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Field | Value |
---|---|
Gene ID | LotjaGi4g1v0161500 |
Transcript ID | LotjaGi4g1v0161500.2 |
Related isoforms 2 | |
Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
Description | Ribonuclease H; TAIR: AT1G24090.1 RNase H family protein; Swiss-Prot: sp|P9WLH4|Y2228_MYCTO Uncharacterized protein MT2287; TrEMBL-Plants: tr|A0A0R0FBC1|A0A0R0FBC1_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi4g1v0161500 |
Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr4:29321874..29335730) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
TGTCCCCGATGATCTATTAGCACACTCTTCCTTTTCATCTTTCACTTCAACTTTCTCCTTCTCAGTTGTGTTCTGAAACC AGCTACTGTTATTTCCTTTTCCAGTCAATCGTCGATTCCATGCATTTTCCTTCACTTTCTCAGCGACCAAACGGGAGCTG ACTCCTCCGTCCTGGTCAATCTAGAGAACTCTTCTTTGTCATGAACTGCCTGTCGCAACTGTCATCGTATACTGCTACCA TAGTCGGAAGGACCGCTCGATTCATCGCCGCGAACCGCTCTTCTTCTTCTTCTTCCATTCTCTCGTTCCCGAGGAAATCA GCGTTTTCCGGTGTTAGCTCTTGCCATTCAGAACTCTTCCTCAACCGGTTTCATTTTCGGTGCTATTCCGCCCGAAAAGG GCGCAAAACCGCTTCTTCTCGGTTGCCGAAGGTGGAGCCTGAAGCGGTGATGGAGCAGGAGAAGGACGCTTTCTATGTGG TGCGGAAAGGGGACATTGTTGGAGTCTATAACAGTCTCAGTGACTCTCAGGCTCAAGTTGGATCTTCTGTAATTCTCCTC GGAACCTCATTATCTATAATTTTCTTGGTGTTTTTCTTTTCTTTTCATTTTGTTTATCTTGCTCATAAAATGTTGGAATT TTAGCAAATTGAAGGTGAGAAAAATTGGGTGCCAATAGAAAAATTCAAGTTGCCATCATACTTTTTTGTTTATTAAACTT TGGAGCTTTTCACTGTTTTGAATTTTTGTTGGCCATAAAGATTGAAGGTGAGAAAAATGATTGATTGAAACTGTAGAGCA ATCTGAGTAATCCATTATGCTTCTGATCTTTGAACTGTATTACTTCACTCTGTCGGGTGATTACTAGCTGTAAGTTTAGA TGTTAAGAACTAGGAACATTTAGTGTTTTGTGTGTTGTTTCCATTTCCTTTTTTCAAAACTGAAAAGTAATCTTCGAAGG 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TTGGAGGAGGGTTGATTTTTAGTGCTGATTCAAGTATTGGACTACTTGAGACTTGGTTGGCTAATTTTGGGATACCTGTC AATTCTTTCATGTCTAAGTTTGCTCTTGAAGAGGTTGCTATAGTGCTAATTCAACCCCTTTTTAATGTTGATTCAAGTAT TGGTCTCTTTGAGCATTTGTGGGCTGGATATGGGGAGATGCTTACCAACTCATTTTTAGCTGAGTTTGCTTTTGAAGTTG TTGCTCCTTGGTTGTTTCTAGTTTGCATCTGCTGGAATTTCTGCCATATCACTCCTGGCAGAATCTGTTTTGGGTGCTCA GGGAAGGTGTTCAACCCTTCATACACGACTAAGGCTATTTGCTTCATGCTATGGGATCCAGGTGGAAGCTGTGATTGTCT CCATTGGCTCTGTGGTGATGCTGTTCATTTAGATTGCTTGTAATTTGTCCTTCACCTTGAGTACTAGGTGAATTTTCAGG GGGGGGGGGGAGTATTGATAGGAATGCAGGGTTAGTTAGGAATTGTTAGTTGTTAGGAAGTTAGTTAGACAGTTATAAGG CATGTTGCCTATAAATAAGAGAGGTTAGTGAACATTAGGGGTATCTTGTTATTCAGTTTAGGAATTGGGTTAGAGAGAGA