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LotjaGi1g1v0470300.4

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi1g1v0470300
Transcript ID LotjaGi1g1v0470300.4
Related isoforms 4
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description F-box protein family; TAIR: AT3G06240.1 F-box family protein; Swiss-Prot: sp|Q8GXC7|FBK50_ARATH F-box/kelch-repeat protein At3g06240; TrEMBL-Plants: tr|A0A0R0JBR7|A0A0R0JBR7_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi1g1v0470300
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr1:98071673..98114803) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

GCTCTAATGCTACTCCAAAATAAGTTATCCAACTTGATTATTCCAGGGTTCAAAGGAAGGAGCACGGAGGAGCGCCCTTC GCTCTCTTCGATTCTTCTCCCTGACGAATTGATTGAAGCGATTCTGCTGCGACTACCGGTGAGTTGTCTTCTCCGTTTCA AATCCGTCTCAAAATCATGGTTGTCTCTAATTTCCAATCCCCAATTTGCCAAATCCCACTTTGACCTAGCTGCTGCACCC ACGCACCGTCTCCTCCTGAATTGCACTCGTGAACTCCGATTCCAGTCCTTAGACGTTGATTCATCGCCACCCAACAATGA AACTGCAGTGCTCAAATACCTCCGTGAAGAGTTTGATGGTTATGGTAGAGATATAGATTTACATTACAACCCCAAACTTG TAGTCCTGGGTTCTTGCAGAGGGTTTCTATTTTTACTTTCAAACAATTTTCCAGCTCATGATTTCGTTGTGTGTAATCCG TTAACGGGTGAGCATAGACGAATTCCATCATCTACTAGTTTTAGTTACTCTTATTCTTCACTGTATGGTATTGGGTATGA TCAATCAACTGATGACTACTTGCTAGTTTCTATAAGATCGAATGTTCGTGATCCTAGAATTGAGGTTTTTTCGTTGAAAA CCAATTTACCCAGCTCGCTCACACTGGATAATGAATATCAGTCTCTCGGTTCTGATTTTCAACACGGTTTGTTCTTAAAT GGGTCTCTCATTGGTTGGTTACCGTTACGTCTAGTGATACCAATCCTCATGTACTTCTTGCTTTTGATTTGGTTAACAAG AGTTCATCGGAGATTGCTCTGTCACCTGATTTAGCTCGGCAGTTGAAGAATGAACCATGTGATTTAAGAGAGATGGCAGG ATGTCTTGCTCTGTGTCCTGATCTGTGTTACACTACTTATAGTGGCATGATTGAAATATGGATAATGAAAGAGTATAAAG 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AATTAACTTATCCGAAAGTGTAACTCTCGGACGGAGTCCGAGACCTCAACAACCGGACTGGGATGGAGGTTCAAGTCCCG GAGGGTAGTCCCGACATTTTTTTAAAAAGACTGAAGTGACAATTCTAATGCATGGGGTGGGAAATCTAATTCCCCTCGTT GTTCCTTCTTCCTTCTTATTCTCTTTAGGCTTTGTTTGGATTGGGGGAGGGGGATGGAGTGGAGTGGAGTGGTGGGGAAG GAGGGAGTGATCAATTGTTTGTTTTATTTAAAATATGATGGAAGAGAGTGGTAAGTAGTGGTCCAAGATCCATTATGCTC CATTACTTTCCTTCTGATTTGCTCCCCCCAAAATTGGATGAAAATGAATGGAAAGAAAAACTGATCACTTACTTAAATTA