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LotjaGi6g1v0284000.1

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi6g1v0284000
Transcript ID LotjaGi6g1v0284000.1
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description Argonaute; TAIR: AT2G27040.1 Argonaute family protein; Swiss-Prot: sp|Q9SDG8|AGO4A_ORYSJ Protein argonaute 4A; TrEMBL-Plants: tr|A0A1J7GZK6|A0A1J7GZK6_LUPAN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi6g1v0284000
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr6:60026428..60036559) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

GTTGATTGCATGGTCACTAACAACAACTAAGAAGCTCCCTCTCACTTCTGTAAAACGCTTTGATCTTCTCACAAACCTCT ATCACTTGTTTTTCTAACTCCAAAGGTAAGCTTGGCCACGTTACGTAAACCTTACCTTCTTCAGTCTTTTTTTTATTCTT TTTGGTTGTGTCTGCAGAAGATTGTGAATTGTGATCAAATGATCAATGCCTTTTGGGTTTCTTGTTTTTTTTTGTTGTTT CTTCCTTCTTCTTTTTTTCTTGCTTTTTTGCTTTTTAATGGCGTTGAATCATATTTCCTTTATTTGGCTTGTGTCTGTCT TGCACTCTTGCTATTGGCTACTGTTTTATTTGTATACTTGTTCTGTTACTTTCTACTTGAATGCTTTGGGTTTGTGTTCT CTTTTATCTAATCTAACCCATAAATAATGTATATAGCAAACAACTTTTTCCCCTTTTCAAGATATCTTTTACGTTCTTTT GGTGTATCAGAAGAAATAAAGAAACTTAAAATGTCCTAAACTTTCAAAACAGAGACAACTAAGAACATAGAAAATTTTGC TGGTTTGCTTTTAAATCGGATCATGGCATCGGCTAGTTATGATGTGCACAGAAACTTTACAATCTCATCGGTGAGAGAGA AAATGAGACACTAAAACATGATCCATATGCACCACCACCTTAAGCGGTTAACATTTTTTTTTTCTTTAACATGTTTCGAC TCAATATTTTTAAAAACTGACCTCTCAATTGATGTCTTTTTACAATATCAAATTGTGTTCTCACCCTAGCTTATTTACCA CTAGACTAACACATTATTGTTGTTAAGTACTAAATTACTTATGCACAATAAAAATTGGGGCATTTCTTCAGTTTCCATCT AAAATGGGAGGGTATGATACATTTTAGTTTATTTTTAGAATACAAATGTCTAGATTTTAAATTATAAAAATATACTATGG 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CCATTTTCCTTGGACCTTTGCGGGTTCTTGGCGGTTGTCCGTTCATTTGTAAGGTGTTAAAATTGTTTTGTTTGTGCTTG ATTGGTATTTGATGGTGATATGTTCTACTTGATTCATGAACTTGTTGAATATTTAATGTTATATTTCTAATTTGTTGTTG ACATAAATTGTTGGAGAGACTTGAAATTTGTTGCATGACATTGATGATTTTTATATGAGTTGATGTCATAATCGTAGTTG ACGTTCTGATGAATTGACAATGTGACAGTTGGTTGTCACGTGTGGTTGTCTCACCTAGTGAGGTGATATTGATCCGTTGT TGTTGGTAGTTTCATATGGATTTGCATCTTGATCGATTAAGGAGATGAACCTTAATTATGTTGATTTTTTTGAATTGATG TCGATTAATGATTGTTGATAACATGATTATTATCTTGCTATGACTATTTTGTTTGCTTGATTTGTTGACTTAACCCTTTC ATTTTGCTACTTGTTGTATGGTCGCCTGACACCAGTTTTTAGACGATGGATGACTACTCAATGATCAAGCGTAGGATCTA