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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi5g1v0097500 |
| Transcript ID | LotjaGi5g1v0097500.1 |
| Related isoforms 1 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | F-box family protein; TAIR: AT3G23880.1 F-box and associated interaction domains-containing protein; Swiss-Prot: sp|Q9LIR8|FBK67_ARATH F-box/kelch-repeat protein At3g23880; TrEMBL-Plants: tr|I3SIY9|I3SIY9_LOTJA Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi5g1v0097500 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr5:17266159..17304353) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
CACAAAGATCAAAGACATATTTACTTTTTTTTTAATAAAACAATCTTAACATACTGTTCCAATAGAATCAATAATACGAA GCTTAACCCACGATCATCGAAGCTTAACATGGAACCCCTACATCTTCCCTGTCTCCCTGACGAACTCATCATCGAAATCT TATCATGGGTTCCTGTAAAATCTCTGGTGCGATTCAGGTGTGTATCCAAGTCATGGAACTCTCTCATCTCTGATCCTCAA TTCGTGAACCTGCACCTTCACAGATCAATTTCTAGAAGCACAGATTTTACGCACACCAGGTTACTGATAAAATGCCTCAC CGACGATTTGGGTGAACCATACATCTCATCTCGCCCTGTAAGTTCATTACTGGAAAGCCCATCAGCCACTGTAGGAAGCC GAAGTTGTATCTCTGGGTATGATTTCATTGGAACCTGCAACGGGTTGGTTTGTTTGAGTAAACTAAATTATGACAAATCA AATACAAAAAAATTCTCCCAAGTCCGTTTTGGAATCCAGCTACAAGGACAATGTCTCAAGATTCGCCGCCTTCGTGTTCC CCGGGCTTTCTCCATCTCGGGATTGGTTATGATTGTTTAAGTGACACCTACAAGGTGGTTGGAGTGAACCCTGACGTGAC AATGGTGAATGTTTACAACATGGGTGATAAATGTTGGAGTACAATTCAAATTTTTCCTCATACCCCTATGCATCTCCAAG GATTTGCAGTTTATGTGAGTAACACTCTTAATTGGTTAGCAACTCTACCATACCGTATAATCTATTCGGTAGATGATGGT ACTGGATTAACGGTGATGAGCAGTGATCCGTACTTCATTGTTTCGTTTGATTTGGGGAAAGAAGAGTGGGCACAACAACT GTCATTGCCTTATTGTCCTCGGCGCAGCAAAGAATTCGAAGATTTTGTGCCAATTCTTGGGGTTTTGGGAGGATGCCTAT 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ACTTTAAGGATTGGATCAATTTGTTCTTGTTTTATATTTTATTTGTTAGGTCTTGTGCTGAAAACAAGTGATTTTGACAC CAACTTTTATCCTTTAATTCTAATTTAATCTAATGGTTGAGATAAAAAGTTACATGACCTTAGTAGTTTTCCAACGTGAT GGTAACTGATAACACACTACACAGCATAGTTTCCAGACATGATATGAAAAACACAATAGTTACTATTTCTTCCCCATTAC AGTGGCTATCTTGTTGTAAGCAAGCAAACTTTGCTGTTGTGGCTTCTTCTCCATCCCATGATGTACACTTGCACCTTCTC CATTTTCTAGGTTCAATTTTAGTTTTAGTGAGAATTTCCATCATAAGTTTTCTTCCATCATTACAAAAACAAAATAAAAT AAACAATCTTTTGTTATTTAGATGAGAGGTTATTGTTCAACTAATAGGTGTTATTGACTTTCGTTCTTAATCTTTTCAAG TGAGGCTAAAAAAATTGTGGAATTCTGGAACTCAAATCTGTATCAAATTTTTATTGTGCATCACTTTCTATTATATAGTT TTATTTGTGGTTTTCTGTATATAATTCTTTGTTATGGTTGAGGTGGTGTTTTGGTAGGTAACCGCATCTTTTGAGGTTAG TTACACGATTGTTAGATTAGTTAGAGGGTTAGCCTTGTTGAGATAGGGAGTAAATATATTGGTATATGATAGATAGATTA TATCTTTTTCTTATTTAGGTGATTGGTATATCCTTAACTTATGGGATTACTCTTTTATATATATATATATATATTGTACC TGCATGGTATAATCAATTAGAATATTTCATTCAAGTTGGTATCAGAGCCTATTCTAAATCTGTTTTTTGGTGGAGACATC CCATATTCCCATATTTGAGTTACCCTGCAGATGTCGAGTCTTACAAGTTCCACGCTCCTGATGTCCCTCCTTGGGCGTGA GGGGGTGTGTCAGAAGTCCTACATTTGCTAGAGATATGACACAGATAGCCTTTATAAAGGGTAGAGCAACCCTCAACTAT TGAGCTAGCTTTTGGGTTGAATTAGGCCTCCAAAATTCTAATAATAAATAAGAGTGGGTTAGACCGTTAGAGAAGATTAG TCATCTTTAGGATCAGAAGAGTACCTGAGACTCTCGAATATCTTAGCAATCTTGTACATTTCTCTACTCAATAATATCAG GGTTCTATCAATTGGTATCAGAGCACCACTTTAGGTGCTGTGGAACCAAGAGTCTTGATGAAATGGGTGGGAATTTCATG AATTAAAAGTAACTGAAGAGCTTAAATGATAACAAAATTGATATGAACAAAACCTGTCCACTCTTTTTAGATTTCAGTAA TAGAAAGATTTACAAGTATGACAATATGCACTCTTTATTTCAGGTCCATCACTTAACATGCTTCTTGCATCAGGTGAATA