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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi4g1v0438800 |
| Transcript ID | LotjaGi4g1v0438800.5 |
| Related isoforms 5 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | SH3 domain protein; TAIR: AT2G07360.1 SH3 domain-containing protein; Swiss-Prot: sp|Q4P3H6|SLA1_USTMA Actin cytoskeleton-regulatory complex protein SLA1; TrEMBL-Plants: tr|I1K661|I1K661_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi4g1v0438800 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr4:81189784..81208172) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
ATGGCGGTAATTCCTCACATCACACTTCATACATTTTCCTCTGAAATTCCAATCGTTCCTAACTTTCCGATTTGTGCAGG ACTCGTCGGGAACCACGCTGATGGATCTGATAACGGCGGACCCGACCCCAGCGCCGGCATCATCATCGGCGGTCGCCACT GCTCCATCTCCGGCAGCAACGCCTCCGACTTCTCTGCCCTCGGCGTTGGGTAAACCCGCTACTGAGAAGAAATCGAAGAG AGCCACATTGATGCAGATCCAGAATGACACCATTTCTGCTGCCAAAGCTGCTTTGAATCCAGTCAAGACCAATATCATGT CAACGAAGCAAAAGAAGAAGGTTCCGCACTTTCTTCTCTTCATTACTTAATTCTTAACTTCCTAGAATTTGCGTTTTGCT TGATATTTGATTCATCGTGCATCGTAGATCAGTTAGTTTTGAGTTCAACGATATCGATTTTGTGCACGTACTTGAAAGCA AGCTCTGTGTTCTCATGGACCATAGTTTAGTTTATAGTTGTTACTTGATAGCGAATCACTGTGTAGAAGAAGGTAATATT GATTGATAATGCGTAATTCAGTGCGTTTAATCTTCGTACTACGTTTTCGTTTGCAGCCAGTTTCCTATGCACAACTCGCG AGAAGTATCCATGAGCTAGCTGCCACTTCTGATCAGGTGAGTGTAGCTTTTTTCATTTCTAGGTTATGCTTTTGTGTTTG GATGGGAAAGTAGAGACTCTCTCATGTTTTGGTTTTGATGGTAACATGGTTTCAGAAAAAATCTGTTCGGCAATTAGTGC ACCATGTGTTTCCAAAACTTGCTGTGTATAATTCCGTGGACCCTTCGCTCGCTCCATCTCTTCTTATGGTATGCTTCAAT TCCTTTGAAATTTAACATTCTCTAATGTATGTGATTTACCGCGTCTTGCATTCTTTGTTTTTATACCTTATACTGAATTT 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TTTCCCTAGATTCCTCAGGTTTATAACCTTGCATGGTGGAAAATCAGTCGCTGATTGCCTACTTCTTGCTGCAGGTTAAG AAGAAACGCCCTGGCAGGGATGGCAAGATGGCTGGGCTTGTCCCTGTTTTATATGTCAATCAGGCCTGA
