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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi5g1v0315700 |
| Transcript ID | LotjaGi5g1v0315700.1 |
| Related isoforms 5 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Long-Chain Acyl-CoA Synthetase; TAIR: AT3G05970.1 long-chain acyl-CoA synthetase 6; Swiss-Prot: sp|Q8LPS1|LACS6_ARATH Long chain acyl-CoA synthetase 6, peroxisomal; TrEMBL-Plants: tr|A0A151U6Y4|A0A151U6Y4_CAJCA Long-chain-fatty-acid--CoA ligase 1; Found in the gene: LotjaGi5g1v0315700 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr5:63361958..63375087) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
CAAAATAATACTATTAATAAGAATAATTAATAATTAAAATATTTATAGTTGACACTAACCTTGTTGTGCGTGCCGCTTCT TCCTTCTTGCTCTTACATTCATTCACACATCATCATCATCATCATCTTCTTCAACCTCTCATTTCTCGTGTTTTCTGCAT CAAATCGCACGAAACCTCTCACAATCGCATCAAAATTCCACGTTCGAGCTTCATGGATCAAACACCCGCCGCACAACGTC GTCTCAGGACCATTAACGCCCACCTCATCGCCGCCGCTGATGATTCTACCTCCCACCTCCGATCTAACCCCACCGCCGGC GAGTTCGTCCACGGTACTCCCTCCCTCTCTTCGCTTGTTTTAGCTGATATTGCACCTAAGAACTCACCCGGGAAATAATG GATTCATAATAAGATAGTGATTATACTGTGTATGATGGATCCGATTCTGGATGTGAATTTTTTTATTTTTTTTTTATAAT TTGGAATCGAAGAAAGTTAAAAGGTGCAGAATTTAATTATTGGGTGTCTAAAGTTTTATTCTTTTGGAGGGTCAATGCAA TGGTTTTATTCTATTTTGGAGGGTCAATGCAATGGTTTTCAGCTTCCTTGCATTTACAGTGCAGAATAATTTGCAGTTAT TCTTCACTTGAGTTGTTGGAAGTTGTTCCCACAGACAGGGAGAAGGTTCAGGTTGTCTCCCTTTTTATGTGTGAGTGTGA TAATAATGATTGCTGATTGGATGTGACCCATCACTCCATTTATTATTATCTTGGATTCATGCATTTGAGAAGTATTCAGA CATGGGTGAATCCTTTGATTAATACAAAAAAATTGAAGGCATAGAAGCTACAAGTTTCATTTTTTATTTTTTTGTTTGTG ATTTTTTTGATAGGCAAATGTTAGTTGTTAGTAATGTTAGTGAATTAGTCCCTCCTCAGGGTTCGAACCCTGGACCCTTC ACCCTTCGTTCCACCCAACCCTTATGTCTCCTAGCTCTTGGTGTGTGATTGAGTTGAACTTGGAATTCAAATTCAATAGA ATGAGGATATGTTTACCTTGCGTAAGATGGGGAGTGTTTTGTCGTTATAAAGGTTTTGGCGAATGGTCTATGGAGTCACA CCCAGAATAGGACAAACCTGGATGTTGCTAGTATTTGATCCTAGTTGCGACTTCATTAATAGGGGGTTTCTTTTATTAAT TTTATTTTGTTTAATTCGTTAGCTAGAAAGGTGGCTTTTATTTTATTTTCTTTTATTAACTTAGTATTGTAGAAATTTTG GATACTGATGTACCCATACTTATGATGAACCTGGACTTCCTGCTCTGTATTAATAGAGAAATACTCACATAAACCTTGTG CACTCAACTTGGATGATCTAGACCAATTGCATCAAGGTTTTGGCTTTAAATTGTTGATTCCCTGTGAATGATCTTATAGG CCTCCTGTACCCAACCTTGGTGTACTAGGCTTATGTAAGCATTTATTGTATCAATAAGATAAATCGGCACGAAGTGGAGC