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LotjaGi1g1v0054800.1

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi1g1v0054800
Transcript ID LotjaGi1g1v0054800.1
Related isoforms 3
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description Disease resistance protein; TAIR: AT3G14470.1 NB-ARC domain-containing disease resistance protein; Swiss-Prot: sp|Q7XA40|RGA3_SOLBU Putative disease resistance protein RGA3; TrEMBL-Plants: tr|G7K723|G7K723_MEDTR Disease resistance protein RGA4; Found in the gene: LotjaGi1g1v0054800
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr1:7750757..7771823) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

TGACGATTGGAATCCAATGCCAAGTTGGGTGACTTTACTTTGGTCTCCTTGAATAAAGACTGCATCCATACTTTGCTTCA GAACTCATCCATGCAAAACCAGCCTTCACGATTGGAATCCAATGGCACTCGTAGCTTCCTATAAGTTTCCTGAAATAAAG ACTGCATCCACACTTTGCTTCAGAGCTCATCCAAGCAAAACAAACCTTTGATCTTCTTCCCTTTTCAACTTTTGCATTTC TGAAAATGGCTGAGGCCTTACTTGGAGCTGTGTTTGAGAAATTGTTTTCTCTAGCTCATAATGAATTCGCAACCATGTCT GGAATCAAGAAAAAGGCTGAGAAGCTATCACTCACTCTTGAACAGATCAAGGCTGCTGTTGAAGATGCTGAGAAGAAAGA GATAACAAACAAATCTATAAAGGTTTGGCTGCAGCAGCTCAAAGATGCTGTGTACGTCCTAGATGATATCCTTGATAAAT GTGACCGTAAGAACAAGTTTGTTCTACAAGTGGGTGTTTGGGAAAGGTCAACTGAAGTTGCTGAATTGCGCCAAACCAGC TCGTCCATTCCTCAAGCCAAACCAGCTCGTCCATTATAACACTGCTTGAGATTTACCCTTTAACACTGCCTTGGTCAATA TATCTACTAGCCGATTTTTAGTATTAACATCACTTGCTTAATGTAATATTTTTAGGACATACTTTTTCACAGAAAAGCAG TGGGGGAAATCCTGATTTTGAGTGAGGATTGAGTTTTATGGTTTAGGGTTTAGTACTGAAAATGGTCTTGCATTGGTAGA AGACTGGTAGTCATTTTCCTACAACATAAGTTCAGTTCTTTTAAGTTCGTTTATTCCTTTTAGTGATAATATCCAAGCCA AACTCAGGCCAGCTGATAGCTGTAATGGCTCTAGTCCATCAACACCATTGAGAAACAAAAGAATCTTCCAATGGAGACGC 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GAATTTAGCAGCATGCATTTTGATGACACATAAATTTTAAGTGCTAAACTCTTCAACTTGCACTTTGAGAATGGAGCCAA ACCCCTGTAACTTTTGATATTTGGGAAACATATTTATATTTACTAGGAGAGAAGGGGAAAGTAGGACATTCGGAATGAGA CGTATTTAATGTTGCTCATTTTTCCTTGAAATATAAAAATCTCAGATTAGTTCTTAATATTTCAGGGGATCTGTCATTTT TGGCAGCTATGGATCCTATTTCTGGCGGTCTAAAACCCCAACATAGGGGTTTACAAAGCCATTGCATCATTGACTTTTAG CGGCAATAGTAAACGCCACAAAATATGGCTGCTAAAAGATGATGATTTTTCCCGGCAATAAATGGTGTCTTTACCGGCGC CCGGTATAAGCGCCGGTAAAGCCTTTACCGACTCGCGATACACCGGCGAAGTAGTTTTTGCCGGTAAACGTTATTGCGGC