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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi1g1v0026000 |
| Transcript ID | LotjaGi1g1v0026000.1 |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | UPF0505 protein C16orf62; TAIR: AT1G50730.3 hypothetical protein; Swiss-Prot: sp|Q7Z3J2|CP062_HUMAN UPF0505 protein C16orf62; TrEMBL-Plants: tr|A0A0B2PS74|A0A0B2PS74_GLYSO UPF0505 protein C16orf62; Found in the gene: LotjaGi1g1v0026000 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr1:3150717..3163912) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
GAAATAATCAAAACTATATTTTAGGGGTTTTTATTAAGTGGTTTCCGTCGCTAATTCCGAACCGAACTAAGGATTTTGTG ACAAACAAATATTCCGCCGCAAACAACCCCTTGCTGAAAATTACGGAAACGCCAACAATAGCGACGGTTTCATCTTCTAA CTGTTGAAAACAAAGTGATTCTCTCTCACACAGTGCCAAAACCCAAGCTCTGAATCCCTCCCTCCCTCTCTCTTTCTCGT CGATGAACGCTTCCGTGGATTTCAGACCTCGCAACTACACCGCCGAGAAAGGATCTCACGCGCTCCCTCGCGTACGCGCC GATGATGCTCATCCTCTCTCTGCTCCACCACTCCCCCAGGTTCTGCTCACTTCACAAAATTTTCTTCGTTAACAATCGCT GTTGCTATTACATGTACTTCACTTGTGATGATCTTCTTCAACTCTCAATTGATAATTTGATATTCTCTGTTTAGGTCAAC GATGTTGTAGATCGTGGGAACACTGATTTTTTTGATCCACTGAGAGGTACTGATACTGATGCAAAGGCTGCTCCTCATGA TCCTGATAACTTGGTTGAAGCTTCCGAACCTCGGCCGACGAAGGAATGGACATCTTTCAGGAGATTACTAATGCAGAGGT TTCCTGTCTCCAAAATGGTTTCAGTTTCTTCAGTAAGTTCTACAGTATTCTCTTTTAATGGTTTACTCTTATCCTATGTG AATTTTAAGCTACATAGTATAGTATACTAGATAACACTGGGCTCGCGAACGTGTTGTTTATCTGATGTTATGTTAGGAAA TTTCAGAAATTGTTCTTTTATGAAGTGGAAGATATTGCAGTTGATTACAATAAATATTAAATACTGTAACACCTATCTTC CATTGTTGAAGAAGGAAGTGCCTATGATATTCTTGTAGACTAGGTCTTAAAGCAAAAGCATTGGTTAATAGTCCCTTATA TTCTAAAACTGTTTTTGATCCTTTATCTTTAACCCTTCAGTTTTTATTATAATTATCTAATCATTTATCTTTTAAATTAC AGATGCCAGATGTTTTAATGAGAAGTGGGAAATGTATGCCAATATCTTTCATATTTTTTTTTTCTTTTTTTTATCCTTTA TTTATCGTCCAAGTTATGTAATGTTCCAATTTTCAGCACATGAGAAATCTTCAACAAGTATGCACTTGGAGGAGCTGGAT GATCCACAAAAATTTGCAGATGAGGGTGTCAAGGTTATTACTTGGCAGGAGTATGTTTCTCGTCTACATGAGCTCAAAGA TGAAATTACCCGTTCTTGGCTTGCTGACGATCGTGTAACATCTTTAAAGTTAACTATAAAGGTGAAATTTGATGTATTTA ACAAAGTCTTTTGCAATATTATGGTTTGTAGAAGTGAAAACACTTTTTCTTCTTCTTTAAACCATGAAGAAATAGTATCA TGTTTTCAGTTGTTCCATTTAGCTAGTATTGGATTTTACATCACACTCATATAATTGATTCTCTTGAAGGTTTTATCTAG TAGGTTGACAGATATTTGTTTCTTTAAATGCTTTGTAGAAGTGAGGCATATCTTTGCTAGAATAAGGTTGTCGATAATGC TAATTGAAGAAAGACTTAAGGGTTTGTTACAAAAATTATATTTTGAAAGGTTACATGATCAGTTGATATGGTTCTATTGA GAAAAGCTTTGGCCATTTATGGAAATGACGAAGTAATTGTTATTCTTCTGATGTGTTGTCTTCGTCATTGTTACTGGGGG TGAAATCTTACTGTCTTCTCATTTTTTTTTGTTTTGTATTGGTTGATTGTGCCTGCCTGAAACTGATTACTCTTTTTGCA GGTTGCTAAGCTTCTGATGGATACGTCAGTTTCTGAGTTTTATCCTACCCTTTTTGTCCTTGTCACAGATATCCTGGATA 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CDS sequence (LotjaGi1g1v0026000.