AGTGGTTCTCTCTTAGGCTTGGAAGGGTGTTTGGTATCCCTTCCTCTTGTATCTCTCCCTAGTTTCCAATTGGGAATTAG GGTTTTCTATCAATAAAAATCAGGTTTCTAACAACTGGTTTTAGTTTTCAAAAATTTTAAAACTTCAAACTCACAAGCAT CCCGATCAGGGCCTTAAATTTGACTACAAAGGTTGCTCAAGTAGCATGGAATCTTACAATGATTGTGCAACATTGCATAC ATATGCATAACTATATAATAATAAAGAGTCATTGTGATTGATGGTGTTGTGTTTAGTGAAAAAAATTGATGTATTAAAAG 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TTAGAAAAGGGAATATAAATAGTGAATTAGGGCTGTCAGTTACAGTTAGTTCTAGAACTAGAAAATTGTGGAGAGAATTG GGACTCTTGAAATTCCCAGTGTTGTGCCATTTCCTAATTCCAATTGGGATAAGGGTTCTTGAATAATACAATTCTATCTG ATTCTTCTTGAGTCTATCATTTGGTATCAGATTTGGACGATCTTAGAGGCTGTGGGAATCATCACCGTGTTGCCGAGCAA GGATCGCGCGGCGTTTGGATGAGAATTCGCGCCGACACTTGTGACCTTCGCCGCCGAGTGTTGCGCGTGATGAAGATGAA GACGCAGCTTCCGAAATTGGGGACAAGTGGCGAAAATAGTAACTGCCAATTTTCAAAGGAGATGCCGATGTACATCGTTG GATACAGAAAATGGAAAGATTCTTTCGTTTGAGACAAGCGGTGGGCAGGGAACACATGGAGGCTGCCTTTGTGGCTCTTG AAGGAAGAGCGTTGAGCTGGTTTCAGAGGTGGGAATCCAGCAATCCAGGAGCAGGTTGGGATAACTTCAAGCTTGGAATC TTAAAACGGGTTCATCCAACTGCTTCAAAGACACCCTTTTCCTTAATGTTGAATTGTTGATCAACAAGCAAGAAGGCTTA GTTGATGTGTATGTGGAGGACTTTGAAAGGTATGTTAGCATGATTCAGGGTTTAGAAGAAGATTATTTGTTGGATGTGTT TGTGAATGGGTTAAAAGAAGATTTAGCATATGAAGTTTTGTTGTATGAACCTAGAATTTTAACTGCTATGATTAAAAAGA CCTTATTGATTGATGGGAAGAACAGGGCAATAGCTAAGGTTGGAAATTCAGGGGGTAGTAAAATTGGTTCTTATAATAAA TCTGCTGGTTCTGTTAAGACTGGGAATTTTGGTGTCCAATGGAAGGGGGGTACCACTGTCTCAGGCTCAACTAATTCTAC TACAGCTTCTGCTTCTTCTGTAAATAAAACTTATGTTGGGGGTGATGGGAAAAATAGGGGAACTTTCAAGAGGTTGTCTG ATGCAGAATTGAAAGAGAAATTGAGTAAAGGGGAGTGTTTTCGATGTGAGGAGAAGTTTGGTCTTGAGCATGTGTAAAAA CAAACAGTATAAGGTGATGTTGTTAGAGGATGGAGAGGAGTGGGAGCGTGAGGAAGGCAGAACTGTTGGGGAGGATTTAG TAGACAATTTACAACTTTCCATGAATAGCATTGTTGGTATTACTACTAGGAAGTCTCTGAAGTTGTGGGGTGTTAGGATT AGGGTAGAAAGAGGGAAGAACAGAAGAGAGAATCAGAGAGAATAGAAGAAGTTTATTCATCTGCAATCATGAATATTACA ATGGCTTTTCACAGCTTATATACACTGCTGTTATTCAACACACTTAACAAACTAACAAACTCTTAACCGACTCTAACAAA CTCAACAAACTATTAACAACTTCTTAACTGTCTAACCACTGTTTAACCGTAACATGGGGGGAGATTGCTTCAAGGAGGTT GTAAGTTTTAGTTGATTGTGGGGCATCCCATAATTTCATAGCAAGGATGGTTGAGGAATTGGGACTAGCAGTTACTAATA CACCATCTTATTGGGTGGAAGTGGGGGTGGACATAAGATTAAATGTCAAGGTGTGTAAGGGGATCCAATTGAGTATACAA GAGGTGCAAGTGTGCCAAGATTACTTTTTGTTTGATCTTGGAGGCGCTGATGTGGTGCTTGGTCTAGATTGGTTGGCTAC TTTAGGGGACATTAAAGCAAATTTTGGAAACCTCACTTTGAAGGTAAGCATTGGAGGGCAGATGGTAGAATTTCAAGGTG ATCCTTTTCTGTCCAAAGCTAAGGCTTCTCCCAAGGCTATGATTAAATTGTTAGAGGAAGGGGAGAAAGGGTTAGTATTG