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LotjaGi5g1v0364800.3

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi5g1v0364800
Transcript ID LotjaGi5g1v0364800.3
Related isoforms 4
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description Basic helix-loop-helix transcription factor; TAIR: AT1G05805.1 basic helix-loop-helix (bHLH) DNA-binding superfamily protein; Swiss-Prot: sp|Q8H102|BH128_ARATH Transcription factor bHLH128; TrEMBL-Plants: tr|V7BAJ5|V7BAJ5_PHAVU Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi5g1v0364800
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr5:67947406..67962652) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

TCTTAGTAGGCACCTAAAATAATAAGATGAGAGTTGAGAGGGATGAAGAGAAGGCAAGCCGCCAGTTGTGAAAGTGAAAA AGGACACGTGATAGAATATAGATGGATGCAAGTGGTATGATATGATGATCACGAGCGCACTTCCACTAGATAGCAGATAG CAGCGCGCGTTAACCATAACCAGTGGGAGTGGAGTAGAGTACTATATTCATTTCATCTTGCAAGTGGCTCTATTCTATTC TTGCCTGCCTGCCTGCAATTGGCATCTTCCTTTCCTTTTTTTCTAATTCTAATCTAATAGTAATAGTAATAGTAATAGTA ATCTCCCCCACTGGCACTACCCAACTTGCTTCCTTCCTTTACTTTCATTATTATATTATATATTATATATTATTCATTTA TCCGAATCCGACCACTTGTGTTTCTATTTCCATTTCCATCTCGCTCTCATTCAATCCATTTCCAATTCCAAATCCAAATC CAATTCAATGTATCCTCATCATTCCTCTTCTTCTTCCTCCTCCTCCTCCTCCCAGACAGGCACTGGCTTGACCCGCTACG GCTCCGCACCAAGCTCTCTCCTCAACAGCACCGTCGAGGCTGTCTTAGCAGCAGGTGGATCGCGTCTTCTTCCCCCCGGG GGTGGGGGTGGGGCCCAAGCTCACTACTACTCTTCCTCCGGGGACTCTTCTTCCGATACAACCTGCAAAGAGCATAACAT CAGATCTTCTCCTACTTCATACCACCATGACGCCTTTCTTAATTCTGCTGGATCCGCCTCCTTGCTCCGTCAGAAGAGCT CTCCCGCCGGCTTCCTCTCTCACAATCACAATCACAATCACAATCACAATCACAATCACAATTCCAATCTCAATGGTGAG TCAGTACTATCTAATCTAATCTATTCATTTATTGCTACTATATCATTCATTCATTCATTCATTCTTGTTCTTGGCAGCAG 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ATTTTAACTCTTAAGTAACACCTGCTCTTTTCTAGGACTGCCTTGGAAGAAGATGAAGTCTATTCTGTTGCACGATTGTT AGGTGACCTTGTTGCTTATCGAGCTTCCGGTACTGGCCATATGGAACTCTTGGCAGGTTTGTTCAGATGTTGCTCTGTAA CTTGTGCATTGTCATCCTCAAGAGATTTTGAACTTCAATCTATGCTACATACACCAAATTTAGTGTAGTAAATGAGTTAG TCTGCTGATCAGCCTTGCAGTTTATGTAGGGTAGCTATTTCAAATAAGGTTTAATGAAATCACTAAATTGCGTTATTTGC CAATTGTAATGAATGACATTACAATTTATTATGACAATGTTGATCTTACCAATTTTCATCAAGAGTATACCCTAAACCAC TTCAACTTCTGCTTCATTTTACCTCTTCGTAATTTATGACATTGAAGTTTTTGTTGTTCAGCTTTAGCTTTACTTCAATG CAACGAAAAATCTTCAGAATCCTGTGAAGAGTCCATTGAAGCACCGGAGATGCGAATTAGGGAGGCTGCAACTCTTCATA AATTTGCTGAAGCTGCATACACAGTATTGCTATTAAAAAATATTCTAAATTAATGTTTTGTTTTTACTAACTTTCTTTGA ACATTTATTCTGTGTTCAATGATGCAGGGTCCATTACTTGATGTTGGACGAAATCCTTTCATATTTCCTTGTGCATGGCT CTATAGACAAGGGATTTTGTCTCCTTGGACACGCAATAGGTGGTAATTAGTTGGATGTTCAATTTTATGGTATATTATTA TATCTGAATTCTTAATAGCCTGAATTGAACTTCTTAATTTACGTGTTAGGAGTTGAATAATTACACCTTAGTGGTTCATT ACTTAGAAATGGTCCCTTAGAGGGCTCTACTGTATTGTGTATGTGTTTCTCTAGTTTGATTGTGTTTGTAAGCATATGAG 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ATTGTACTAGTGAAAAGTTTGATTGTGGTTGATTTGCTTTTTTCTTTTTTTTTTTTAACATTTTCAGTTTCCTGTGCTAC