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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi5g1v0161400 |
| Transcript ID | LotjaGi5g1v0161400.1 |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | ATP-dependent DNA helicase; TAIR: AT4G25120.1 P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein; Swiss-Prot: sp|D1KF50|SRS2L_ARATH ATP-dependent DNA helicase SRS2-like protein At4g25120; TrEMBL-Plants: tr|I1NHX8|I1NHX8_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi5g1v0161400 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr5:41429262..41449231) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
CAAAATTCTAACAACAGGCACTTTCTCTCCGCATAGTATACAACACAGACTCCATCCTTCTCTCGCAAGAGTGGCAGAGT TCGACGTTCTCCTCCGAGCACAGAAATGGCCGACCAACGAATTGGCCGAATCTCCGCCTATTTCAGTGCCGCAAAACCTC TTCTCCCTCAAAAAAGACCCCCAGACCCGTAACGCCTCTTTCTCCTATCATTCTCTCTAAATTCTCAATTCCATTTTCTC ACCGAACACACAATTTTCTGTGCAATTAGGTTTTAATCTTCCAATTAGTTAATCGCCAAATCGATTTCGCTATTCAAAAC CGCATAGTCTAATTCATTGATCTCTTGCTCTTTCCAGAATCAAGGTTACTGGCGATGTTGACGCTGCGGTTAGGGTTCCC GGTGCGAAGAGGGTTCCTCTTGCGGAGATTCCGTTGAACAGGTCACATGCAGTGGTGAATGACGACAATGTTGCGTCTTC TGATGCAACTCACTGCAGTTCAATTGCGTCGCCAGTGGCTGCTCCTGCAGTTGCAGTTGGTGCGGCGAAGGAGAATCTGT GTCAACAGTGTTTCGAGACTCCGAGGAAAGAGCCTCAAGTCTCTGAACCGGTGGATTATTTTTCCGCGACTGGACTTTTT GATGATGATTTTGATGAGTCCATTTTAGATCAAATTGACACTTTGTGTGAGCTGAAATCTGCAGAGAAAAGCGCGAAGCA GCAGGAGTTAGGTCTTAGCTGTGATAATGAAGTTTTTAGTGAGAGCAATATTGTTGGTGAGGTTAGTCTCACAGGTTCAG GTTCTAGTACTGGTTCTGAGGTTATAGGAAGTGGTGAACTGTTTAGCTCTAGGGTTGGTTTAGATCGTAAAGAAGAAGAA CAGACGGATAGTGCTACGCAAAGTTTAAAAAATGGCAGCATGCCTGATGAATATTTGAAATACTTGCAATCCCTAAATGA 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TTTATATAGGCAAGTTGCACCCCATTGCCTTCTTTTATATTCTATCCATTTCAAAATAATTGTCCACCACTTAGAGAAAA AAAAATTATTTCATATTAACTGTCCAGTGTCTACTTAAAATTCCTGGAGGTATGCAAAAAAATTTAGTGAAAACATCTGC TAGCTGATCATTTGTGTTTGAATATATAATGTATAAACTTAGAGTATCTAGGTGATCCTTTGGTACTAGTTTCCGTACAG AAATATTTCATCAATTAACTAATATCATAATTGTCTACACTTCCCATAAGCTATTCAAAATGTTTGTACAGTTTTCCCCT ACTACTAGGTGGTACTTAAATTTATTTGTTTTGTGGGCTTGATGCATAAATATAGCATGCCATGAATTTTCCCGGTTGTT CTGATATTGAAGATGGGACTTGAAAGTGTGTTATATATTTTTCAGGAACATTTCTTGAAATTAAGGATTGAGAAAGCAAT GGGTTCGTCAACACCAACTGACAAACAGGTAATGATTAATGGTAAATGGAATGGACATGTTAGACCTTTTCCTATTTAAT TTTTTTGGTTCATTATTTCCTTGAGGAGTGTGGAAAAAGACAGTAAGGTTATTCACCTTAAGGATGTTCATAGAAATACG GTTTAATAGTTTGGAGGCAAATCCTATTTTTATTTTGATAAAGCGCCTGTTATTATGAGTTCCATTTTTATCAGAACAAA