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LotjaGi6g1v0346900.1

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi6g1v0346900
Transcript ID LotjaGi6g1v0346900.1
Related isoforms 1
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description UDP-glucose 4-epimerase, putative; TAIR: AT1G30620.1 NAD(P)-binding Rossmann-fold superfamily protein; Swiss-Prot: sp|Q9SA77|ARAE1_ARATH UDP-arabinose 4-epimerase 1; TrEMBL-Plants: tr|I3T3Q3|I3T3Q3_LOTJA Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi6g1v0346900
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr6:65953673..65965788) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

CGTCGCAGTATTAACGGCATTATGCATTTTGATAATCAAGAAATCTCCATCTTTTACTTCTCCTAGTCCGGTACTCCTTC AAATAGACATAAACAACACATATATTTAGGGCATTAGTTTTAACACCCCCTTATTAATCTCACACCCTCTTTTATTTTCT AAATTCCCTTAATACCCTCTCTTATAAAGAGATAATTAAAGTGTGATAGTATTTTCACACCTACTAACTATGAAACATTT TCACACTCAATGAGTGAGAAAATATTTCACACTCACTAAGTGTGAAACACAATTGTGTGAATCGAGTATGTTCATTCTCT CTTTACCTTCTTCCTTGGGTGTGAAACACGATTCAGTTTCGCACTCAAGATCAGGAGTGTGAATGAACCGACTGTTGAGA ATTTTATGTTCAATTTTAAATTTTTCGTTTCTTTAAAATTAGATTTCACACTCAAGTGTGTGAAACATTTTCAAATTTCA CACTCAAGAGTGTGAGTTATTGAAATGTTAATAATTTTATTTTTAAAAATTATTTTTTTTGTTTTTTTATATTTTCATTT CACACTCAAGAGTGTGAAATCCTTTCAAATTTCACACTCAAGAGTGTGAAGGAACCAACTGTTAAGAATTTTATTTTTAA TTTTAAATATTTCATTTTTTATAATTAAATTTCACACTCAAGTGTGTGAAACATTTTCAAATTTCACACTCAAGAGTGTG AGTTATTGAATTGTTAATAATTTTATTTTTAAAAATAATTTTTGTTTTTTTTTTATATTTTCATTTCACACTCAAGAGTG TGAAATATTTTCAAATTTCACCCTCAAGAGTGTGAAGGAACCAACTGTTAAAAATTTTATTTTTAATTTTAAATATTTCA TTTTTTTTATAATTAAATTTCACATTCAAGAGTGCGAAAAAGGCAAGCTCACACCCTAATGTCAAACTTTCCCTTATATG 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ATGCAGCACTACGGTAAGACTAATGAGGATGTGGTGGAATACTTACAACTCCCGGATGATGGAGATTTGATCCTTACTGA CTCATTAGGTGTGACCAAAGAGATATCCTTTACTGTGGTAGTCAAAAAAGCTTACCCAATCCTTGGATGGTGTGAGCTTC GCCAATTCTACAATTTTTCAGGAAATGTTTGGCTCCTTTTGAAACATGTGAACAACTAGCTAAGATACACTAATCAATAA AGACAAAAATAATATTAATCTACCATTTAAAACAACAAGTCAAAAGATAAAAACAAAATAATAAAAAAAACAAAAAACAA ACATTTAATTAAAAGAAACACATAAGAATTCATAAACTAATTTTTTTTATTATCTTTTACTCAATAAATTATATTTAAAT AAAAACAAAATTAACAAAAAAAACCAAAAAATGAATATCCCTGTGCATCGCACGGTAAAAAGTACTAGTATTTATATATT GTGCATGTCTATATATCTATAGATTTTATTTACTAATGGATGTGGACATTGTGATATTTTAATATATTTGTACACATTAC AAACTTGAAAGAGTTAGCTGGCTAAATATCCTATTAGACATATTAAAACAAATTTTATCAGTCACTTCTTTTTAATCTAT TAGATAAATGATTTTTATATTTTCTTATGCCGTTTATAAGTTTACAGCATGATGCTTCCTTTTGTGGTGGTGGAATTTGA TTGGAATTCAATGCGATGGCTGGATTTTTTCTTGGGGCGGGGGGGGACTTCTCGGGACTGTTTTTGTAGTCTGTTCTTCC AGCTGAGTTAGATAAAACATCTGGTGTATCTAAGTTTGAAGTTTCTATCTTCATTTCACGTTATGTAAATGTTTGAAGTA AAGCACTATGGACTATTATAATTTACGTCTTGTTGTTTGACAGATTTCTATGATAGGTCGGCTCTTATGGCCTTTGGGAG 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TTATGAATTCTCTTTCAAGGTTTGTTTAACTAAGGTCTTGGTTTTGTGGATTCAATATGCTCTGCCTTTGATAATATACC