TATTTTTTTTATGCGAAGGCTACAAAATGAACCTTAGTTTTTATCATCTTGTTTTTTTTTTTTTTACGACATTGTTATCT TCTTTCTGAACCTTAGATTTGTTTTGGTTTTGTTGAAGCACATGCGTCAAAGATAATTATTTTGAATTTAATCATATCTA TATAATTTGGGTATTATAATATTGATATTATTTTTGAAGATTGAATTTTTTTTATTGTTTTATCTTCTCATCACTTAGTG TTTTGAAAAAAAAAACCCTTAATGTTTCCGGAAATTTGTAATCATTCCTTAGTCTTTATTTGGCTACTAATATGATTCAC AGTTGAGAAATTGAGGCGTTACAATTTTGACAATGTTGGGCATTAGAAGCTATACACTTTTTTTGAAGGGACCAAATTCA 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TCCACTTGAAAGTTTATTAACCTCTTCCAAACAATTTCATGCAAACTTAGGACTTGTCTAATAAGTTTCACTCACTAGAA AGAATATTCTCTATATCAATAATCATTTTCATGTGTATCTTTCAGATTTTTATTAAGACGTGGAAAGAATGCGAATGGTG AAGAGCAGTCAAGTGAAATGACAATTTATGAATACTTCAAAGCCCATAAAAATATTGAACTGCATTATTCTGCTGATATG CCATGCATCAATGTTGGCAAACCAAAGCGTCCTTGTTACTTCCCTGTGGAGCTATGTACAATGGTCTCACTGCAGCGGTA CACCAAGGCGCTTACAAATTTACAAAGGGCCCAACTAGTGGAGAAGTCAAGGCAAAAACCCCAAGAAAGGAAAGCAGCTT TACAAGATGTATGCTATGTAGTTTACTTATAATTAATTTTCAAATGATTTGATCAAGTCAAGTTACATGCTAATATCTTT ACATGATTGTTTCCTGCAGTCCTTAAGAGCCAGCAGATATGGTAATGAGCCTATGCTTCACTCTTGTGGGATTACCATTG AACCGAATTTGATTGAAGTTGAAGCACGTGTTCTGCAAGCTCCAAGGGTATGTAATGTGTCTACTATGCTCTTCTTCTTA TCCTTGTTTTATTATAACTTATGGCTTTCAAGACACTGATTTCATTTGTTATGCCAATGTTTGTTCAGCTTATAGTTGGG GATGGAGTGGACATTCTTCCCAGGAATGGGCGCTGGAATTTCAACGACAAGGTTAACCTTTGTTGTTATTATTTTAAAAT GGTGTAGTTGAACCAAATATAGAGTTTTTTTTCTAACAGCGAGCATGATCATTCTAACAGAAACTAGTTGAGCCTGAGAT GCTTAAGAATTGGGCCATTGTAAACTTCTCAGCTCGGTGTGATATGGAACGCCTGTTAAATATTATCAGGATTTGTTCTG AAAGGAAAGGGATGGTAAGGTGGTTTTCTTCAACAATTATGTGGCAAATTCACTTGATTGATGTTTCTAATCGACTTGTT CGGTTTCTTTTGTAGCGCTTGAACCGTCCTTTGGGGATAATTGAAGAGGATAATCATTGTAGACGTGAGTCAGCAGCTGT CAGGGTTGACAATATGTATGAAAATCTAAAGTCCAAACTGTCTGAGCGCCCTCAGCTTCTGTTATGTCTCCTTCCAGAGA GAAAGAATTCCGAGCTTTACGGTAGGATCAACAAGCTTCTTCTTCTTCAATTAACTACCCAGTGTTTTTTTTTTTGTTAC TTTTATAATACTCTATTATGTAATAATATGTAGGACCTTGGAAAAAGAGAAGTCTTGCTAAGGAAGGGATTGCAACCCAG TGCATTGCACCCACGAAACTCAATGATCAGTACATTACTAATGTGCTTTTGAAGATTAATGCAAAGCTAGGTGGCATGAA CTCCTTTCTATCAATTGAGGATGCAGATTCCATACCCCTAGTTTCTGATATTCCTACCTTGATTCTTGGGATGGATGTTT CACATGGATCTCCTGGTCGTTCTGATGTGCCATCTATTGCAGCGGTATGAATCATATTTATCATTCTGATTACAAGTTTG CTTAAGCAGCAGGAGCATAAGCTCACAATGTTTGGCTTACATTTGTAATTAAATATTCCAGGTTGTAAGCTCAAGATGTT GGCCTAAAATTTCTCGTTATAGAGCTGCAGTTCGTACTCAGTCGCCCAGAGCTGAGATGATTTCATCTTTGTACAAGCCT