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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi4g1v0120500 |
| Transcript ID | LotjaGi4g1v0120500.1 |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Tm-1 protein; TAIR: AT5G66420.2 TIM-barrel signal transduction protein; Swiss-Prot: sp|A4FLF6|Y5696_SACEN UPF0261 protein SACE_5696; TrEMBL-Plants: tr|G7LDW3|G7LDW3_MEDTR UPF0261 SACE-like protein; Found in the gene: LotjaGi4g1v0120500 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr4:17392964..17406006) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
CAAATCTTTTCTCTTTTCACTTTCTCTCTTAAACCAAACACACTCAATTGAAGTCAACTAATGGCACCACGTGCAATGTC ATTCTGCGCAGGACGCCCCACATCATCCTTTGGAGCTCCGGTCAATGCAACAATGGCAGGTTCATGACGTGATTTCCCAC CCAACACTCTCCACAGTCCACACTGTAACTGAACATGGCTCACGAAAACCACACCTCAACCCTTCGCGTTCTCTGCATCG GAACCCTGGACACCAAGCTCGACGAGCTCCGTTTCCTCTCCGATTCCCTCCGTTCCAATCTCCACCGCTTCACCCACCAC TCCTCGCCCAATCTCCAACTCGTCCTCGTCGATGTTTCCACCGGCCCAAACGCGCCACCACAACAACCTTCACCAAACTT CACATTCGTTTCCAGAAACGATGTCCTCTCTTGTCACCTCTCATCCTCGCATCTTCTTCCAGAAGACAGAGGCGAAGCCG TTGCTGTCATGAGCCAAGCGCTGGAGAATTTCCTGAATGAATCATCTCACGACATCGCCGGCGTAATCGGCGTCGGTGGC AGCGGAGGGACATCGCTGTTATCATCTCCGTTCAGGTCTCTCCCTCTCGGGATCCCGAAGCTGATTGTGTCAACCGTTGC CAGTGGCCAAACGGAGCCTTATGTGGGAACCTCAGATCTGGTGCTGTTTCCCTCTATTGTGGATGTTGCTGGTGTTAACA GTGTGAGCAGGGTGGTGCTGTCCAGTGCTGCTTCTGCTTTTGCTGGAATGGTTGTTGGAAGGGTTCAGAGCTTGAAGGAT TTGGATTCGAGAGGTGAAGATTGTAAGCCCACTGTTGGTTTAACTATGTTTGGGGTTACCACTAGTTGTGTCAATGCGGT GAGGGATCGGTTGCGTGATGAAGGGTATGAGAGCCTGGTTTTTCATGCAACTGGGGTTGGTGGTAGGGCTATGGAGGATT 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GCTTTTTTTTCAATTATGGGCAGTGAGACAATTTGGGCTATGATGTCATTTGTTGGATTTGAAAGTCTGGACCTAACATG TTCCGTTAGCTTTGAGAGAGTGTGATTGACTAATGACTAGTTTGGACTATGATGTCACTTGTTAAATTCGGAAGTACACG CTTAAAATGTTTCTTTCATTTAGAGTTTTTTTTATAAGCAAATGTTAGTTGTTAGTAATTAGTCCTTCTTAGTTGATAAT TGAGCACTACAAAAAAAACATGATTTAGTGGGGGTTATTTAGCGGGGGTTTTAACAACCCCCGCAGATTACATTAATTTT CATTAGTTAGGGGAGGTTTTAATAACCCCCGCAAAAACTTACGTTATTATCTCTCCCAATTTTCACTCTCTGAACTCTCA TCTCACTCTCACTCTCACTCTCACTCTGAACTCGTTTCTCATTCTCACTCTCACGATTGCAACCTGATTCGTTAACCATG GAAGCTCCTGAATCCTTTCCACCTATTTGATCTCTCGATTTCCACCGATTGCAACCTGATTTGATCTCTCAATTTCCACC GATTTCAACCTGATTCACTCTCGATTTCTTCTGATTCGACTCTCAATTTCACTCTCCTGATTCCACTCTCGATTAAACCC