TTGCTCTCATTCTTTACAATGCAGCATTATATTTGGAAATGAATTTTCATCTCGCCTTTCAATTGGATCGATTATGAGGC TAAGGGCAGCTGCAATCACATCATTATCACAAGATCCTAAAGTGGATAGTGCTGTGATTTTCAGACTTGCCCGTCGGTTT CTATATATAAGCAACTTTCAGAGGAATAAGCAGGCAGAGGATGAATCTGATTATTACTCAGGGGGCATTGACCAGGACAA TCTTAACCATCAAATCTGCAGTAGCCAGTGTGAGATTGATAATAAAGGTTGTTCATCTTAGTAAGATAGTAGGCATGTTG AACAGTGCATATTGTTGCTACTATTATGGGTGATGGAAACCATTGGCGTTACTTCATATGATTCATCAGATTAGGTTGGT GAAACTTGAAAGGTGCCTTTTCTAAAAAGATTTCCCCTCTTTGCAGCAGGCAGAGAACAAGAGGCTCTAGAAGTTTCACT CTGGAATGAGCCTACTAAAAGGGATTTTCTTGTTGCAGCTGAGCTAGGTGAATATAAGCATCCTTTTGGTTGTGAAGATT GCAAATCATTTTATTATTCTGATTGTTGGCGTGGTGATAGTGTATGTTGTTTATTTTTGTTATATTGCAGGCGGCAATGA GCATGGAGAATTTTCACTCTGGAATGACGCTAGGGAAAGGGACCATATTGTTGAAATTGATAATGCTGAATTTATAAATC CTTTTGCTTTAGATGTACATTCAATCGATGATCCTGTATGTCAGTTTATAGATACAGTTCCAAATTCTGAAAATCAGTCC GCTGGTGACCCCCCAGAGATGTATCTGCCAGGACTTTTGATTCATATTGTCCCGGAGCAGAAAAGACCTCAAACTGATCT TAAGACATATTGGCGAGTGCAGGAGAGGGGGAAATGTCATAGAGCTTACATAGCAAACAGAGAAAGTTTCAAAGATATTA TTGTTTCACCATCCATGTTCCTTGATCATCTTCCTTGGAGGTATGGCAAATTAAACCAAGTTCTTTCCTCATTTCTAAAC CTAAATTGAAGGGTGGAAAGATGTAGTTGCTTTAGTTCTTGAAACATATGAGGCTGGTCACCTTAGTCCCTAAAGGATGG AAACAAGCAAAATAGTCTTAAAGATGAAAAACGATCTATTTAGTCCCTCAAATATGAAATTTGTGATGATTGTAGTCCTT TAAAAAAATGAAAGATGTGATGGAATGACTAAATTGATCATTTTTTCATCTTTCTGGGACTATTTTGTCTATTTCAATGG TAGAGGATGCAGTCCTAATAAGTTATTGCAGAAGTTAATTTTACTTTTGGTCTAATATTCAACTTTCAGATGTCATGATG CCTTGCAAAAAATATTGAAAGCTCAAGTTTCTAAAGATCAAGTAATGGAACCTCACATGATCTGATCTATATTTGACCAA TCTAGTGCTTACTCTGGCATTAAAGGTGACATGAAATGGATTAATTTTTTTTTCCGTGTTCTATGGTGATGGAAGGGGAC CTTGGCATAACAGTGACAGTTACTATTTATGTGACTAAGAGTTATAGGTTTAAGTTGTGGAATATGGAATTGCAAATGTC AAGACTTCCTACAATAGATCTGTAATAGGTCTGTGTCTTCCCTAGACCCGCCACTGTAGGAGATTTACAGCAATTATTTG CTTTTTTCTGTGTTTTGTGATGCATATGAGGGAGATCAAGGTCTATAACAAGGAATGAGCCTCTTGAGTTTTAACAAGAT GGCTCTCCTACGATGAGTACATAACCATTTAAGAATAGCATATGTGCTTTCTCAGTTGAATACACTTCATCATTTTTTTG AAATATTTCTAATTATTAGACAAATGGCTGGTGTAATGGATAAATATATGTATATATGTAAATTAATAATACACATGTAT GTAAATACTATATATGTATGTCAGTGGTACTCAGGTGTTCCAAACAATAGGTATGATAAACATGGGAGGTAGGCGGTATT TGGGAGCTTTAGAAAGTTATTGAAAGGTGTTTTTCCATACATGTTACTGTTAGAGTGATATATAAGACCAGGGAAAAAAA TCATCAGTGAGAAGTTTCAAGAAATGTCAATAACTAGCGTTTTTACCCCGTGCGTTGCACGGCGAATATTGATCTCATTA TTTAAGCACGATTAATGAATTAGGCTTAATAGCTCTTTTGGTCCATCACTTATCACAATTTTTCACTTTTGGTCCCTTTA GGAAAAAATTAACAAAATTAGTTCCTCATATTTACACACTTTTGCAGTTTTCGTCTAAATAAGGATCATTTTTGCAAACA AATAAGCAATGTGGAGGACCAAAAGTGCTAATTTTTTTATTGGGAATCAAAAGTGCAAAACTGTGATAAGTGAGGGACCA AAAAAGCTATTAAGCCTTGAATTAAGATATGAAAAATTGAAAAATGAGCATTCAACCAAACAAAACCACAATGAGTATTA CACAACTTGCAAAATTTGACAAAAATTTTATATACATTTAATCCTAAATATTTTTAAAATTATAAAAAATATACTTAAAT TAGATTAAAAATTGTTCCCAAGAGTTAGTAACAGTGGTAAAAGCTAAGAGCATAAGGGAAGGATGGGAATGAAGAGTTAG CAAAAATTATTAGTTTTAACATGAACTATTTCTTGTGTAGAATGTTT 