CDS sequence (LotjaGi4g1v0438800.5) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGCGGACTCGTCGGGAACCACGCTGATGGATCTGATAACGGCGGACCCGACCCCAGCGCCGGCATCATCATCGGCGGT CGCCACTGCTCCATCTCCGGCAGCAACGCCTCCGACTTCTCTGCCCTCGGCGTTGGGTAAACCCGCTACTGAGAAGAAAT CGAAGAGAGCCACATTGATGCAGATCCAGAATGACACCATTTCTGCTGCCAAAGCTGCTTTGAATCCAGTCAAGACCAAT ATCATGTCAACGAAGCAAAAGAAGAAGTTAGTTTTGAGTTCAACGATATCGATTTTGTGCACCGTACTACGTTTTCGTTT GCAGCCAGTTTCCTATGCACAACTCGCGAGAAGTATCCATGAGCTAGCTGCCACTTCTGATCAGAAAAAATCTGTTCGGC AATTAGTGCACCATGTGTTTCCAAAACTTGCTGTGTATAATTCCGTGGACCCTTCGCTCGCTCCATCTCTTCTTATGCTA AATCAACAATGTGAAGATAGAAATGTCCTACGATATGTCTATTATTACCTGGCCAGAATTTTGTCTGACACCGGTCCCCA AGGGTTGAGCACAGGTGGTGGGATACCCACCCCTAATTGGGATGCTCTGGCTGACATCGATGCAGTTGGGGGTGTTACTC GAGCTGATGTTGTGCCACGAATAGTAGAGCAGCTTAGTGCTGCAGCTACAAATGCTGATTTTGAAGTTCATGCTCGAAGA CTACAATCCTTGAAGGCACTTACATATTCTCCTTCAACCAACTCTGAAATTTTGTCCAGATTGTATGAAATTGTATTTGG GATACTAGAGAAGGTTGGTGATACTCCACAAAAGAAAAAGAAAGGCATACTGGGCGCTAAAGGTGGTGATAAAGAATCTA TAATTCGAAGCAATTTGCAATATGCTGCCTTGAGTGCTCTGAGAAGACTCCCTCTTGATCCTGGAAATCCAGCATTTCTG CATTATGGTGTACAAGGGATATCATTTGCTGATCCGGTTGCTGTGAGACATGCACTGGAAATTGTTTCTGAGATAGCTGC TAGGGACCCCTATGCTGTTGCAATGGCCTTAGGAAAGCATGTGCAGCCTGGAGGTATGCTTTTTGGATCTTCATCATCTC TTTTAGAATATTTGGTCATGACTGTTTTGGTAAATGTTACAGGGGCCTTACAAGATGTTCTCCATTTGCATGATGTTCTT GCTAGAGTTTCTCTAGCGAGGCTGTGCTGTACAATATCGAGAGCTAAAGCTTTAGATGAGAGGCCAGATATTAGATCTCA GTTCAATTCAGTTCTCTATCAACTTCTGTTGGATCCCAGTGAACGAGTCTGCTTTGAGGCAGTTTTGTGTATACTTGGAA AATATGATAACACTGAGAGGACTGAGGAGCGTGGTGCTGGGTGGTATCGTTTGACTAGGGAGATTCTCAAGTTGCCGGAG GCATCATCGAAGGAAAGTTCTAAAGATAAATCAAAGAAGATAAAACGACCACAGCCTCTTATAAAACTTGTAATGAGAAG GTTAGAGAGTTCTTTCCGAAGCTTTTCTAGACCCGTGCTTCATGCAGCAGCTAGAGTTGTTCAGGAAATGGGGAAAAGTC GGGCCGCCGCTTTTGCTATGGGCATACAGGATGTTGATGAAGGAGCACATGTCAATACATTTGCTGAGGATACAGATTTA AATGATTCAGATGAAAGCACACATCCTGAAAGCATCCGAAGAACTTCTTCAGTATCTAATGGAACTGCTGGCAGAGATAC CATTGCGGGTATGTTGGCTTCATTAATGGAAGTGGTACGGACAACAGTTGCCTGTGAATGTGTTTATGTACGAGCTATGG TGATCAAGGCATTAATCTGGATGCAAGGCCCAATTGACTCATTTGATGAATTAGAATCTATTATTGCGTCAGAACTTTCT GATCCAGCTTGGCCAGCAGCCCTATTGAATGATGTACTACTCACTCTGCATGCTCGGTTTAAGGCTTCTCCAGATATGGC TGTTACTCTTCTTGAAATTGCTAGAATATTTGCTACTAAAGTTCCAGGAAAGGTTGATGCTGATGTGCTACAACTGCTTT GGAAGACTTGTCTTGTTGGAGCCGGTCCTGATGGGAAACATAAAGCTTTAGAAGCAGTGACAATTGTTCTTGATCTACCA