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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi6g1v0141800 |
| Transcript ID | LotjaGi6g1v0141800.2 |
| Related isoforms 2 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Cellulose synthase-like protein; TAIR: AT1G55850.1 cellulose synthase like E1; Swiss-Prot: sp|Q8VZK9|CSLE1_ARATH Cellulose synthase-like protein E1; TrEMBL-Plants: tr|I1KYK8|I1KYK8_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi6g1v0141800 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr6:40948314..40967563) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
CTTCTAATGTAATAAGCCTAATAGTAATAATACTCAAATAAAGAGCAATCTTTCCGTGCTTATACATGTGTATTGGCTAT AAATGGGAATGCACCCAATCCAACTCAAAGCAACAAGCAACAAACAACAAGAAGCAGAGATAAACAGAACAGGATCGAAG TCATGAGCAGCGTTGATGAGTGTTCTCCATTGTTTGAGACAACAAGGGGCAGAGGAAGGTTCATCTATAGACCCTTTGCA ATCTCATTGTTTGTGGCTATATGCTTCATCTGGGCTTATAGATTCACCCATATAACAACAAGAACCGGTGAAGAAGATGC AACAAAATATTGGGCATGGCTTGGTTTGCTTGGAGCTGAGCTATGGTTTGGTTTCTACTGGATCCTCACCCAAGCTCTCA GGTGGAACCTTGTGTACAGGCAACCCTTCAACACCAGGCTCTCTCAAAGGTCCTCCACATACTATCTTTTCAATACTTTA ATCTATGTTAGTCAGTACTCACACTGTTTTTTATGTGAATTTTGAACAGGATTAAAGGTTACAAACTTGTTTTTTGTTTT ATTTTAGTTTTACAAAATTAATTTTATTGAAAATGAATTTAAAGTAGTAAACTCAGCTCCTACCACCTTGAGCTATCATA CGGGGACAAAGTGTTTAATTTCTAGCATATCTCCAACAACAAAAAATGAATTATCTATATACATCTACTTGATTTTGTTG TTACATTTTATGAAAAATAGGTATGAGGATGTGTTGCCGGCGGTGGACATTTTTGTGTGCACGGCGGACCCAGAGATTGA GCCGCCGATGATGGTGATTAACACGGTGTTGTCTATGATGGCATATGATTATCCAGCTGAGAAGATGAGTGTTTATCTTT CAGATGATGCAGGGTCAGAAATCACATTCTATGCTCTGCTAGAGGCGGCTAGCTTTGCAAAACATTGGGTTCCTTTCTGC 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AATTTATCTATGTGTGCGTGAACTTACATAAAACTCATTTCGGTGCGGAATAAATAGCACTTATTGGAGCTTATCTAGTT GCTTTTCTAGTAGATAAACTGCAATAAGTGCCCTTTTTTTATCTCCATCCAAACAGGATCATAAATGGGTATTTATGTAA GAGATTTTTCTAAGAAAATTCGAAGTTTTATTGAGTATCCAAGTGTTTAACATGTTTGTTTTTGATGGATTTATCAGATG TCAAGCCTATGGTTCATTCCTTTCGCATATGGAATAGTAGGGGAAACTACTTATAGTCTGTTGGAGTTTATATTCTCTGG AGGAACATTTCAAGGTTGGTGGAATGACCTGAGAATATGGCTATACAAGAGAACAAGCTGTTACCTATTTGCCTGCATTG ACACCATCTTAAAGCTTTTGGGGTTCTCAGACTCAGCCTTCACAATCACAGCTAAGGTTTCAGAAGAAGATGTTTCCAAG CGCCATGAGAAAGAAATCATGGAGTTTGGAACCTCTTCTTCAATGTTCACTTTATTAGCAACCCTTGCACTGCTAAATTT GTTTTGCTTTCTTAGTGTTTTGAAGGATTCAGTCCTCAGTGAAGGCTACCTTGACAAAATGGTATTGCAAATTATGTTGT GTGGTTTTCTTGTTCTCATCAATTTGCCTCTATACCAAGGTCTTTTTTTGAGGAAGGACAAAGGTAGATTACCAAAGACT CTTGCCATCAAATCAACAGCATTGGCTCTAGCAGTATTTGCCTACTTCAGATCTGCATGACTAAAAGAAGAACCTGTAGT TTAATTTTCTCTTTTAATTGGATGGGTAATATATCAGGGACGAAAACTGCAATTAAGCCTTTATAAATAAAGCTGAAGTC ACGAGTTCGGTTTCAAAATTAGAAAAATTGTTGCAGATTCATTTACAAGCGTGCTCACAATTCTCTTTTCATACTCAAAT GAAGAAAAATATTGATGAGATGGAAAAAATTCAAAAGTGTGTTTTCCAAC