GTTTCTGATACTCAGGATGATGGTATCATCAGGTGTGTGTACGCGCGCACGTGCGCGTGCGTGTGTTCATTATTCTCTAA TCAGGCATCATGGCATTTATTTTTTATCCTATTTCTTCTCAATCAATCATATTCATCCATTTGATTGTGTTCACTTTGCA GGGAGCTGCTATTGGACTTCTACGCTACTTCTCAACATAGGAAGCCTGAGCACATTATAATTTTCAGGTTGGTATTAGTT TATTCTATTACTGTTAAAAATTAATTTCGTAAAATAGAAAACTCATTGAATTTCCACTGTACGAGCTCTAATATAAATCT GGTTTAATGTGCTTTAATTTACTAGGGACGGAGTGGGTGAGTCCCAGTTCAACCAGGTCCTGAACTTTGAGTTGGATGAA ATTATTAAGGTATTCATTCATGTCCACTCACCAATGTAAATTTAATTAAGATATGATTATAGTACTTAGTGAATGCAATC AATGAAAAATGCATTTTCAGGCATGTAAGCATCTTGACGGCAATGACGAGCGTTGGAATCCCAAATTCACTGTGATCGTT GCACAGAAGAGACATCATACTAGGTTCTTCCATGCAAACAATGCTCAAGAAAATGTTCCAGCTGGTCTGTCTATCACTTG AACAGCAAAAATTTAACAAAAAACGGTACTTTTTATTTATGTTTTGTTCTAACTAAACTAACCCATTAATTACTTTTCTG TGTGTAGGAACTGTTATTGACAACAGTGTATGTCATCCTAGAAACAATGACTTCTACATGTTTGCTCATTCTGGGATGAT TGTAAGTATCATTGTTAAATGCATAACTAGTACTATAACTAGTATTTTAGAGCTCTTTGCACCTAAAAAGCTCTTTGCAC AAACAGGGGACAAGTCGACCTACCTATTACCATGTTTTACATGATGAAATCGGGTTCTCAGCAGATGCTTTGCAAGAACT AGTGCTCTCTCTATCTTATGTGTAAGTAATCAGCTAGGTTTTTATACACCAAATATGCCTCACAAAATATTAAGAATCCC CTAACAATCTGAATTTTGACGGTTTTTTACAGGTATCAGAGGAGCACGACTGGCATATCAGTAGGTAAATATTTTTTTCA ATCCAATGTTAAACTTCCCACAGCATTGATCCAACTCTAGCAAGTGTCTAGTAGATATTGCTGCATTGTTATTGTCATAT TCAAATAATCTCTATTTGCAATTTATGGTGAAAAAGATTCTGATACTCTTGTGCATTATTGATTGCAGTTGCCCCCATTT GCTATGCTCATTTGGCAGCTGCCCAAATGGCACAGTTCGTCAAGCTTGATGATCTGTCTGAGACTTCTTCCAGCACATCT TCAACTACGATTCCTCAAATACCCCGGCTTCATAAAAGGGTTGCAAATTCCATGTTCTTTTGCTAACATTTTATTTTATC TTTATCTCCTTTCATGGAAGGAAACCTATGAGTTGAGTATACCATTTGTAATTTATTACAGCCCAGGCAGCAGTAGATAG ATTTCAGAACAAGAGTTTAAAATTTATTGTTAGTTGTATATATAGATCAATTAGGATCAGTTGTTTGTTAGTAACTAAAG CTAATTTGATGCATCGATATATATTCTTTCAATTCAAAATTTTCAATGAGAT 

CDS sequence (LotjaGi6g1v0284000.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGGAATCACTACCACCTCCACCAGCCACCATTCCTCCTAATGTTGTTCCTATCAAAATACAAGACCAAATGGAGAACAC ATCAAAACGTTTGCCTATGGCTAGGAGAGGATTTGGAACCAAGGGACAGAAAATAAGACTTCTAGGTAACCATTTCAGTG TTGTCGTGAACAAGAAAGACGGCTACTTCTATCATTATAGTGTTGCCATGTCTTTTGAGGATGGTCACCCACTTGAAGTG AAGGGTCTTGGGAGAAAGGTCATTGATAAGCTTTGTGAAACATATGATGTCTTACCACGTAACAAGAGTTTCGCGTATGA TGGTGAGAAAAGCTTGTTCACTGTTGGTCCTCTGGAACATACCAAGCAGGAATTTGTTGTTGTGCTGGAGGAAGTTTTGT