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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi4g1v0263600 |
| Transcript ID | LotjaGi4g1v0263600.2 |
| Related isoforms 1 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Transcription initiation factor TFIID subunit 2; TAIR: AT1G73960.1 TBP-associated factor 2; Swiss-Prot: sp|Q8LPF0|TAF2_ARATH Transcription initiation factor TFIID subunit 2; TrEMBL-Plants: tr|V7CAF2|V7CAF2_PHAVU Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi4g1v0263600 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr4:62720397..62733147) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
ATGGCGAAGCCTCGCAAGCCCAAGAACGAAGACTCCAAGCCTGAAAACTCCGGCGCCATCGTTCACCACCAAAAGCTCTG CCTCTCCATCGACCTCCACAAACGCCTCCTCTACGGGTTCGTTCCCCAATTCCTCACTGAAAATCATCACTCTCGTTTTC GATTAGGGTTTGTTCGAGTTCGATTTCAATTTTCAGATTCGATTTTGTGTTTTTCACTCGCAGGTACACTGAATTGAAAA TCGCGGTACCGGAGATCGGAATCGTAGGGCTGCACGCGGAGAATCTAGGGATTGGAGGTGTTTGGGTTGATGGTGAGCCT ACGGAGTTCGAATACTACCCGCATCAACAGCAGCAGGTGGAGGAGGATGGAAAGAGATGGAGCTCGGTGTCTTCTCCTAG CTCTGCTGCTGATGAAGCTGCGTCACTGTACTTGTCTTCTCTCGAGAAAGAACTCGTCCCCAATTTGCTCATCAACTGCT GTAAACCCTTCAAGCCTGAGACTGAACAGCAGGAGCAACCTGTTTCTGAAAATGGGTTCCACTCTGCTGAGCCTAAGCAG GTTATAGTTGCTGCTTCTACACTACATACACCCTTGCTTTTGTTACTGACCAGGGTGTTGAACACTGAACAGTGAACATT GAACAGTTCTTCTTCAACGTTTTGTTACTAGATAGTTGTGAACCCTAGACATGGAAATCGGGAACTGAATTTTTTAGTAG TAATATGTATAAATTCGCAGTTATGTATCATAAAAAGTTATTGCAAACAGAAAACTTTGAATCTTCGAAAGTAATCAGAC ATACTGAATTTTATAATATGTAGATAGTTCAAAATTTTAATTATCTGAAGTTGACTATGTGGTACTTAGGGCTCAGTATA GTAACAATGTGATTTATGAACATCGTTTTCTGCTTCGATTTTCCACATTTCTCGTCAAGAGGCTGCGCGTGCAATTTATT 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TTTCAATTATATACTTCTTTTTTGTGTTTATGCACTATGCAGACAATTATTTTACTCACCCTGATGAGAATTTTTATGTC TTTGTTGTCTTATATTAAAATGAATTCCTAATACTTACCTTGTCTGGTCTTCACCATTTGTGTTGTTAGAAAAAATCTGA TATGATGTTGAGCTTTCATCCTATGAGGTCATAAATTTTAATCTTAGACTTCTTTGTCTTGTGTGTCATTTAATCAACTT AACCAGCAACAGTGAGAATTGCTGGTTTAGCCAATGGATTTTGTTGTTGGTTCAATGCATGACTGGTGTTATTTGTATTA ACTATTATCCACTATTTCTTCTGCGTGCTGGTGTTTGACATGTGAGATCCCTGCCCTCTATTGCCTATGAATTTTCAATA CTAGTCTATGACTAGAACCTCCTTTAATCTATTGAGGAAACAAAAGGCCAAATATGTAAAACATGTAATGATGCAATGTT GTGATGTTTTTTTTGGCTTTGTTAGAAACTAATCATGTTCATTCATTTGTGTTGGTGTTACTATTTTGTATTTTTTTATT