ACCTATTTTTACAGTGAAATTTTCTAGAAATGTATTATTTTGTTTGCATTGCACTTGTGTATATTACTGTTTACTAGGTT GGCACAAGAGCAACGTACTGTTTTACTCTCATAAAGATATGGTTCTTGATCTATATGTTCAAAATTTGATTTATTGATTT TGTAGCAATAAGTTTTATGATTACTTGATTAGGGTTGGATAGTTTATTATGTTCACTTTTTCTTTTGTTGCTTGTCTGAT TCAAGGAAAGAACTGATAGGTTCTTAGCTTTTGTTTTCTTCAATGGTTTTTGTTTTGAAGTGAAATTGTTTTCTCCATTT CCCACAACTGTTTGCAAGACTACTCTTTTTTCCTGAAATTTGTCTTGGATTTAATAACCCTATTAATTGTTTTTGCAGAT CTCATATTTGAAAAAATTGGGTTGCACCGCGACCCCTACATCACGCCTCCATGCATCTCATCTCATTGAGCAGTATAAAT CACTGTAACAATTAGTGTTGGGATATTCTCTTTTCCTGCCAAGCTTGTTCAATGTTAAGAACATAGTGAAGGCCAAGCTT GTTCCATATTAGATTAATACATGTGAATTACATAGGGCATTTTGGTAGTCATAATATTATCGATGACAATTTGCAAAAGA CCTATTGGTTACCCGCAAAAATTACCTATGATATGTAAGGTAATTATCAGCTAAATGAACATGGGGTTGAGTTTGGAAAT TATCCTCAGCGTGCTCTTGTAAAGATATCTGCTTAATGTGCCAAATGGAGAAGCTTTGCTATAACTTAAAATGAGTTATC CATCTTTTGAATGGAAATACGTTTTTGTTAAATAGGTGGAAGAGATTGTGCCATATTAGGTTTCAGCGTTGTGAAGTTAA TAATACCTGTGATTTACATAGGATATTTTGCTAATAATAATATGTGGATTGGGCAGTCGCAATATGTAGTGAAAAATATA TATTAAATAACTCTGAATATAATAAATAAATAGTGAAAAACAAAATTAAA
CDS sequence (LotjaGi5g1v0161400.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGCCGACCAACGAATTGGCCGAATCTCCGCCTATTTCAGTGCCGCAAAACCTCTTCTCCCTCAAAAAAGACCCCCAGA CCCAATCAAGGTTACTGGCGATGTTGACGCTGCGGTTAGGGTTCCCGGTGCGAAGAGGGTTCCTCTTGCGGAGATTCCGT TGAACAGGTCACATGCAGTGGTGAATGACGACAATGTTGCGTCTTCTGATGCAACTCACTGCAGTTCAATTGCGTCGCCA GTGGCTGCTCCTGCAGTTGCAGTTGGTGCGGCGAAGGAGAATCTGTGTCAACAGTGTTTCGAGACTCCGAGGAAAGAGCC TCAAGTCTCTGAACCGGTGGATTATTTTTCCGCGACTGGACTTTTTGATGATGATTTTGATGAGTCCATTTTAGATCAAA TTGACACTTTGTGTGAGCTGAAATCTGCAGAGAAAAGCGCGAAGCAGCAGGAGTTAGGTCTTAGCTGTGATAATGAAGTT TTTAGTGAGAGCAATATTGTTGGTGAGGTTAGTCTCACAGGTTCAGGTTCTAGTACTGGTTCTGAGGTTATAGGAAGTGG TGAACTGTTTAGCTCTAGGGTTGGTTTAGATCGTAAAGAAGAAGAACAGACGGATAGTGCTACGCAAAGTTTAAAAAATG GCAGCATGCCTGATGAATATTTGAAATACTTGCAATCCCTAAATGATAGGCAACGAGAAGCTGCTTGCACTGATATATCG GTTCCTTTAATGATTGTGGCTGGTCCTGGAAGTGGAAAGACATCCACAATGGTTGGGCGCGTTTTGATGCTGCTTAATGA GGGCATCAGTCCGTCAAACATTCTTGCAATGACATTTACAACAGCAGCAGCTTCTGAAATGAGAGAACGTATTGGAGGCA TAGCTGGGAAGCCAACAGCAAAAGAACTTACAATCAGTACTTTTCACTCATTTTCCTTGCAACTTTGTCGTTCATATGCA GATAAGTTGGGGCGTACATCTGAGTTCTTAATATATGGACAAGGGCAACAACGAAAAGCAGTTATTGAGGCTGTTCGATT ATTAGAAAATGGAAAAAGTAAACATAAAGATGGTGCATTGTTGATTAGTGAAAACTCCGATATGCTAACAGGCCCTAATC AATTCAAGGATAAGGCAAAGAAATGGCTAAACTTTGTGACTCAGGCCAAAGCCTCAGGAAAAACTTCTGCGGAATATCGG GAAATGGGCAATGAAATAGGAGCGGAAATTCTAGAGAATTACAATTATATATTAAAATCTTGTAATGCTCTGGATTATCA TGACTTAATCAGCTGTTCTGTGAAGCTGCTTACTGATTTTCCGGAAGTTTTCAGAGAATGTCAGGATTCATGGAAAGCTG