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGAACGCTTCCGTGGATTTCAGACCTCGCAACTACACCGCCGAGAAAGGATCTCACGCGCTCCCTCGCGTACGCGCCGA TGATGCTCATCCTCTCTCTGCTCCACCACTCCCCCAGGTCAACGATGTTGTAGATCGTGGGAACACTGATTTTTTTGATC CACTGAGAGGTACTGATACTGATGCAAAGGCTGCTCCTCATGATCCTGATAACTTGGTTGAAGCTTCCGAACCTCGGCCG ACGAAGGAATGGACATCTTTCAGGAGATTACTAATGCAGAGGTTTCCTGTCTCCAAAATGGTTTCAGTTTCTTCAATGCC AGATGTTTTAATGAGAAGTGGGAAATCACATGAGAAATCTTCAACAAGTATGCACTTGGAGGAGCTGGATGATCCACAAA AATTTGCAGATGAGGGTGTCAAGGTTATTACTTGGCAGGAGTATGTTTCTCGTCTACATGAGCTCAAAGATGAAATTACC CGTTCTTGGCTTGCTGACGATCGTGTAACATCTTTAAAGTTAACTATAAAGGTTGCTAAGCTTCTGATGGATACGTCAGT TTCTGAGTTTTATCCTACCCTTTTTGTCCTTGTCACAGATATCCTGGATATGGTTGGGGAGCTGGTTTGGCAACGCATAA AGCGGAGAGCCGAGTTTACTGAAGATGGAACTTTAGTCTGCAACTTAGCAGAAAACTTTGAAGCAAGGGATATTTGTGTT GATGCAAAAGAAACTTGCTATAACTGGTTCAGTAAAATTGGTGCTGTACAAGAGCTTCTTCCACGCATTTACTTGGAACT GGCAATATTGCCTTGCTGGCGTTTTCTGCTTGACCAACCTGTAGATAGTCTCCGACGCTTGGTAATGATGACAAGGGGAT TAGGAGATCCAGTTGCATCTGCATATTGCCGTTTATATATGGCTCACTGTGCTCAGAAGCTGCCTACACATGATATGGGT TATCTTGTAACATGTGTTAATGACATCAGAGTTATTTTGATGCAAATCTTGTCAGCCAATGAAAGAACTCATGAAAATGA TGAACACAACAAAAAATTGCGAATCAGTCTGATGGAACCAACCATTGAGTATATTATTAAATGTATATTTAATGGTTTGT CTCAGCGGCAAGCCAATGAAGTTCTATCAGAGCTTGGATTGATGAAGAGTCAACAGGACTTTAGGAATGTATCATGTGTT TCACTCATTCTTCATCATTTACTGAAGGAACTCCCTATTGAAGTGGTCAATTCAAACATTATGCATATCCTTTATCTCAT TGAATTTAACAAGGATAATTCCTTTGGTCAGCACATGAATTACAGATTACTCGGATTCAGGCTGTATGAAAGGAAACCCC CAGTTGATATTTTCAATGCTGTGCTAGATAAAGTTATTCAGTTTATTGCGCAGTATGATAGCCTTGATGAATACCTGAAG GTTGTAGATGCTTATGCTGATATTATTCTTCAGAATCAGATGGATAACCTTTTGAACACCATCTTGGGAGGTGTTTCAGA ACGTATTTGTAAAGGAGGGGTTGCGGAAGATGACATACCAGGCTTGCAATCTCTCTTGGTGAAGCTCCTGTCTCATTTTA AGAGTCTGGAAGATGTGTTTTCTCTGAATTGCTTTCCTGAAATCTTAGATGCAATGCATGGGAAATCACGCGATGTTGTC TTTTTGCATATCCTTAGCATGGCGACAAGGAATGGTCATATTAATGATCCATCAAGCATAAAGTTGCTTTTTGAAATTTC TCGGACTCTACATGACAACATGGAAGTTATGATCGTGAAAGATGATGATGGTCTTGTGGCACGTTCAATATCTCGCTTTG TGCACATGGTAGATTATGGAACAGAGATGGAACGCCAACTAGCATTTCTTGTTGATTGCCGAGGAGCTTTTGGTAACTTA GATGAGCTTAAGGAAAGTCTTGTTCACTCAAGCAACTCTTTAGCAATTCAAGCTTTGAAACGTTCTAAGAAGCATATGAG TTTTGTGAAATCATGTGTCACATTTAGTGAAGTCACCATACCTTCTATTTCTGCTCAGAGGCAATTTGATCTTTTCTTAG AGACTGCAGAGGTTGCACTCTCAGGGGGCTTGGTTTCTCATTCAGATGGATTGATCGATTCAGCAATCAGCTGTTTGCAT ACTTTAGACATAATTGATGGCTTTCGAACTCCAAGTGATGTTGAAGGAATAGTTTCATCTATTAGAAAGCTATGTGGCTT CTTAATTATGGTTCCAGGTAATTCTGGTCTACCAGTCACCTATTTCCCGAATAATTTATTTACATTGATCAGCTCCCAAT CACGGTTTGACCCAAAAATGAGAATACGGGTTTTTTCTGCCATCATATTATTATTGACAGCTTCAGCACAAAAGAATCTG CCATATCATGCAAATGCACAGGTTCCAGGCAATGACATGTTATACTATGGGGATTCATCTTACAAGCAAGAACTTGTTTC TTTGTCTAAGCTCGTTCTTGAGAATCTCCTTAGTGTCGTCAAACAAGAAGCTACGCAGTCTGTTCGAGGAACTATGGCAC TTGAAGCTTGCAATTGCATTGCATCATCTTTCATGCTGAGTGATGAATTGTCGTCTATTTGCGTTGCTCTTATTGAAACA GCCAAGTCATGTTTGAGTGCTCAAGACAGATGCCTCCAGTCAACAATTCAGCTTGTAAACAAGCATTCGTCTACTTCTGT ATGA