AATTAGTTAATTGATTTATTGATTCTGGACAGTTGATGTGTTCTTTTAGATTAATCAATTAGAAAAGGACAAAGATGTTA TTGCTCAGGCACAAGCAATTGCAGCTCTTGAAGCATCCCCCCAGTTATCGTTTTCTGTTGTGAATGCTCTAAACAATTTT CTCAGTGACTCCAAGGTGTGGTTCCTCTATGTAGTGTATAGTATTTTCTATAATTGATTAAAATATTAAATTAATATCTG GAGTTTTTTGGTCCAAACTCAAGGCTTTTTGGAGAGTAAGAATTGAAGCAGCATTTGCATTGGCAAATTCAGCATCTGAG GTATTCAAATACTAGAATACTTATTGCTTTATGACTTCATGTAATATCAGTTGATTGCAAAACACAAACTAAATTCATGA 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TCCTGTAATGGATTCCTGTTGTGTTATACACATGGCAGTTGCTAGATTTTTGAACTTGTGTTGCTCTTGAGGTAGTTAGG TGTACTCATTCAAATGTAACTTGTTCCGGTGTATCTTAGGTGTATTTTCTTTCATAGTCTTGTAACATATTATATATTTT AAACAATTTTGACAAATAACCTCTATAAGCACGGTAGTTGGAATTGCATTAATTATTATGGAATATATATTTTCACTAAA GAAAGATACTGGTATTACTAAATAAATGTCCATATAATTGTTGTACCTATTTACCCTAATGGTCAAGCTTTAATAAATCT CTATTCCTTGGTTTGTTCAAGTTTCAACATAAAATACTACACAGTAATGGGTAGGTTGCAATATTGCATCCAAAGGCAAT AGCTTGCTCTGATCTTGAGGATAATAATTGCTTTTGGGATTATATAACTTTTTAATGAACTTTTGCAGTTATATAATATT TGTCCAATGAAATTTTAGAATTTGGTCCAATGACTGCTATATGCATTTCTCTTCCTACATCGGACCAGAGATTTGATAGG AAAACATCCTACCTAAAAACGGTACATTGTATCACTTGTAAAAGTTGAAGGAAATACAGAAATATAATAGCAATGCTCCC AGTCAAGATTACCCCCTCCTACCCCAACTACAAAAAGCTGGGTATAGGCCTATAGGGGTGAAAGCTGAAGGGTGTGATGA AGAAAAAGATCACCTACAGTATCTTGACTATGAAGAAGGGGCACATGAGTGGGAAAAAAGTAGAGTTGATGTTGTAAGGA GAGAACGTCGAGTTGATGTTGTAAGGAGAGAACGTCCGTGATCTCAAAATTTTGAGATTCATATAATTTATTTATATACT TTCCATCATTCAATTATTACTCTCATGTTCCATCTATTCAAAACCGCTAATAATGTGGCTATTCAAATTTCAAAGTTCTG GGGAATTCTTGTTTAATATCTCAGTTCGGAGTAACCATTTTAATGTTGTATTCTTTTTTTAATCTTCAATGCTTAATTAT GTGGGGTTGTTTCATTCTTTTCAGAAATAATTTGTTACACACCTGAATGTTGAATGTGCCTCTGTTTAAATGTGCTTTTA TTATCAGTACTCTTTTTGCATCCTATGATAATTATAGTGGTATGTATATTCTGCTGCGGTTAGATAATAAACCATTGTTT CATATGTTCTTTTATAACCGGCAACTCAATGTTTAACAATTGGCTTTTTTAGGCTATTCCACATGCTGTAGCTATGGTCA GAGCTGCCGACAAGAAAAGCCCGAGAGAGGCTATCGAGTTTGTTTTGCAGCTACTGAAGGTATTGGTGACTTTCTGCTGC AGTTTACACGTAATAGAGATAGTGAATTATCACAAAGCATGTTTATAGTGTCTGTATGAATAGCTCTTAACCTGAAGATG TGAAATTGTCTAAATAATTTTTTAGAAATGGAATTGAATTGAAATTTAGTATTAGCCACTTGTTACCGTGAGACAAATGG ACAAGGGAATTTTATTAGCAGTTGGTCACTTGGTTGCTATTTGGTCGAATTTCATATTTATTTAGTAAATAATATTTATT AATTTTTTAATGGTGCTAAGATTCCAATCATAGAAAAGTGGAGTTACTTTAAATGAATTGAATTTTTCAAACCTTGGGGG TCAAATTGAGTGTTGGCTTTGAACATTCTCTACTTGGCTCTCACAGGTATACTGGTATAAGGTGGCCAGGAAGCATGTTG CCCCTGAAACCTTATATCAGTCTGTACTTTGGCACATAGATTTTTAACTCCTTTATATTAAAGTAGTTGTTTGCTTTATC