TGAAAATACTATTCTACCCATGGTAACCTCCATACATAACTTCTCCTAGTTTGTGACCCTAATTTTCTCCCATTACGTAT CAATCATGCTAATGCAAGTAAAACCACACATGCTGCACATCTTCTGGGCACATGGACAACTCTTTTACCATTTCAAGTTT TCCCTCTGTTTATTGGAAGGCTTCATTGAGGCTTGGCAATTGTTTCGATGATTGGTGCGTGTGGCAATTTCCCACTCACG CTGGGCACTTTCTTTCGTGCTGACATGTAGCCTCTGTTTCCCACTATTTTTGCAATTATCTTACCTTCTTTTTTCTATTT TCTTGGCTTTTACCTTTGAATCTATCTTGTAATTGTTTGAAGGGTAACACCCTTTGTGCCTTTTATATTTACATATTTGT GGCTTATCCTAAAAAAAAAAGGTTTTTCCTCTTGCTTTAATCAAGGCAGACACTACCGGGTTGTCATATATATAGTTTGT AAAGATGTTGAGTTCTGCATCAAATCATTTCCCATTTTTTTCTCCACTATAATTTCTAAGTGTGCTCTTCTTCCTGAACT GTAAACAAAGGCACTCAGCAATAGCATCAGGACAGTAGAGAACCTTAGTTGTTAGACACATGGGATCATAAGACATTGAA TATTGAATACCAATTTTCAATTGCTTTTTCAGCTTGTCTTTTATTTTAAAATAAGGGTAATATATGAATAAGATAAATTA TAGGCTTAATCCTCAAATTAGTCCTTGTATTTATCTCGCCGTCTGAACTAGGTCCCTAATCGGAAAAATTTATGGAATAA ATCCCTATCTTTGAAAAACGTATGGAGCTAGTCCTCGCCGGAGCTCGGAGCTCCGGCGAGTGATGAAATGTCACGCTGAC TGTGTAAATAAAGGTGACATGGCACTAAAAAAAATTAAATTAATTTACACATAATATAATTAACTTAAATTTAAAAAACC CAAACTTTTTTTTAAAATAAAGGGATAATCCTCTAATTGGTCCCTGTGGTTGTGTGGCCGTCTGAAATTAGTCCCTTCCG TAAAATCTAAGTCCTCGCGTTTGAAAAGTGTGTGGAAATTAGTCCCTCCGGCGAGGACCTGCTACACACACTTTTTCAAA CGCGAGGACTTAGATTTTACAGGAGGGACTAATTTCAGACGGCCACACAACCACAGGGACCAATTAGAGGATTAACCCAA ACTCAAAATAAAACAAATTAAATTAAGTTACACATCATAAACTTTCTTCTAAACCCAAAAAATTTCATCTCCTCTACTTG CAGCCTAATTCCTTTCTCCCACCACCTTCATTTAAAGTAACCAAAAATTCAGATCTAGAAAAATCTATCCAGATTGAGAA ACATGAACCCAGATCCGTGGAAGCCATCAGCCTCACCAACAATTTTGGTCACGCGATGCTCAGATCCGTGGCACCGTTCA AATCGAAGATGAACCCTGTTCTGTGCAAGGAGGAAAGAAGAAAACCATTCATTTAGGTTGCGGAATCGGGGTTGCAATGG GTGGATGTTCTGGGTTTTGGGGGTGGGGGTGGGGGCTGTGATGGGTGATTGGGGGTTGCGGTGGGTGGGTGGGGGTTTAA TTAATTTTTTTCTTATTTTATCAAATTGAAACTCGACAACGAGTGGAAGAAGAAAGAAAGCCACCGCCTGAGGCAGCAAA TTCATTTATTTATCTTGCTTGAACATTATGCCCATTTGTTTATCATGGTATTCTGATTGTCATATGTCTGTGCATTCAAA AAAAATAATCAAATTGACTACTTGAATGAATGAGTTGATTTGTGGAGGCTGCAACGGAACGAGCCAGGGTGAGATGAGTT CAATCTTTACCCAAAAGCCAAAGATGAAACCCTTAACTTGTCTCCTTATGTTCGTTTCTGTTGTTTGTTTTACTGGTAGC ATGGGATGTCTTCCCCACTATCCTATTGGGGTTGAGGTTCACAGATCTGGTTGCAGGTCGGAGTTCGATCTGGACGAAGG TGAACCCTAGAAATTCCCCTAATTGTTCTTTGCTTTTGTTTGGCCTCTTTTTCTCCTTTCTCTGTCAATTTCTCTTTCTC