CAAAGAGGATTGGAAGGAACAGAAGTCCTGGCAGCTCTAATGATGGAGGAGACAACAAGAGGATGAGGCTCCAATCTCGG TCCAAAACTATTAAGGTGGAGCTAAATTATGCAGCGAAAGTCCCACTGCGAGCAATAACAGATGCAGTACGTGGTCAGGA TTCTGAGCGCTCCCAGGAAGCATTGAGGGTCCTGGACATTGTACTGAGGCAGTGTGCAGCAAAACAGGAATGTCTCCTTG TACGACAATCCTTCTTCCGTGACATTCCAAGGAATTTTACTGACCTTGCAGGTGGTATTCAAAGTTGCCGTGGTTTCCAC ACAAGCTTTCGAGCCACTCATGGGGGTTTATCCATCAATGTTGATGTCTCAACTACAGTGCTTGTAAAGCCCGGGCCTGT TTTGGACTTCCTTTGCCAGAATCAAAATGTTCAACATCCAAACTCAATTGATTGGATCAAGGCTAAAAGAATGCTGAAAA ATCTAAGAGTCAAGGCCAATAATGTCGAGTACAAAATCACCGGGCTGAGTGAAAAGCCCTGCAGGTCACAGACATTTTTA TTAAGACGTGGAAAGAATGCGAATGGTGAAGAGCAGTCAAGTGAAATGACAATTTATGAATACTTCAAAGCCCATAAAAA TATTGAACTGCATTATTCTGCTGATATGCCATGCATCAATGTTGGCAAACCAAAGCGTCCTTGTTACTTCCCTGTGGAGC TATGTACAATGGTCTCACTGCAGCGGTACACCAAGGCGCTTACAAATTTACAAAGGGCCCAACTAGTGGAGAAGTCAAGG CAAAAACCCCAAGAAAGGAAAGCAGCTTTACAAGATTCCTTAAGAGCCAGCAGATATGGTAATGAGCCTATGCTTCACTC TTGTGGGATTACCATTGAACCGAATTTGATTGAAGTTGAAGCACGTGTTCTGCAAGCTCCAAGGCTTATAGTTGGGGATG GAGTGGACATTCTTCCCAGGAATGGGCGCTGGAATTTCAACGACAAGAAACTAGTTGAGCCTGAGATGCTTAAGAATTGG GCCATTGTAAACTTCTCAGCTCGGTGTGATATGGAACGCCTGTTAAATATTATCAGGATTTGTTCTGAAAGGAAAGGGAT GCGCTTGAACCGTCCTTTGGGGATAATTGAAGAGGATAATCATTGTAGACGTGAGTCAGCAGCTGTCAGGGTTGACAATA TGTATGAAAATCTAAAGTCCAAACTGTCTGAGCGCCCTCAGCTTCTGTTATGTCTCCTTCCAGAGAGAAAGAATTCCGAG CTTTACGGACCTTGGAAAAAGAGAAGTCTTGCTAAGGAAGGGATTGCAACCCAGTGCATTGCACCCACGAAACTCAATGA TCAGTACATTACTAATGTGCTTTTGAAGATTAATGCAAAGCTAGGTGGCATGAACTCCTTTCTATCAATTGAGGATGCAG ATTCCATACCCCTAGTTTCTGATATTCCTACCTTGATTCTTGGGATGGATGTTTCACATGGATCTCCTGGTCGTTCTGAT GTGCCATCTATTGCAGCGGTTGTAAGCTCAAGATGTTGGCCTAAAATTTCTCGTTATAGAGCTGCAGTTCGTACTCAGTC GCCCAGAGCTGAGATGATTTCATCTTTGTACAAGCCTGTTTCTGATACTCAGGATGATGGTATCATCAGGGAGCTGCTAT TGGACTTCTACGCTACTTCTCAACATAGGAAGCCTGAGCACATTATAATTTTCAGGGACGGAGTGGGTGAGTCCCAGTTC AACCAGGTCCTGAACTTTGAGTTGGATGAAATTATTAAGGCATGTAAGCATCTTGACGGCAATGACGAGCGTTGGAATCC CAAATTCACTGTGATCGTTGCACAGAAGAGACATCATACTAGGTTCTTCCATGCAAACAATGCTCAAGAAAATGTTCCAG CTGGAACTGTTATTGACAACAGTGTATGTCATCCTAGAAACAATGACTTCTACATGTTTGCTCATTCTGGGATGATTGGG ACAAGTCGACCTACCTATTACCATGTTTTACATGATGAAATCGGGTTCTCAGCAGATGCTTTGCAAGAACTAGTGCTCTC TCTATCTTATGTGTATCAGAGGAGCACGACTGGCATATCAGTAGTTGCCCCCATTTGCTATGCTCATTTGGCAGCTGCCC AAATGGCACAGTTCGTCAAGCTTGATGATCTGTCTGAGACTTCTTCCAGCACATCTTCAACTACGATTCCTCAAATACCC CGGCTTCATAAAAGGGTTGCAAATTCCATGTTCTTTTGCTAA 