CCCCCAAAAGGTATCATGTTACCGCATCTTATGTTTATTCCTGAGGTGCTATAGGCTTAAACACCATTCAGTGATTCTTG 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AAACTAGGGTATTCAATGTACTTTTACTGATTTGAGCTGTTCTATGTTTCTTTACGCTGTTGTTTTATTGCATTATTTAT GGTTGTTCATATTGCCATACATCATTGCCCTTTGGATTCCTGGTTTGTTGGTTTGGCAGCTAGATTACTATTTTGGCAAT ATTACTTCTTGCTTTTGGTTGTATAAATTTCCTATTGACAGCTTTGTGCCTCTAGTCATTTTAATCATCCTTTCTTTTGC AGTACAATGACAACAATGGGAACCCTTACTCTGACGTCTTCTGGCTTGCTGCGTTGGTCCAGTCAGTTGGCGAGCTTGAG TTTGGGCAACAGGTTCCTGAACTATTACTCTTTCTCTGACTTTGCCGCGTCTTTTTTTTTCCTAATCATAAAGCTCCATA AATACTTGATAATTAACCAAAAGTACTGATCTTGAATTTAAAGTGTCGGGAGTTGATAATTTTGTGGTCGTAAGTTTGAA TTTGAGCTGTGCAATATCCATTCCTATAATATCCATAGAGGTTGCTGGTTTTGGAGCCATATATATATATATATACACAC ACTAACTGGAAATTTCTATTGATCATGAATGTGGTTCTCACTTTATCATAACTTTTGTAAACATTATTTAACCTGATTTT GACAATTAAGCTTCTTTCTGACTGTAAAACTGCTTACAGAGTATTCTCCTATTGTCATCACTACTCAAACGTATTGACCG GCTTTTACAATTTGATAGGTAAAATGACATATTGCTTCCAATTATGCTGGAATTATCCATTTTACTTGTAATTATGATTA TGGCTAACATTTCTTTCTTCTGCCAGTCTCATGCCAAGCCACAATGGAGTCTTGACTGTTAGTTGTATCCGGACATTGAC CCAGATTGCTTTAAAGCTTTCAGGGTTCATTCCTCTTGTAAGTGTCTTCTTATTTGGCATAAGAGTTCAGTTCAAGGGTT GCCATGAAGATGTGTAATGCTTAATCTTTACTACAGGATCGTGTATACGAACTCGTAAAACCTTTTCGGGACTTGAAGGC AATTTGGCAAGTTCGGATTGAAGCAAGCCGAGCACTCCTTGATCTTGAATTCCACTGCAAGAACATTGATGCAGCACTGG TTTTATTTATCAAATATGTAGAGGAGGAGCCTTCCTTAAGAGGTTGTGAATCCTTTCCCTAATACAGGATCATTGGAGAT GATTTACAAACTAGAAAATTGGTTCTGTTAG
CDS sequence (LotjaGi4g1v0263600.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGCGAAGCCTCGCAAGCCCAAGAACGAAGACTCCAAGCCTGAAAACTCCGGCGCCATCGTTCACCACCAAAAGCTCTG CCTCTCCATCGACCTCCACAAACGCCTCCTCTACGGGTACACTGAATTGAAAATCGCGGTACCGGAGATCGGAATCGTAG GGCTGCACGCGGAGAATCTAGGGATTGGAGGTGTTTGGGTTGATGGTGAGCCTACGGAGTTCGAATACTACCCGCATCAA CAGCAGCAGGTGGAGGAGGATGGAAAGAGATGGAGCTCGGTGTCTTCTCCTAGCTCTGCTGCTGATGAAGCTGCGTCACT GTACTTGTCTTCTCTCGAGAAAGAACTCGTCCCCAATTTGCTCATCAACTGCTGTAAACCCTTCAAGCCTGAGACTGAAC AGCAGGAGCAACCTGTTTCTGAAAATGGGTTCCACTCTGCTGAGCCTAAGCAGAATGTGAGATCTGTTCGTATTGACTAT TGGGTAGAAAAGGCGGAGACAGGAATCCACTTCAGAGATAATTTGCTTCATACTGATAATCAGATAAGGAGAGCGAGGTG TTGGTTCCCTTGTATAGATGACAATTCACAGCGATGCTGCTATGACCTGGAGTTCACTGTAGCTCACAATCTTGTGGCTG TCAGTACTGGAAGCTTGCTATATCAGGTCTTAAGCAAAGACAATCCTCCTAGGAAAACATATGTCTATAAATTGGATGTT CCAGTTGCTGCAAGGTGGATATCTTTGGCTGTTGCCCCTTTTGAAATTCTTCCTGATCACCAATTTAGTCTTGTATCACA