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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi5g1v0164500 |
| Transcript ID | LotjaGi5g1v0164500.1 |
| Related isoforms 2 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-94; TAIR: AT1G17600.1 Disease resistance protein (TIR-NBS-LRR class) family; Swiss-Prot: sp|P10978|POLX_TOBAC Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-94; TrEMBL-Plants: tr|A0A151U4X0|A0A151U4X0_CAJCA Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-94; Found in the gene: LotjaGi5g1v0164500 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr5:42072210..42093515) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
GTTTACTTTCATCAAGCTATATGTTAGAACTTGTGCTTCATACAAATGTTTTACACTTTACTGTAGAATCTAATTAAATA ATGTGAAATATACAGATTTCCCGCATGCTGGTCAGCCTCGCCATCCAATCAATCAAGTGGAAGAGTTCAAGAGAGTTTGG AGAATCAAGTAGTAGAAGGGATACGCCAAGGATAGGGAAAGGCAAGAATAAAACAACTCAGAATCAGAAAAGAACAGAAC CTACCAGGAAAGCTTTGTTGGTTGGAATGGCACATCACAATCACCGTGACAAAACAATGAGACTTTACTGGACTTCAATT GAGTTGGAACTTGTGGAGCAAATCCTCATCTCAGAATATGCAGTAGAAGATGTGGTGGTGCTGTGTGACCAGCTTTATGA AGAGGATTTATGCCAGTATCCTTCTACGAAAGATAACATAACAAAGGTTGTGAACACATGGGTAAATACTGCCATTAAGG GAGACGAACTGTTCTTGTATCTTAGTGGGCATGGTGGCCAAAGAGAAGATGATCGTCCAGCAATTTGGAGCTCTGATTGG GAGCCGATGACGGGTAAGCATCTTGAAACACCAAAATTAATGAATACAACAATCAACTCCAATCTCCTCTAATCAACATT CACTTTCACACACGGCTTCATCTCACTTTCTCACGTTCTCTTCAATCATAGAATAACGTTACACAACGCAACCCTTCTTC TGTTTTGCCTCCAATGGATCTCGCCGTTTGTTTGCTGCTATACTCTGTTTCCTCTCTTTCTCCTTAATCTCTCTGTTTCT TATTTGGCAGATGAGTTTTGGGGAAAGATAGTGGATAAGGTGCCCCTAGGTGTCACCCTCACTGTCTTCACCAACAGTTG TGATGCAGGATGCTTCTTCCTAGAGGCGAATGTGACTAATCAAAATAGGGGTGACGTGGTAGCTTTCTCCCCCTGTGGCT 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GGGGCATCTCTAATTGTTGGTCCAACTGTATGATCTCCAACACTATTTTTATCTTAAGACCTTGTTTGTCCTGTTTTGCA TTCTTCTTTTCTATTATCTACATTTGGTACAAAGAATACATGTCATTGAAAAAGTAAGAGCGGAAATTAATCAATTGGAA TAGGAATCTTGTTGATTCCATAATTTGGTATAGTTAGAAATAAACGTGAGCTATTTTGTTTCTTACTGTTGAGTTGTAAA GGCTAATTAAAAAGCCTAAGTTTGTTCCATAAATTATTCAGCTTTGCTCTGCAATTTTATTCTTAACAGGTACTGAATTG ATTCAAATAATATAAGTAACTTTCACAAACAGGTCTAGAGTATGCAGATATTTTTCTCATAGAGAACTATGCTATTTTTT