CCCTTTTTCATTCTGGTTCCAATTGCAAGTTTGTTCTGGTGACAGAGACTTAGTGGACTTGATGTTGGTGGGACGTGGTA TGAAAGGGAAGAAAGTGATTGTTGGATTGTTGAGCTTGCTGGACATGGGGTGGGTTTCTGGGTGATAGTGCCTGGGTTTG TTGAAGGTGAAGATGAAAAGGTGAAGATGAAAGATGAAAGATCGATTAATTTGGTTTCTGAGTTTTAATTGGATGATGAA GATGAATATTTTAATTAATTTTTCATTAATTAAACTTTTTTTTTGTTAATTTTAATTGGAAAAAAATAAAAATCCAAAAA CTTTATTTTGCTTATGTAGATTTTTTATTTTCTATGTCAGCTTCATTAATACAGTCAGCGTAACACTTCATCACTCGCCG GACTAGCTCCATACGTTTTTCAAAGATAGGGATTTATTCCATAATTTTTTCCGATCAGGGACCTGGTTCAGACGGCAAGA CAAAGACAGAGACTAATTTGAGGATCAAGCCTAAATTATAACATATTCCGTTCCGTCCATTATACAAACAATGCACTGGT AACTTTGTTCCGCTCCGTTAGGGATGACAACGGGTAGGATCGGGCACGGGTTTTACAATTACCAAACCCAAACCCATATC TCAGAACCCAAACCCAAACCCAAACACAAATCCTATGGGCAATAAAATGAAACTCATGCCCAAATCCATTGGGTTTCGGA TTTACCCGAAACCCAAACCCAAACCCATTAGTTACGTAAAATAGCAATCCAATCCAGAACTTTCATATAAAAAAAAAGTG AAATTCATAGAAAGAAAAAATAACAAATACTATTCATCATCCTCATCCATCACTAAAGTGAGATCATCAAACACTAAGAA CAAAGTTTATAAATATATATATGTATGAGGATTTTTTTTGTAATTTTATGTTTCAGGTATCTTTGGGTTCGGGTTTGGGC GGGTTTGGGCACGGATTTAACTAATACCAAACCCATACCCATAAATGACTACAGTAACGGGCAAAACCCAAACCCAAACC CAAATCCAGTCAACTCGAATTTTGCCCGTCAAATCGGATCGGGTTCGGGCGGGTACCCATGAGTTTGGGCAAAATTGCCA TCCCTACGCTCCGTCATAAAATATCCAAACAATGGAATGAAATTTTTATTCCATTCCGCTCCACTCCATTCCGTTCAATT ATATTCCATTCCGCTCCGCTCCATTATGTTCCATCAATCCAAACATAGCCTTAGGTTTCCATTCAATGGAAGGAGCAAAT AGATTTTGAGCTCTATCTGTTGGTGAAAGATGACCATGCAGCGACGCCGACGACGAAGGAGGAGCACGGCGGAGAACCCT TCGCTCTCTTCCGTTCTTCTCCCTGACGAGTTGATTGAAGCGATTCTGGTGAGACTACCAGTGAGTTCTCTTCTCCGATT CAAATCAGTGTGCAAATCGTGGCTCTCTGTAATTTCCGATCCCCAATTTGCGAAATCCCAATTTGACCTAGCTGCTTCAC CCACCCACCGTCTCCTTCTCAGTGTCACTGATGACCTCAAATTCCAATCCTTAGACATTGATTCATCACCACCCAATGAC GATGAATCTGCAGTGCTCAACTACCCGCGTGAACAGCAGCCTTATTCTCATGGTAATACTTTATTTTCTAGCCTTCGGGT CCTGGGTTCTTGCAGAGGGTTTCTACTTTTACTTTCACGTTCACCCAATCAACCAGGAGGTCATTTCATTGTGTGTAATC CATCAACGGGTTTCCATAGAAAAATTCCATCATCTTATAGTTTTAGTGATTATACGCATTTTCAGTATGGTTTTGGGTAT GATCAATCAACTGATGACTACTTGTTAGTTTCTATTAATTCGTTTCCCGGTGATCCTAGTTCTTCAATTAAGTTGTTTTC TTTGAAAACCAATTTAACATGCTCGCTGCCACTGGATAATGAATATCACTATCTCGATTGTGGTTGTCCAAGCGATTTGT TCTTACATGGGTCCCTTCATTGGTTGGTTACGTCTAGAATTACGAGGCTTCATGTACTTCTTGCTTTTGATTTGGTAGGG