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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi1g1v0037700 |
| Transcript ID | LotjaGi1g1v0037700.1 |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | F-box protein; TAIR: AT3G06240.1 F-box family protein; Swiss-Prot: sp|Q8GXC7|FBK50_ARATH F-box/kelch-repeat protein At3g06240; TrEMBL-Plants: tr|I3SBY9|I3SBY9_LOTJA Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi1g1v0037700 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr1:5265397..5272355) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCATTTTCACGAGTTTCTCTTCGGCGACCTTCCCTCAGCCGCAATCCTCATTGA TGGTAAGTGATTATTCTTCACTTCATGGTTGGCTTCTACTTCTTTGATGTTCTTGATCTTCAAACTTATTTGGCCGATTG ACTTATACTCCTCATTTTAATGTAGCTTTTCTTGATTTTGATTGAAGAATCAAGAAGATTTAATGGATTTGGCCCAGATG TGTGAGCAAAGGTAAAGCACGCTAACAAGACGGTATTTTCTACCATGTTCTCATTCTTTTAATTTTTCAATTTCCTTCCT ACATTAGAGGTCGGATCAAATTTTGTTGTGAAAATGGTGTCAAATCCACTTGATCTATTTTTTCTTTGTACTCGACCTGT GTGCAACCGTAGTTGTGTATCTAAAGTCTCACAATTGAATCATGAGTGAGCACATTTGTATGATTTCTTTTTCTTTAAAT TATAGGAGCAAGCTTTTTAAGGTACTTTTTACAATTCGTTTATTAAAATGAGTTAGTTTGCTTGTCGAAATTTCACGACT GAGATCTCTATAATTAGAGGTTTTAATCATGATGTGGATAACGTTTTGTGGTTTTTTTCTAGGTTCATGTGCAGGTTGGT TTTGTTGATATTTGATAGTTTTGGTTTAAGTTGGGTTTGTTGGTTTTCAAGTTTGGTTGGGGTTTTATTGTATGATTTTT TTTCATGTTTGCATTTGTTTTTCACTACCAAACTCTTTGTGTACTAGACTCCCTTTTATTCATGACTGTGGATAAAATTT TGTGGTTTTTTTTTTCTAGGTTGATGTGCAGGTTGGTTTTGTTGGGATTTGATTAGTTTTGGTTAAAGTTGGGTGTGTTG CTTTTCAAGTTTGGTTGGGGTTTTATTGTAAGATTTTTTTCATGTTTGGATTTGTTTTTTACTACCAAACTCTTTGTGGA CTAGACTCATTTTTATTCATGACTGTGGATAACGTTTTGTGATTTTTTTCTAGGTTCATGTGCAAGTTGGTTTTGTTGGG ATTTGATTAGTTTTGGTTAAGGTTGGGTTTGTTGGTTTTCAAGTTTGGTTGGGGTTTAATTGTAAGATATTTTTCATGTT TGTATTTGTTTTTCACTACCAAACTCTTTGTGGACTAGACTCCCTTTTATTCATGATTGTGGATAACGTTTTGTAGTTTT TTTCTAGGTTCATGTGCTGTTTGGTTTTGTTGGGATTTGATTAGTTTTGGTTAAAGTTGGGTTGGTTGGTTTTCAAGTTT GGTTGGGGTTTTATTGTAAGATTTTTTCATGTATGCATTTGTTTTTCACTACCAAACTCTTTGTAGACTAGACTCATTTT TATTCATGACTGTGGATAACGTTTTGTGGTTTTTTTCTAGGTTCATGTGCAGGTCGGTTTTGTTGGAATTTTATTAGTTT TGGTTAAAGTTGTGTTTGTTGGTTTTCAAGTCTGGTTGGGGTTTTATTGTAAGACTTTTTTTCATGTTTGCATTTGTTTT