TGATGCAGCCATCATATGTCTAAAGTGCCATAGTGAACATGCTGCATGAATTCTCTAGGAGTCTTCCTTCGACTGTGCAA GTCTATTGTACCGTTATGGATTCGGATTGGACCGAGTGTGCCTCCAAGTAAGATGAACGGTCTAAGAATGAAGTAAGGAG GCCCGAAAGGAAGACAACCAAGCATGTGGTGTAGTTTAGATTCATCCTCCATTTATCCCCAAGACTAGTCAAAGGAGTTA ATTATTATTTCCCTGATTTCTTCCCCTATTAATGTAGCCTGATCAACTTAGTAATGTATCTTTGACTAGCGTTTGGGTTC ACCAACTTTATAATGGGGAGCCAGTAATGTATAATGCATGTTCAACTTCTCACCATAATAAGACTCTAAATTTTTTGTTC ATCCTTTCTTGCCTTAGAGTTTTTATTCCAGAACACTGGCGCCCACCGTGGGGCACGGTAAAATGATCCCCGCCTCCACA ACCAAGAACTCACAAGAAATGTGAACGAAAGTCATGGATGGTGACTCTTCAAAGCTCTACGTTCTACCTTCTAAATGAGA TAAGTATTGTTCATATATTGATAATATGCTCCTCCAAATTTCCATCACCATAAAGACCTTAGAAATTAAAGAATGGTAGT TTGTCTCCCAAACCGTAATAACTCTCATCATGAAATTTATATTGGCATCAACTTTTAATTTGTGTGAAACTTATTCCTTG TTTCATATACTCTATGATCAGTAAACCCGTTTTTATTAATAAAATCTTTGTAAATTATTACCATGGGAGAATTCCAATAG CTAGGTTGGGTGACAAGTTCACGTACGCCATCAACCTGTTTCTTGGATCTGGGACATTTTAACACCAGAATTCATTTATT CAATAGGCTACTAATCTCTGCAGGTTGATGTATCAAGATCCCTCATAGCACCACTTCACTACCATGGCGATTTGCGTCAC CTGGGAGGGCGAACGTACTCAATCCATATTGTTTCACCAAGGGCATGCCATGAGACGCGCTGCAAGATGAACCTCCACCC ACGCAGCGTACTTGCAGCTAGCGTAACGAATCAACGGGCAAATTTACTCATTCATCAGTTTTAGAAATTATTTTTTCTAT ATTTGTTAGGACATTTACCTGATTGCAAAACTTATTCTTATTATCATCTCTAACACTTTAAAAATTATCATTAATCAGTT ATTGTCTCATAATTTCCTAAATTACAGTTATGGTA
CDS sequence (LotjaGi5g1v0097500.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGAACCCCTACATCTTCCCTGTCTCCCTGACGAACTCATCATCGAAATCTTATCATGGGTTCCTGTAAAATCTCTGGT GCGATTCAGGTGTGTATCCAAGTCATGGAACTCTCTCATCTCTGATCCTCAATTCGTGAACCTGCACCTTCACAGATCAA TTTCTAGAAGCACAGATTTTACGCACACCAGGTTACTGATAAAATGCCTCACCGACGATTTGGGTGAACCATACATCTCA TCTCGCCCTGTAAGTTCATTACTGGAAAGCCCATCAGCCACTGTAGGAAGCCGAAGTTGTATCTCTGGGTATGATTTCAT TGGAACCTGCAACGGGTTGGTTTGTTTGAGTAAACTAAATTATGACAAATCAAATACAAAAAAATTCTCCCAAGTCCGTT TTTGGAATCCAGCTACAAGGACAATGTCTCAAGATTCGCCACCTTCATGGTCCCCCCGCAATCTCCATCTTGGGTTTGGT TATGATTGTTCAAGTGACACCTACAAGGTGGTCGGAATGATCCCTGGCTTGACAATGGTGAATGTTTACAACATGGGTGA TAATTGTTGGAGAACAATTCAAATTTCCCCTCATGCCCCTATGCATCTCCAAGGATCTGCAGTTTATGTCCATCACTTAA CATGCTTCTTGCATCAGGTGAATATGATGCAGCCATCATATGTCTAA
Protein sequence (LotjaGi5g1v0097500.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MEPLHLPCLPDELIIEILSWVPVKSLVRFRCVSKSWNSLISDPQFVNLHLHRSISRSTDFTHTRLLIKCLTDDLGEPYIS SRPVSSLLESPSATVGSRSCISGYDFIGTCNGLVCLSKLNYDKSNTKKFSQVRFWNPATRTMSQDSPPSWSPRNLHLGFG YDCSSDTYKVVGMIPGLTMVNVYNMGDNCWRTIQISPHAPMHLQGSAVYVHHLTCFLHQVNMMQPSYV
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| ProSiteProfiles | 3 | 48 | 46 | 11.776 | ||
| Gene3D | 5 | 45 | 41 | 2.3E-11 | – | |
| Pfam | 5 | 46 | 42 | 5.9E-12 | ||
| SUPERFAMILY | 6 | 172 | 167 | 1.96E-17 | ||
| SMART | 9 | 49 | 41 | 9.1E-11 | ||
| PANTHER | 10 | 213 | 204 | 2.1E-32 | – | |
| PANTHER | 10 | 213 | 204 | 2.1E-32 | – | |
| TIGRFAM | 108 | 204 | 97 | 6.2E-11 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Protein binding | Interacting selectively and non-covalently with any protein or protein complex (a complex of two or more proteins that may include other nonprotein molecules). |
Expression pattern of LotjaGi5g1v0097500.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…