TAAAATCTACTCTCAGTTCTCTTTATGATTCCTCAATCTCCAGTGTTTCACGAGAAAACGCTCAATCTCTGCTTCACTTG CATTTTCCTGGTAAGAACTCAACTCCACTTCCGTATGAGTTTCAATTTTGCTTCTGATTTTGAGTTTTGTTTCTCTTTGG AATCACAAATTAGGCAGAAATTCTCTGGAGCTGGAACCTAGACATTGTTAGGAGCTTAGGAGCTGGAAGGTAAGTCGATT TCGTTTGCTTAACTTGAATATCTATGGCTGGATTGGTATGATATGATCGAGTAAAACTGTGGAAGTGAATACAGGTTTTC 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CDS sequence (LotjaGi4g1v0120500.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGCTCACGAAAACCACACCTCAACCCTTCGCGTTCTCTGCATCGGAACCCTGGACACCAAGCTCGACGAGCTCCGTTT CCTCTCCGATTCCCTCCGTTCCAATCTCCACCGCTTCACCCACCACTCCTCGCCCAATCTCCAACTCGTCCTCGTCGATG TTTCCACCGGCCCAAACGCGCCACCACAACAACCTTCACCAAACTTCACATTCGTTTCCAGAAACGATGTCCTCTCTTGT CACCTCTCATCCTCGCATCTTCTTCCAGAAGACAGAGGCGAAGCCGTTGCTGTCATGAGCCAAGCGCTGGAGAATTTCCT GAATGAATCATCTCACGACATCGCCGGCGTAATCGGCGTCGGTGGCAGCGGAGGGACATCGCTGTTATCATCTCCGTTCA GGTCTCTCCCTCTCGGGATCCCGAAGCTGATTGTGTCAACCGTTGCCAGTGGCCAAACGGAGCCTTATGTGGGAACCTCA GATCTGGTGCTGTTTCCCTCTATTGTGGATGTTGCTGGTGTTAACAGTGTGAGCAGGGTGGTGCTGTCCAGTGCTGCTTC TGCTTTTGCTGGAATGGTTGTTGGAAGGGTTCAGAGCTTGAAGGATTTGGATTCGAGAGGTGAAGATTGTAAGCCCACTG TTGGTTTAACTATGTTTGGGGTTACCACTAGTTGTGTCAATGCGGTGAGGGATCGGTTGCGTGATGAAGGGTATGAGAGC CTGGTTTTTCATGCAACTGGGGTTGGTGGTAGGGCTATGGAGGATTTGGTTAGACAGGGATTTATCCAGGGTGTTTTTGA CATCACAACAACAGAGGTAGCAGACCACATTGTTGGAGGTGTAATGGCTTGTGACGGTTCTCGCTTTGATGCCATCATAG AGAAGAAAATCCCCCTGGTTCTGAGTGTGGGAGCATTGGACATGGTGAATTTCGGAGCAAAAGATACTGTACCGCAGGAA TTTCAGCAGAGAAATATATATGAACATAATAAGCAGGTTTCGCTCATGCGAACAACAGCTGATGAGAACAGAAGATTTGC TGATTTCATAGCAAAAAAACTGAACAATTCATCATCTAAAATTCGTGTTTGCCTTCCAGAAAAGGGTATATCTGCTTTAG ATGCACCGGGTAAGCCCTTTTATGATCCAGAGGCAACGGGTACACTTATTCATGAATTACAAAGGCTTGTTCAGACTGAT GATAATCGAAAGGTAAAAGTGTATCCACATCATATTAATGACCTTGAATTTGCAAATGCATTGGTTGATGCGTTCTTAGA GATTGATGAGACAACTAGTAAAGATTCTACTCATTCACCTGTAGCCAGTCCTGAATCTGTAGTACACTTTCATGAGGATT ATATTTCAAATGCATCAAGCTCTGGGACCATTGTCTATGCACCTAGTGACTTCCCAAATGCAAGACCAGAAACTTTGGAG AAAACACAGCTAATATTGCAACAATTGAAACATCAAATAGATAAAGGAATTCCTATAATAGGAGCTGGTGCTGGGACAGG TATATCTGCCAAGTTTGAAGAAGTTGGAGGTGTAGATCTAATAGTACTGTACAACTCAGGGCGCTTCCGGATGGCTGGAA GAGGTTCATTAGCAGGGTTATTACCTTTTGCTGATGCTAATGCTGTTGTGCTCGACATGGCCAATGAAGTTTTACCGGTG GTAAAGAAGGTACCAGTTCTTGCTGGTGTATGTGCAACTGATCCCTTCCGTCGAATGGAGTACTTCCTTAAACAGGTGGA GTCTACTGGATTCTCTGGGGTACAAAATTTTCCAACTGTTGGGTTATTTGATGGTAATTTTAGACAAAACCTTGAAGAAA