CACTACCAAACTCTTTGTGGACTAGACTCCTTTTTATTCATGAATAATTTTATTTACTGTAAAAACATTCATCCTTCAAA TTTATGTATAACTGACACTATAATTTTGAAGAAGAAAAATACAAAAAAAAGAGAAACTATTTTTTGTGGTGTTTTCTCCA AAAATTTTTCATTTGTCCTCTGATATTTATACAATGTGAATTCCTTCTATATCTATAATTTATTTATCTATTTTTCTTAT TGCCCTGCAGTGTGGACATGAAAGTAGGAGAGAAAATTGATGAACAAAAAAGTCAACAACTTGGGCTTTCTTTTGTTGAT CTTCCTCTGGACATCATGACACATATTCTGATAAGACTTCCCATTAAGTCTATTCTGGTTTGTAAATTTATTTGCAAAAG TTTTAACTCTGTTATCTCAGACCCACATTTTTCCAAGTTACACTTTAAGCATGCACCAAGTGGTTTCATGATTCGGACAA GTGATCCAAATCGATTGTCAAGATTTGTGCACCTTCTTGAGTATGAGCCTGAAAAGTTTAACAATAATGACATCCAATGT TGTTATTGTGAGGATGACTTTATCAAACAAGAATGTTACAACCATGTTAAGCTTGAGCCTAAATTCAAGCTTCCTGTTCA TGGTGGAAACTTAATTTTGGACAAAATAAATGGTCTAAATAGTGATGTTAGAAAAAGGTCTTATGCTGAGCACGAGTCAA AATATGATAGGTTTATGGTGGTTAATTCTTGTAATGGTTTTCTTTGCTTGTGTGATCGGGTCAAAAACTATTTTGTTGTT TGCAACCCAGTTACAAGTGAGTTCATCAGACTTCCAGAAGCTACCAAAATGGATAAAAATAAATTTTGGCACCAAGTTGT ATATCCTGGTTTCGGTTTCAATCCCAAAACTAACGAATATAAGATTGTTAGAGTATTGAAGAGACATAAAAATTGGTGGG ATCGTAAAGGTACTATGACTGTTGATATGTTCACATTGGGAACATCAAAATGGAGGAATGTTGAAGTTCATCTTCAGCAT ATCTTCAATGTTGAAGTTAATCATCAACATATCTTCAAGCTTCTATTTCCCACTTGTACGAATGGGGCACTTCATTGGAT CTGTTCTCATGATAACAAAGGGTCACTATTGTGTTTCAAATTTAAAAAAGAGAGGTTCCATTCTTTCCCTTCTCCTCCTG GTGTGTTCATTGAAGGAAAATATGGTACAAATAATGTCAGCATGGGAAACTTAGGAGGATTTCTTTACATATGTGATTCA TCATCTCTAGATACTCCTGTTACAATGTGGATCATGAAGAAATATGGTATTGGAGAATCATGGACTAAGGTTTTCAGCAT TGATGCATTGAACAAAAAATGTTGGCCATATGGTGGTTTATATTGGCCAGTAAAAAACTTCAATGATGGTGCTGCTATGT TGATGTGTCATTCCTCCAGGGTCTTTATCTATTATGAACCCAAAAAGTGTGTATTCAAATTATTCAAGGTACGTGGGACA CAATCAAATAGGTTGGAGGTAATTCCACATATTCCTACTTTCATCTCACTCAAGACTGTTGTGAATGGAAACAATATCAG GCTGTTGGATGCTAACTCACGGTAAGGATATCAATTCTATTTATTTATTCACCAATTGAATTTAATGTTACTTTAAAAAT AATAACTGCTATGATACTATAAAACATAAAACAAGTATTAAATGGAACATATGGATATGAGTTTATATATTGATCATTTT ATTTTAACTTCTTTTTTAGCATGTATTCAATTTGAGAGGTTAGAGAAGAAATTTTGTTACGTTTGAATCTTATTATTTTT GGCTAATTTTTCATCAATCAAATGTTTATAGAACTAAATTATATGTGAACATGTTATTATTTTTATTTCAGTAGTGCTAC CAACACACTCTTTTAAACATGTGTTTCAACACACTTCATGTGATTGACTTTTTTTAAAGTCAACAAATTATGACAACATA TGCTTAAAATATACTGACCTTCTAGCTACCTTTAATCTTGAATACTACAGGTCTACAAAGTTTAAATTGGCCGAAGAAAA