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LotjaGi4g1v0161500.2

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi4g1v0161500
Transcript ID LotjaGi4g1v0161500.2
Related isoforms 2
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description Ribonuclease H; TAIR: AT1G24090.1 RNase H family protein; Swiss-Prot: sp|P9WLH4|Y2228_MYCTO Uncharacterized protein MT2287; TrEMBL-Plants: tr|A0A0R0FBC1|A0A0R0FBC1_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi4g1v0161500
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr4:29321874..29335730) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

TGTCCCCGATGATCTATTAGCACACTCTTCCTTTTCATCTTTCACTTCAACTTTCTCCTTCTCAGTTGTGTTCTGAAACC AGCTACTGTTATTTCCTTTTCCAGTCAATCGTCGATTCCATGCATTTTCCTTCACTTTCTCAGCGACCAAACGGGAGCTG ACTCCTCCGTCCTGGTCAATCTAGAGAACTCTTCTTTGTCATGAACTGCCTGTCGCAACTGTCATCGTATACTGCTACCA TAGTCGGAAGGACCGCTCGATTCATCGCCGCGAACCGCTCTTCTTCTTCTTCTTCCATTCTCTCGTTCCCGAGGAAATCA GCGTTTTCCGGTGTTAGCTCTTGCCATTCAGAACTCTTCCTCAACCGGTTTCATTTTCGGTGCTATTCCGCCCGAAAAGG GCGCAAAACCGCTTCTTCTCGGTTGCCGAAGGTGGAGCCTGAAGCGGTGATGGAGCAGGAGAAGGACGCTTTCTATGTGG TGCGGAAAGGGGACATTGTTGGAGTCTATAACAGTCTCAGTGACTCTCAGGCTCAAGTTGGATCTTCTGTAATTCTCCTC GGAACCTCATTATCTATAATTTTCTTGGTGTTTTTCTTTTCTTTTCATTTTGTTTATCTTGCTCATAAAATGTTGGAATT TTAGCAAATTGAAGGTGAGAAAAATTGGGTGCCAATAGAAAAATTCAAGTTGCCATCATACTTTTTTGTTTATTAAACTT TGGAGCTTTTCACTGTTTTGAATTTTTGTTGGCCATAAAGATTGAAGGTGAGAAAAATGATTGATTGAAACTGTAGAGCA ATCTGAGTAATCCATTATGCTTCTGATCTTTGAACTGTATTACTTCACTCTGTCGGGTGATTACTAGCTGTAAGTTTAGA TGTTAAGAACTAGGAACATTTAGTGTTTTGTGTGTTGTTTCCATTTCCTTTTTTCAAAACTGAAAAGTAATCTTCGAAGG 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ATACTGGGAATAAATCAGGGATAATAACCTTATTTTCGAATCACCATTTTAATTTTAAATTCAAGTTTGACACTGGAGGC TCTCTAGTTGTTATTGTTGATTTTATCCTATGGAGTTTTGAATGAAATCTTTTGGTTAATTCTTTACTGTTCATATAACT GTTCATAGTCATCTATCTTTGTGCAGCAGACATGTCTTCTTGAGTTTGATGGTGCGTCAAAAGGAAATCCTGGAAAAGCT GGTGCTGGGGCTATTTTGCGATCTACCGATGGGAGTTTGGTATACTTTTGATTTTTCACTATAAATGGGTCACTTTCATA CAACTAGTATTATCTCTTTAACTATTATTAGTTTTTAGATTTGTAGGTTGCGTGAAGGCGCGGGTATAGCAACCAACAAT GCTGCTGAATACCGTGCAATGATATTGGGAATGAGATATGCTCTTAAAAAGGGGTTTACTGGCATTCGTATCAAAGGTGA CTCTAAACTTGTTTGCATGCAGGTTGGCCATCCTATATTCTTCTCTCTGTTAAGTATATTTCAACATGATTAAATGTTTA ATAACAGTTCGCTGTCCACTAAAAAATGTTAATTTTTAGAGTTTATATTTTTGTTGTTTCTTCAACTTTTACATCTTATT GTTCTTTTCCTTCTCTTTTATTTAAATATTTATCGGAAAACTATATGTAAATGAAAACCAGTATTGTGATTAACTTAGTC