TTGTTATAGATGAGTTCCAGGATACTAGTGCCATGCAATACAGGCTTCTAAGCATGCTTGCATCACATCATAAAATAACA ATTGTTGGTGATGATGACCAGTCCATTTTCAGTTTCAATGGAGCTGACATTTCTGGATTTATTTCATTCCGTAATGATTT TCCAAACTTCAAAGAGATTAGGCTTAACAAAAACTATCGGTCCACTCGTTACATTATTGAGGCTGCATCTTCTCTTATTC AAAATAATGCTAAGCGATGTCCGCGGAAAGATGTTCTTACTGATAATTCTTCTGGATCCAAGATAGTTATGAAGGAGTGT CACCATGAGGATGCACAATGTGCTTTTGTTGTTGATAAGATCTTAGAAATTTCTTCTAATCATTCAGTAGCTAAGTGTTC TTATGGAAATATTGCAATTCTCTACCGTAGGCAGATATCGGGGAAAGCCTTCCAAATGGCTTTTCGTGATAGGAAAATAC CGTTTAACATTCACGGTGTGGCTTTTTACAGAAAAAAGGTAGTCAGAACTATCATTTCCATGCTTCGAACAGTGCTGCCT GATTGTGATGATAGCTCATATAATAGAGTTTTCAAGGCTTTACTTCCATTGGAGAAAGATAGAAAAAAGAGGGTGATTGA CCATATCAACAAGATTTCAACTATTAGAAAATGCAGTTTCTTATCAGCTGCTTGCGACATATTTAATGCAAAGATTTCTG GTACCTTTAAAAGGAGTGAGCTTACCCATGGAAAGAAGGTATTAATGACAATAGACATCATATCAAAGCTTGTTCACAGG GAAAAATCAATCTCAGCTATCATAAATTGTGTGACAAACATGATACCTGAGAAGTACCTTCTTGAGCAACGGGCATCCGT TGATGTTGATGGAGGGAGATTGCTGAACGAAGACTATGACGTCAGATCTGTTCTTCAATACATGTTAGATGATGTCTCTG AGTTTTTGTCTACTAAATTCATTGAGATAAAGGGGGGAAAGGATATATCAGAAGATAATGGATGCATTTTTGTGCTAAAA GCATTCATTGATTATTTATTTGAGCGTGAGAGAGAAAACTTTTGTGCTAGGAGGAAGGACAATGAAAATTCTGTGACATT GACTACCATTCATCAGGCAAAAGGTTTAGAGTGGGATGTTGTCTTCATAGTTAAGGCAAATGAATCTGAGATCCCTCTAT TACATGATTTCAAAGGTACTGTAAAGGAAAGTGGGGCCTTGGTTGAGGAAGAAAGACGTTTATTATATGTTGCAATGACT CGTGCAAGGAAGCAGCTTTTTATCCTCTATATTACAATGGACTCAAATTGGCAGGTGCTACAACCTTCACGATTTCTGAG GGAAATCCCTCATCATCTTCTAGAGGTTCAGGGTGAAATGACTTCACATGAACCTCAAATAAAGCACGGAGCTCATCAAA AGGAAACCACCTTTTGTAGCACAGATTTTTTGCTGAAAGAGCAGACGTTAGAAGCAGATCGGGTCCCTATGCCTAATGAC TTAGACAATAATCATTCTCACAAGGCTTCTGATGAGCTTGCAGAATTTGCAGAGGCAACCAATGGCAGTAATTTCTTAAG AAGATTTAATGTCGAGGACAGATCTGTTGTTTCCCATTTATTCCATCAATGGGCCAAAAAGAAAGCATTTCAAGATCCAA AGAGATTGCTAGATAAGGTTGGTTTTGTAATTGATGAACGCCTTAGACAGCAGAAAAACAAAAACAAGGATTTGTTGAAT ACACTAAAATCTTGCATAAGATGTGATGAAGCATTTCAGTATGCTCAATCTATTTTGAGATGGGAGCAAATTCCTGCTGA TAAACGTGCTCATCTTATGAGGGAAAAACAGGAACATTTCTTGAAATTAAGGATTGAGAAAGCAATGGGTTCGTCAACAC CAACTGACAAACAGATCTCATATTTGAAAAAATTGGGTTGCACCGCGACCCCTACATCACGCCTCCATGCATCTCATCTC ATTGAGCAGTATAAATCACTGTAA