CDS sequence (LotjaGi6g1v0141800.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGAGCAGCGTTGATGAGTGTTCTCCATTGTTTGAGACAACAAGGGGCAGAGGAAGGTTCATCTATAGACCCTTTGCAAT CTCATTGTTTGTGGCTATATGCTTCATCTGGGCTTATAGATTCACCCATATAACAACAAGAACCGGTGAAGAAGATGCAA CAAAATATTGGGCATGGCTTGGTTTGCTTGGAGCTGAGCTATGGTTTGGTTTCTACTGGATCCTCACCCAAGCTCTCAGG TGGAACCTTGTGTACAGGCAACCCTTCAACACCAGGCTCTCTCAAAGGTATGAGGATGTGTTGCCGGCGGTGGACATTTT TGTGTGCACGGCGGACCCAGAGATTGAGCCGCCGATGATGGTGATTAACACGGTGTTGTCTATGATGGCATATGATTATC CAGCTGAGAAGATGAGTGTTTATCTTTCAGATGATGCAGGGTCAGAAATCACATTCTATGCTCTGCTAGAGGCGGCTAGC TTTGCAAAACATTGGGTTCCTTTCTGCAAGAGATTCAAAGTGGAGCCCAGATCACCTGCTGCATATTTTAATAGCATTAT CTCAACTACTGCTTTCCCAAGTGATGATCACACTGAACAAGCCAAAGAGTTGGCAGCTATAAAGAAATTGTACGATGAAA TGGAAAAACGAATTGAAGATGCAACCAAGCTGAATGAAGTACCTAAAGAAGCACGTTTAAAACACAGGGGATTTTCTCAG TGGGACTCATATTCTTCTCGACGTGATCATGATACAATTCTTCAAATACTACTTCATAAAAACGACCTTAGTAACTCTAA AGATGTTGATGGGTTCGTTTTGCCAACTCTGGTGTATTTGGCTCGTGAAAAGAGGCCCCAATTTCCTCACAACTTCAAAG CTGGAGCTATGAATTCATTGGTGGATTTCCATGGTGCTGACGGTTGCGGAGGCCCTTTGTTCATAGGAACTGGATGCTTT CACAGGAGAGACAGTCTATGTGGGATGAAGTTCAGTGATGAATACAGGAGTGACTGGAAGAGTGAAGAAAACCAGTTCAT AGAAGCAACCTTGCAAGAACTAGAAGAAAGATCAAAGCCTCTTGCAAGTTGCACCTATGAGCAAAACACACCATGGGGAA AAGAGATGGGTTTAAAATATGGGTGTCCTGTGGAAGATGTGATAACAGGATTGTCCATACAGTGCCAAGGCTGGAAATCA GTGTACTACAACCCACCAAGGAAGGCTTTCTTGGGTGTTGCTCCAACCTCATTGATTCAAGTACTTGTTCAACACAAGAG ATGGTCTGAAGGAGACTTGCAGATTTTGCTTTCTAAGTACAGTCCTGTTTGGTATGGTTTTGGAAGGATCAGTTTGGGCC TCCAAATGGTGTATTGTACTTATTGCTTATGGGCACCTAATTGTTTTGCAACACTGTATTACTGCATTGTCCCTTCACTC TACCTCCTTAAAGGCATTCCCTTGTTTCCAAAGATGTCAAGTCCATGGTTCATACCTTTCGCTTATGTAATAGTTGGGGA AACTACTTATAGTTTGTTGGAGTTTTTGCTCTCTGGAGGCACATTTCAAGGTTGGTGGAATGACCTAAGAATATGGATAT ACAAGAGAACAAGCTCTTACCTATTTGCCTGCATTGACACCATCTTGAAGCTTCTTGGGTTCTCAGATTCAGCCTTCACA ATCACAGCTAAGGTTTCAGAAGAAGATGTTTCCAAACGCCATGAGAAAGAAATCATGGAGTTTGGAACCTCCTCTCCAAT GTTCACTATATTAGCAACACTTGCACTGCTCAACTTGTTTTGCTTTCTTAGTGTGTTGAAGAATTTAGTCCTAAGTGAAG GTTACCATGACAAAGCGGTATTGCAAATTCTGTTGTGCGGTTTTCTTGTTCTCATCAATTTGCCTCTATACCAAGGCCTC TTTTTGAGGAAGGACACAGGTAGATTGCCAAGCTCTGTTGCCATCAAATCAACAGCATTGGCTCTAGTAGTATTTGCCTA CTTCATATCAGCATGA