AGGATAGTTTTTTTTATTCCCCTTCAAAGGGGAAGCTCAAGGTTGTTTCAATTTTTTTCTATTTGTTAATTTGATGATCT TCATAAGGAGATAAAAGATGATTGTATCTTGTTACTTTGCTCAGTTTGTATGAGCTTGACAATATGGCGCCCACTTGGCC AAGTTTTATCATCAGGCTAGTCACTAGTGGAGCCATTTCTGGCACATTGAGGTATTTTCTGTGGCAGCTATGAAAGCCAT TTCTGGCGGTCTACAACGGTCAAAAAGTGTTTCACAAAGCAAAAATAGTAAATGCTGAAAAATATGTTTTAGCGGCAATT GAAAAAGCCGGGAAGAGCGCCGCAAAAAGGTCATTTGTTGCCGGAAAATGTCTCAGCGGCCATTTTTATTGCCGCCAAAT GCAATATTTATTGCCGCTGAAAACCATTTTTGTTGTAGTCAAAGATGGTGATTATTTAAAAATTCGGACATACAGAAAAA ACAAAATAGTGAATAGGGAACATAGTACAAGCGGAGTCACATGAGAGAGAGGGGTGCCTTAGCAAATTCTTACAAATATG TTAGTGTCACCAACTTCACCTGTTTTGCAAGTGCAAGGTGAAAAATCTAGATCACCACCTTAAAATTAGGCTAAAAAGCA TTTTTGGCCCCTGATGTTTCAAGTTTGTGCAAATTCTGCCCCTATCTATTTTTGTCGATGTTTCTACCCCTCATGTTTTC AAACAGTGCACCGTCTACCCCTGACGGAGGGGTAGACGATGCACTGTTTGAAAACATGAGGGGTAGACGATGCATTGTTT GAAAACATGAGGGGTAGAAACATCGACAAAAATAGAGTAGGGGCAGAATTTGCACAAACTTGAAACATCAGGGGCCAAAA GTGCATTTTAGCCTTAAAATTATTATATATCAACGACTGAGATGAGTGGTCCATTGATGGACCATTTTGAAACTTGCCCA CCCTAGTAGGCACCTATAGTTAAAACCTCTTTAATTTGAATATGATATAAAAATGATTGGTCTCTACTATGTATACATCC ACTTTAGTTGGACTTTTCTGATTGCTATATTTCTAACAAATTCAGCTATATATAAAAAATGAAACATGGGCTTATAGTTT TAGTATGGTATTCTTTTCCACTGCAAACATTTATTTTGCTTATCAGAATGATCAGCATATGTTTATCTGCTTGCTTGCTT GATACAGATATTACAAAAGCCAAAATAAGGAAATCACAATAAAGCCTCCATTACAAATCCTTCACTTCCCTTCACCTGCA ATTATGGGTTTTCCTGCCATGAACAAACAAGATTGGGCCCTCCAAAACCAAGCTCTCTCCTCCATTCTATCGTTCCCTAC AATGCCCCATCAACACTTCGATCCACATTTCGTCTACCATGGCCAGTAAGAAGACATTTCTCCCGTATCCATTAGTTGTC ATGACTAATTGTCAATGCCGAAAAATGGTATGTGTTTTACTAATGCCTTTGGTTATTTTGATTTTATTGCAGATATAGTC TCTATCAAACACCTTACATGCACATGATCTCATTTGATTCTGAATTGTGGAAGGTTTTGTTATCTTTACTCAATTGGCCC AAACAAGATGCTATAATTTATACTTGAAGGCTTTTACCAATATTTGTGATTGATTAAATTTCTTTCAAACGTTATGGTTT ACTTGGATTAAATGATTGTGGAAAGTCTACTCTGCTTACTGCACCAGGTTGTCAAGAAATTCCAATTCCCGATCATATGG ACATTTATCGCCTAAGCAGGGAAAATGAAGCCTCTGGCATGTTTGGAAGTTGTCATTAGCAGTGATAAGGAAAGGTCGAC ATCAGAAAGAGAAGCTGAAACTTTGGCAGCCCAGTATTGGTTTTGTTGCCTAAATAAAATAGACAACATGGTTGCTATAG ATGAATTAAGTTCAGAGTGGTATGGGGTTGTTAAATTGTGGTGGAGTAGTCCCACTAGGATCCAAGTTTGTAGAATGTCA TGTAACTGCCTATTCATCGTAACTTGTATATTCAGTGTAATAAAATCTAATTTAAATCTAGGTTAGTTTTACCACATTTA