TATTTTGAGAGAATTCCCAAAAGAGTATGTTTAAAGACTTTCATTCTTTGCCAATGGCCTTGTCGCACCCAGCTTCCTTT GGAATCTCATGATGGCAGGTTTGGATTCCATTGGAAGGATGTTAGGCATGAGGATAGACCTGTTGTCACTAAAGTCTATC AAAGAAGGGGAAAAAGAGAGGGTTAGTTAGACTTTGCCATGTGGCAGTTAGGTTTTTATAGCTGTTAGTGGGGAAAACAT 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GAATACCATAATATGTTGGACCATGTGGAGCTTCAGGAAATTTCGGATCCTGTGGCAGAGCTGCTGCTATAATTTGAGGA TGTTTTTTTTTATCCAAATACTCTTCCACCTACAAGGCGATAAGATCATGCTATTGTCGTACATGAGGGGGATGCTATTC CCAATATCAGACCTTATAGATATCAACATCACCAAAAAACAGAAATAGAAAGGCTGGTTCATGAGATGCTTCAGGCTGGA GTGATTAGGCCAAGTGTGAGCCTTTTTTCCAGTCCTATCATTTAGGTGAAGAAAAAAGATGGTTCTTAGAGGTTTTGTGT GGACTACAAGGCTTTAAATAAGATTACGGCCCCTAATAAATTTCCTATACCAGTTATTGAGGAGCTGTTGGATGAGATTT CAGGGGCAGCAATGTTTTCAAAGTTAGATCTTAAATCTGGTTTATCACTACTCACTAGATAAGAATGGTAGAAAGAGACA TTGAAAAGACAGCTTTTAGGGCTCATGAGGGGCATTATGAGTTTCTTGTCATGCCTTTTGGCTTGACTAATGCCCATAAA CGTTTCAGGGATTGATAATGAGGTGTTGAGACCATTTTTTGCGGAAATTTGTTTTTTTTATGACATTCTGATTTTTAGCA GGAGTTTATAGGACCACTTGTTGCATTTATGTAAGGTTCTGCAAGTTTTACAAGAGCATTCTCTCAAAGAAAATAGAAAG AATTGTATTTTTGGTCAGACTCACATTGAGTATTTGGGGCATATTGTTTTTGAATCTGGAGTTTCAGCAGATCCCTAGAA AATTGAAGCAATATTATTATGGCCTTCACCAAAAACGATAACTGCTTTGAGGTTTTGTTTTGGGTTTGACTGGATATTAT GGACGGTTTGTCAAAGGATATGGGGTAATTGCTAAACCTTTGACTTTGCTATTGAAGAAGAACAATTTCCTCTAGTCTGG TGAAGCTGAAATTGCATTTCAGACTCTGAAAAGGGCTGTTTCAGAATTACCAATATTGACTGTACCAGATTTTCAGAAGC AGTTTGTGCTTGAGTCTGATGCTTCAGGCAAAGGATTGGGAGCAGTACTATCTCCGGACAACAGGCCTGTAGCTTTTTGG AGTAAGGCATTATCTGAGAGAGCTCAAAAGAAGTCAGTATGAGAGAAAATTAATGGCCATAGTTTTGGCAGTGCAGAAAT GGAAGCATCATCTCATGGGACAGAAGTTTCTTATCAAAACTGATCAAAGAAGCTTGAAGTTTTTTCATGTGCAGAGGTTG CTTTACCCATGATACAAATCAACTGAGTACAGGAAAAGCACCTGATTTTGTCAAGATATTTTGAAGTTTCAAACCTTATT TCAAATGTACGAAAATCCAACAGTGCACTCTAGTATGCACATATACTTCAAAATAGTAGAGTAGCCATATCGTGTCGTAC ACTTGTTGGACATGTATTCATGACAAATACTTATTGGACAGTTCTAGTTGTATGTACAATTTTTTCTTCAATTTCTGTGA TAGAAACCAGAAATTGTAGATGTATTATTGAAGAACCCTAATCCCTAATTTGGGAATCAGAGCAAGTTACATGGAAGAGA TGCCAAACACTCTTCCAAAACCTAGAGAGAAACCCAATGTTCTCCCTAAACCCCAATGCCAACAGAATCAAAAGATGATT AATGTTCTCTAACCCCCTCTTATTTATAGGCACAAGCCTAACTAACCCTCTAACTAACTATCTTACTATGTTTAATAAGT CTCTCACTTAACTAACTAAACCATATGCGCCTATCATTCTGTCCCAATATAAATGGAAGCATCACAATTCATAATAAATA GTAAAATCATAGTATTTTATGCCTAAAATGACACAAGCTTAATTTAAGGTATTATTGATTCTCGCTTTTGATTTAAGATT GTGTTGTTATATTGATTTTAAGTGTTCGTGTTGTGTCCTGTAATTTCAAAATTGTCATATTTTGCTGTCCGGGTCATATC