CDS sequence (LotjaGi5g1v0364800.3) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGTATCCTCATCATTCCTCTTCTTCTTCCTCCTCCTCCTCCTCCCAGACAGGCACTGGCTTGACCCGCTACGGCTCCGC ACCAAGCTCTCTCCTCAACAGCACCGTCGAGGCTGTCTTAGCAGCAGGTGGATCGCGTCTTCTTCCCCCCGGGGGTGGGG GTGGGGCCCAAGCTCACTACTACTCTTCCTCCGGGGACTCTTCTTCCGATACAACCTGCAAAGAGCATAACATCAGATCT TCTCCTACTTCATACCACCATGACGCCTTTCTTAATTCTGCTGGATCCGCCTCCTTGCTCCGTCAGAAGAGCTCTCCCGC CGGCTTCCTCTCTCACAATCACAATCACAATCACAATCACAATCACAATCACAATTCCAATCTCAATGCAGCAGGGTTCA CCATCACCAGGGGAAGCTCACATTCTCATTCTCATTCTCAATCTCAAGGAGGAGGAGGAGGATCGAGGTTGAAATCTGAA TTGAGCTTCACGGCACAAGGCCAAGAATGTCTCTCTCGGATATCCGAAAATCTTGTTGTTGATGCCTCCACCTCTTATGG GACCCAACACCAGCCCTGGGGGGGTCGGGGTCAAGATGGGGATAATTCCATCGTCTTTTCTGCTCCTCCTAAGCGTTCCA AAACTAACGATCCTGATTTTCTCACCGCCCTCGATTCTCAGTTTAGTATGCCTCAGACAACTCTGGAAATGGCAGCCGTC GAGAACATGTTGCACATTCCTCAAGATTCCGTCCCTTGTAAAATCCGTGCTAAACGAGGCTGCGCTACTCATCCCCGCAG TATTGCTGAACGGGAGAGAAGAACTAGAATAAGTGGGAAGTTGAAAAAATTACAGGACCTTGTACCTAATATGGATAAGC AAACAAGTTATGCAGACATGCTGGATTTGGCCGTTCAACATATTAAAGGTCTTCAAGGTCAAGTTCAGAAGCTTCATACC GAACTTGAGAATTGCACCTGCGGATGCAAACAAAGCACATAA 

Protein sequence (LotjaGi5g1v0364800.3) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MYPHHSSSSSSSSSSQTGTGLTRYGSAPSSLLNSTVEAVLAAGGSRLLPPGGGGGAQAHYYSSSGDSSSDTTCKEHNIRS SPTSYHHDAFLNSAGSASLLRQKSSPAGFLSHNHNHNHNHNHNHNSNLNAAGFTITRGSSHSHSHSQSQGGGGGSRLKSE LSFTAQGQECLSRISENLVVDASTSYGTQHQPWGGRGQDGDNSIVFSAPPKRSKTNDPDFLTALDSQFSMPQTTLEMAAV ENMLHIPQDSVPCKIRAKRGCATHPRSIAERERRTRISGKLKKLQDLVPNMDKQTSYADMLDLAVQHIKGLQGQVQKLHT ELENCTCGCKQST 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
MobiDBLite 1 28 28 -
PANTHER 14 331 318 4.2E-94
PANTHER 14 331 318 4.2E-94
MobiDBLite 50 86 37 -
MobiDBLite 60 86 27 -
MobiDBLite 106 160 55 -
MobiDBLite 122 160 39 -
Gene3D 257 322 66 4.7E-12
ProSiteProfiles 261 311 51 14.005
SUPERFAMILY 264 326 63 7.46E-15
CDD 265 316 52 5.19332E-11
SMART 267 317 51 6.3E-13
Pfam 267 312 46 3.9E-9

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
Molecular function Protein dimerization activity The formation of a protein dimer, a macromolecular structure consists of two noncovalently associated identical or nonidentical subunits.

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi5g1v0364800.3, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…