CTGATGTAACAAATGCCATTGCTATCTATTTTGCTCCTACATCTATGAATTTTATTCGGATTCACCTTACAATTTTTGGA GACAGTGAATGGTGCTAAGATTCAAATTGGAGTGTCAATTGTCATTATTTAGTTACACGTTCTGTAGTTTTTGAATTTGA GAAAAAGAGTTTAGAAATGGCAAACTGGGTTAGTTCTACTCATAATGCTTCGATTTGTTGAACTTTCATCACGACTATTG AATTTATGCATGGCTTAATAATAATGGTATGGTATTATTACCTTACCCTATCCCCTTCTTGCAATTACTTTCTTTGTCAG CCATTTTATTGATATCTTTAGTTTTGATCTTTACTTCTGAGCAGAACAAGGGTATAGTGTTGTACTCCCAGAGAAATTGC 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CDS sequence (LotjaGi5g1v0315700.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGATCAAACACCCGCCGCACAACGTCGTCTCAGGACCATTAACGCCCACCTCATCGCCGCCGCTGATGATTCTACCTC CCACCTCCGATCTAACCCCACCGCCGGCGAGTTCGTCCACGAACAAGGGTATAGTGTTGTACTCCCAGAGAAATTGCACA CAGGAAAGTGGAACGTGTATAGATCTGCACGTTCTCCGCTGAAACTAATGAACAGGTTCCCTGATCATCCTGAAATTGGT ACACTGCATGAAAATTTTGTCCGTGCAGTTGACACTTTTCGAGACTACAAATATCTGGGAACCCGTGTTCGTGTTGATGG AACAGTTGGAGAGTACAAATGGATGACATATGGAGAAGCAGGTGCTGCCCGGTCAGCAATAGGCTCTGGTTTGATTCATT ATGGAGTCCCAAAGGGTTCCAGCATAGGGTTGTATTTTATTAACAGACCTGAGTGGCTCATTGTTGATCATGCTTGCTGT GCGTATTCATACGTATCAGTTCCTTTATACGATACTCTTGGTCCTGATGCTGTCAAGTATATTGCTAATCATGCTCTTGT GCAAGTTATATTTTGCGTGTCTCAAACATTAAATTCATTGCTGAGCTACTTGTCTGACCTTCCAACTGTCCGTCTAATTG TGGTAGTTGGAGGTATGGATGATCAAATTCCATCGCTTCCATCATCAGCTGGTGTTCAGGTTATTACATATTCAAAGCTG CTTAGTCAGGGGAACAGCAATCTCCAACCCTTTTGCCCTTCAAAACCTAGTGATGTTGTAACGATTTGCTATACTAGTGG TACAACTGGAACCCCAAAGGGTGCTGTCTTGTCCAATGAAAACTTCATTGCAAATGTTGCTGGATCCTCTTTAGATGAAA AATTCGGCCCTTCTGATATTTATATATCTTATCTCCCTTTGGCACACATATATGAGCGAGCAAACCAGGTCTTGAATGTA TATTTTGGCATTGCAGTGGGATTCTACCAGGGGGATAATATGAAATTAATGGATGACCTAGCTGCTCTAAGACCTACTAT CTTCTGTAGTGTTCCTCGCCTATATAATAGAATATATGCTGGAATTATCAATGCTGTTAAAACTTCTGGTGGTCTGAGGG AGAGGATATTTAATGCTGCCTACAATGCTAAAAGACAGGCACTATTGCATGGCAAGAACCCATCTCCAATGTGGGACAGA TTAGTTTTCAATAAGATAAAGGAAAAGCTTGGAGGACGAGTTCGTCTTATGGTGTCAGGAGCCTCTCCTCTATCACCTGA TATCATGGAATTTTTAAAGATTTGCTTTGGTGGGCGTGTGACTGAAGGATACGGAATGACTGAGACCACTTGTGTTATAA GTTGTATTGATCAGGGTGACAAACTTGGTGGTCATGTTGGCTCTCCTAGCCCAGCCTGTGAGGTAAAACTTGTGGATGTT CCAGAAATGAACTATACATCTGATGATCAGCCCCAGCCCCGTGGTGAAATTTGTGTCAGGGGTCCCATTATTTTTAAAGG ATATTACAAAGATGAAGCTCAGACGAGAGAAGTCATTGATGAAGAGGGATGGCTGCATACAGGAGATATTGGGACATGGT TACCTGGTGGTCGTCTCAAAATTATTGATAGGAAAAAGAATATCTTCAAGTTGGCACAAGGCGAGTACATTGCTCCGGAG