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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi6g1v0256800 |
| Transcript ID | LotjaGi6g1v0256800.1 |
| Related isoforms 1 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Serine/threonine-protein phosphatase 4 regulatory subunit 3; TAIR: AT3G06670.1 binding protein; Swiss-Prot: sp|Q5SP90|PP4R3_DANRE Serine/threonine-protein phosphatase 4 regulatory subunit 3; TrEMBL-Plants: tr|I1MGG6|I1MGG6_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi6g1v0256800 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr6:56966257..56983122) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
ATTTTCACTTTATTTCTTTCCATTCACACTCTTTTCTCCAATTTTCAATCATCCATCCAAACAAAGCATAAGCTGACACA GCCAGTGGCATTTCCGGTATTCTACACATGCGTGACTGTGTTTCTTCTCCTCATTTTGCTCAATCGAAGCTCGGGGACAC TCTTTGCACGGAGAATATCAAACAGTAGAGAGAGAAAGAGAGTGCGAGGAGAGAGAAAGCCACATCAATGGCGGTTAGGG TTTACTGTTGATCCCCCAAACCTTCATTCCCTTACTGTACTTGTTTCACCTCTCTCGTTCTCGTTCTACTTGTCCTCAAA ACCCTAATTCGGCCCAAAATTCAGCATCGCTGCTTTGTTTTTGCTTCCAGACTTTGAGCTACTGAGATGGTTGGGCCGGA GAAATCTCAGGCAAGTATGCTTTACTTGTAATTGAAACTTATAGATTATAGTCAATGCAATTTTTTGTTTTCTATTTAGT GTTTTATGTGATTAGAGTTCGAGCTTCGATTTCTGTACTGGTGAATTGATGATGGAGCTTGAGCTTGAGGCATTTAGTGT TAATTAGTGTTACCACTTGTAAATTCAGTTGGACTGTGAAATGGAAGAAGGGTTTTTATGGAATGCAAAGTGAAAGGGTT GGGGGGAAGCTTTAGTTTTATGATTCTTATGCATCATAGTTGTCAATAGTGTGCTATAGCGGCGCGATTGTGGAGGGCTA TTCATCCTTCGTCATGGCGGAACTTGCGCGCTTCAAAGGCAGTAACTGAACCGAGAGAAAGCGATATTGAGCAATGAGAT GCATTAGCTTTGTGAATTTAGAGATATAATGAATCTACAGAGCTCACTATAGAGCTTGTAACTGAACAAACAGAAAGTGA AAACTAACTAACTGACTAACAATCAGTTGTTACAAACTTACAATAAGATAACTAATTAACTAGCTGAACAATGGGTATAA 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ATTACCTGTTGTAAATCTGTATTGAAATGTTGATGTTTTGTCCTCGTAACTAAAATGAGTTAGTTTTTTTCACTTGACTA TAATATTATATTTTTGTTTTTCTGAGGATGAACTCTGTTGTGTCTGCCTGACCTCTAGCAGTATTTAAGGACACATTTTT TCTATCGGTTTCTCAAGGTACAAGCGTACAGCTGAGCTACCTAACTGTAGTGATTTGTGAGCTCTTAGAATTTTTACTGC TTTTTCTAATGATTTTTTTTTAATCTTACTCAATGTTAGTTTTTAGTCCCCGGTAACTTTTCTGGTTCCGTAGCTGGTTG GCAATCTAAATTTCCAACCGAAATTTTATCAAGTGTTTTAAAAGTAAAATATTGATGATATTCCTATGCATTAAGCAAAT TCAAACATGGAATTTGTATTCATTTGAAAAATATCGAATTGGAAATTTTAAAATTAGGGATTAAGCGTAACAAAATTACT AGAAATTGTATTATACTTATAAATAAGCATATCCAAGTATTAAGAGTTTTCAACACATCCCCATTT
CDS sequence (LotjaGi6g1v0256800.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGCAATTTAATACATTAAACAGCGATGCATTTCACAGTGTAAACAGTGAGTTGCGGGAGTTGCCGGCAGTTGTGTTGTC AACCCTTCCTTTGATTCTTAAGATTGTGGTTGAAAATGGCATTGCTGAACAATTGCGGCTTACAGAATTAGTATTAAGTG ATCAAGATTTTTTCCGGAAGCTTATTGAAGTTTTCAGAGTTTGTGAAGACTTGGAAGATATGGATAGCCTTCACATGATT TTCAAAATAATCAAAGGAATCATTTTGCTTAATAGTACACAAATTTTTGAGCGAATATTCAGTGATGAATTTATAATGGA CATTATTGGCGCCTTGGAGTATGATCCAGAGGTGCCTCATGTTCAACATCATCGTAAATTCTTACAGGAGCATGCCATTT TTAAGGAGGCCATACCTATAAAAAATTCAGTTGTGCTATCGAAGATACATCAAACGTATAGAATTGGTTTTTTGAAGGAT GTTGTTTTGGCTAGAGTATTGGATGAGGCAACTGCTGCAAATCTTAACTCTATAATACATGGAAATAATGCCACTGTTGT TTCTTTATTGAAGGATGACAATACATTTATCCAGGAGTTGTTTGCTAGGTTAAAATCGCCCACCACCTCTCCTGAATCAA AGAAAAACATGGTTCATTTCTTGTATGAGTTCTGTGGTTTAAGCAAAAGCTTACAGATGGTACAGCAGCATCGGCTTTTT