CCTCCACAACCAGGATCAATGCTTGGTCTTACTTCAGTGGACAGAGTTTCTGCATCTGACCCGAAGTCTGCTCTTGCGCT GCAAAGACTGGTCCAAGCTGCTGTTTGGTTTCTTGGAGAGAATGCAAATTATGCTGCTTCAGAGTATGCTTGGGAATCTG CAACCCCTCCTGGTACAGCATTGATGATGTTAGATGCTGATAAAATGGTAGCTGCTGCTAGTTCTCGTAATCCTACTCTA GCTGGTGCCTTGACTAGGCTCCAGAGGTGTGCATTCAGTGGCAGCTGGGAGATTCGAATTATTGCTGCTCAGGCTCTTAC AACTATGGCAATTAGATCTGGTGAACCTTTCAGGTTACAGATTTATGAGTTTTTGCATACTTTGGCTCAAGGTGGTCTGC AGTCACAGTTCTCAGATATGCATCTTAGTAACGGAGAAGATCAAGGAGCTAGTGGTACAGGCCTTGGAGTTTTATTAAGT CCTATGATAAAGGTTTTGGATGAGATGTATAGAGCACAAGATGAATTGATAAAGGAAATACGCAATCATGACAATGCTAA GAAAGAATGGACTGATGATGAGCTGAAGAAACTATATGAAACCCATGAAAGGCTGCTAGACCTTGTTTCATTGTTTTGTT ATGTTCCAAGAACAAAGTATCTACCTTTGGGCCCAACAAGTGCCAAACTCATTGACATCTATCGAACTCACCACAATATT AGTGCATCAACTGGTTTGAGTGATCCAGCTGTTGCCACCGGCATATCTGAACTTGTCTATGAATCCCAACCTCCCGCTGC TGAACCTGATACACTTGATGATGACCTAGTAAATGCCTGGGCGGCAAACCTTGGAGATGATGGTTTGTGGGGAAACAATG CACCAGCAATGAATAGGGTCAATGAATTTCTGGCGGGCGCTGGAACAGATGCCCCAGAAGTTGATGAAGAGAATATTATC TCTAGGCCTTCAGTTAGCTATGATGATATGTGGGCAAAAACACTTCTAGAATCTTCAGAACTAGAGGAAGATGATGCAAA GTCATTGGGATCATCATCTCCCGATTCAACAGGTTCAGTTGAAACTTCGATATCATCCCATTTTGGTGGAATGAGCTACC CTTCACTGTTTAGTTCACGGCCAACCACATATGGAGCAACTACGGACAAGGCACAAACAAGCCGAGGTAGTGGTTCCTCT CTATATGAGGGTCCTGGTTCTCCGATAAGAGAGGAGCCGCCATCATACTCATCCTCTGTCACGCAAAGATATGAATCATT CGAGAACCCCCTGGCAGGGAGCGGATCTCAAAGTTTTGGGTCTCAAGATGAGGAACGAATTTCATCTGGAAATCCACAAT TTGGATCTGCACTTTATGACTTCACAGCTGGAGGAGACGATGAATTGAGTTTAACCGCTGGAGAAGAGGTTGAGATTGAG TACGAAGTAGATGGCTGGTTTTATGTTAAGAAGAAACGCCCTGGCAGGGATGGCAAGATGGCTGGGCTTGTCCCTGTTTT ATATGTCAATCAGGCCTGA
Protein sequence (LotjaGi4g1v0438800.5) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MADSSGTTLMDLITADPTPAPASSSAVATAPSPAATPPTSLPSALGKPATEKKSKRATLMQIQNDTISAAKAALNPVKTN IMSTKQKKKLVLSSTISILCTVLRFRLQPVSYAQLARSIHELAATSDQKKSVRQLVHHVFPKLAVYNSVDPSLAPSLLML NQQCEDRNVLRYVYYYLARILSDTGPQGLSTGGGIPTPNWDALADIDAVGGVTRADVVPRIVEQLSAAATNADFEVHARR LQSLKALTYSPSTNSEILSRLYEIVFGILEKVGDTPQKKKKGILGAKGGDKESIIRSNLQYAALSALRRLPLDPGNPAFL