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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi5g1v0138100 |
| Transcript ID | LotjaGi5g1v0138100.4 |
| Related isoforms 3 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | ARM repeat superfamily protein; TAIR: AT4G23540.1 ARM repeat superfamily protein; Swiss-Prot: sp|Q5JTH9|RRP12_HUMAN RRP12-like protein; TrEMBL-Plants: tr|A0A0S3SU51|A0A0S3SU51_PHAAN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi5g1v0138100 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr5:33151943..33180065) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
CTCCCTTCTTTGACCAAAAGTCAAAACCACTATTAAACCCTTGAAACGTTAAAACCCTTTCACCTCTCCGCCCTTGTTTC CTTCCTCCCACACCCACCGGTCGGCATCAGAAATCTCCGAACCATGGAAGAAGAACAGTCGGAGCAATTCAAGGACGGTT CGGACCTCTGCAAGCAGCTCATGGACCGTTACGCCAACTCCGCCGCGCCACATCACCGCCACCTCCTCGCCACCGCCGCC GCCCTCCGCTCCAACCTCACCTCCGAGTCCCTACCCCTCACTCCGACCTCCTATTTCGCCGCCTCCATCTCCGCTGCCGC GGCATCTGAGGCGCTGGACACCGTGGCCCTCTCCGCCCTCGCTTCCTTCATGGCCATCACCCTTCCTCTCGTGCCCTCTG GCGCTATCCCCGCCGTGAAGGCGCGCAAGGCGGCAGAGGTCCTCGTGGCGGTGCTGGCGAGGGATGGGGAGGGGTTTGGC GTGTCGGGCGCTAGGGCCGCAATTAAGTCCTTGGGGGTTTTGATTGGGTTTTGTGACTTGGAAGATTGGGATTCCATCAA ATTAGGTTTTGAAACTTTGCTTATTTTCTCCATTGACAAGCGCCCGAAGGTTACTTTCAAACACAATCTCTGTTTTTTTG TGTTTAATTTATATCCAATATGCATAGGTTTGATGTTAGATTAACAAAGTAATACAACGAACATTGGTGATTCGACATTA GTCTTTGCGCATGTGCCATTCCCAATTTCAGCATGGTTTTTCATCACTCAGGTTGTAGATGTTGTGGTTGGTTTGCAGAA AGCACAGATGACTCGAATATGGCTATAGCATGACACACAATTAGTACAAAATTAATATAAAAACACAAATTTTAAACCAA AAGAGAGAATTTGAGACTTTAAATAATTGCTTGAGTGATCATACAAATCAATATTATTGTAAATGTTAGAAAAATAGAAC 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CTCAAAGGCTTTTCTTATTCTCAATGAAATCATTCTCACTTTAAAAGATGTAAGTATCAAAGACATACGTTTTTTAATTC CTTTGTTTAGCTAGGTCTTCCATGTGTTGTTGTATCAGTAAGGAGATGTGATTGTTGTACTACTACTGATTCGTATATAA CGGCACTGTGTAGGGAAATGATGAAGCTAGGAAAGAAGCTCATGATCTACTCTTAAATATAAGTTCTAGCTTGAGAGACT TATCATTTGCAGGTCCCATTGAACCATATCACAAACTAGTCAGCATGGTAAGTGCATTCTTGATTTTAATTTTATTTATC TTTATCAGAAAATCACTAGTTTCTACTAGCCTGCTGCTAAACATAAGGTTTCTTTTTTCTCAATCAAGTATAACTTGAAT TTTCCACAATTTGTTGTGCATTATTCAAGTTTTCTTTCAATCCTGTAATTACTAGACCAATGCAATTTCCACACTACATT GTATTCAGTTGATCTTATTGTGCGTTAAAAATATTTATATCATACCACATAATAATTAGAGCTGATAAAATGCATTTTCT