Protein sequence (LotjaGi6g1v0284000.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MESLPPPPATIPPNVVPIKIQDQMENTSKRLPMARRGFGTKGQKIRLLGNHFSVVVNKKDGYFYHYSVAMSFEDGHPLEV KGLGRKVIDKLCETYDVLPRNKSFAYDGEKSLFTVGPLEHTKQEFVVVLEEVLSKRIGRNRSPGSSNDGGDNKRMRLQSR SKTIKVELNYAAKVPLRAITDAVRGQDSERSQEALRVLDIVLRQCAAKQECLLVRQSFFRDIPRNFTDLAGGIQSCRGFH TSFRATHGGLSINVDVSTTVLVKPGPVLDFLCQNQNVQHPNSIDWIKAKRMLKNLRVKANNVEYKITGLSEKPCRSQTFL LRRGKNANGEEQSSEMTIYEYFKAHKNIELHYSADMPCINVGKPKRPCYFPVELCTMVSLQRYTKALTNLQRAQLVEKSR QKPQERKAALQDSLRASRYGNEPMLHSCGITIEPNLIEVEARVLQAPRLIVGDGVDILPRNGRWNFNDKKLVEPEMLKNW AIVNFSARCDMERLLNIIRICSERKGMRLNRPLGIIEEDNHCRRESAAVRVDNMYENLKSKLSERPQLLLCLLPERKNSE LYGPWKKRSLAKEGIATQCIAPTKLNDQYITNVLLKINAKLGGMNSFLSIEDADSIPLVSDIPTLILGMDVSHGSPGRSD VPSIAAVVSSRCWPKISRYRAAVRTQSPRAEMISSLYKPVSDTQDDGIIRELLLDFYATSQHRKPEHIIIFRDGVGESQF NQVLNFELDEIIKACKHLDGNDERWNPKFTVIVAQKRHHTRFFHANNAQENVPAGTVIDNSVCHPRNNDFYMFAHSGMIG TSRPTYYHVLHDEIGFSADALQELVLSLSYVYQRSTTGISVVAPICYAHLAAAQMAQFVKLDDLSETSSSTSSTTIPQIP RLHKRVANSMFFC 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
PANTHER 3 870 868 0.0
PANTHER 3 870 868 0.0
Pfam 43 202 160 2.1E-24
SMART 212 264 53 5.4E-17
Pfam 214 262 49 8.1E-14
Gene3D 258 383 126 3.4E-30
SUPERFAMILY 259 419 161 1.11E-41
CDD 264 378 115 2.76623E-32
SMART 265 401 137 0.0062
Pfam 268 395 128 1.7E-24
ProSiteProfiles 304 379 76 11.096
Pfam 405 449 45 2.5E-10
CDD 423 854 432 5.46043E-167
Gene3D 443 610 168 5.4E-36
SUPERFAMILY 532 858 327 3.54E-78
SMART 548 860 313 3.1E-109
ProSiteProfiles 548 860 313 41.453
Pfam 549 860 312 2.2E-98
Gene3D 616 893 278 4.3E-93

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
Molecular function Nucleic acid binding Interacting selectively and non-covalently with any nucleic acid.
Molecular function Protein binding Interacting selectively and non-covalently with any protein or protein complex (a complex of two or more proteins that may include other nonprotein molecules).

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi6g1v0284000.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

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