HYGVQGISFADPVAVRHALEIVSEIAARDPYAVAMALGKHVQPGGMLFGSSSSLLEYLVMTVLVNVTGALQDVLHLHDVL ARVSLARLCCTISRAKALDERPDIRSQFNSVLYQLLLDPSERVCFEAVLCILGKYDNTERTEERGAGWYRLTREILKLPE ASSKESSKDKSKKIKRPQPLIKLVMRRLESSFRSFSRPVLHAAARVVQEMGKSRAAAFAMGIQDVDEGAHVNTFAEDTDL NDSDESTHPESIRRTSSVSNGTAGRDTIAGMLASLMEVVRTTVACECVYVRAMVIKALIWMQGPIDSFDELESIIASELS DPAWPAALLNDVLLTLHARFKASPDMAVTLLEIARIFATKVPGKVDADVLQLLWKTCLVGAGPDGKHKALEAVTIVLDLP PPQPGSMLGLTSVDRVSASDPKSALALQRLVQAAVWFLGENANYAASEYAWESATPPGTALMMLDADKMVAAASSRNPTL AGALTRLQRCAFSGSWEIRIIAAQALTTMAIRSGEPFRLQIYEFLHTLAQGGLQSQFSDMHLSNGEDQGASGTGLGVLLS PMIKVLDEMYRAQDELIKEIRNHDNAKKEWTDDELKKLYETHERLLDLVSLFCYVPRTKYLPLGPTSAKLIDIYRTHHNI SASTGLSDPAVATGISELVYESQPPAAEPDTLDDDLVNAWAANLGDDGLWGNNAPAMNRVNEFLAGAGTDAPEVDEENII SRPSVSYDDMWAKTLLESSELEEDDAKSLGSSSPDSTGSVETSISSHFGGMSYPSLFSSRPTTYGATTDKAQTSRGSGSS LYEGPGSPIREEPPSYSSSVTQRYESFENPLAGSGSQSFGSQDEERISSGNPQFGSALYDFTAGGDDELSLTAGEEVEIE YEVDGWFYVKKKRPGRDGKMAGLVPVLYVNQA
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| MobiDBLite | 1 | 34 | 34 | - | – | |
| MobiDBLite | 1 | 53 | 53 | - | – | |
| Phobius | 1 | 89 | 89 | - | – | |
| Phobius | 90 | 107 | 18 | - | – | |
| SUPERFAMILY | 94 | 850 | 757 | 2.53E-13 | ||
| Phobius | 108 | 1232 | 1125 | - | – | |
| MobiDBLite | 557 | 580 | 24 | - | – | |
| MobiDBLite | 1062 | 1085 | 24 | - | – | |
| MobiDBLite | 1070 | 1085 | 16 | - | – | |
| MobiDBLite | 1100 | 1173 | 74 | - | – | |
| MobiDBLite | 1100 | 1121 | 22 | - | – | |
| MobiDBLite | 1132 | 1173 | 42 | - | – | |
| Gene3D | 1152 | 1230 | 79 | 2.0E-10 | – | |
| ProSiteProfiles | 1170 | 1232 | 63 | 16.627 | ||
| SUPERFAMILY | 1172 | 1230 | 59 | 3.61E-10 | ||
| SMART | 1173 | 1231 | 59 | 1.4E-6 | ||
| Pfam | 1177 | 1229 | 53 | 4.6E-8 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Protein binding | Interacting selectively and non-covalently with any protein or protein complex (a complex of two or more proteins that may include other nonprotein molecules). |
Expression pattern of LotjaGi4g1v0438800.5, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…