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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi4g1v0348000 |
| Transcript ID | LotjaGi4g1v0348000.1 |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Pyrimidine-specific ribonucleoside hydrolase; TAIR: AT5G18860.1 inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase family protein; Swiss-Prot: sp|B1KHA5|RIHA_SHEWM Pyrimidine-specific ribonucleoside hydrolase RihA; TrEMBL-Plants: tr|I1MRC4|I1MRC4_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi4g1v0348000 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr4:72697609..72707553) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
AAAGAATGATAGGAGATAGAATAGAAGAGGAGGACCACGCTTTATGGTTTTGGGGAATGGCGATTTTTTTTTTTGTCAAA TAAAAATTATTATTTAAGTGCTTGTGTGTGCATCTCGTGTTGGTTGATTAGTCAAAATCGGAAGAGCTATATTAGCAATA GCATATATAACAGTTAGATCTTCACGCTTTGCTAAAAGCATTGCTAATGGAGTGAACGTTCCAAGTTCCCATTGGTTTTA ATTAATCTCTGTGTCCTTTTCCTCTCTTCTGCCCGGTCTAAAGTAAGGAAGGTCTTCATATATATATCCGCATGTGCTTA TATATATACATATTTTTCTAGCCGGTGTCGGCTACATGAATGAAACTGAGCAGCTAGTTATATATATTAAGAAGCTGCTG CAGATTCAATTATAATTAACATTGAATTGCAGTGGTTATTTGAGCTCAAACATTCTTTCAAGATGATACAACACAGCTGT GTTTCTACTTTGAGGAGGTGCTGGGTTTCTCTAGTACTAGTGTTGTTGATTGTAGCAGCAACTAATCTTGGAGGTGCTGC TGTGGTGGATGAGGCCAAGCTTCCTCGTCGGATTCTGATGGACACAGATGTTGATACAGATGATTTCTTTGCTCTGCTCT ACCTTTTGAAGCTCAACAGATCTCAGTTTCAATTGGAGGTGAGTAACTACTGACACAACCAAATCAATGCTTGCTAGTTT CCTCTTTTCTCCTCTTATTTGTTGGCTTATGCTGAAACTGAGAGAAAACAAAGAAAAAATCGGCAAAGAGAAAACACTCC AATTACAGCATAGTGCGTCTGTGACATACTGAGAAGATAAACATAAGTTCATAAGTTCATCCTTAGATATGATGAGCATC ATAAAATCGATTATCCACCAATTGAAATTTTACTAAACACACTTAGAAACTTTAAAGTTAAATCCATAACTTTAGTAAAT 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TAGCAAGAACAATCCACTTCTATGACAGTGGACTTCAGAGCATAGCTAGAAAAAAGTCAAGTTCTAGACAAAAGGAAAAA ATTAATTGAATATTCAGAACAATTTTTTAATTAAACGTTTTAAAATAAAGTTCAGATTGTTATAATTTGAGGAGATAACT GTTCCTAAATGTTGCAGGAGGTTTATGTAGTTGGGGGACACATCAGCCAGAATGCCAATGATAGAGGAAACATCTTTTCA GTTCCTTCCAACCAATATGCAGAATTCAACATGTTCCTAGATCCTTTGGCTGCCAAGACAGTGTTTGAATCTGAAGTTAA CATAACATTGATTCCTCTTAGTGCACAGCGCAAAGTAAGTTCATTTTCAACCGCCATAGGTCAGTTACGTACGAAATCAA CAACTCCTGAGGCTGTATTTTCCAAGCGTCTGCTGTCAAGCCTATACCATTTGAAGCAAATCCATAACAAGTATCATCAT ATGGTAAGTACCTAAGTTCCTATCCACAAAATTAAATTCTTTTTTCTAGCCCAATATTATTTCACAGCATAAAAACTTTA GGATCATTTTAACATAAGGTTTCCTTCTTGTTTGCACTTGTAGGACACATTCTTGGGGGAAATTCTAGGTGCAGTAACCT TGGCTGATACTTCAAAACTTGATCCAAGATTTGAGCTCAAGCCTGTTAAAGTCTTAGCTGATGGTGTTGAATCTACTGAT GGAAAAATTGCGGTGGAGAAACATGGAAAATTAGTTAGAATTTTAAGTCGAGTGAGTGCCATGGCTTATTATAATTTGCT