GAATACCATAATATGTTGGACCATGTGGAGCTTCAGGAAATTTCGGATCCTGTGGCAGAGCTGCTGCTATAATTTGAGGA TGTTTTTTTTTATCCAAATACTCTTCCACCTACAAGGCGATAAGATCATGCTATTGTCGTACATGAGGGGGATGCTATTC CCAATATCAGACCTTATAGATATCAACATCACCAAAAAACAGAAATAGAAAGGCTGGTTCATGAGATGCTTCAGGCTGGA GTGATTAGGCCAAGTGTGAGCCTTTTTTCCAGTCCTATCATTTAGGTGAAGAAAAAAGATGGTTCTTAGAGGTTTTGTGT GGACTACAAGGCTTTAAATAAGATTACGGCCCCTAATAAATTTCCTATACCAGTTATTGAGGAGCTGTTGGATGAGATTT CAGGGGCAGCAATGTTTTCAAAGTTAGATCTTAAATCTGGTTTATCACTACTCACTAGATAAGAATGGTAGAAAGAGACA TTGAAAAGACAGCTTTTAGGGCTCATGAGGGGCATTATGAGTTTCTTGTCATGCCTTTTGGCTTGACTAATGCCCATAAA CGTTTCAGGGATTGATAATGAGGTGTTGAGACCATTTTTTGCGGAAATTTGTTTTTTTTATGACATTCTGATTTTTAGCA GGAGTTTATAGGACCACTTGTTGCATTTATGTAAGGTTCTGCAAGTTTTACAAGAGCATTCTCTCAAAGAAAATAGAAAG AATTGTATTTTTGGTCAGACTCACATTGAGTATTTGGGGCATATTGTTTTTGAATCTGGAGTTTCAGCAGATCCCTAGAA AATTGAAGCAATATTATTATGGCCTTCACCAAAAACGATAACTGCTTTGAGGTTTTGTTTTGGGTTTGACTGGATATTAT GGACGGTTTGTCAAAGGATATGGGGTAATTGCTAAACCTTTGACTTTGCTATTGAAGAAGAACAATTTCCTCTAGTCTGG TGAAGCTGAAATTGCATTTCAGACTCTGAAAAGGGCTGTTTCAGAATTACCAATATTGACTGTACCAGATTTTCAGAAGC AGTTTGTGCTTGAGTCTGATGCTTCAGGCAAAGGATTGGGAGCAGTACTATCTCCGGACAACAGGCCTGTAGCTTTTTGG AGTAAGGCATTATCTGAGAGAGCTCAAAAGAAGTCAGTATGAGAGAAAATTAATGGCCATAGTTTTGGCAGTGCAGAAAT GGAAGCATCATCTCATGGGACAGAAGTTTCTTATCAAAACTGATCAAAGAAGCTTGAAGTTTTTTCATGTGCAGAGGTTG CTTTACCCATGATACAAATCAACTGAGTACAGGAAAAGCACCTGATTTTGTCAAGATATTTTGAAGTTTCAAACCTTATT TCAAATGTACGAAAATCCAACAGTGCACTCTAGTATGCACATATACTTCAAAATAGTAGAGTAGCCATATCGTGTCGTAC ACTTGTTGGACATGTATTCATGACAAATACTTATTGGACAGTTCTAGTTGTATGTACAATTTTTTCTTCAATTTCTGTGA TAGAAACCAGAAATTGTAGATGTATTATTGAAGAACCCTAATCCCTAATTTGGGAATCAGAGCAAGTTACATGGAAGAGA TGCCAAACACTCTTCCAAAACCTAGAGAGAAACCCAATGTTCTCCCTAAACCCCAATGCCAACAGAATCAAAAGATGATT AATGTTCTCTAACCCCCTCTTATTTATAGGCACAAGCCTAACTAACCCTCTAACTAACTATCTTACTATGTTTAATAAGT CTCTCACTTAACTAACTAAACCATATGCGCCTATCATTCTGTCCCAATATAAATGGAAGCATCACAATTCATAATAAATA GTAAAATCATAGTATTTTATGCCTAAAATGACACAAGCTTAATTTAAGGTATTATTGATTCTCGCTTTTGATTTAAGATT GTGTTGTTATATTGATTTTAAGTGTTCGTGTTGTGTCCTGTAATTTCAAAATTGTCATATTTTGCTGTCCGGGTCATATC ATAACCATGTCCATGTTGTATTTCTGCTTCCTCGGGGTTCTGCTGGGCAGGGCATTCCTCTGATAAACCGATAGCACTCT TCTATAGCATGGTGCTCCTCTGACTAGTTTATCAACTAAATATCATATAATAACCAAAGCATCTCATTTACGTTGAAACT TGTTTATAAATCTGATATAGCCAAATGCCCTAATAAGTTATTCCTATTCTAAGTTGGAATAAGATAATGTAAGATACAAC