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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi5g1v0000200 |
| Transcript ID | LotjaGi5g1v0000200.1 |
| Related isoforms 1 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | 3-methyl-2-oxobutanoate hydroxymethyltransferase; TAIR: AT2G46915.1 DUF3754 family protein, putative (DUF3754); Swiss-Prot: sp|Q91ZP9|NECA2_MOUSE N-terminal EF-hand calcium-binding protein 2; TrEMBL-Plants: tr|A0A151S6G5|A0A151S6G5_CAJCA Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi5g1v0000200 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr5:17439..35712) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
TGGCACTCCGCATAAGGCCAAACAGACACACACATAGTATTATATTGGAAAAGATGTTGGGAAAAGATTTCATTGAAAAT GCGAAAATGGGAACTACATAATAATAATAAGGAAAAGAAGAAAGGCATGCAATGCCGGTGGTGTTCAGAATCTTGTAATG GTGGTGGGTGTTGTGCGGTGGTTCATGGCCCTCCGCAGAAGGGCCTGACGTCCAGGGAATGGGTTGGCAATGGGAGCATT CTTCACATCTTGTTCTTGTTCTTCTTCCCTATGGCTATGAGTATGACTCTTATGGAAATTGTTGTTCAGCTGCTGTTGTT CTGCTTGTGCTTCCTCCTCCTGTGTCCTCAATTTCATCATTTTCCGCCTCTCCCTTCTCTCCGTTCTCCTACTAGGTTGA GGTTCTGGTGTGTGGTTGTCTCTGACTCTTTGTTGTTTGGGTTGAATGAGATTGAGATTGACAAGTCTGGGAATTCTACC ACCCTTAGATGTGCCGAGAAGGTCGAAATCAAGTTTGCCCCAACCAATCTTGTCAAGATTATCCCAACCAAACCTCTCAC TTATCTCCTCAAGCTCAGAAACCGCTCCTCCTCTAGTACTGGTGGGTTGTCTCGAAGAAGAAGAATTGCCATTCAACACA TTGAGAGCCAACTCCCACTCGATGCGGTCTCTGTAGATTGGGTCTCCAAGGACTTGGTCTGCCAGCTTTGCCCACTCCTC AGAATCCCCTGCTCGTAAATTCTTCGAGACCCACTTCAGGTAGCTTGATGGAAGGCTTCCCAGCATCTTCCCCTTGTATT TCCCGAAATCAACTACCCTGTCTCGTGCTGCCACTGCAGTTTCTCTTCTTCCTGATTTGCAATTGCTTCCTCTCGACAAC ACTGACACTACACCCCTACACGCCTGATTTTGTTTCGTTCTAGTACAACTACAAGGGTTCCTAAAGTTCAAGTAAACATA 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CCTTATGTCATGTTTATCATTAGCTCAATTTGGT
CDS sequence (LotjaGi5g1v0000200.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGTCATATTGCGGGTACAAATTCGCTCTTCCAATTTCGCAGGCACATCACAGTTTCCAATCCCAACCCTACTCCCTCTC TTTCCCTCCTTCTTCTTCACATGCTGCTACTGCTAGTAGTAGTAGCAGTACTATCGCTGTCACTGGCCTCCTCAGGCTTC CTCCTTCTTCTTCTACTTGTTGTTCACGGCTTCAGCAAATGTCTGTTGTGGAACCATCCTCAGACTCAGCCTTACAACAA CAACAACAACAACATGATCAACAGAACATCAACTACCATGAAAATCCCAGTCCCAACACCAACAGTGTCAGGGACGGAGA TGTTGATGATGATGAAGAAGGAGTTGGAATTTCTAAAATACAAGTGCCCAGACAGAAACACATCCCTATTTCCAAGTCCC ACCTTCTTGATGCCATCCTCTCTAACATGTTTAACCAAGACCAAGACGATGATGCCCATCACTTTCGCCTTCTCACCTCA TGCTTGGACTCAATAATTCACGCTGAGCACAAAAGTATATTAGAGGAGATGCGTTCCGATTACCACATTTCCAATTCTGT TGAACCCGTTGGACAGAATTCAGCTGATTCAGAGAAACAAGTTGTGGCGAATGGGAAGGATTCAAGCTTGGCTAGCAATG ACATCATTGAAATTGAAGACAGGAAGGTCTTTCAGGACATGCAGGTTCAACTGGAAAACTCTATGCTTTCCGACAGTGGT TTTGACCTGAGGAGTCTTTTGCGTTCTCTGGAGGGCATAACTAGCAAAAAAGATTATGAAGGGGGGTCCAGAGTTGCTGT CGCTACTCGATTCCAACGTGCTTTCATGCAGCTTCTTTCTAATGCCCAATTTGAAGAACTATCAGCCAGGGATCTAATGT