TGCTGATAAGCTTGGCGATCATAATCAATCAGCTAAGGTTGGAAGCTTTGAAGAACAAACCAGAAAATGGCGTCATTCTC CTGATAAAGTGTAGGCACACTTCTTCATTATTCTCTGCTAGGCAGCAATAATATATCTTTTGTTATATTATACACTACAA TTGATAGGGTGATTTTCCTAAGTTTAACCCATACTTTCACATTTGATTTTGGAAATGCCAAAACGACATGGTACCTTTTT CTTTTCTTTTCTCCTAACCCAACTTCAAGAAAACAATGGAGATAGATCGGTCTAAAAAATCATCATCTTGTAGCTGGATT GAAATCGTAACATATTAATTATATGTAATATAACCGTAGATAGTTCATCATCTACTTTCTACAACAATTACTAGCCGTGT ATAAATAATAAATTTCTCCTGGAACGCTACTAATTGGTCTTGGCAATGGGGCTCATCACTCGAAAAACTGCCTCAGGATC TTCCTTGGGCTTTGTTTTTTTCTCC
CDS sequence (LotjaGi4g1v0348000.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGATACAACACAGCTGTGTTTCTACTTTGAGGAGGTGCTGGGTTTCTCTAGTACTAGTGTTGTTGATTGTAGCAGCAAC TAATCTTGGAGGTGCTGCTGTGGTGGATGAGGCCAAGCTTCCTCGTCGGATTCTGATGGACACAGATGTTGATACAGATG ATTTCTTTGCTCTGCTCTACCTTTTGAAGCTCAACAGATCTCAGTTTCAATTGGAGGGAATCACGATCAATGCAAATAGT TGGTTAGATGCTGGACATGCTGTGAATCAAATTTATGACATACTTTATATGATGGGGCGAGATGATATTGCAGTTGGAGT TGGAGGTGAAGGTGGAATACTACCAAATGGTACCATACTCCCTAATGTTGGTGGATATCTTCCAATCATAGAACAGGGAA TTACCACTGTTGGGGGTTGCAGATACAGAAGGGCCATTCCTTTGGGTCTTGGAGGGCGATTAGATATTGATGCAAACTTT GGTATCAGAAAGGCTTTCCTACCGCAGGGCAAAAGGAAATACACTCCATTAAAACAACCAACTTCTCAGGAAGTGCTGAT TGAAAAAATATCTGAAGGTCCCATAACCCTGTTAGTGACTGGAGTACACACAAACATTGCAATTTTCCTAATGAATAACC CACACCTAAAGAAAAATGTGGAGCACATTTACATCATGGGTGGTGGTGTAAGGTCGAGCAACCCAACTGGTTGCTGCCCC AAAAATGCTTCATCTTCCTCCTGTGTGCCTCGACAGTGCGGTGACCGCGGCAACATGTTTACTGATTATAATACTAACCC TTATGCAGAGTTCAACATGTTCGGTGACCCTTTTGCAGCATACCAGGTGATTCACTCTGGAATTCCCATCACCCTTGTTC CTCTTGATGCAACAAACACAATCCCCATCAATGAAGAATTCTTTGATGTATTTGAAAAGACTCAAGAAACTTATGAGGCA CAATATATATTCAAGTCATTGAAAATGGCTCGTGATACATGGTTTGACGACCAATTCTATTCGAGTTATTTTATGTGGGA CTCTTTTGCAGCTGGTATAGCTGTTTCAACTATGAGTAAATCCAATAACCCTGAAGGAGAAAATGAATTTGCTGAAATGG AATATATAAACATAACTGTTGTTACTTCAAACAAGCCTTATGGGATATCTGATGGCTCTAATCCACTCTTTGATGGCCTA AAAGTTCCTAAGTTCAATTTAGAGAAAGGTGGGGTGCATAGTGGTCATATTCAACAAGGACTTAGAGATCCACTTTGCTT TGTCAAGAATGGGAGAGGAAGATGCCAGGATGGTTATACATCAGAGGCACATGGTCCTGACTCAGTGAGGGTACTTGTTG CCACAAAAGCAAAGCCTAACCGGGATGTTAGGAGCTCCCTTGATAGAGAATATTATAAAAGCTTCTTGAATGTTCTAAAG CAACCACAACATACTGGGAAGTTCAACTTCACCACACAGTTTCCTTACTACAAAGAAGTAACTTACAAGCCCGATTTTCA TAACAAAACACTTGGGAAACCTGTTGTGTTTGACATGGACATGAGTGCAGGAGATTTTTTGGCTCTGTTTTACCTCCTTA AAGTTCCCGTTGAAGTAATCAACCTCAAGGCAATCATTGTGAGTCCTACTGGATGGGCAAATGCAGCAACAATAGACATA ATCTATGACTTACTGCACATGATGGGCCGTGACGATATCCCAGTTGGTCTCGGAGATGTTTTTGCCGTGAATCAATCGGA TCCAATATTTTCAGCTGTTGGAGATTGCAAGTATGTTAGAGCCATTCCCCATGGAAGTGGGGGGTTTCTAGACTCTGACA CACTTTATGGTCTTGCTCGCGATCTACCACGCAGCCCAAGAAGGTATACAGCAGAAAACTCTGTGAAGTTCGGGGCTCCT