TGAAGCTCTTTTCTTAGCTAAAGTGATCGTTGAAGTTAATGTTGAAGTTGATGAAGAATAGAATGCAGAGTGTAAGACCC TCAATTTTCTAATAATTAAATATTATTTATTAATATTATTATTTAGTATAATAACAATATATATTTTGCTTGTTGTTGAC TTTGTATGATGTTGTGATGTTTGACTGTTCGTTGTTATATTTAAATTTTTGAGAATATATTTGAAATGCAAGGTGTGCAT GGTAAAATAATTTTTTTCATAGGGGAAAATTAGTTTTTTGATTAAATAATTATTGTTGTGGAAATTTAATTTTAGATGTT TAATTTATATTAAAAACCAAAAATAGGTGGAAAAAATGAGAAAATGAGTTTAAATTAATTAAATAATTATTTTTAATCTT ATGAGATGGAAAATAAAATAAAATGTCCCATACATCTAAATTTTTTGTAATTTAGGGTTTACGAGAGAGGAAGTGTGTTA GTTGATTTATTTCAAATTTTAAAGGAGTAGTCTTGTACCAAATCTTGACAAATCTTTTTAAATTAAAGAAAAGATAAATA TTTTTGTAAATTTTAAAAAATACATATGAATGCGATGATATTTATTTTTGGATAAAGATAAAAATATTTGATTCAGAAAA TTTAATTATTTTCTTAAATTATATATAAAATTAGAAAATGTCTAGAAAATAAGGAACAATATATTGATGATCAAGTCAAT GGTTTGGCTGATAATTTGAATTCAAAATCTTGGATAGATATAGCTGGATTTATTTAAAAGTATGTAGGATAAGAATCTAG CCCTTAATTTAAATTTAAACAGAATCAATCATTGATTCTATCAACAAATTCGAAATTTAGGCAATATTTGAAACCTTATG AGATAGGAGGTTGAGATAAACAAAAAAATTCCCCAAGATACAGTGTGTCGTGGAAGAGGCTCAGAGTTAGAGCCTTGGGT TCTTTGTTATAAATAGAGGCAATTGTTTGGTGAAAATCTCATGAACCTTAAAGCTGTTTACCCTCTCACTTAAAAATACA CTTGAGAACTATCAAATCTCCAGCACCATTCCTATAGTGCTACTTGAACCCCTCTCATATTCCCTCTACATTGATCACAA TTTTTTTTCCTTCCAAGAGTCAAGGTCGTACTCATATGCACTATTATCTTTGAAGGTCAGAGTAACTCAGCCCTATAGCG GCATAGAGTCTTGTGTGCCTTGTAAACTTGCCTGTGTTTGAGATGAAATTGTTTCTTTTATTGATTGAGTTGTTGTTTTA TAACATGATTTATGTTTGGAATGCTTGTTAAGACTTGTGGTTAGTTTGTCTTGTTAAATTTGTTATTTAATTGAAATTTA TGTGATATGCGTGTAACTTGTTCGCTAAATTTTATGGGTTAAATTGTATATGATATCGATCATGAAAAGTTATTTCTATG AATATTATATACCTTATTGTTGGCTGCAAATTTTGGGAAATTTATTCTTGTCGTTCGAACTCTTAAAATGTGATTTTGGG TTGATTTGGAAAGTGATTTATTTGCTGGAAGTTTTTGAGAAAACTCTCCATCCTTATATGTTCAAAACAAGTTTTTTGAG ATAATTTGGGAATGATTTTGTTGCTGGAAATTTTATTGTGTGAATATTGGTTAATTCCTACCTTGATTTTAGTAAATTTA AAATTGTTAGATATGACTAGGAGGGTCACAAATTGTTTATCTAACTTGAGCATTTAGGATTTGAAATTTTAAGTGGCAAT GTGATGATTGTTTGTCCCATGAGATTGTCCCACCTTGTGGAGGTGTTTTGGATTATTGAAGGGACAATATGGTGGTGTTT GTCCAACGTGATTGTCTCATCTTGAGAGACGTTATTGATCGATCCATTTTGGTAGATGCATTTAGGACTAACCTAGGATT GTTGTTGATAATTATTTTGATTTTTTGTTGATAATTAGTTGAATTGTTGTTATAATTCAAATTGTTGTTGACATTGCTAT TTTAAATTTGCTTATCTTATCTATTGATTATGATTTCAAATTTTATGCCATAACATCTTATTATTTTTATTGATTTTGTT