AGGGATTTGATGAATGAGGGTATCTTTGACATTGTCACTGATGTCTTGCAAAGTCAAGACAAGAAGCTTGTGCTTACTGG AACAGATATCCTCATTCTCTTCATGAATCAGGATCCTAATCTTCTGCGGTCCTATGTTGTTCGGCAGGAAGGAATTACAC TTCTTGGACTGTTGGTTAGAGGAATGATAACGGATTTTGGAGATGACATGCACTGCCAGTTTCTTGAGATACTTCGCAGT CTATTAGACTCATGTACATTGTCTGGAGCACAGAAAGACTCTATTATTGACATTTTCTATGACAAGCATTTGGGTCAACT GATCGAAGTGGTAACAGCATCATGTCCTTCAGAAAATGTTGCTCATGTAAGCAGCAAAACCATAGATCATGATCAAGGAG TCCAAAATCGGAGTGGCACAAAGCCAGAGATTCTATCGAACATATGTGAATTACTATGCTTTTGTGTCCTCCACCACCCA TACCGGATAAAGTGCAACTTCCTTCTGAATAATGTGATTGAAAAGATTTTGTTACTGACACGGAGAAGGGAAAAATATCT CGTTGCTGGTGCTGTTCGGTTTGTTCGTATTATTCTTTCACGTCATGATGACCATCTGATAAATTATTTTGTTAGAAATG ATCTTCTCAAACCAGTTGTAGATGTTTTTGTGGCTAATGGCAATCGCTACAATCTGCTAAATTCGGCTGTTCTTGAACTT TTTGAGTATATTCGCAAGGAGAATATGAACCCATTGCTGAAATATATAGTTGATTCTTTTTGGGACAAGCTAGTGCAATT TGAGTATTTGGCTTCCATTCATTCCCTGAAAGTAAAATATGAGCAGTGTTTGGAAAATGATGGGACAAACGGTACTGCTA TTATGAATGACTTTCGAAGACGACTTGATGAGCGTGCCTTGGAGAAAGAGGAAGACTACTTTACTGAGGGCAGTGATGAT GAGGACACGACCTCTGCATCCATTCCACATAATCAGAAAGGGCAGCAGAAAGAACCTGTATTAACCAATGGAGTTGCTGC AAGCCACACAGATTCAAGTCCAAGGTTTGGTGGACTGGTTGACTATGATGATGATGAGGATGATGAAGACTACAAGCCAC CACCACCAAGGAAGCAGCTAGAAGCTTCTGAAGAGGATGAAAGGACAATAGAGTCTCTCAGGCTGAAAAGGAAATCACCT TCAAAGGATAATGAACCTGAGCTTGTACAGAAGCAGAAGTTGTCTAAAAATTCAAAATCAAGTGTTTTTTCTGCCTTGTG TTCGACATTGGGCCAGGCTGTGCTACCAGATAAGGAAACTGCAACAAACATTCATACTGATGGGAGGATGAGCTCAAGTG AAGACAATCGAGAAAATGAGACAAATGTTTCTAGAAGCTGCTCTGAGAATAGCAGCACAACAGCTGACGAGAATCACTTA GATAAAGAAACTGCTGCATATAGAAACTCTTCTGATGGGTTACAGGGCACTACAGATAATGGGCAGTTGGGTGGCGAGGA GCATACATTGGTTTCACCAAAATCCTCACCTGAGATGGCCATAAATGGATCTTAA
Protein sequence (LotjaGi6g1v0256800.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MQFNTLNSDAFHSVNSELRELPAVVLSTLPLILKIVVENGIAEQLRLTELVLSDQDFFRKLIEVFRVCEDLEDMDSLHMI FKIIKGIILLNSTQIFERIFSDEFIMDIIGALEYDPEVPHVQHHRKFLQEHAIFKEAIPIKNSVVLSKIHQTYRIGFLKD VVLARVLDEATAANLNSIIHGNNATVVSLLKDDNTFIQELFARLKSPTTSPESKKNMVHFLYEFCGLSKSLQMVQQHRLF RDLMNEGIFDIVTDVLQSQDKKLVLTGTDILILFMNQDPNLLRSYVVRQEGITLLGLLVRGMITDFGDDMHCQFLEILRS LLDSCTLSGAQKDSIIDIFYDKHLGQLIEVVTASCPSENVAHVSSKTIDHDQGVQNRSGTKPEILSNICELLCFCVLHHP YRIKCNFLLNNVIEKILLLTRRREKYLVAGAVRFVRIILSRHDDHLINYFVRNDLLKPVVDVFVANGNRYNLLNSAVLEL FEYIRKENMNPLLKYIVDSFWDKLVQFEYLASIHSLKVKYEQCLENDGTNGTAIMNDFRRRLDERALEKEEDYFTEGSDD EDTTSASIPHNQKGQQKEPVLTNGVAASHTDSSPRFGGLVDYDDDEDDEDYKPPPPRKQLEASEEDERTIESLRLKRKSP SKDNEPELVQKQKLSKNSKSSVFSALCSTLGQAVLPDKETATNIHTDGRMSSSEDNRENETNVSRSCSENSSTTADENHL DKETAAYRNSSDGLQGTTDNGQLGGEEHTLVSPKSSPEMAINGS
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 7 | 720 | 714 | 7.9E-242 | – | |
| PANTHER | 7 | 720 | 714 | 7.9E-242 | – | |
| Pfam | 55 | 243 | 189 | 3.0E-67 | ||
| SUPERFAMILY | 72 | 499 | 428 | 9.22E-13 | ||
| Gene3D | 164 | 498 | 335 | 1.3E-5 | ||
| MobiDBLite | 551 | 764 | 214 | - | – | |
| MobiDBLite | 560 | 590 | 31 | - | – | |
| MobiDBLite | 611 | 652 | 42 | - | – | |
| MobiDBLite | 653 | 668 | 16 | - | – | |
| MobiDBLite | 728 | 745 | 18 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
Expression pattern of LotjaGi6g1v0256800.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…