AAAATCACTAAATAGCAAATAATTCCTAATCAAAAGCCCTGGTTACAAAATTAAAACCCTGAACAAATTTTAGAACTGAG CAATTCAATCCACATTAGTTTCTTTTGCATGTATTTGGTCTATGAAATCTTTTTTTATTGTTTGTTTCTCTTAATTATTC TTATGCTACTGTATGAAACAGATTGATGGTTCATGGAAGGTCAAGAATGCGAACTTGTCTTCATTGTATAAGGTGGCAAA AGAACTGAAGGATAAATTTTTATCATTCCAGATCAGTCATGTTCTAAGGGTAGGACCGTTCGCTGAACTATTTTTGTAAT GTTTATGGTAATTTTTTGTGCTCTATATTAGCAATTTTTATTGAATGCCATGATCTTGTAAATTATCCAAAGGAGAAAGA AGTTTTTGCACTAAAACTGATATAAAATGCGAAAAGGTAGGGTATGAAACACAAATTAATTGGTGGAACCTGTTCAATCT GAGGGTGTTTATCTATTAATTATTTTACACTAATACTGAAGTCAATACATTCTTGATTGAAAATATATGGTTTTCCCTTT TAGGAACCATTTGTATTATGAATCCATTCTCTCCTTTGAGATTTCATTAGGTTAAGAGCTTATTTGTTTATGTCTTATAT CCAGGCAAGAATAAGACTCATTATGCTTTTATATGCGCTTCTTTGTATTAACATTCTGTTTCCCTTGCTTGTCAAGAACT TCAACTCTGAGGCTGATGCTCAAGCAAACTTGGCCATCAATCTTGCTGGTGAGGCTTTCTGAATCTTTAATCTTTGTTCA GTATTAACGCACACCTATCTCGTTACTATGTATATCTCTTCATCTTTCCTAAGCTTTCTCCATTTATACAGATGGCCAAG TCCAGGAAGAGTGTGTAGATTAATTCATTCCTGAAAGTTGCTGGTTATGTTCTGGGTTTGTGGTAGAAGACCTGCAGTTT TCGGATTAGTATCTGTGTTTAATTTATTGGTGACTCCATTATTTAACAATCAGATACCCAGAATATATTTTTCAATTAGT CATCTATCTCTTCTCATGAGCATTTGGCTAATAGTTTTTTGTCCAATGTAGCATTACTTTTCCGGGCTGGGTATCGATCC TCAGCTGTCAGGATTGATAGTAATTTTTGGCATCAACCTTTTCAATTTCCGTCAAAATTTTGCGGAGTCGAAGATTCCTA TTAGCCACCTCAAGTTGGATTTTGTGGTTTTCATTCATGAACATATGGAAGACCAGAAACTCTTACGGTCTGTTGTGAAC ATGATTCCTGTTCAATTCAAATAAGGTCATTATGCCTCATTGCTGAAAGTACTGATTCGTTTTTTGTAATGTTAATATTT TTGTTCCCTCAATTTTAAATAATCTGTCATAAATATGAGGGAATTGTTATTCATACCCCCTTACATCTATTCGTACCACT TGAAACTCATGAGACCCGAAAACACCCTTGTTGATATTTCGCTAGCAGTTTCAAAGTGCGTCACCGTCGTAGTTTTAAAG TTCGATGCCTATGCACTTTCTAAGTGCGCAGTAGACGCATTAAGAAAGTGCGTTCGGAACACACTGCCACTTTGACTGTA ACTTATGCCCCGACCAAAAACTCCCAATTTTCAATTAACACATGTTAAACATATTGTCTCATCCAACCACTGGACATTCT GGTTTAATATGCTCTAGATTTATGCATTCAAAGCAGACAATAGGTTCCTTGTCGGAGGTTGACAAGGTCTTCTTGGATTC GTATTCCTTCTTATGATCACTTCTGGAAGCTTCTTTTCTTTTTCCTTTTGTCGTTGAAGCCACATCCTTTTGAACTTTCT GTTGAACAGGGCTTGCTCCCCATCTGAGTTGTCATCTGAATAATTTAGCTCATCGTTTGATGCTTTAGCTTTTAAACGCT ACGATCTTCTGCTTCGTCGATCCTTCATCGTCCTTTCTGAGTTATATTTCATCAACCTTTAAGGATCCCATAAGGTCTTA TATCTTCAAAGTCTTAA