AAGAGTTTATCAAAGATTGCTCAGTCACCTGATTTAGCTCAGCAGTTGAACAATAAACCATATGATTTAAGGGAGATGGC AGGATGTCTTGCTCTATGTTACTCTGCTTATGGTGAAATGGCTGAAATGTGGATAATGAAAGAGTATAAAGTGCAATCAT CTTGGACTAAGATTGTTTTCTCTACTCATGATGAATCACCCTGCTTTTTTCCAATATGTTTCACTAAATGTGGTGATGTA TTTGGATCAGATGAGTTTGGAAGATTATTGAGACTCAACGATAAAGGAAAGCTACTTCCAGTTTATCCGTGGGATTGGTC TTGGGAGAGCAGATATCGTCTATTATATAGTCGTATGTATACAGCAAGTATACTGTCACTCCCTAGTTAATTTGCGGACC AACAAAAAACAGACATGAAGTATCAATGTATGTAATTCTGCAAACCTTTTCACCATTTTAGTACTATTACTATCTACCAA ATGCATGCTTACATGAAAATGGTTCTTTAACCTATCTTATACTCTCTCCTTCCTAGCTAGTTATGTTCCTCTCTCTATAA ATAAGTGATACATGAAATTCCAAAGAAAGCTGATATTTTAAGGTTTACTGAATTCACTGTTGGATAGGGAAAATATTCTG TCTCGCTTGCTCAGAATAATGAATGGCAATTTGGGTGGAAAACTATGTAATAGAAACTGCTATGATCTAGTGTGAAATAA CAGTACTCAAACTAAAATCTTATGCAGTATATAATTTGGTGATATTTACAATATGCTAATTTTTCTTACAGGCTTGAAGC ATGCAAGGATACTCTTAATAGTCAGGTCAATGTCCTAGCTTTCCTTCAAATGATGATACTACAAGAAGAAAACATGATGT GAAAAAGTCTTGTATAACCGGTATCTGTTGTTTTAGTGGTGATTTTAGTTCTGTTGGAGTGTAGTTAGAGTTTAGAATTT AATTATGTTTCGAAGTATGAAAGTTAGCAAATCCTAATTGGAATTAATATATTTTTTTTTTTTGTATCTTTATGTCTTTC CTCTTAATAGTATTCTTGTGTTAGCAGTTTTTCCCCTTTCTGTCTCTTAATTTACTGTTTTTTATTTATTTTATGTTCTG GCACATATATGTACGTTATGTTCACTTCACTATATGATTTGTTTTTTTATGTGTAAACAGAAAAAGGCCTTAATTGAGCC TGCAGATGAAAATGTTTGCAATGCATGCAGAGTGCATCATATGATATTAATTACTGTTCTCTAAGTTATGTATGCCATGA GCCATCATGTGTTATTTGTAGTTAGAAACCAGGCAAATGCTGAAAAAGAACTATCTGTTGAAAAGTCTCATATTGATTAG ATATATGGCCTAATATGTCCTTATAAATGGGAGGGAAATTCTCATCTCTAGGCTAGCTTTTGGGGTAGAGTTAGGTCTAA CCTGAATTCTAAGGCTATCAGTAGAAACTACATTGGTTTTGACAGGATTTTCATTTATGGATGCTGTAACTTTTCAACAG GAAAGTAATGCTCTAGACATACTCAATAGAAATCCTATATGGTGCTGTACGTAGCTTGTATCTTCTCTAAGGCTTTATTA TTATTGCAGATGAAAAATAATGGATGGATGTAGAAAATCAGCTTGAAACTACTTAAATACATGGAAGATCATGTCTCTTG CCAGTAAATATATGATGCAAGGAAAGTGTGATACTGTTTCAGTTACTGGTTTGATGTTTACCAAGTCTACACTTTTTTTT ATGATAATCTTTCTGCAGATAGCAAAGCTCTAGAATCTGGGATCAAGTGGTAGAGATGTATACTAACACCATAGCTTGAG AGTTGGACAAGTTTGTGCACTCTTTTCAAGGGCACACATACTAGAGTTGATTTTGTCTTGAAAGATATTGGTAATGGTAA CCCACTCGCTCTATGATAATGTTTCAGGAAATGAATTTGAGACTTAGGGCCCGTTTGATGGTCAGGATAGGATATGATAG GATATGATATGTGAACAGGATATCAACAGGATAGGATAAGACCAGGATAGACTCTTATCATATCCTGTGTTTGAGGTGCA CATGATAATGA 