AAGATTGAAAATGTGTATGTCAAATGCAAATTTGTGGCACAGTGCTTTGTATACGGTGATAGCTTTAATGCTTTTTTGGT AGCTGTTGTCTCGGTGGATCCTGATGTCTTGAAATCGTGGGCGGCTTCAGAAGGCATAATGCATAATGACTTATCACAAC TTTGCAATGATCCGAGAGCAAAGGCAACGGTCATGGCTGACATGGATGCTGTTGGACGAGAGGCTCAGCTAAGAGGTTTT GAATTTGTAAAAGCTATCACTTTGGTGCATGAACCATTTACAATGGAAAATGGTCTGCTGACTCCAACATTCAAGGCAAG CACTGTGTCCTTATGTTATCTGTTTATCACTTCAACTTCTTATTGTGTGGCATTAAAGTATGTTTTTGACATGTACATTT AA
Protein sequence (LotjaGi5g1v0315700.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MDQTPAAQRRLRTINAHLIAAADDSTSHLRSNPTAGEFVHEQGYSVVLPEKLHTGKWNVYRSARSPLKLMNRFPDHPEIG TLHENFVRAVDTFRDYKYLGTRVRVDGTVGEYKWMTYGEAGAARSAIGSGLIHYGVPKGSSIGLYFINRPEWLIVDHACC AYSYVSVPLYDTLGPDAVKYIANHALVQVIFCVSQTLNSLLSYLSDLPTVRLIVVVGGMDDQIPSLPSSAGVQVITYSKL LSQGNSNLQPFCPSKPSDVVTICYTSGTTGTPKGAVLSNENFIANVAGSSLDEKFGPSDIYISYLPLAHIYERANQVLNV YFGIAVGFYQGDNMKLMDDLAALRPTIFCSVPRLYNRIYAGIINAVKTSGGLRERIFNAAYNAKRQALLHGKNPSPMWDR LVFNKIKEKLGGRVRLMVSGASPLSPDIMEFLKICFGGRVTEGYGMTETTCVISCIDQGDKLGGHVGSPSPACEVKLVDV PEMNYTSDDQPQPRGEICVRGPIIFKGYYKDEAQTREVIDEEGWLHTGDIGTWLPGGRLKIIDRKKNIFKLAQGEYIAPE KIENVYVKCKFVAQCFVYGDSFNAFLVAVVSVDPDVLKSWAASEGIMHNDLSQLCNDPRAKATVMADMDAVGREAQLRGF EFVKAITLVHEPFTMENGLLTPTFKASTVSLCYLFITSTSYCVALKYVFDMYI
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 6 | 667 | 662 | 0.0 | – | |
| PANTHER | 6 | 667 | 662 | 0.0 | – | |
| SUPERFAMILY | 68 | 667 | 600 | 1.1E-117 | – | |
| Gene3D | 76 | 389 | 314 | 2.4E-46 | ||
| Pfam | 109 | 551 | 443 | 1.2E-103 | ||
| CDD | 110 | 666 | 557 | 0.0 | – | |
| ProSitePatterns | 262 | 273 | 12 | - | ||
| Gene3D | 390 | 542 | 153 | 1.2E-40 | ||
| Pfam | 561 | 603 | 43 | 6.6E-6 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Catalytic activity | Catalysis of a biochemical reaction at physiological temperatures. In biologically catalyzed reactions, the reactants are known as substrates, and the catalysts are naturally occurring macromolecular substances known as enzymes. Enzymes possess specific binding sites for substrates, and are usually composed wholly or largely of protein, but RNA that has catalytic activity (ribozyme) is often also regarded as enzymatic. |
Expression pattern of LotjaGi5g1v0315700.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…