ATAACCATGTCCATGTTGTATTTCTGCTTCCTCGGGGTTCTGCTGGGCAGGGCATTCCTCTGATAAACCGATAGCACTCT TCTATAGCATGGTGCTCCTCTGACTAGTTTATCAACTAAATATCATATAATAACCAAAGCATCTCATTTACGTTGAAACT TGTTTATAAATCTGATATAGCCAAATGCCCTAATAAGTTATTCCTATTCTAAGTTGGAATAAGATAATGTAAGATACAAC AAAATCACTAAATAGCAAATAATTCCTAATCAAAAGCCCTGGTTACAAAATTAAAACCCTGAACAAATTTTAGAACTGAG CAATTCAATCCACATTAGTTTCTTTTGCATGTATTTGGTCTATGAAATCTTTTTTTATTGTTTGTTTCTCTTAATTATTC TTATGCTACTGTATGAAACAGATTGATGGTTCATGGAAGGTCAAGAATGCGAACTTGTCTTCATTGTATAAGGTGGCAAA AGAACTGAAGGATAAATTTTTATCATTCCAGATCAGTCATGTTCTAAGGGTAGGACCGTTCGCTGAACTATTTTTGTAAT GTTTATGGTAATTTTTTGTGCTCTATATTAGCAATTTTTATTGAATGCCATGATCTTGTAAATTATCCAAAGGAGAAAGA AGTTTTTGCACTAAAACTGATATAAAATGCGAAAAGGTAGGGTATGAAACACAAATTAATTGGTGGAACCTGTTCAATCT GAGGGTGTTTATCTATTAATTATTTTACACTAATACTGAAGTCAATACATTCTTGATTGAAAATATATGGTTTTCCCTTT TAGGAACCATTTGTATTATGAATCCATTCTCTCCTTTGAGATTTCATTAGGTTAAGAGCTTATTTGTTTATGTCTTATAT CCAGGCAAGAATAAGACTCATTATGCTTTTATATGCGCTTCTTTGTATTAACATTCTGTTTCCCTTGCTTGTCAAGAACT TCAACTCTGAGGCTGATGCTCAAGCAAACTTGGCCATCAATCTTGCTGGTGAGGCTTTCTGAATCTTTAATCTTTGTTCA GTATTAACGCACACCTATCTCGTTACTATGTATATCTCTTCATCTTTCCTAAGCTTTCTCCATTTATACAGATGGCCAAG TCCAGGAAGAGTGTGTAGATTAATTCATTCCTGAAAGTTGCTGGTTATGTTCTGGGTTTGTGGTAGAAGACCTGCAGTTT TCGGATTAGTATCTGTGTTTAATTTATTGGTGACTCCATTATTTAACAATCAGATACCCAGAATATATTTTTCAATTAGT CATCTATCTCTTCTCATGAGCATTTGGCTAATAGTTTTTTGTCCAATGTAGCATTACTTTTCCGGGCTGGGTATCGATCC TCAGCTGTCAGGATTGATAGTAATTTTTGGCATCAACCTTTTCAATTTCCGTCAAAATTTTGCGGAGTCGAAGATTCCTA TTAGCCACCTCAAGTTGGATTTTGTGGTTTTCATTCATGAACATATGGAAGACCAGAAACTCTTACGGTCTGTTGTGAAC ATGATTCCTGTTCAATTCAAATAAGGTCATTATGCCTCATTGCTGAAAGTACTGATTCGTTTTTTGTAATGTTAATATTT TTGTTCCCTCAATTTTAAATAATCTGTCATAAATATGAGGGAATTGTTATTCATACCCCCTTACATCTATTCGTACCACT TGAAACTCATGAGACCCGAAAACACCCTTGTTGATATTTCGCTAGCAGTTTCAAAGTGCGTCACCGTCGTAGTTTTAAAG TTCGATGCCTATGCACTTTCTAAGTGCGCAGTAGACGCATTAAGAAAGTGCGTTCGGAACACACTGCCACTTTGACTGTA ACTTATGCCCCGACCAAAAACTCCCAATTTTCAATTAACACATGTTAAACATATTGTCTCATCCAACCACTGGACATTCT GGTTTAATATGCTCTAGATTTATGCATTCAAAGCAGACAATAGGTTCCTTGTCGGAGGTTGACAAGGTCTTCTTGGATTC GTATTCCTTCTTATGATCACTTCTGGAAGCTTCTTTTCTTTTTCCTTTTGTCGTTGAAGCCACATCCTTTTGAACTTTCT GTTGAACAGGGCTTGCTCCCCATCTGAGTTGTCATCTGAATAATTTAGCTCATCGTTTGATGCTTTAGCTTTTAAACGCT ACGATCTTCTGCTTCGTCGATCCTTCATCGTCCTTTCTGAGTTATATTTCATCAACCTTTAAGGATCCCATAAGGTCTTA TATCTTCAAAGTCTTAA 