TATGTGTTTGCCACCGAATCTGTCAAAGATGAGGAATACAGTGGATTTTTTCCATAGTGCCTTCAGCTGCTATAAGGATT ATCTTTCTTTAGACTTCCCATTTGATTCATACAAGCAAGTTTTCATAGAGCCTGAGATGGCAGTTTCATCATTGAGTTCA GGAGCCTCTATGAGTATTCTAAGTTCTCAAGTTTTGTTTGATGAGAAGGTTATTGACCAGACTATTGATACAAGGGTCAA GCTTGCATATGCCCTTGCAAGACAGTGGTTTGGAGTGTATATCTCTCCCGAGGCACCAAATGATGAGTGGCTCTTGGAAG GGCTTGCTGGTTTCTTGACAGATTTTTTCATTAAGAAACATTTGGGAAACAATGAGGCACGGTACCTGAGATACAAGGCA AATTGTGCTGTTTGCAAAGTTGATAATAGTGGAGCGACAGCTTTGAGCTGTTCAGCTTCTTGTAAGGATTTATATGGAAC ACAGTCAATTGGTTTGTATGGAAAAATAAGATCATGGAAGTCTGTGGCAGTTCTTCAGATGTTGGAAAAGCAGATGGGTC CTGAATCTTTCCGTAGAATTTTGCAAACTATAGTTGCTCGAGCTCAAGATAAATCACGTTCCATGAAAACACTTAGTACT AAGGAGTTTCGACATTTCGCTAATAAGGTTGGAAATCTTGAGCGTCCATTTCTTAAAGATTTCTTCCCTCGATGGGTCGG TTCTTGTGGATGTCCTGATTTAAGAATGGGGTTCTCCTATAACAAAAGGAAGAATATGGTTGAATTGGCTGTGTTGCGGG AATGCACAGCATTGCAGGCTTCAAGTACATCCATTCTTGATATTAAACCAGATTCTGAAAATAAAGATGGAGATACTGGA TGGCCTGGTATGATGAGCATACGGGTATATGAACTTGATGGTATGTATGACCATCCAATTCTACCTATGGCTGGAGAAGC ATGGCAACTATTGGAAATACAATGCCATTCAAGGCTTGCTGCTAGACGCTTTCAGAAGCCTAAGAAAGGTTTAAAAATTG ATGGCTCTGATGATAATGGTGATGTGCCTTCCATGGATATACGCTCGAGTACTGAGTCCCCTTTATTATGGATCAGAGCA GATCCTGACATGGAGTACCTTGCTGAGGTTCATTTTAATCAACCAGTACAGATGTGGATTAATCAATTAGAAAAGGACAA AGATGTTATTGCTCAGGCACAAGCAATTGCAGCTCTTGAAGCATCCCCCCAGTTATCGTTTTCTGTTGTGAATGCTCTAA ACAATTTTCTCAGTGACTCCAAGGCTTTTTGGAGAGTAAGAATTGAAGCAGCATTTGCATTGGCAAATTCAGCATCTGAG GAAACTGATTTTTCTGGACTACTTCATTTGGTGAAATTTTACAAGAGTCGGAGGTTTGATCCTGACATAGGACTCCCAAA GCCAAATGATTTTCATGATTTTGCTGAGTATTTTGTTCTTGAGGCTATTCCACATGCTGTAGCTATGGTCAGAGCTGCCG ACAAGAAAAGCCCGAGAGAGGCTATCGAGTTTGTTTTGCAGCTACTGAAGTACAATGACAACAATGGGAACCCTTACTCT GACGTCTTCTGGCTTGCTGCGTTGGTCCAGTCAGTTGGCGAGCTTGAGTTTGGGCAACAGAGTATTCTCCTATTGTCATC ACTACTCAAACGTATTGACCGGCTTTTACAATTTGATAGTCTCATGCCAAGCCACAATGGAGTCTTGACTGTTAGTTGTA TCCGGACATTGACCCAGATTGCTTTAAAGCTTTCAGGGTTCATTCCTCTTGATCGTGTATACGAACTCGTAAAACCTTTT CGGGACTTGAAGGCAATTTGGCAAGTTCGGATTGAAGCAAGCCGAGCACTCCTTGATCTTGAATTCCACTGCAAGAACAT TGATGCAGCACTGGTTTTATTTATCAAATATGTAGAGGAGGAGCCTTCCTTAAGAGGTTGTGAATCCTTTCCCTAA