CATTTTTATTGCCGCTAAAGTCAGTATTTATTGCCGGCAAAAGGCATTTCTGTTGTAGTGAGAAAGAGATCACCTTTTCA AATTAATAGCAGATAGCAAGGTAAAAATGACTTTTAGTGTATATATATTCTAGTTTTGTTTTCTTCAATTTACGGGCCCG TTTGGTACGCTGTATAGTATAAGGCCTGATACTATTAGGCCTGATAAAAATTTAATAATATACAACGTTTAGTGAGACAT CGTATAACTTCTCGTATTGTTTAACTTAATACAATCCTACATTTGGTGAAGTGATGGATAATAATGGATAGTATAAAAAA TAAATATATGTACAAAAATACCCTTTATTAATAAAAGTAATTCTTTTAGTTTATTGAATTAACTTTTCAGAAAATAAATA GTAAAATTTTTAGAAAACATTTACGGTATACTATATAGCATTTTATAGTACAAAAATTTCAAAGTCATACCAAAAGTTTA CGGTATATTATGTAACATATTTTTGATGTCTAGCAAGTCTCATACAAAAACTTCAAACAACGTAATTATATAAAAAATAA GTAAGAACTGTTCATTTTTAGTGCACCATATATATAATAGCCAAACTTATTACTCCATAATAAAATATTAAGTTCTAGTG GAAAAAAACATCAAGTAACATCAAATTATAATAATAGAAAACGTGATCAAATTCCTTCATCTACTAACTGTTATAACTTT TAACTGCATAATAAAATTTTGTAACTCCAAATTGCAATGCCCTTAGCTATCTTCTATATATCTATGTAAAGCTCACTTGA GCTATAAATATTAAATTCATTTAACAATGAAGTTGAACAAATATCCATTCAACGTTTAATATAATGTAAGTTTTGAAACT CTCCAATCTTTTTGTTTTTTTATGTTACACATGCTAGCATTTAAACAATGAAGTTGAACAAATTTCTATTCAACTTTTAG TATAATGTAACCTTTGAATCTCCATTTCAAAAAAAAAAAAATTGAATCTCTCTAATTTATTTGTGTTTTTTACGTTACAC ATGCTAATATAATGTCACTCTTGAAAAGAATACATATACCTTCTATAATTGAAAAATATATATAATAATTGCATGCCAAT CTTTCTTAGTGCAAATTTGAATACATATTGTTATTGAAAGTGCAAATTCCCTTCAACTAATGAAAATATGTCATCTTTAT ATTCACCAATTCATTTTCCCAATTTCAATTAATACTATCAGTTATAAATAAGGATCAGTTTCATTTTAACATTTTTTATG AGCCATTAATCATTCATCCTCTTATTTAAAATTAGTGAGACCTTCCATATTCTTCAATGCTTAATCTTCAAGTATAAATA CACCTCATCTGTTTGAGTTTTATGCAACTTTCATTCAACCCCCATCTTGGGTGCTACATGTATTTCTTTTGTTATTTGTT TTCATATCTTGCTTTGGTAAGGTCCTATTTGTCCTTTTATGGTTTCTTCTTTGTTCTCTCACCTACTTTGATATTTTTAT GCTCGAGTTAAGTAATTATACCGATGAGTTACTGAGGTCACTCTCAGGTTTCAATGGCCTTACCTCCCTTTGGCTTTACG CTGGCGATGTAGACCTGACATCCTTCCCGGTGGGAACATTGTCTTCTCTTCGGACTCTGCGGATATATAGTTCCGAGGTA TTGAAGGAATTACCAAATGAACTCTTCAAGAACCTCAACAATTTGGACCATCTGCAAATCGTTTATTGTAGGAAGCTGGA GTCTTTACCAGAGCAAGGGTGGGAAGGTCTCCGCTCCCTTCGAACTCTGCAGATTTGGGATTGTGGTGAATTGAAATCCT TGCCGGATGGTGTTCGACACCTCACTTCACTCCAGCTTTTGAGTATTGCGTTCTGCCCAGCATTAGCCGAGAGGTGTAAA GAGGGAACAGGGGAGGATTGGGACAAGATAGCGCACGTTCCCAATTTGATTTGAGTGGGTGTGCTCTATATTCATGCTGT ATGTTGTTTGTTTAGTATGATTAGATTGAAATTTGATGATGTATATTGCTCTGTCACAACTCATTGATTTGTTGAAACTT GAATTAAACTTAATGAATGTTGCCGCAAATTTTTCTTTATTTTTATCAATAATGTAGCTGGTTTGGAGTTGGCTATAAAT