CDS sequence (LotjaGi4g1v0161500.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGAACTGCCTGTCGCAACTGTCATCGTATACTGCTACCATAGTCGGAAGGACCGCTCGATTCATCGCCGCGAACCGCTC TTCTTCTTCTTCTTCCATTCTCTCGTTCCCGAGGAAATCAGCGTTTTCCGGTGTTAGCTCTTGCCATTCAGAACTCTTCC TCAACCGGTTTCATTTTCGGTGCTATTCCGCCCGAAAAGGGCGCAAAACCGCTTCTTCTCGGTTGCCGAAGGTGGAGCCT GAAGCGGTGATGGAGCAGGAGAAGGACGCTTTCTATGTGGTGCGGAAAGGGGACATTGTTGGAGTCTATAACAGTCTCAG TGACTCTCAGGCTCAAGTTGGATCTTCTGTATGCGATCCTCCTGTTAGTGTATACAAGGGATATTCGTTGTCGAAGGGCA CTGAGGAATATCTTCTCTCGCATGGACTAAAAAATGCTTTGTACACTATTGAAGCCTCTGAATTGAAAGAGGATTTGTTT GGCTTGCTTGTACCTTGCCCTTTCCAGGATCCTTCTTCTACCAAAGGAGCCACATCAATTGAGGATGTATCTAAAAAGAG GTCTCTGGAAATGCTTGAACAAGATAATGTGAGAGTAACTGGTCCTACATCCATCTCTGATGATCCCTTGAGAAAGCAGG TTAAATTAGAAAATGATGCAGTAGCTGAAGCCTCTTCACTTGAAACTCAGACATGTCTTCTTGAGTTTGATGGTGCGTCA AAAGGAAATCCTGGAAAAGCTGGTGCTGGGGCTATTTTGCGATCTACCGATGGGAGTTTGATTTGTAGGTTGCGTGAAGG CGCGGGTATAGCAACCAACAATGCTGCTGAATACCGTGCAATGATATTGGGAATGAGATATGCTCTTAAAAAGGGGTTTA CTGGCATTCGTATCAAAGGTGACTCTAAACTTGTTTGCATGCAGATTGATGGTTCATGGAAGGTCAAGAATGCGAACTTG TCTTCATTGTATAAGGTGGCAAAAGAACTGAAGGATAAATTTTTATCATTCCAGATCAGTCATGTTCTAAGGAACTTCAA CTCTGAGGCTGATGCTCAAGCAAACTTGGCCATCAATCTTGCTGATGGCCAAGTCCAGGAAGAGTGTGTAGATTAA 

Protein sequence (LotjaGi4g1v0161500.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MNCLSQLSSYTATIVGRTARFIAANRSSSSSSILSFPRKSAFSGVSSCHSELFLNRFHFRCYSARKGRKTASSRLPKVEP EAVMEQEKDAFYVVRKGDIVGVYNSLSDSQAQVGSSVCDPPVSVYKGYSLSKGTEEYLLSHGLKNALYTIEASELKEDLF GLLVPCPFQDPSSTKGATSIEDVSKKRSLEMLEQDNVRVTGPTSISDDPLRKQVKLENDAVAEASSLETQTCLLEFDGAS KGNPGKAGAGAILRSTDGSLICRLREGAGIATNNAAEYRAMILGMRYALKKGFTGIRIKGDSKLVCMQIDGSWKVKNANL SSLYKVAKELKDKFLSFQISHVLRNFNSEADAQANLAINLADGQVQEECVD 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
PANTHER 87 369 283 1.2E-129
PANTHER 87 369 283 1.2E-129
ProSiteProfiles 228 359 132 15.749
SUPERFAMILY 231 355 125 1.64E-27
Gene3D 232 363 132 2.2E-34
CDD 234 358 125 6.76975E-47
Pfam 236 357 122 1.4E-24

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
Molecular function Nucleic acid binding Interacting selectively and non-covalently with any nucleic acid.
Molecular function RNA-DNA hybrid ribonuclease activity Catalysis of the endonucleolytic cleavage of RNA in RNA-DNA hybrids to 5'-phosphomonoesters.

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi4g1v0161500.2, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…