TATTACTGTTAAGCTTATGGAAAGCATGACTAAAATAACTGTACAAGTTTCTTAGAGCATCTCCAATGGTAGGAACTTAT TTTGGGACTTAACTCAATTTTTGTGGGGCCAAATTGCCACATAGGATTTAAGACACTCATAAGGTCTTCATACACATTTC ACTCTAGTGGTTGGGATCTTATTTTACTTTTTGACTGGACCCACAATACCCAATATATTTATTTCCCTCCCTAATTTTTA CTTTGGTTATGGTATTGAAGGAGAGAGAAAAAATATTATTTTATTTAAGATCTCAATTTGAGAGTATCTGAGCTAAGGCA CGGATCTTAGCTTTTGCTAAGATCTCATGCCATGTAGGATATCTCCAATTGTGAGATCTAATAAGATCCGGATCTTATTT TAAGGTCTCAAAATAAGGACTCCATTGGAGATGCTCTTAGGTGCTTCCAATACCGTATATGTTATAAAGTGTATGTTATA TGACAAAACCTGACAAATAGGCACCTGATTGGAATTTTCTGTGGTGGGAGTAATATCTATATATAAATGTTGAAAGAAAA TAAGAAATGAAGTTAAAAAGGGTAAA
CDS sequence (LotjaGi5g1v0164500.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGCTGAAGAGAAGAAGAGTTTGGTGTCTTATGCTTTTTCCGGATCTCCTAAAATTACCTCGGAAAAGCTTGATGGGAA GAACTATTTGAGTTGGCGTGATGCTGTTGACATTTGGTTTGTTGGTCAGGGATTATCTGACCATCTTTCTACCAAGGTTT CTGACATTGATGCTACTAAAAGAGACGATTGGAAGAAAGTTGATGCTCAGCTTGTATCCTTGTTATGGCAGTCGATTGAA CCGAGTTTGATGCTTCACTTTCGCACTTACAAAACTTGTTACGACATCTGGAAGACAGCTGAAACCTTTTATGCTAATGA TGTTCAGAGGCTTTATGAGACAGCTCGAGGTATATCATCTCTTCATATGACAGATACAGATCTGCCATCCTATCTGAAGA AGGCTCAATCTCTTTGTGATGAAGTCAAACTGATGTTGGAAAAGGATGATGTAAAGGAAATGAAAAAGAAAATTGATAAT CTGCTCATGGTACTTGTTCTCGATGGCCTCCATAAAGACTATGAATCTATTCGGAATCAAACTTTGACAAATCCTGGTAT CCCTACTGTTGCCGAGCTTATTGGTCGTTTGATTAGGGTTCCGCCACCAGAGATTGATTCTCACACAGCTTCTGAGTCAT CTGTTTTGGCCTCTAACTCCTTTGGTCGAGGTCGGGGTCGAGGTTGA
Protein sequence (LotjaGi5g1v0164500.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MAEEKKSLVSYAFSGSPKITSEKLDGKNYLSWRDAVDIWFVGQGLSDHLSTKVSDIDATKRDDWKKVDAQLVSLLWQSIE PSLMLHFRTYKTCYDIWKTAETFYANDVQRLYETARGISSLHMTDTDLPSYLKKAQSLCDEVKLMLEKDDVKEMKKKIDN LLMVLVLDGLHKDYESIRNQTLTNPGIPTVAELIGRLIRVPPPEIDSHTASESSVLASNSFGRGRGRG
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 17 | 223 | 207 | 8.9E-40 | – | |
| PANTHER | 17 | 223 | 207 | 8.9E-40 | – | |
| Pfam | 64 | 198 | 135 | 1.4E-11 | – | |
| MobiDBLite | 205 | 228 | 24 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
Expression pattern of LotjaGi5g1v0164500.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…