GAGTTAACTCTTTATGTTTGCTATTTGTTGATTGAGTGTTTATCGCAAATTTTAGACAATGAAGGAGGTAGCAGTGGAAT CATTAGAGGAGAAGTTAATGCGGAAGATTGAGGTGTTGCGGGAAGAGTTGTGGGCCTTGCCGTGGGTTTGCTTGCTTAGT ATAACCTCTTAATTTTGGATTATTGGTTTCTCCGTTTGACTTATGGATTTATTTGAAATCTCCGGATAATTATTCGTTTT TAATTTAGATTATTATTGCGCGATATTATAAGGTTAATAATTATTATTACGATCAAGACATGATTTGTAAAAATTTAAAA TTTGAATTGTTTTCTCAAGCGAGACTAAGGATAAGCTTGTCGGAACTTGAGTGATAAGTCTTGTGTTGCTATGTCTAGGA AAGTTGATTTTTAAGAAATAATTGTGATGCACCTCACTTTTTTGGGAACTTCTCGGATGTATTGCTTCGGTGATGATGGA GCTTTTTCGAAAATTAATATCACATTTTTGAGAAATTGCTGGGACACTAATGTGATCCCTTATTGAGAAATTGAGGCGTT ACACATAGTACACATCTTGAGAAGTAATTCTCATACAATAAGGTTTACTACATTAAAACATGATTTGACTACTTTTTGAT TTTGGAAAAACTAATATACTTTAGCTTGGGCTATAAATTATATTCGGTGTAAACTTTGATCTAGAATTTCATTAACTTAT TGTTTCATAAAAAGACAATGATTATTGTTTATCCTTATCTTATTTCGTAGTTAACTTATTGTGTTATTTGTATTGGGATT AGAAAAAGACAATGATTATTGTTTATCCTTATCTTATTTCGTAGTTAACTTTACCTGCTTCACACAAATGGAATAAGAGT ATTTTTGTCGGCATGCATAAGATCTTTTTTATATTTCATCTCTCATTTTTCATTTTTAAATACGCATATTGATGACCCGG GTGTTTAAGTTATTTTTCTAGTTTATTTTTATGCATTTTAATATATTATCAAGGGTATTTTAGTCATTTTAGGTCACTTT AAGAGTATTTCATGCATTTTAGTATTGATAGTCCATGGAAATTGCCATGCAAGCACAGAAAACCTGACGGTTTCTGTTTC CATCCCTGCAGTGTGGCGCGATCAGCAGAGAGTTCCACCATAAGGCCATAGTCCGCGACACGTTGGATCTCACACTTAAA GTTTGGCCCAACCGCTAGCTGACACGTGGCAGGGGAATTAAATCAACTTTTTCAATGGCCTGACTAAGATAGGGCGGAG
CDS sequence (LotjaGi1g1v0037700.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGATTTGGCCCAGATGTGTGAGCAAAGTGTGGACATGAAAGTAGGAGAGAAAATTGATGAACAAAAAAGTCAACAACT TGGGCTTTCTTTTGTTGATCTTCCTCTGGACATCATGACACATATTCTGATAAGACTTCCCATTAAGTCTATTCTGGTTT GTAAATTTATTTGCAAAAGTTTTAACTCTGTTATCTCAGACCCACATTTTTCCAAGTTACACTTTAAGCATGCACCAAGT GGTTTCATGATTCGGACAAGTGATCCAAATCGATTGTCAAGATTTGTGCACCTTCTTGAGTATGAGCCTGAAAAGTTTAA CAATAATGACATCCAATGTTGTTATTGTGAGGATGACTTTATCAAACAAGAATGTTACAACCATGTTAAGCTTGAGCCTA AATTCAAGCTTCCTGTTCATGGTGGAAACTTAATTTTGGACAAAATAAATGGTCTAAATAGTGATGTTAGAAAAAGGTCT TATGCTGAGCACGAGTCAAAATATGATAGGTTTATGGTGGTTAATTCTTGTAATGGTTTTCTTTGCTTGTGTGATCGGGT CAAAAACTATTTTGTTGTTTGCAACCCAGTTACAAGTGAGTTCATCAGACTTCCAGAAGCTACCAAAATGGATAAAAATA AATTTTGGCACCAAGTTGTATATCCTGGTTTCGGTTTCAATCCCAAAACTAACGAATATAAGATTGTTAGAGTATTGAAG