CGCGATACAGATCACCCGGAACTCAGGCAACCACTAGCTATGGAAGTTTGGGAGTCTGTATTACAAACAACTGAACCAGG ATCTAAGATTACAGTATTAACCAATGGACCCTTGACTAATTTGGCAAAGGTTGTATCAGTAGAAAACATAAGATCTAGAA TCAAGGAGGTTTATGTAGTTGGGGGACACATCAGCCAGAATGCCAATGATAGAGGAAACATCTTTTCAGTTCCTTCCAAC CAATATGCAGAATTCAACATGTTCCTAGATCCTTTGGCTGCCAAGACAGTGTTTGAATCTGAAGTTAACATAACATTGAT TCCTCTTAGTGCACAGCGCAAAGTAAGTTCATTTTCAACCGCCATAGGTCAGTTACGTACGAAATCAACAACTCCTGAGG CTGTATTTTCCAAGCGTCTGCTGTCAAGCCTATACCATTTGAAGCAAATCCATAACAAGTATCATCATATGGACACATTC TTGGGGGAAATTCTAGGTGCAGTAACCTTGGCTGATACTTCAAAACTTGATCCAAGATTTGAGCTCAAGCCTGTTAAAGT CTTAGCTGATGGTGTTGAATCTACTGATGGAAAAATTGCGGTGGAGAAACATGGAAAATTAGTTAGAATTTTAAGTCGAG TGAGTGCCATGGCTTATTATAATTTGCTTGCTGATAAGCTTGGCGATCATAATCAATCAGCTAAGGTTGGAAGCTTTGAA GAACAAACCAGAAAATGGCGTCATTCTCCTGATAAAGTGTAG
Protein sequence (LotjaGi4g1v0348000.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MIQHSCVSTLRRCWVSLVLVLLIVAATNLGGAAVVDEAKLPRRILMDTDVDTDDFFALLYLLKLNRSQFQLEGITINANS WLDAGHAVNQIYDILYMMGRDDIAVGVGGEGGILPNGTILPNVGGYLPIIEQGITTVGGCRYRRAIPLGLGGRLDIDANF GIRKAFLPQGKRKYTPLKQPTSQEVLIEKISEGPITLLVTGVHTNIAIFLMNNPHLKKNVEHIYIMGGGVRSSNPTGCCP KNASSSSCVPRQCGDRGNMFTDYNTNPYAEFNMFGDPFAAYQVIHSGIPITLVPLDATNTIPINEEFFDVFEKTQETYEA QYIFKSLKMARDTWFDDQFYSSYFMWDSFAAGIAVSTMSKSNNPEGENEFAEMEYINITVVTSNKPYGISDGSNPLFDGL KVPKFNLEKGGVHSGHIQQGLRDPLCFVKNGRGRCQDGYTSEAHGPDSVRVLVATKAKPNRDVRSSLDREYYKSFLNVLK QPQHTGKFNFTTQFPYYKEVTYKPDFHNKTLGKPVVFDMDMSAGDFLALFYLLKVPVEVINLKAIIVSPTGWANAATIDI IYDLLHMMGRDDIPVGLGDVFAVNQSDPIFSAVGDCKYVRAIPHGSGGFLDSDTLYGLARDLPRSPRRYTAENSVKFGAP RDTDHPELRQPLAMEVWESVLQTTEPGSKITVLTNGPLTNLAKVVSVENIRSRIKEVYVVGGHISQNANDRGNIFSVPSN QYAEFNMFLDPLAAKTVFESEVNITLIPLSAQRKVSSFSTAIGQLRTKSTTPEAVFSKRLLSSLYHLKQIHNKYHHMDTF LGEILGAVTLADTSKLDPRFELKPVKVLADGVESTDGKIAVEKHGKLVRILSRVSAMAYYNLLADKLGDHNQSAKVGSFE EQTRKWRHSPDKV
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| SignalP_GRAM_POSITIVE | 1 | 32 | 32 | - | – | |
| Phobius | 1 | 12 | 12 | - | – | |
| Phobius | 1 | 32 | 32 | - | – | |
| SignalP_EUK | 1 | 32 | 32 | - | – | |
| TMHMM | 13 | 35 | 23 | - | – | |
| Phobius | 13 | 24 | 12 | - | – | |
| Phobius | 25 | 32 | 8 | - | – | |
| PANTHER | 29 | 890 | 862 | 0.0 | – | |
| PANTHER | 29 | 890 | 862 | 0.0 | – | |
| Phobius | 33 | 893 | 861 | - | – | |
| SUPERFAMILY | 41 | 388 | 348 | 1.96E-55 | ||
| Pfam | 42 | 381 | 340 | 1.4E-38 | ||
| Gene3D | 511 | 868 | 358 | 2.6E-46 | ||
| Pfam | 513 | 816 | 304 | 1.1E-38 | ||
| SUPERFAMILY | 513 | 867 | 355 | 5.36E-46 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
Expression pattern of LotjaGi4g1v0348000.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…