Protein sequence (LotjaGi1g1v0026000.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MNASVDFRPRNYTAEKGSHALPRVRADDAHPLSAPPLPQVNDVVDRGNTDFFDPLRGTDTDAKAAPHDPDNLVEASEPRP TKEWTSFRRLLMQRFPVSKMVSVSSMPDVLMRSGKSHEKSSTSMHLEELDDPQKFADEGVKVITWQEYVSRLHELKDEIT RSWLADDRVTSLKLTIKVAKLLMDTSVSEFYPTLFVLVTDILDMVGELVWQRIKRRAEFTEDGTLVCNLAENFEARDICV DAKETCYNWFSKIGAVQELLPRIYLELAILPCWRFLLDQPVDSLRRLVMMTRGLGDPVASAYCRLYMAHCAQKLPTHDMG YLVTCVNDIRVILMQILSANERTHENDEHNKKLRISLMEPTIEYIIKCIFNGLSQRQANEVLSELGLMKSQQDFRNVSCV SLILHHLLKELPIEVVNSNIMHILYLIEFNKDNSFGQHMNYRLLGFRLYERKPPVDIFNAVLDKVIQFIAQYDSLDEYLK VVDAYADIILQNQMDNLLNTILGGVSERICKGGVAEDDIPGLQSLLVKLLSHFKSLEDVFSLNCFPEILDAMHGKSRDVV FLHILSMATRNGHINDPSSIKLLFEISRTLHDNMEVMIVKDDDGLVARSISRFVHMVDYGTEMERQLAFLVDCRGAFGNL DELKESLVHSSNSLAIQALKRSKKHMSFVKSCVTFSEVTIPSISAQRQFDLFLETAEVALSGGLVSHSDGLIDSAISCLH TLDIIDGFRTPSDVEGIVSSIRKLCGFLIMVPGNSGLPVTYFPNNLFTLISSQSRFDPKMRIRVFSAIILLLTASAQKNL PYHANAQVPGNDMLYYGDSSYKQELVSLSKLVLENLLSVVKQEATQSVRGTMALEACNCIASSFMLSDELSSICVALIET AKSCLSAQDRCLQSTIQLVNKHSSTSV
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| MobiDBLite | 1 | 43 | 43 | - | – | |
| PANTHER | 7 | 905 | 899 | 0.0 | ||
| MobiDBLite | 56 | 79 | 24 | - | – | |
| Pfam | 453 | 716 | 264 | 1.4E-9 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Biological process | Protein transport | The directed movement of proteins into, out of or within a cell, or between cells, by means of some agent such as a transporter or pore. | ||
| Cellular component | Retromer, cargo-selective complex | The trimeric subcomplex of the retromer, believed to be closely associated with the membrane. This trimeric complex is responsible for recognizing and binding to cargo molecules. The complex comprises three Vps proteins in both yeast and mammalian cells: Vps35p, Vps29p, and Vps26p in yeast, and VPS35, VPS29 and VPS26A or VPS26B in mammals. | ||
| Biological process | Retrograde transport, endosome to Golgi | The directed movement of membrane-bounded vesicles from endosomes back to the trans-Golgi network where they are recycled for further rounds of transport. |
Expression pattern of LotjaGi1g1v0026000.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…