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LotjaGi1g1v0060300.12

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi1g1v0060300
Transcript ID LotjaGi1g1v0060300.12
Related isoforms 14
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description NBS-LRR type disease resistance protein; TAIR: AT3G14470.1 NB-ARC domain-containing disease resistance protein; Swiss-Prot: sp|Q7XA39|RGA4_SOLBU Putative disease resistance protein RGA4; TrEMBL-Plants: tr|G7K723|G7K723_MEDTR Disease resistance protein RGA4; Found in the gene: LotjaGi1g1v0060300
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr1:8442502..8483057) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

CATTTAACTAGCTATTTCCAGACTTTTGCTACTACTATATCCACACTTTGCTTTAGAGCTCATCCAAGCAAAACCAGCCC CTGATCTTCTTCCCTTTTCAACTTTTGCATTTCTGAAAATGGCTGAGGCCTTACTAGGAGCTGTGTTTGAGAAATTGATC TCTCTAGCTCAGAATGAATTTGCAACCATCTCTGGAATCAAGGGAAAGGCTGAGAAGCTATCACACACTCTTGAACTGAT CAAGGCTGTTGTTGAAGATGCTGAGAAGAAAGAGATAACAAACAAATCTATAAAGGTTTGGCTGCAGCAGCTCAAAGATG CTGTCTACGTCCTAGATGATATCCTTGATGAATGTTCCATAGAATCACTTCGACTTCAGGGATTGTCCTCTTTAAAACCA AAGAACATCAAGTTTCGCTATGAGATTGGCAACAAGCTGAAAGAGATTGCAAGGAGATTTGATGAGATTGCTGACTGTAA GAACAAGTTTGCTCTGCAAGAGGGTGTTAGGGAAAGGTCAACTGAAGTTGCTGAATGGCGCCAAACCAGCTCGTTCATTC CCCAACCTAAACTATATGGACGAGAAGATGATAAGAAGAAGATTCTGGAGTTTCTTCTCAGCCAAGCACGCGAGTCTGAC TTCCTTTCCATCTATCCCATTGTCGGCTTAGGTGGCATGGGAAAAACAACACTTGCTCAAATGGTCTACAATGATGATCA GGTAACAAGCAATTTCAACATCAAAGTTTGGATTTGTGTTTCTGAAAATTTCTCTGTTCAAAGGATTTTGTGCTCCATCA TAGAATCTATTACAAAAGCAAAACATGAATGCTTGAATTTAGATGTAACCGAAAGAAAGGTGCAAGAACTGTTGCAAGGT AAAAGATATTTGCTGGTTTTGGATGACGTGTGGAGAAAAGATGAAGAAATGGAATTTGGTTTAACCCAAGACAAATGGAA 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AAAACATTTATATTGAAGAAAAAATGATACACTAAAACACTTGCTTTTGTTAGTAGTTAAGTTAGACACTCAAAATAATA CTAAACTCTCTTTAACACTTACAAGCTCGCTGAAGGTTTTCTTACATTTTTCTTTTCAAACTAATGGACAGCCACTCTAT