Protein sequence (LotjaGi6g1v0141800.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MSSVDECSPLFETTRGRGRFIYRPFAISLFVAICFIWAYRFTHITTRTGEEDATKYWAWLGLLGAELWFGFYWILTQALR WNLVYRQPFNTRLSQRYEDVLPAVDIFVCTADPEIEPPMMVINTVLSMMAYDYPAEKMSVYLSDDAGSEITFYALLEAAS FAKHWVPFCKRFKVEPRSPAAYFNSIISTTAFPSDDHTEQAKELAAIKKLYDEMEKRIEDATKLNEVPKEARLKHRGFSQ WDSYSSRRDHDTILQILLHKNDLSNSKDVDGFVLPTLVYLAREKRPQFPHNFKAGAMNSLVDFHGADGCGGPLFIGTGCF HRRDSLCGMKFSDEYRSDWKSEENQFIEATLQELEERSKPLASCTYEQNTPWGKEMGLKYGCPVEDVITGLSIQCQGWKS VYYNPPRKAFLGVAPTSLIQVLVQHKRWSEGDLQILLSKYSPVWYGFGRISLGLQMVYCTYCLWAPNCFATLYYCIVPSL YLLKGIPLFPKMSSPWFIPFAYVIVGETTYSLLEFLLSGGTFQGWWNDLRIWIYKRTSSYLFACIDTILKLLGFSDSAFT ITAKVSEEDVSKRHEKEIMEFGTSSPMFTILATLALLNLFCFLSVLKNLVLSEGYHDKAVLQILLCGFLVLINLPLYQGL FLRKDTGRLPSSVAIKSTALALVVFAYFISA
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Phobius | 1 | 19 | 19 | - | – | |
| PANTHER | 5 | 301 | 297 | 0.0 | – | |
| PANTHER | 5 | 301 | 297 | 0.0 | – | |
| TMHMM | 20 | 42 | 23 | - | – | |
| Phobius | 20 | 41 | 22 | - | – | |
| Phobius | 42 | 55 | 14 | - | – | |
| Phobius | 56 | 75 | 20 | - | – | |
| TMHMM | 57 | 76 | 20 | - | – | |
| Phobius | 76 | 455 | 380 | - | – | |
| Pfam | 104 | 301 | 198 | 4.3E-56 | ||
| Coils | 197 | 224 | 28 | - | – | |
| PANTHER | 301 | 665 | 365 | 0.0 | – | |
| PANTHER | 301 | 665 | 365 | 0.0 | – | |
| Pfam | 361 | 668 | 308 | 1.7E-46 | ||
| Phobius | 456 | 476 | 21 | - | – | |
| TMHMM | 461 | 483 | 23 | - | – | |
| Phobius | 477 | 495 | 19 | - | – | |
| Phobius | 496 | 517 | 22 | - | – | |
| TMHMM | 498 | 520 | 23 | - | – | |
| Phobius | 518 | 587 | 70 | - | – | |
| TMHMM | 540 | 562 | 23 | - | – | |
| TMHMM | 587 | 606 | 20 | - | – | |
| Phobius | 588 | 607 | 20 | - | – | |
| Phobius | 608 | 618 | 11 | - | – | |
| TMHMM | 619 | 641 | 23 | - | – | |
| Phobius | 619 | 637 | 19 | - | – | |
| Phobius | 638 | 648 | 11 | - | – | |
| Phobius | 649 | 669 | 21 | - | – | |
| TMHMM | 651 | 670 | 20 | - | – | |
| Phobius | 670 | 671 | 2 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Cellular component | Membrane | A lipid bilayer along with all the proteins and protein complexes embedded in it an attached to it. | ||
| Molecular function | Cellulose synthase (UDP-forming) activity | Catalysis of the reaction: UDP-glucose + ((1,4)-beta-D-glucosyl)(n) = UDP + ((1,4)-beta-D-glucosyl)(n+1). | ||
| Biological process | Cellulose biosynthetic process | The chemical reactions and pathways resulting in the formation of cellulose, a linear beta1-4 glucan of molecular mass 50-400 kDa with the pyranose units in the -4C1 conformation. |
Expression pattern of LotjaGi6g1v0141800.2, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…