TCTCTTAGTTAAAACTTAAAAGGTTGACATTCCTATAATTACCTTCATAGTGGTTTACTCAAAAGTTATCCTAGGCCCAA GGAAGTTACAAATAAAAAAAGTACATGATTGTGAAGTGAATGTTAAGGTTTCCAAATCAAAATTGATTCTAAATCTAGAT TATTTGGGATAAAGACCTAAATATGTTTTATGGGATTATGTCTATATGTTTTCTCTATTATGACTTATTTTAATTAGATT TAGCTGAGATGGATCAGTGTTAAAATTCATCCATTTCAATTCAACTTTTTTATGTTGTATAACTTGTTTGTCAGGGGTAT TATCTCAATATTACATCAAATACCTTGTTGGTATTGGAGTCTATGGCTAAATATGGTGTGAAGACGTTGATATATTCTAG TACATGTGCAACATACGGGGAACCGGAAAAGATGCCCATTACAGAAGAAACGGAACAGGTATGAAATATTCTAAGTGTGA TTGAATTGTGAACTATAGTTGAGAACTTTCGTTTTTAACTACAGTCTATGTCTAATGTTTTCTTGGTTACTTTAATGAAC ATTGAAACCTATGTTAAATTGATATTCTTCAATTTCAGAAGCCAATTAATCCATATGGAAAAGCCAAGAAGATGGCAGAA GATATCATCCTTGATTTTTCTAAAAATTCTAAGATGGCCGTAATGATTCTGAGGTTTGTACTTTGCATTTAAGTTATTAG TGATTTCTCCAATGTTTCAAATAGCTTTTTTTTATGTCTTATTCATGTGCCCTTTGTTTCTTAAGTTATTAGTCAACATA TCTTACATGTAAGGAAACCTTGTAACAAGTGTTCCACGGTTTAAGTCAAATGCATTTTGTGATTTTTCTTTTCTTTGCTT TTTGGCATATAGATGTTATGAATCCGTATTATTAATGCAGACTTCTCATAATCTGCTACTTTATGATATATGACATTTTC TTCTGGGAAGGTTTGATTTGAAGGTGACCTAGACATGCACCTTCATGTGACAAAAATCTTTATTGCCATGTACTGATAGG AAAAAAGTATCAGTACTTAATTTTGGATTTCATAACATAAATAATTGTTAATTTCAAGTTAATAATTCCTACTATCCTAT GGTTTGTGACTATTGATAACTTTTCTTTGGGGAACATTCAGATATTTCAATGTGATTGGATCAGACCCTGAGGGCAGATT AGGTGAAGCACCGAGACCTGAACTTCGAGAGCATGGTCGAATTTCAGGCGCTTGCTTTGATGCAGCTCGTGGTATTACAT CTGGCTTAAAGGTATCCTGCTATTATAATTTTTACTTTATTCTTGTGCTGTTTTATTTTATAGAGAAGCTTAAGCCATCT GATTTTCCATTATGTAGAATTCTTCTATATATTATAATTTATTTCACTCTAGTCTGCTTTCACAGCCAACTTGAAAACCA GCCAAAAAAATTGTTTCTGAACTAATATGCCGGTATATAATGAATGTGTACTCATTGTATATGTTTCCACGATTTGCAGG TTAAAGGAACAGACTATAACACCCCTGATGGAACATGCGTTCGAGATTATATTGATGTAACTGACCTGGTTGATGCTCAC GTCAAAGCTCTTGAAAAGGCACAACCTGGTCAAGTTGGGATCTACAATGTTGGCACTGGAAAAGGTAAGTTTTACAATTT GAATATAGCATACTTGGACGGTTGGACCACCTTCTCTTTCACCAGAATCAATTCTGAAACCCGAAAGCTACTCACAGATT GATTCTGGCTTCAGAGTCAATTGTAGAAGTGTTTCCAAACTTGGACATAGTCTATCCAGATGTTTCATAGTTATCTCAAA 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CDS sequence (LotjaGi6g1v0346900.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGGCTAAATATGGTGTGAAGACGTTGATATATTCTAGTACATGTGCAACATACGGGGAACCGGAAAAGATGCCCATTAC AGAAGAAACGGAACAGAAGCCAATTAATCCATATGGAAAAGCCAAGAAGATGGCAGAAGATATCATCCTTGATTTTTCTA AAAATTCTAAGATGGCCGTAATGATTCTGAGATATTTCAATGTGATTGGATCAGACCCTGAGGGCAGATTAGGTGAAGCA CCGAGACCTGAACTTCGAGAGCATGGTCGAATTTCAGGCGCTTGCTTTGATGCAGCTCGTGGTATTACATCTGGCTTAAA GGTTAAAGGAACAGACTATAACACCCCTGATGGAACATGCGTTCGAGATTATATTGATGTAACTGACCTGGTTGATGCTC ACGTCAAAGCTCTTGAAAAGGCACAACCTGGTCAAGTTGGGATCTACAATGTTGGCACTGGAAAAGGAAGATCAGTGAAG GAGTTTGTGGATGCTTGTAAAAAGGCCACAGGGGTGAACATCAAAGTAGACTTCAATCCCCGCAGGCCCGGTGATTACGC TGAGGTTTATTGCTACCCGGCTAAGATCAGACGTGAACTGAATTGGACTGCACAACACACTGATCTTCAGAAGAGCATAC AAGTTGCATGGAAATGGCAGAAATCGCGTCCTGGTGGTTATGGAGTATCATCTGCAATCTGA 

