded vesicle. Exocytosis can occur either by full fusion, when the vesicle collapses into the plasma membrane, or by a kiss-and-run mechanism that involves the formation of a transient contact, a pore, between a granule (for exemple of chromaffin cells) and the plasma membrane. The latter process most of the time leads to only partial secretion of the granule content. Exocytosis begins with steps that prepare vesicles for fusion with the membrane (tethering and docking) and ends when molecules are secreted from the cell. |
Expression pattern of LotjaGi4g1v0084900.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
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