GGAATGTATTATGAACTTAATGAGCTTATACTCTGAATATACAGATAATGGGATATCTTTCTGGCTCATCTCCCCATATA AAAAGCGGAGCAGTTTCTGTGTTGTCTGTATTGGTATATAAAGATGCAAATCTTTGTCTCTCCATTTCTGGTCTTGTCCC TTCTCTTTTATCTTTGCTTCATACCAAAGACTTGGAAATCATAAAAGTGAGTGTTCTCCTATTTTTTCAAGATTAGATGA CTGTTTTGCGCTTATTTGTTATTATTTGGAGTTTAATCTTACGTATAACAGGCTGTCTTGGGATTTGTAAAAGTGATGGT ATCTTGCTTACAAGCAAAAGAGTTGCAGAATATTCTTTCAGATGTTGTTACTGAAATCGTCCGGTGGTCATCTGTTTCAA 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GCTTTAATGCTTGGCTTGTGGGGCCACTTGGAGTTTGAAATTGAAAAACTCCAGGAGCCACAACCTTAACCACCTTGTGT TGCTCCCTAGTTTTCCGCTCCCCATCATTAGCCTTTACTTGCTCATCATTGCTACCTTGTTGTCCATTAAGATGCCCCTT GGAATCCTTGACCACGGCCTCTTTACTCTTATCGTTCCCATTAACGTGCTTGCCTTGATTTCCGCCTTTATTCCCTTGTC GACCTTTAACGGCCGTGTCCCCATCATTACTCCTAGGATGAGCGTTATTATTTTTGAATTTTCCCTGAGCTGTCTCAGCC GCCATCTTAGGACCTTGGCTCGCTGACTTCTTCTGATTCCTCTTCTTTTTGGTAACCGTCATCCATTTCCCCAAGGGCTC CACCTCAGCCTCATCATTGGCATTTAAACTTTGTCTCTCCATTTGAATTGCCTCTTCAATGCCTTTCTCCTCATTAATGT TTGTTTCCGTAACAACTTCTTCTGGTGCCAGGTTGGCATTGGTTTGAACGTCCATTGGCCCCACCATCCCAGCAACTTCC ATCGTATCCTCGTGTGCCACCGGTGTTCCTGTTGCTGCCGGTGCCGGAGAAGGTTTCGGTGCCGGTGGTACTGGGCCACT ACACTCCCGACTTCTGTGGCCATAGCAACCACATTTGGTGCAGATTACGTGGAGGCCCTCATACTCAACTTTATACCAGT AATCTTCAAGACATATCTTACCCACTACCGGTTTATCAAGGTCAAGCTCTACACAGATTCTAGCAAATCTGCCTCTTTCC GCCTTGAGAGTGTTCCTATCCAATTTGATTGGTTTGCCAATTGCCCTAGCTGCTGACAGAAGATAACTCTCATTATAGAA CACCACATTTAGCCCAGGAATCCGAATCCACGCTAGTGTTTTCTTGACTCGCGCCGCCGGGGAGATGAACTCTGGGCTCC ATGTTGCAACCGCCAAATAATGATCGAAGACCATCCATGGCCCTCCTCCCATAACCTTGCTTCTATCTTCGTCCCTGTCA AACCGAACCATGTAGAAGCCATTATCTACATCCATGAGATCAAATTCACCTGCCAGCCTCCATAGGTTCGTCAGTTTCAC CTTCATGGTTTTATACCCAAGCTTCCTCCCTAGCAGGGAGATAACCAGAGCATTTTTCCAAGGGGAACACATGTTCTCAA TCACATCACGTTCCACTACTATTTTGGGAAGCAGTGGGTTATCATTGACATAGATTACCTTCATTGTACCATTGTCAATC AGGTCCTCAAACTGCTGAGGGGGTGGAGCCGAGGTGCCTCCCATGAGCTTATCTTTGAAAGTCGTACGCTGCGCTTGAGT GCCATCATCCGGCGGCTGCGAGCTGCCTCCTCCCGTGGGAGAGAAAGCCGATGACTCGCACTCCATTTCTAGGGTCCACC CTTGCCAAATATTACTCTGTTTAAGAAAAAACTAATTCAAAATAGATTAAGCTCAAATGATTAGGCTTATTCTTTTGAAG ATAAAAATGACTGAAGTTAGCCAGCCATTAAACAATCTGTAAAGCACATTTATCTTCAGTACCTTGAAAAAAATTGTCCC AAGTGAATTTAGACAATGATTTACCTGCTATTCATTTGGTTCTAAATTTTTTCCCGACTGTAATACTGTGCATTAACTAT TATCATTGACTTATATCTTCACATGGCTATGTATTTAAAACTAGAAAAACTAGTTGAAGTTATACGTTGATATTTTAGAT