CAGGAATGGGATATAGCTTGGAAGTTGAGATGATTCGAAAAGCACATAACATGGGTCTCTTAACAACCCCATATGCATTC AATCAACATGAAGCAATTGAAATGGCTAAAGCTGGCGCTGATATTATAGTGGCCCATATGGGTCTAACAACAACAGGCTC CATAGGCGCAAAAACAGCTGTTTCACTTGAGGAAAGTGTCGTGCGTGTACAAGCTATTGCAGATGCAGCACATAGAATCA ACCCCAATGCCATTGTGCTGTGTCATGGAGGTCCGATATCGGGTCCAGAAGAGGCGGAATTTATATTGAAGAGAACCAAG GGAGTTCATGGATTTTATGGAGCATCAAGCATGGAAAGACTACCAGTGGAACAGGCTATCACAAGTACAGTCAAACAGTA CAAGTCAATTTTTATTTGTTGA
Protein sequence (LotjaGi4g1v0120500.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MAHENHTSTLRVLCIGTLDTKLDELRFLSDSLRSNLHRFTHHSSPNLQLVLVDVSTGPNAPPQQPSPNFTFVSRNDVLSC HLSSSHLLPEDRGEAVAVMSQALENFLNESSHDIAGVIGVGGSGGTSLLSSPFRSLPLGIPKLIVSTVASGQTEPYVGTS DLVLFPSIVDVAGVNSVSRVVLSSAASAFAGMVVGRVQSLKDLDSRGEDCKPTVGLTMFGVTTSCVNAVRDRLRDEGYES LVFHATGVGGRAMEDLVRQGFIQGVFDITTTEVADHIVGGVMACDGSRFDAIIEKKIPLVLSVGALDMVNFGAKDTVPQE FQQRNIYEHNKQVSLMRTTADENRRFADFIAKKLNNSSSKIRVCLPEKGISALDAPGKPFYDPEATGTLIHELQRLVQTD DNRKVKVYPHHINDLEFANALVDAFLEIDETTSKDSTHSPVASPESVVHFHEDYISNASSSGTIVYAPSDFPNARPETLE KTQLILQQLKHQIDKGIPIIGAGAGTGISAKFEEVGGVDLIVLYNSGRFRMAGRGSLAGLLPFADANAVVLDMANEVLPV VKKVPVLAGVCATDPFRRMEYFLKQVESTGFSGVQNFPTVGLFDGNFRQNLEETGMGYSLEVEMIRKAHNMGLLTTPYAF NQHEAIEMAKAGADIIVAHMGLTTTGSIGAKTAVSLEESVVRVQAIADAAHRINPNAIVLCHGGPISGPEEAEFILKRTK GVHGFYGASSMERLPVEQAITSTVKQYKSIFIC
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Gene3D | 3 | 199 | 197 | 3.6E-66 | – | |
| Pfam | 11 | 428 | 418 | 1.3E-155 | – | |
| CDD | 11 | 428 | 418 | 1.56361E-172 | – | |
| PANTHER | 11 | 752 | 742 | 0.0 | – | |
| Gene3D | 211 | 431 | 221 | 3.5E-94 | – | |
| Gene3D | 477 | 728 | 252 | 7.4E-123 | ||
| SUPERFAMILY | 483 | 673 | 191 | 2.67E-81 | ||
| Pfam | 485 | 750 | 266 | 6.7E-131 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Catalytic activity | Catalysis of a biochemical reaction at physiological temperatures. In biologically catalyzed reactions, the reactants are known as substrates, and the catalysts are naturally occurring macromolecular substances known as enzymes. Enzymes possess specific binding sites for substrates, and are usually composed wholly or largely of protein, but RNA that has catalytic activity (ribozyme) is often also regarded as enzymatic. |
Expression pattern of LotjaGi4g1v0120500.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…