Protein sequence (LotjaGi4g1v0263600.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MAKPRKPKNEDSKPENSGAIVHHQKLCLSIDLHKRLLYGYTELKIAVPEIGIVGLHAENLGIGGVWVDGEPTEFEYYPHQ QQQVEEDGKRWSSVSSPSSAADEAASLYLSSLEKELVPNLLINCCKPFKPETEQQEQPVSENGFHSAEPKQNVRSVRIDY WVEKAETGIHFRDNLLHTDNQIRRARCWFPCIDDNSQRCCYDLEFTVAHNLVAVSTGSLLYQVLSKDNPPRKTYVYKLDV PVAARWISLAVAPFEILPDHQFSLVSHMCLPPNLSKMRNTVDFFHSAFSCYKDYLSLDFPFDSYKQVFIEPEMAVSSLSS GASMSILSSQVLFDEKVIDQTIDTRVKLAYALARQWFGVYISPEAPNDEWLLEGLAGFLTDFFIKKHLGNNEARYLRYKA NCAVCKVDNSGATALSCSASCKDLYGTQSIGLYGKIRSWKSVAVLQMLEKQMGPESFRRILQTIVARAQDKSRSMKTLST KEFRHFANKVGNLERPFLKDFFPRWVGSCGCPDLRMGFSYNKRKNMVELAVLRECTALQASSTSILDIKPDSENKDGDTG WPGMMSIRVYELDGMYDHPILPMAGEAWQLLEIQCHSRLAARRFQKPKKGLKIDGSDDNGDVPSMDIRSSTESPLLWIRA DPDMEYLAEVHFNQPVQMWINQLEKDKDVIAQAQAIAALEASPQLSFSVVNALNNFLSDSKAFWRVRIEAAFALANSASE ETDFSGLLHLVKFYKSRRFDPDIGLPKPNDFHDFAEYFVLEAIPHAVAMVRAADKKSPREAIEFVLQLLKYNDNNGNPYS DVFWLAALVQSVGELEFGQQSILLLSSLLKRIDRLLQFDSLMPSHNGVLTVSCIRTLTQIALKLSGFIPLDRVYELVKPF RDLKAIWQVRIEASRALLDLEFHCKNIDAALVLFIKYVEEEPSLRGCESFP
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 1 | 926 | 926 | 0.0 | ||
| SUPERFAMILY | 17 | 252 | 236 | 7.45E-23 | ||
| CDD | 23 | 506 | 484 | 3.6399E-122 | – | |
| Gene3D | 261 | 510 | 250 | 2.3E-32 | – | |
| SUPERFAMILY | 265 | 514 | 250 | 2.2E-26 | – | |
| Pfam | 282 | 479 | 198 | 1.1E-13 | ||
| SUPERFAMILY | 443 | 919 | 477 | 1.81E-7 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Cellular component | Transcription factor TFIID complex | A complex composed of TATA binding protein (TBP) and TBP associated factors (TAFs); the total mass is typically about 800 kDa. Most of the TAFs are conserved across species. In TATA-containing promoters for RNA polymerase II (Pol II), TFIID is believed to recognize at least two distinct elements, the TATA element and a downstream promoter element. TFIID is also involved in recognition of TATA-less Pol II promoters. Binding of TFIID to DNA is necessary but not sufficient for transcription initiation from most RNA polymerase II promoters. | ||
| Molecular function | Metallopeptidase activity | Catalysis of the hydrolysis of peptide bonds by a mechanism in which water acts as a nucleophile, one or two metal ions hold the water molecule in place, and charged amino acid side chains are ligands for the metal ions. | ||
| Molecular function | Zinc ion binding | Interacting selectively and non-covalently with zinc (Zn) ions. |
Expression pattern of LotjaGi4g1v0263600.2, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…