TATAAAATGAGCCGTCAATTGAGTCGAGACAAGGAGATCAAATCCCTAATCAATATGAAAGCTAAGAGAATCATTATTAT TAATCTATAATTAATAGTTAATGAATTGGTACCTTATGGAAAATTTTATCTTTTTAGGATTTTTTTATTACTTTCAACTC AGGCTCATTTGAAATTTGTAATAATTGTAGATGGTACAGTGTTGACTGATTACATTTTTGATGAAATTTCTATAATGTTG CATATTGTCTTTGCAGAATCGACATGGCAAATCACGTGCGGCAGTCACTAATGATACAGAAATTAAGCCTGAAGATTCAT CTGCCAAGGGGTATGATTTAATTTCATAAAAATATGTAGGCTGATTTTTTGTTTCTTGGAAGCTGAATTAGAACCCTCTC TAACTCTTTCCTTGTATCTTCTTTGCAGACCAGAGGGGAAACCCAACAAGTCAGGTACCCAAGATTTGGTTAAGCATACA AAGAGAAAGAGGGAGAATAAATTTAAGACAGACTTCCCAAGCAAAATTGAATCACAGAAGTCCTCTAGCAATGACGAGTT CAAATTAGCCAAGAGAAGTAAACATTCTAATGATAAAAATTACAAAGCAAGAAAGTCAGAAGGAATTGAAAAGAACAACA GAGGTCGGCCCAAAAGTTTTTCTGGTGGTGGTGGGAAGGGAAAGGTAAATCTGACAAGTTTGGAGAAGGACAAAGCAGCT TCTCGTGTAGGTATACGAGCTTCCAAACCACACAAGTTGGAAAGGAAGTTAAAAGGAAATTCATAGATGGCTGCAATATA CTAACGTTGGTGGAACATTTCTTACAAGCGTGGCATATGTCACTGTTGTTTAGGTATTGAATCAGAATCGGAAGATACGT TATATAGAATTAAGCAGGAGTTCAGTTTTGCCCGCTAAGCGAGAAGCACTTTTACAAGGAACTCAGCTGCCTTTGTAGGA TGATGCTTGAATCTACTGACTGAGAAAATGGAAGGCTGCTTACTGCAAGCATATTGTTGGGGGAGGAAGAGGTGCTGACT GGTGAGGATAACTGTTGTTGACACAGGATGACTTGCTTGATTGATTATTTATAGGAAAATACTAAATGACACGATAGATG 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CDS sequence (LotjaGi5g1v0138100.4) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGAAGAAGAACAGTCGGAGCAATTCAAGGACGGTTCGGACCTCTGCAAGCAGCTCATGGACCGTTACGCCAACTCCGC CGCGCCACATCACCGCCACCTCCTCGCCACCGCCGCCGCCCTCCGCTCCAACCTCACCTCCGAGTCCCTACCCCTCACTC CGACCTCCTATTTCGCCGCCTCCATCTCCGCTGCCGCGGCATCTGAGGCGCTGGACACCGTGGCCCTCTCCGCCCTCGCT TCCTTCATGGCCATCACCCTTCCTCTCGTGCCCTCTGGCGCTATCCCCGCCGTGAAGGCGCGCAAGGCGGCAGAGGTCCT CGTGGCGGTGCTGGCGAGGGATGGGGAGGGGTTTGGCGTGTCGGGCGCTAGGGCCGCAATTAAGTCCTTGGGGGTTTTGA TTGGGTTTTGTGACTTGGAAGATTGGGATTCCATCAAATTAGGTTTTGAAACTTTGCTTATTTTCTCCATTGACAAGCGC CCGAAGGTGCGAAGATGTGCTCAAGAGTCACTTCAAAAGATTTTTGGGTCTCTCAAATCCTCCACTGTTATCAAGGAGGC TAGCAAGTTGGTTTTGTCAGAGCTGAAGAGATGCATTGCTTTGGCAATGAAATTAATTGCTTCCAGGACTGATAATGAGT GCAAAGGTGATGAGATTTCAAAACAAGAGCATCTGGAGGTGCTACATATGCTAAATGTTGTTAATCTGACTGCTGCTTAT CTTTCTGCGAAAGTGATTCCCAAAGTTCTTTTGGAAGTGCATAAATTATTGGATTCTCAGTTCTTGGCACTTACAAGACA CACTCTTAAAACTATTGAGGCTATTTTTGAAGCTTCAAAAGTTCAAAATATAGTCCTAGAGACAGAGGACATTGTAGTTT CTCTTGCTTCTTTTGTAACTTTGGGTGAAAGGAACCCCGTGGATAGCATGATTCTTGCAGCAACCTTATTAAGACTTGCA