ACTTTGGGGGAGTTGTGTGAGTTCACTAGCTTGGTTCTGCAGGCAATTCTACTGGTTCAAATGTGTGGCAAATTACTATA TTAATACATTTTTGTAACATGTTTAGGAATTTATTTGTGTGTCACTTGCTAAGGATGATTCAGTGGATTAGTGGTTAACT AGCTTCTGTATATTGTAACCTTTATCTACTGCTTCAGTACTCAAAAGAACCCTTCTTATGGGGGGCTTCAAAAGGCAGAA CCAACCAAGAGAGCAAGATGATGCACCTGGGAGAAGCTTTCAGCCATAAAAGTAATCTGTCAAATTGAGCTTGCTCTCGA TGAATGAAATGCTGAGAGGGTTGATCTTTTCTACTTCTCATGGTTTGTCCAGTATTGTCAAATTTAGTGCTTCAAGAAGA ATTCCTTCATGAAATTCAATTGTAAGAGAGAATTCCACAGTTCCCTTGAAGACCTTGCAGATATTGCTCCTGAATATGAA GATGATGAGTTCCTCACTGTAACACCAGATTCTAATTCCATGGACCACCATTCAGGCACAGATGATAGTTAGTTCAAAAG ATAAATTATTTTCCATGTTCTTTTTATTTATTTATTTTCTACTACAAGGTGGGATGTTTAGTATATATATCAACTGCAAA AGTAGTGGTGATTTAGAACCACAAGTTTAGGAGTAACTTTTGTTGTCAGTTAAATTGAAGTGGTGTTTTGGAGCATAAAA ATCCTCTCTATAAGACTCTGATTGCTTCTCTCAGCCTAGTTTGAGAGGTAGTAATAAATACTGTACAAGCTCAGGAGCAA AGAAGGGAAATAAGGATTGATTAGTCATGATGAAAAGGATGTGGAAAAGGCCTGCAGAAACAAAGAAAACCAGCAATGAC AGCAAGCTTAAGTTACATGGATTTCTCATGTATTAAATTTCCTGAAACTGGAAAAGATCATCTCCAAGGTGACCAATAGA CAAAAAAATTGTAGTTGGCATTTCAACAGATGTGAAACTAATCATGGATGCTTTCTCAGTACCTGGAATCAGCCAAACAT GTTGAGTGTGAATCGGGACAAAATTGTAATGAAGCTACTTTATTTGTTGATGTTGATAAAAAAAAAATGGCAATTTCAAA ATTTCCACTTGTTTTTAGAACCAAAGG 

CDS sequence (LotjaGi1g1v0054800.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGGCTGAGGCTTTACTTGGAGCTGTGTTTGAGAAATTGCTCTCCCTAGCTCAGAATGAATTTGCAACCATGTCTGGAAT CCAGGGAAAGGCTAAGAAGCTATCAAACACTCTTGAACTGATCAAGGCTGTTGTTGAAGATGCTGAGGAGAAACAGATAA CAAACAAACCTATAAAGGTTTGGCTGCAGCAGCTCAAAGATGCTGTGTACATCCTAGATGATATCCTTGATGAATGTTCC ATAGAATCACTTCGACTTAAAGGATTGTCCTCTTTAAAACCGAAGAGCATCAAATTTCGCTATGAGATTGGCAACAAGCT GAAAGAGATTTCTAGGAGATTTGATGAGATTGCTGACCAGAAGAACAAGTATGTTCTGCAAGAGGTTGTCAGGGAAAGGT CAACTGATGTAGCTGAATGGCGCCAAACCAGCTCGATAATTCCCCAAGCTAAACTATATGGAAGAGAAGATGATAAGGAG AAGATTGTGAAGTTTCTTCTCAGCCAAGCACGCGAGTATGACTTCCTCTCCATCTATCCTATTGTCGGCTTAGGAGGCAT GGGAAAAACAACACTTGCTCAAATGGTCTACAATGATGATCAGGTAACAAGCAATTTCAACATCAAAGTTTGGATTTGTG TTTCTGAAAATTTCTCTGTCCAGAGGATTTTGTGCTCCATCATAGAATCTATTACAAAAGCAAAACATGATTGCTTGAAT TTAGATGTAACAGAAAGAAAGGTGCAAGAATTGTTGCAAGGTAAAAGATATTTTCTAGTTTTGGATGACGTGTGGAGGAA AAATGAAGAAATGAAATTTGGTTTAACCCAAGACAAATGGAATAAGCTGAAATGTGTGTTGTCATGTGCATCCAAAGGAG CTTCTATTTTAGTATCCACTCGTGATATGAAGGTTGCAGCAATTATGGGAACGTGCCAAGCTCATCATTTGTGCGGTCTC