TTTTTGACTTTTCAAAGTTCCAACCAATAAAGTAATCACAATAGACTTGTACTACAACACGTTGCTAACTTTTGTATATT CATTGCTAAGCAGGGTGACTTTGGTCTTTTCAGCCTTCATGATTGGAATCCAATGACACTCGTAGCTTCATTGAAGTTTC CTTGATAAAGACAGCATTTAACTAGCTCTTTGCAGACTTTTGCTACCACTATCCACACTTTGCTTCAGATCTCATCCAAG CAAAACCAGTCCCCGATATTGTTTCCTTTCCAACTTTTGCATTTCTGAAAATGGCTGAGGCTTTACTTGGAGCTGTATTT GAGAAATTGATCTCTCTAGCTCAGAATGAATTTGCAACCATCTCTGGAATCAAGGGAAAGGCTGAGAAGCTATCACACAC TCTTGAACTGATCAAGGCTGTTGTTGAAGATGCTGAGAAGAAAGAGATAACAAACAAATCTATAAAGGTTTGGCTGCAGC AGCTCAAAGATGCTGTCTACATCCTAGATGATATCCTTGATGAATGTTCCATAGAATCACTTCGACTTAAGGGATTGTCC TCTTTAAAACCAAAGAACATCAAGTTTCGCTATGAGATTGGCAACAGGCTGAAAGAGATTGCAAGGAGATTTGATGAGAT TGCTGACTGTAAGAACAAGTTTGCTCTGCAAGAGGGTGTTAGGGAAAGGTCAACTGAAGTTGCTGAATGGCGCCAAACCA GCTCGTTCATTCCCCAACCTAAACTATATGGAAGAGAAGATGATAAGAAGAAGATTGTGCAGTTTCTTCTCAGCCAAGCA CGCGAGTCTGATTTCCTTTCCATCTATCCCATTGTCGGCTTAGGTGGCATGGGAAAAACAACACTTGCTCAAATGGTCTA CAATGATGATCAGGTAACAAGCAATTTTGACATCAAAGTTTGGATTTGTGTTTCTGAGAATTTCTCTGTCCAAAGGATTT TGTGCTCCATCATAGAATCTATTACAAAAGCAAAACATGATTGCTTGAATTTAGATGTAACAGAAAGAAAGGTGCAAGAG CTGTTGCAAGGTAAAAGATATTTTCTGGTTTTGGATGACGTGTGGAGAAAAGATGAAGAAATAAAATTTGGTTTAAACCA AGACAAATGGAATAAGCTGAAATGTTTGTTGTCATGTGCATCCAAAGGAGCTTCCATTTTAGTATCCACTCGCGATATGG AGGTTGCAACAATTATGGGAACATGCCAAGCTCATCATTTGTGTGGTCTCTCTGAGGATGAATGTTGGATGCTATTCAAA CAATATGCATTTGGAACTGTAAAAGAAGAACGTGCAGAGCTTGTAGTTATTGGCAAAGAGATAGTAAAGAAATGCGGAGG ATCACCTCTTGCAGCACAAGCACTAGGAGGTCTCTTACACTCAAGGAATGAAGAAAAAGAATGGCTTGAAGTTATGAAAA GTGGGATTTGGAATTTAGCGGGTGAAAATTCTATTTTTGCTGTCTTGAGATTGAGCTACTTTCATTTAACGCCAACAATA AGACAGTGTTTTGCATTTTGTGCCATGTTTCCTAAAGATACAGAAATCATGAAGGAAGATTTAATTCATCTTTGGATGGC TAATGGGTTTATATCACCAAGGGAGAACTTGGAGGTGGAAGATGTTGGAAATATGATTTGGAATGAATTGTATCAAAAAT CATTCTTTCAAGATATGAGGTTGGATGATTATTCAGGTGACATTCATTTCAAGATGCATGATCTTGTCCATGATCTTGCT CAGTCAATAATGGGGCAGGAGTGCATTGTTTTGGGCAGTGCAAACATGACTGATATGTCAAGAAGCACCCACCATGTTGG TTTTGGCTCTGGTTGGGATCTATCCTCGCTGCACAAGCGCGCCTTCAAGAAAGTTGAATCCATGCGAACATTTTATCAGT