ATGGACCTACTTTATACAAATCAATCAAGCTTTTGGATCAAGAATCTTCCACTTGTTTGTAGATCTATGATCGGTCTTCT AAATTTTGAGGGAAACACTGCTTCACAAGCTTCAAGTATTTTGAAGGATGTGCTCAAACATCATGTTGGTCCCCAAAGCT TATTAATTGGGACGGATCAAACAATCAATGATAGTAGTCAGGAAAGTGTGGAAGGCGATGCAATAAAATCAACATGTGAA GTTTTTGAGAATGCCCTTTCTGCTGATGGTGGAATTCCAAATGAGCATATTTTGTCAGTCATGTCTGTTTTATTTCTTGA GCTTGGACAATTCTCATTTGTATTCGCGAGGGATATTGTGCTTAAACTTGCTGACTCTGTGATTCATAGTTCCGGAGGCA AGATTAGTAATGAGCATCTTCAGAAATGTATTGGATCTGCTGTTTATGCTATGGGACCAGATAGATTTCTCACACTTGTA CCTATCTCTTTTAATGAAGACAGCTATGCTTATTCAAATTTTTGGCTGGTACCGATCTTGAAGCGCTATATTTTTGGAGC ATCACTTGCTTACTATATGGACCATATCATGCCTCTTGCAAAGTCCTTTAAGAAGGCTAGTCGTAAAGTAAAAGATCCAG GGACTAGTCAAGATTTGCTGGCTCGTGCCTATGAACTGTGGGGATTGCTGCCCAGCTTTTGTCATCATGCGACTGATACT TACCAAAATTTCACTCGTCTCTCGGATGTCCTTGTTATTTTTCTTAAAAAGGACCCCTCCATGCATGAAAATGTTTCCAA AGCGTTACAGATTCTTGTGAACGAGAACAAAGCTGCACTTAGCCCTAGAAAGAACGAGTTAGATTTATCTGCAGAACATG ATTCTTCGTTAGAGTTCGGCATGCAACCTGCTTATTCAAAAAAAGCTGCTACCAGAAACTTAAAGTCTTTGACATCTTGC TCAAATCGGTTGCTTTACATTTTATCAGATATATTTATCACTTCACTTCCTCAAATGCGCATTTCTTTGAAGGGTGCAAT CAGGTGCCTGGCCTCTATCACTGATTCTTCTGTAACGAAAGACGTTCTTATGTCTCTGTTCAAGAGGTTGCAGTTTATAG ATCATGAAGAAGAAGCTGAAAAATTGACTAGTAACAGTAGCAAGCTTGATAGTGAACCAAGTGATGTGAAGGAATATGAT CAAAGGTGTCTGATGTTGGAAATAGCATCTTGTCTTGTTGAAGGAGCCAACGATAATCTTATTGAGATAATTTATAATTT AACTATACAATCATTTCAGGCAACTAATGAAAGTGTTCAGCATGAAGCATACAGCACTTTGAGCAAAATTTTGGAGGAGC ACCCATGTTTTTCTTCTCCTCGTTATATGGAGCTAATTGATTTATTACATGGTCTGAAGCCTCCAACTGCTGTTTCAACT CTTAGAAGTCGGTTTGCTTGTTTTCACAAGCTAATGGTACAGACAGTAAAGATTAGTTTAGAAGAGGAGGATAACTCAAA GGCTTTTCTTATTCTCAATGAAATCATTCTCACTTTAAAAGATGGAAATGATGAAGCTAGGAAAGAAGCTCATGATCTAC TCTTAAATATAAGTTCTAGCTTGAGAGACTTATCATTTGCAGGTCCCATTGAACCATATCACAAACTAGTCAGCATGATA ATGGGATATCTTTCTGGCTCATCTCCCCATATAAAAAGCGGAGCAGTTTCTGTGTTGTCTGTATTGGTATATAAAGATGC AAATCTTTGTCTCTCCATTTCTGGTCTTGTCCCTTCTCTTTTATCTTTGCTTCATACCAAAGACTTGGAAATCATAAAAG CTGTCTTGGGATTTGTAAAAGTGATGGTATCTTGCTTACAAGCAAAAGAGTTGCAGAATATTCTTTCAGATGTTGTTACT GAAATCGTCCGGTGGTCATCTGTTTCAAGAAATCATTTTAAATCAAAGGTCTCTGTCATATTTGAAATCTTATTACGGAA GTGTGGTTCTGCTTCTGTAAAATTGGTTACCCCAGAGAAGTACAATGATTTTCTCAAGGAAGTTCTAGAGAATCGACATG GCAAATCACGTGCGGCAGTCACTAATGATACAGAAATTAAGCCTGAAGATTCATCTGCCAAGGGACCAGAGGGGAAACCC AACAAGTCAGGTACCCAAGATTTGGTTAAGCATACAAAGAGAAAGAGGGAGAATAAATTTAAGACAGACTTCCCAAGCAA AATTGAATCACAGAAGTCCTCTAGCAATGACGAGTTCAAATTAGCCAAGAGAAGTAAACATTCTAATGATAAAAATTACA AAGCAAGAAAGTCAGAAGGAATTGAAAAGAACAACAGAGGTCGGCCCAAAAGTTTTTCTGGTGGTGGTGGGAAGGGAAAG GTAAATCTGACAAGTTTGGAGAAGGACAAAGCAGCTTCTCGTGTAGGTATACGAGCTTCCAAACCACACAAGTTGGAAAG GAAGTTAAAAGGAAATTCATAG