CDS sequence (LotjaGi1g1v0470300.4) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGCTACTCCAAAATAAGTTATCCAACTTGATTATTCCAGGGTTCAAAGGAAGGAGCACGGAGGAGCGCCCTTCGCTCTC TTCGATTCTTCTCCCTGACGAATTGATTGAAGCGATTCTGCTGCGACTACCGGTGAGTTGTCTTCTCCGTTTCAAATCCG TCTCAAAATCATGGTTGTCTCTAATTTCCAATCCCCAATTTGCCAAATCCCACTTTGACCTAGCTGCTGCACCCACGCAC CGTCTCCTCCTGAATTGCACTCGTGAACTCCGATTCCAGTCCTTAGACGTTGATTCATCGCCACCCAACAATGAAACTGC AGTGCTCAAATACCTCCGTGAAGAGTTTGATGGTTATGGTAGAGATATAGATTTACATTACAACCCCAAACTTGTAGTCC TGGGTTCTTGCAGAGGGTTTCTATTTTTACTTTCAAACAATTTTCCAGCTCATGATTTCGTTGTGTGTAATCCGTTAACG GGTGAGCATAGACGAATTCCATCATCTACTAGTTTTAGTTACTCTTATTCTTCACTGTATGGTATTGGGTATGATCAATC AACTGATGACTACTTGCTAGTTTCTATAAGATCGAATGTTCGTGATCCTAGAATTGAGGTTTTTTCGTTGAAAACCAATT TACCCAGCTCGCTCACACTGGATAATGAATATCAGTCTCTCGGTTCTGATTTTCAACACGGTTTGTTCTTAAATGGGTCT CTCATTGGTTGGTTACCGTTACGTCTAGTGATACCAATCCTCATGTACTTCTTGCTTTTGATTTGGTTAACAAGAGTTCA TCGGAGATTGCTCTGTCACCTGATTTAG 

Protein sequence (LotjaGi1g1v0470300.4) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MLLQNKLSNLIIPGFKGRSTEERPSLSSILLPDELIEAILLRLPVSCLLRFKSVSKSWLSLISNPQFAKSHFDLAAAPTH RLLLNCTRELRFQSLDVDSSPPNNETAVLKYLREEFDGYGRDIDLHYNPKLVVLGSCRGFLFLLSNNFPAHDFVVCNPLT GEHRRIPSSTSFSYSYSSLYGIGYDQSTDDYLLVSIRSNVRDPRIEVFSLKTNLPSSLTLDNEYQSLGSDFQHGLFLNGS LIGWLPLRLVIPILMYFLLLIWLTRVHRRLLCHLI 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
Phobius 1 240 240 -
Gene3D 20 115 96 5.0E-7
ProSiteProfiles 25 71 47 9.656
PANTHER 30 249 220 1.2E-41
PANTHER 30 249 220 1.2E-41
SUPERFAMILY 30 84 55 3.66E-13
Pfam 31 67 37 5.7E-8
SMART 31 71 41 5.1E-6
TIGRFAM 136 241 106 2.6E-12
Phobius 241 263 23 -
TMHMM 241 263 23 -
Phobius 264 275 12 -

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
Molecular function Protein binding Interacting selectively and non-covalently with any protein or protein complex (a complex of two or more proteins that may include other nonprotein molecules).

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi1g1v0470300.4, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…