TAAATGTCTACGACCGTGTTTCTGGTTGCATCCCAACCCACCGCAGTCTTCGGGTACTACGCACAAGTTCTTCCAACTTA TCATCACTCAAGAGTTTAATTCATTTGAGGTATTTGGAACTTTTCCGCCTTGAGATGGAAACCTTGCCCGACTCAATTTA TAGCTTGCAGAAATTGGAAATCTTGAAATTGAGATCTTTGAAAAAACTTGTTTGTCTACCTAAAGACTTGACTTGCTTAC AGGATCTTAGACATCTTGTCATTGAAGATTGTTATTCATTGTCTTGTATGTTCCCTAACATTGGGAAATTATCCCGTCTG AGAACGTTAAGTAAGTACATTGTCAGTTCAGAGATTGGGCATAGCCTGGCAGAATTACATGACTTAAAACTCAGAGGAGA TTTGCGCATTGAAGGACTAGAAAATGTTGGCAGTTTATCCGAAGCTCAAGAGGCCAACTTGATGGGTAAAAAAGACATCC ACAAATTAGAGTTGATATGCGACAAGCTGTTTCACACAAAGCCATATGCTACTAATCCGGAGCTAGTACTTAATGCTCTT CAACCTCACTCAAATCTCAAGAATTTGAAAATAGAATACTATGCAGGATTAAAATTCCCAACCTGGATGGAAATGCTCAC CAATTTAGTTTATCTTGTGCTTTATGGATGCAAGATGTGTGTGCGGCTTCCCTCACTTGGTAAACTGCCATATTTAAGAA GAATTGAAATAAGTGAAATGAATGATGTGCAGTATATGGATGATGACGAATCTGATGATGGTGTGGAGGTGAAAGCTTTC CCGTCATTAGAAGAACTCTCACTATCAGGATGCTCAAAGTTAGAGCGGTTGTTGAAAGTGGAAAGAGGAGAGAATTTCCC CTGTCTTTCTAGTTTGAGAATTAATAAATGCCCTAAACTTGAGTTGCCAAGCTGCTGCATTCCGTCACTCAAAAGCCTCG TTCTATTTGATTATACGAATGAGTTACTGAGGTCCCTCTCAGGTTTCAATGGCCTTACCTCCCTTTGGCTTTACGCTGGC GATGTAGACCTGACATCCTTCCCGGTGGGAACATTGTCTTCTCTTCGGACTCTGCAGATATATAGTTCCGAGGTATTGAA GGAATTACCAAATGAACTCTTCAAGAACCTCAACAATTTGGACCATCTGCAAATCGTTTATTGTAGGAAGCTGGAGTCTT TACCAGAGCAAGGGTGGGAAGGTCTCCGCTCCCTTCGAACTCTGCAGATTTGGGATTGTGGTGAATTGAAATCCTTGCCG GATGGTGTTCGACACCTCACTTCACTAGAGGTTTTGAAAATTTACGACTGCCCAGCATTAGCCGAGAGGTGTAAAGAGGG AACAGGGGAGGATTGGGACAAGATAGCGCACGTTCCCAAAGTAGAAAGTACTGCCCAGCATTAGCCGAGAAGTACAAATT CTTATCTAATACGATGAAGACTCAGACTGATTCTGAATTCGGTGAGCTCTCTTTTCCCGAACAACTCCCGCTTTTTCTGT TTTTACTTTTCTCGTTGGGTAGTAATGTAATGTAAGTAATACATATATGTTTTTATGTTTTTGCAGGCTTGTAATTCTAA TTCAACACCAATTTGGTTACTCTGCTATTTCTGATTCAATTTTTGGTTAATACCCAATCGAGGTGTGTGATTGTTAATGT ATATTTGAACTTTTTTGAATATTATACTGGTTCTGCTTCTGCATGCACTTCTACTGGTTCAAATGTGTGGAAAATTTACT AAATTATTACCTTTCTACTGGTTCTTCTTAGGAATTTATTTGTGTATCACTTTCTAAGGATGATTTAGTGGATTAGTGGT TAACTACCTTGTGTATATTGTGAAATTTAACTCAGGAGCAAAGAAGGGAAATAAGGATTGATTAGTCATGATGAAAAGGA