TCAGAGGATGAATGTTGGATGCTCTTCAAACAATATGCATTTGGAACTGAAAAAGAAGAGCGTGCAGAGCTGGTACCTAT TGGAAAAGAGATAGTAAAGAAGTGCGGAGGATCACCTCTTGCAGCACAAGCACTAGGAGGTCTCTTGTTCTCAAGGTCTG AGGAAAAGGAATGGCTTGAAGTTATGGAAAGTGGGCTTTGGAATTTAGAAGGTGAAAATTCTATTTTGGCTGCCTTGAGA TTGAGCTACTTTCATTTAACGCCAACATTAAGGCAGTGTTTTGCATTTTGTGCCATATTTCCCAAAGATACAGAAATCAT GAAGGAAGATTTGATACATCTTTGGATGGCTAATGGGTTTATTTCATCTAGGGCAAACTTGGAGGTTGAAGATGTTGGCA ATATGATTTGGAATGAATTGTATCAAAAATCATTCTTTCAAGATATGAAGTTGGTTGATTATTCAGATGTTATTCATTTC AAGATGCATGATCTTGTCCATGATCTTGCTCTTTCAATAATGGGGCAAGAGTGCATGGTTTTGGGAAACACAAACATGAC AGATTTGTCAACAAGCACCCACCATGTTAGCTTTGACTCTGGTATGGATGTATTGTCACTCCACAAAAGTGCCTTGAAGA AAGTTGAATCCTTGAGAACATTTTACCAGTTAAAAGTCTCCAACAGCGTTTCTGGTTGCATCCCAATACACTGCAGCACT CTTCGGGTATTACGCACAAGTTCTTTTAATTTATCACCACTCAAGAATTTAATTCATTTGAGGTATTTGGAACTTTTCCG CCTTGAGATGGAAACCTTGCCCGACTCAATTTATAGCTTGCAGAAATTGGAAATCTTGAAATTGAGATCTTTGACAAAAC TTGTTTGTCTACCTAAAGGCTTGACCTGCTTACAGGATCTTAGACATCTTGTCATTGAAGATTGTTATTCATTGTCTTGT ATGTTCCCTAACATTGGGAAATTATCCCGTCTGAGAACGTTAAGTAAGTACATTGTCAGTTCAGAGATTGGGCATAGCCT GGCAGAATTACATGACTTAAAACTCAGAGGAAATTTGCACATTGAAGGACTAGAAAATGTTGGCAGTTTATCCGAAGCTC AAGAGGCCAACTTGATGGGTAAAAAAGACATCCACAAATTACAGTTGATATGGGACAAGGAGGTCCACTCAAAGTCATAT GCTACTAATCCGGAGCTAGTACTTAATGCTCTTCAACCTCACTCAAATCTCAAGAATTTGAAAATAGAATACTCTGCAGG ATTACAATTACCGACCTGGATGGAAATGCTCACCAATTTAGTTTCTCTTGATCTTTATGGATGCGAGATGTGTGTGCGGC TTCCCTCACTTGGTAAACTACCATATCTAAGAAGAATTAAAATAAGTGAAATGAATGATGTGCAGTACATGGATGATGAC GAATCTTATGATGGTGCGGAGGTGAAAGCTTTCCCGTCATTAGAAGAACTCTCACTATCAGGATGCTCAAAGTTAGAGCG GTTGTTGAAAGTGGAAAGAGGAGAGAATTTCCCCTGTCTTTCTAATTTGATAATTGAGAATTGCCCTAAACTTGAGTTGC CAAGCTGCTGCATTCCGTCACTCAAAAGGCTCAATCTATTTGATTATACGAATGAGATACTGAGGTCCCTCTCAGGTTTC AATGGCCTTACCTCCCTTCGGCTTTACGCTGGCGATGTAGACCTGACATCCTTCCCGGTGGGAACATTGACTTGTCTTCA GACTCTGGGGATATCTAGTTCCGAGGTATTGAAGGAATTACCAAATGAACTCTTCAAGAACCTCAACAATTTGGACCATC TGCAAATCGATTATTGTAGAAAGCTGGAGTCTTTACCAGAGCAAGGGTGGGAAGGTCTCCGCTCCCTTCGAACTCTGCAG ATTTGGGATTGTGGTGAATTGAAATCCTTGCCGGATGGTGTTCGACACCTCACTTCACTAGAGGTTTTGAAAATTTACGA CTGCCCAGCATTAGCCGAGAGGTGTAAAGAGGGAACAGGGGAGGATTGGGACAAGATAGCGCACGTTCCCAAAGTACAAA TTTTCGTTGGCACTTCAAGTCTTCAACAGATGTGA 