Protein sequence (LotjaGi6g1v0346900.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MAKYGVKTLIYSSTCATYGEPEKMPITEETEQKPINPYGKAKKMAEDIILDFSKNSKMAVMILRYFNVIGSDPEGRLGEA PRPELREHGRISGACFDAARGITSGLKVKGTDYNTPDGTCVRDYIDVTDLVDAHVKALEKAQPGQVGIYNVGTGKGRSVK EFVDACKKATGVNIKVDFNPRRPGDYAEVYCYPAKIRRELNWTAQHTDLQKSIQVAWKWQKSRPGGYGVSSAI 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
PANTHER 1 231 231 8.4E-149
PANTHER 1 231 231 8.4E-149
Gene3D 1 74 74 3.4E-19
SUPERFAMILY 1 225 225 4.51E-51
Pfam 2 152 151 3.5E-23
Gene3D 75 146 72 1.1E-12
Gene3D 147 231 85 1.0E-26

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
Molecular function Catalytic activity Catalysis of a biochemical reaction at physiological temperatures. In biologically catalyzed reactions, the reactants are known as substrates, and the catalysts are naturally occurring macromolecular substances known as enzymes. Enzymes possess specific binding sites for substrates, and are usually composed wholly or largely of protein, but RNA that has catalytic activity (ribozyme) is often also regarded as enzymatic.
Molecular function Coenzyme binding Interacting selectively and non-covalently with a coenzyme, any of various nonprotein organic cofactors that are required, in addition to an enzyme and a substrate, for an enzymatic reaction to proceed.

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi6g1v0346900.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

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