Protein sequence (LotjaGi5g1v0138100.4) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MEEEQSEQFKDGSDLCKQLMDRYANSAAPHHRHLLATAAALRSNLTSESLPLTPTSYFAASISAAAASEALDTVALSALA SFMAITLPLVPSGAIPAVKARKAAEVLVAVLARDGEGFGVSGARAAIKSLGVLIGFCDLEDWDSIKLGFETLLIFSIDKR PKVRRCAQESLQKIFGSLKSSTVIKEASKLVLSELKRCIALAMKLIASRTDNECKGDEISKQEHLEVLHMLNVVNLTAAY LSAKVIPKVLLEVHKLLDSQFLALTRHTLKTIEAIFEASKVQNIVLETEDIVVSLASFVTLGERNPVDSMILAATLLRLA MDLLYTNQSSFWIKNLPLVCRSMIGLLNFEGNTASQASSILKDVLKHHVGPQSLLIGTDQTINDSSQESVEGDAIKSTCE VFENALSADGGIPNEHILSVMSVLFLELGQFSFVFARDIVLKLADSVIHSSGGKISNEHLQKCIGSAVYAMGPDRFLTLV PISFNEDSYAYSNFWLVPILKRYIFGASLAYYMDHIMPLAKSFKKASRKVKDPGTSQDLLARAYELWGLLPSFCHHATDT YQNFTRLSDVLVIFLKKDPSMHENVSKALQILVNENKAALSPRKNELDLSAEHDSSLEFGMQPAYSKKAATRNLKSLTSC SNRLLYILSDIFITSLPQMRISLKGAIRCLASITDSSVTKDVLMSLFKRLQFIDHEEEAEKLTSNSSKLDSEPSDVKEYD QRCLMLEIASCLVEGANDNLIEIIYNLTIQSFQATNESVQHEAYSTLSKILEEHPCFSSPRYMELIDLLHGLKPPTAVST LRSRFACFHKLMVQTVKISLEEEDNSKAFLILNEIILTLKDGNDEARKEAHDLLLNISSSLRDLSFAGPIEPYHKLVSMI MGYLSGSSPHIKSGAVSVLSVLVYKDANLCLSISGLVPSLLSLLHTKDLEIIKAVLGFVKVMVSCLQAKELQNILSDVVT EIVRWSSVSRNHFKSKVSVIFEILLRKCGSASVKLVTPEKYNDFLKEVLENRHGKSRAAVTNDTEIKPEDSSAKGPEGKP NKSGTQDLVKHTKRKRENKFKTDFPSKIESQKSSSNDEFKLAKRSKHSNDKNYKARKSEGIEKNNRGRPKSFSGGGGKGK VNLTSLEKDKAASRVGIRASKPHKLERKLKGNS
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 2 | 1134 | 1133 | 0.0 | – | |
| PANTHER | 2 | 1134 | 1133 | 0.0 | – | |
| SUPERFAMILY | 124 | 693 | 570 | 1.37E-5 | ||
| Pfam | 398 | 596 | 199 | 4.4E-42 | ||
| SUPERFAMILY | 534 | 1008 | 475 | 3.37E-17 | ||
| Gene3D | 732 | 961 | 230 | 4.0E-8 | ||
| MobiDBLite | 1015 | 1153 | 139 | - | – | |
| MobiDBLite | 1015 | 1036 | 22 | - | – | |
| MobiDBLite | 1044 | 1066 | 23 | - | – | |
| MobiDBLite | 1073 | 1106 | 34 | - | – | |
| MobiDBLite | 1123 | 1153 | 31 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
Expression pattern of LotjaGi5g1v0138100.4, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…