Protein sequence (LotjaGi1g1v0054800.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MAEALLGAVFEKLLSLAQNEFATMSGIQGKAKKLSNTLELIKAVVEDAEEKQITNKPIKVWLQQLKDAVYILDDILDECS IESLRLKGLSSLKPKSIKFRYEIGNKLKEISRRFDEIADQKNKYVLQEVVRERSTDVAEWRQTSSIIPQAKLYGREDDKE KIVKFLLSQAREYDFLSIYPIVGLGGMGKTTLAQMVYNDDQVTSNFNIKVWICVSENFSVQRILCSIIESITKAKHDCLN LDVTERKVQELLQGKRYFLVLDDVWRKNEEMKFGLTQDKWNKLKCVLSCASKGASILVSTRDMKVAAIMGTCQAHHLCGL SEDECWMLFKQYAFGTEKEERAELVPIGKEIVKKCGGSPLAAQALGGLLFSRSEEKEWLEVMESGLWNLEGENSILAALR LSYFHLTPTLRQCFAFCAIFPKDTEIMKEDLIHLWMANGFISSRANLEVEDVGNMIWNELYQKSFFQDMKLVDYSDVIHF KMHDLVHDLALSIMGQECMVLGNTNMTDLSTSTHHVSFDSGMDVLSLHKSALKKVESLRTFYQLKVSNSVSGCIPIHCST LRVLRTSSFNLSPLKNLIHLRYLELFRLEMETLPDSIYSLQKLEILKLRSLTKLVCLPKGLTCLQDLRHLVIEDCYSLSC MFPNIGKLSRLRTLSKYIVSSEIGHSLAELHDLKLRGNLHIEGLENVGSLSEAQEANLMGKKDIHKLQLIWDKEVHSKSY ATNPELVLNALQPHSNLKNLKIEYSAGLQLPTWMEMLTNLVSLDLYGCEMCVRLPSLGKLPYLRRIKISEMNDVQYMDDD ESYDGAEVKAFPSLEELSLSGCSKLERLLKVERGENFPCLSNLIIENCPKLELPSCCIPSLKRLNLFDYTNEILRSLSGF NGLTSLRLYAGDVDLTSFPVGTLTCLQTLGISSSEVLKELPNELFKNLNNLDHLQIDYCRKLESLPEQGWEGLRSLRTLQ IWDCGELKSLPDGVRHLTSLEVLKIYDCPALAERCKEGTGEDWDKIAHVPKVQIFVGTSSLQQM 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
CDD 2 119 118 2.58949E-15
Pfam 6 101 96 1.3E-24
PANTHER 24 805 782 3.7E-174
PANTHER 24 805 782 3.7E-174
Coils 31 51 21 -
Gene3D 135 314 180 8.9E-35
SUPERFAMILY 139 417 279 1.9E-65
Pfam 155 383 229 1.8E-51
PRINTS 178 193 16 1.3E-17
PRINTS 251 265 15 1.3E-17
PRINTS 355 369 15 1.3E-17
SUPERFAMILY 481 887 407 1.53E-28
Gene3D 497 658 162 2.0E-8
Gene3D 659 871 213 4.1E-23
PRINTS 809 825 17 1.3E-17
SUPERFAMILY 859 988 130 9.52E-16
Gene3D 872 995 124 2.1E-17
Pfam 906 961 56 1.1E-6

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
Molecular function Protein binding Interacting selectively and non-covalently with any protein or protein complex (a complex of two or more proteins that may include other nonprotein molecules).
Molecular function ADP binding Interacting selectively and non-covalently with ADP, adenosine 5'-diphosphate.

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi1g1v0054800.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

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