TAACATCTGCATTAAACACAGATTATCTCCTTACCTTGCCGATATATGTTGATTGGAAGAGAGCATATGAGTCTAATGCC ATAATATTTAGGCGGGGTTATGCAACTGAAAAGCAGAGTGGCCTATTAATTGTTGAAAAACTGGATTACTTACAGTCTAA GCTTCTACAAGCAATCTTCTCTGTTATATCAAAACCACTTGCAAGACTTGGCACCTCGATAAGTGAGCTTTATGAAAATG CCAGTCAGAAACGTGAAGTACAAAATTGGACTGAAAGATTGAGGCTCTGGCTAAAGGAATTGTCAGTATTCCAAAAGTCA CTACTTTATGGTGACCATGCTTCAGATGAGCAAATAGGTGTGAGCCAAGTACCGAATGCAGAACTCCCTATTTGGCTGGC AGCTCAGAAGGCAGTAGCTCTATATGAAGGGATTTTGTCATCAGTTGGTCCTCGTGAAAGGCTATTGAGGAGATTGCTTT CTTGGATTGGACTTATTCCCCCTACACCAGAAACACCTTTTGAGGTTAACAGTGATAGTAACTCTCCTGAACCTTATTTA AGGCCTACGTTTTTATCAAGGATATCACTAAGTGATATATGGAGACCTGCAACAAGGAAGGCCTGCAGAAGTGATCCTTG GAAAATATTGAGAACTTCCATTTCAATACTTTTTTCACAGTCAGTCCTGCAGGAGCCAGCATTTGAAGAATTAATTCTAC TTTATACCAAGGAAGCTGGTGAAATAAATGCTAAAGATAAAGCTGAGGTTCCATCATTGCAATTAAAGATCTATGAGAGA ATTCCTATTCCAGATTTAGCGGTAATCTTTCCTCACAAAAAGCTATCATTCCGCATCATAGACACAGTGCGCTTGGATGC TGCCACAATTTTGGGACTTCTGGCATATTTTATAAACTACAAGTTTGAGAATGTCTTAGATTCCCCATCAGCAATATTAC TTGATGTACTAGCCATAAGTGCTCTAATAATATATGGGACTCGTGTGGTTCTTGGCTACAAACAGACATGGGATCGGTAT CAGCTATTAGTGAACAAGACTCTTTATGAGAAAACATTAGCGAGTGGCTTTGGCTCAGTGCATTTTCTTCTCGATGCTTC TGAACAGCAGCAAATGAGGTTATGGCGTTATGCACAATATTTATCTTGTAGAATAGGGGGACTGGATTGGAAACATGGGA GTACTTCTTTCCAACCTCATTATTATTATTATTCTGTATTCTGA
Protein sequence (LotjaGi5g1v0000200.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MSYCGYKFALPISQAHHSFQSQPYSLSFPPSSSHAATASSSSSTIAVTGLLRLPPSSSTCCSRLQQMSVVEPSSDSALQQ QQQQHDQQNINYHENPSPNTNSVRDGDVDDDEEGVGISKIQVPRQKHIPISKSHLLDAILSNMFNQDQDDDAHHFRLLTS CLDSIIHAEHKSILEEMRSDYHISNSVEPVGQNSADSEKQVVANGKDSSLASNDIIEIEDRKVFQDMQVQLENSMLSDSG FDLRSLLRSLEGITSKKDYEGGSRVAVATRFQRAFMQLLSNAQFEELSARDLMLTSALNTDYLLTLPIYVDWKRAYESNA IIFRRGYATEKQSGLLIVEKLDYLQSKLLQAIFSVISKPLARLGTSISELYENASQKREVQNWTERLRLWLKELSVFQKS LLYGDHASDEQIGVSQVPNAELPIWLAAQKAVALYEGILSSVGPRERLLRRLLSWIGLIPPTPETPFEVNSDSNSPEPYL RPTFLSRISLSDIWRPATRKACRSDPWKILRTSISILFSQSVLQEPAFEELILLYTKEAGEINAKDKAEVPSLQLKIYER IPIPDLAVIFPHKKLSFRIIDTVRLDAATILGLLAYFINYKFENVLDSPSAILLDVLAISALIIYGTRVVLGYKQTWDRY QLLVNKTLYEKTLASGFGSVHFLLDASEQQQMRLWRYAQYLSCRIGGLDWKHGSTSFQPHYYYYSVF
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Phobius | 1 | 582 | 582 | - | – | |
| PANTHER | 16 | 673 | 658 | 1.2E-226 | – | |
| PANTHER | 16 | 673 | 658 | 1.2E-226 | – | |
| MobiDBLite | 21 | 40 | 20 | - | – | |
| MobiDBLite | 71 | 103 | 33 | - | – | |
| MobiDBLite | 71 | 120 | 50 | - | – | |
| Pfam | 528 | 658 | 131 | 1.6E-32 | ||
| Phobius | 583 | 600 | 18 | - | – | |
| Phobius | 601 | 611 | 11 | - | – | |
| TMHMM | 610 | 632 | 23 | - | – | |
| Phobius | 612 | 631 | 20 | - | – | |
| Phobius | 632 | 707 | 76 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
Expression pattern of LotjaGi5g1v0000200.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…