AGACATAAAAATTGGTGGGATCGTAAAGGTACTATGACTGTTGATATGTTCACATTGGGAACATCAAAATGGAGGAATGT TGAAGTTCATCTTCAGCATATCTTCAATGTTGAAGTTAATCATCAACATATCTTCAAGCTTCTATTTCCCACTTGTACGA ATGGGGCACTTCATTGGATCTGTTCTCATGATAACAAAGGGTCACTATTGTGTTTCAAATTTAAAAAAGAGAGGTTCCAT TCTTTCCCTTCTCCTCCTGGTGTGTTCATTGAAGGAAAATATGGTACAAATAATGTCAGCATGGGAAACTTAGGAGGATT TCTTTACATATGTGATTCATCATCTCTAGATACTCCTGTTACAATGTGGATCATGAAGAAATATGGTATTGGAGAATCAT GGACTAAGGTTTTCAGCATTGATGCATTGAACAAAAAATGTTGGCCATATGGTGGTTTATATTGGCCAGTAAAAAACTTC AATGATGGTGCTGCTATGTTGATGTGTCATTCCTCCAGGGTCTTTATCTATTATGAACCCAAAAAGTGTGTATTCAAATT ATTCAAGGTACGTGGGACACAATCAAATAGGTTGGAGGTAATTCCACATATTCCTACTTTCATCTCACTCAAGACTGTTG TGAATGGAAACAATATCAGGCTGTTGGATGCTAACTCACGGTCTACAAAGTTTAAATTGGCCGAAGAAAATGAAGCTCTT TTCTTAGCTAAAGTGATCGTTGAAGTTAATGTTGAAGTTGATGAAGAATAG
Protein sequence (LotjaGi1g1v0037700.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MDLAQMCEQSVDMKVGEKIDEQKSQQLGLSFVDLPLDIMTHILIRLPIKSILVCKFICKSFNSVISDPHFSKLHFKHAPS GFMIRTSDPNRLSRFVHLLEYEPEKFNNNDIQCCYCEDDFIKQECYNHVKLEPKFKLPVHGGNLILDKINGLNSDVRKRS YAEHESKYDRFMVVNSCNGFLCLCDRVKNYFVVCNPVTSEFIRLPEATKMDKNKFWHQVVYPGFGFNPKTNEYKIVRVLK RHKNWWDRKGTMTVDMFTLGTSKWRNVEVHLQHIFNVEVNHQHIFKLLFPTCTNGALHWICSHDNKGSLLCFKFKKERFH SFPSPPGVFIEGKYGTNNVSMGNLGGFLYICDSSSLDTPVTMWIMKKYGIGESWTKVFSIDALNKKCWPYGGLYWPVKNF NDGAAMLMCHSSRVFIYYEPKKCVFKLFKVRGTQSNRLEVIPHIPTFISLKTVVNGNNIRLLDANSRSTKFKLAEENEAL FLAKVIVEVNVEVDEE
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Gene3D | 17 | 136 | 120 | 2.5E-6 | – | |
| ProSiteProfiles | 28 | 73 | 46 | 11.061 | ||
| Pfam | 30 | 72 | 43 | 2.1E-8 | ||
| SUPERFAMILY | 31 | 126 | 96 | 1.83E-12 | ||
| PANTHER | 33 | 383 | 351 | 1.6E-38 | – | |
| PANTHER | 33 | 383 | 351 | 1.6E-38 | – | |
| SMART | 34 | 74 | 41 | 5.5E-6 | ||
| TIGRFAM | 175 | 419 | 245 | 7.2E-26 | ||
| Pfam | 293 | 386 | 94 | 2.8E-5 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Protein binding | Interacting selectively and non-covalently with any protein or protein complex (a complex of two or more proteins that may include other nonprotein molecules). |
Expression pattern of LotjaGi1g1v0037700.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…