CDS sequence (LotjaGi4g1v0161500.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGAACTGCCTGTCGCAACTGTCATCGTATACTGCTACCATAGTCGGAAGGACCGCTCGATTCATCGCCGCGAACCGCTC TTCTTCTTCTTCTTCCATTCTCTCGTTCCCGAGGAAATCAGCGTTTTCCGGTGTTAGCTCTTGCCATTCAGAACTCTTCC TCAACCGGTTTCATTTTCGGTGCTATTCCGCCCGAAAAGGGCGCAAAACCGCTTCTTCTCGGTTGCCGAAGGTGGAGCCT GAAGCGGTGATGGAGCAGGAGAAGGACGCTTTCTATGTGGTGCGGAAAGGGGACATTGTTGGAGTCTATAACAGTCTCAG TGACTCTCAGGCTCAAGTTGGATCTTCTGTATGCGATCCTCCTGTTAGTGTATACAAGGGATATTCGTTGTCGAAGGGCA CTGAGGAATATCTTCTCTCGCATGGACTAAAAAATGCTTTGTACACTATTGAAGCCTCTGAATTGAAAGAGGATTTGTTT GGCTTGCTTGTACCTTGCCCTTTCCAGGATCCTTCTTCTACCAAAGGAGCCACATCAATTGAGGATGTATCTAAAAAGAG GTCTCTGGAAATGCTTGAACAAGATAATGTGAGAGTAACTGGTCCTACATCCATCTCTGATGATCCCTTGAGAAAGCAGG TTAAATTAGAAAATGATGCAGTAGCTGAAGCCTCTTCACTTGAAACTCAGACATGTCTTCTTGAGTTTGATGGTGCGTCA AAAGGAAATCCTGGAAAAGCTGGTGCTGGGGCTATTTTGCGATCTACCGATGGGAGTTTGATTTGTAGGTTGCGTGAAGG CGCGGGTATAGCAACCAACAATGCTGCTGAATACCGTGCAATGATATTGGGAATGAGATATGCTCTTAAAAAGGGGTTTA CTGGCATTCGTATCAAAGGTGACTCTAAACTTGTTTGCATGCAGATTGATGGTTCATGGAAGGTCAAGAATGCGAACTTG TCTTCATTGTATAAGGTGGCAAAAGAACTGAAGGATAAATTTTTATCATTCCAGATCAGTCATGTTCTAAGGAACTTCAA CTCTGAGGCTGATGCTCAAGCAAACTTGGCCATCAATCTTGCTGATGGCCAAGTCCAGGAAGAGTGTGTAGATTAA
Protein sequence (LotjaGi4g1v0161500.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MNCLSQLSSYTATIVGRTARFIAANRSSSSSSILSFPRKSAFSGVSSCHSELFLNRFHFRCYSARKGRKTASSRLPKVEP EAVMEQEKDAFYVVRKGDIVGVYNSLSDSQAQVGSSVCDPPVSVYKGYSLSKGTEEYLLSHGLKNALYTIEASELKEDLF GLLVPCPFQDPSSTKGATSIEDVSKKRSLEMLEQDNVRVTGPTSISDDPLRKQVKLENDAVAEASSLETQTCLLEFDGAS KGNPGKAGAGAILRSTDGSLICRLREGAGIATNNAAEYRAMILGMRYALKKGFTGIRIKGDSKLVCMQIDGSWKVKNANL SSLYKVAKELKDKFLSFQISHVLRNFNSEADAQANLAINLADGQVQEECVD
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
---|---|---|---|---|---|---|
PANTHER | 87 | 369 | 283 | 1.2E-129 | – | |
PANTHER | 87 | 369 | 283 | 1.2E-129 | – | |
ProSiteProfiles | 228 | 359 | 132 | 15.749 | ||
SUPERFAMILY | 231 | 355 | 125 | 1.64E-27 | ||
Gene3D | 232 | 363 | 132 | 2.2E-34 | ||
CDD | 234 | 358 | 125 | 6.76975E-47 | – | |
Pfam | 236 | 357 | 122 | 1.4E-24 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
---|---|---|---|---|
Molecular function | Nucleic acid binding | Interacting selectively and non-covalently with any nucleic acid. | ||
Molecular function | RNA-DNA hybrid ribonuclease activity | Catalysis of the endonucleolytic cleavage of RNA in RNA-DNA hybrids to 5'-phosphomonoesters. |
Expression pattern of LotjaGi4g1v0161500.2, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…