Protein sequence (LotjaGi5g1v0161400.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MADQRIGRISAYFSAAKPLLPQKRPPDPIKVTGDVDAAVRVPGAKRVPLAEIPLNRSHAVVNDDNVASSDATHCSSIASP VAAPAVAVGAAKENLCQQCFETPRKEPQVSEPVDYFSATGLFDDDFDESILDQIDTLCELKSAEKSAKQQELGLSCDNEV FSESNIVGEVSLTGSGSSTGSEVIGSGELFSSRVGLDRKEEEQTDSATQSLKNGSMPDEYLKYLQSLNDRQREAACTDIS VPLMIVAGPGSGKTSTMVGRVLMLLNEGISPSNILAMTFTTAAASEMRERIGGIAGKPTAKELTISTFHSFSLQLCRSYA DKLGRTSEFLIYGQGQQRKAVIEAVRLLENGKSKHKDGALLISENSDMLTGPNQFKDKAKKWLNFVTQAKASGKTSAEYR EMGNEIGAEILENYNYILKSCNALDYHDLISCSVKLLTDFPEVFRECQDSWKAVVIDEFQDTSAMQYRLLSMLASHHKIT IVGDDDQSIFSFNGADISGFISFRNDFPNFKEIRLNKNYRSTRYIIEAASSLIQNNAKRCPRKDVLTDNSSGSKIVMKEC HHEDAQCAFVVDKILEISSNHSVAKCSYGNIAILYRRQISGKAFQMAFRDRKIPFNIHGVAFYRKKVVRTIISMLRTVLP DCDDSSYNRVFKALLPLEKDRKKRVIDHINKISTIRKCSFLSAACDIFNAKISGTFKRSELTHGKKVLMTIDIISKLVHR EKSISAIINCVTNMIPEKYLLEQRASVDVDGGRLLNEDYDVRSVLQYMLDDVSEFLSTKFIEIKGGKDISEDNGCIFVLK AFIDYLFERERENFCARRKDNENSVTLTTIHQAKGLEWDVVFIVKANESEIPLLHDFKGTVKESGALVEEERRLLYVAMT RARKQLFILYITMDSNWQVLQPSRFLREIPHHLLEVQGEMTSHEPQIKHGAHQKETTFCSTDFLLKEQTLEADRVPMPND LDNNHSHKASDELAEFAEATNGSNFLRRFNVEDRSVVSHLFHQWAKKKAFQDPKRLLDKVGFVIDERLRQQKNKNKDLLN TLKSCIRCDEAFQYAQSILRWEQIPADKRAHLMREKQEHFLKLRIEKAMGSSTPTDKQISYLKKLGCTATPTSRLHASHL IEQYKSL
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 4 | 1126 | 1123 | 0.0 | ||
| PANTHER | 4 | 1126 | 1123 | 0.0 | – | |
| MobiDBLite | 194 | 214 | 21 | - | – | |
| SUPERFAMILY | 222 | 915 | 694 | 1.74E-116 | ||
| ProSiteProfiles | 226 | 522 | 297 | 41.704 | ||
| Pfam | 227 | 507 | 281 | 3.3E-62 | ||
| Gene3D | 227 | 509 | 283 | 4.3E-74 | – | |
| CDD | 228 | 519 | 292 | 1.61646E-61 | – | |
| Gene3D | 329 | 426 | 98 | 4.3E-74 | ||
| Pfam | 513 | 891 | 379 | 9.5E-44 | ||
| Gene3D | 517 | 908 | 392 | 5.1E-66 | – | |
| CDD | 521 | 609 | 89 | 3.61573E-17 | – | |
| ProSiteProfiles | 523 | 835 | 313 | 12.577 | ||
| Gene3D | 623 | 817 | 195 | 5.1E-66 | – | |
| CDD | 825 | 890 | 66 | 2.20151E-24 | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | DNA binding | Any molecular function by which a gene product interacts selectively and non-covalently with DNA (deoxyribonucleic acid). | ||
| Molecular function | DNA helicase activity | Catalysis of the reaction: NTP + H2O = NDP + phosphate, to drive the unwinding of a DNA helix. | ||
| Molecular function | ATP binding | Interacting selectively and non-covalently with ATP, adenosine 5'-triphosphate, a universally important coenzyme and enzyme regulator. | ||
| Molecular function | Hydrolase activity | Catalysis of the hydrolysis of various bonds, e.g. C-O, C-N, C-C, phosphoric anhydride bonds, etc. Hydrolase is the systematic name for any enzyme of EC class 3. |
Expression pattern of LotjaGi5g1v0161400.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…