GGTGGAAAAGGCCTGCAATAACAAAGAAAACCAGCAATGACAGCAAGCTAAAGTTGCAGAATATGAAGAACATGATGAAA AGGAACTTTTTGTTAACAATTATAATGCTGCAGAGAGTGTGACATGGATTTCTCATGTATAATCTTTCCTGAAACTGGAA AAGGTCATTTCCAAGGTGACCAACAGACAGAAAAATTGTAGTTGGCACTTCAAGTCTTCAACAGATGTGAAAGTAATCAT GGATGATTTTTCAGTTCCTGGAATTAGCCGAATGGTGTCCAACACCTCACTTCACTCCAGCTTTTGAGAATTCAGGACTG CCCAACATTAGCTGAGAGGTGTAAGGAGGGAACAGAGGTGGATTCGGACAAGATAGCGCACGTTCCCAAAGTTGAATTCT GCAACGCGTAATTTTGCCTAATGGGGGAGAACTTGAACAACAATTTGGGTACTCTGCTATTTCTGATTCTATTTTTGGTT AATACATATCAGATGTCTTTGATCTTCCTTTTGGAGACTGGATTCCCTGACCAACTCTCAATCGAGGTGTGTGATAAATA TTACAATCCTCTATTATAATTATTTGTTTTTTATTGTTTTCAATTTTTGACTTTGTGTGTGGGTTTGATGAATATGGTAT GGCCTGTTACAATCTTTTTGCAGTATTTATGTGAACTTGAATTATTTTGATTGATGATGTTTGTTGGACCTGCAAATTTT TGAGGTATTGTAGGTTAAGTAGTGTAGGAAACTTTGATGATTTGTGTGAGTGTGTTCTTTATTCATGCTTTATGTGTCGT GTCATGTTAATTCATGATGCTTAAAACATTTATCTGAAGAGCAAAATTACAATTTGAATTGCTTTGCTTGCTATATGGTA GTGTATGTTGTTTGTGAAGTTGGTAAGATTAGATTGAAAATTGATAATGTATATTGATCTGTCATAACTCATTGATTTGT TGATGCATATTTGAACTTGAATTTAAACTTTCTGAATGTTGCCGCACATTTTGGTTTAGTTTCATCAATAATGTAG 

CDS sequence (LotjaGi1g1v0060300.12) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGGCTGAGGCCTTACTAGGAGCTGTGTTTGAGAAATTGATCTCTCTAGCTCAGAATGAATTTGCAACCATCTCTGGAAT CAAGGGAAAGGCTGAGAAGCTATCACACACTCTTGAACTGATCAAGGCTGTTGTTGAAGATGCTGAGAAGAAAGAGATAA CAAACAAATCTATAAAGGTTTGGCTGCAGCAGCTCAAAGATGCTGTCTACGTCCTAGATGATATCCTTGATGAATGTTCC ATAGAATCACTTCGACTTCAGGGATTGTCCTCTTTAAAACCAAAGAACATCAAGTTTCGCTATGAGATTGGCAACAAGCT GAAAGAGATTGCAAGGAGATTTGATGAGATTGCTGACTGTAAGAACAAGTTTGCTCTGCAAGAGGGTGTTAGGGAAAGGT CAACTGAAGTTGCTGAATGGCGCCAAACCAGCTCGTTCATTCCCCAACCTAAACTATATGGACGAGAAGATGATAAGAAG AAGATTCTGGAGTTTCTTCTCAGCCAAGCACGCGAGTCTGACTTCCTTTCCATCTATCCCATTGTCGGCTTAGGTGGCAT GGGAAAAACAACACTTGCTCAAATGGTCTACAATGATGATCAGGTAACAAGCAATTTCAACATCAAAGTTTGGATTTGTG TTTCTGAAAATTTCTCTGTTCAAAGGATTTTGTGCTCCATCATAGAATCTATTACAAAAGCAAAACATGAATGCTTGAAT TTAGATGTAACCGAAAGAAAGGTGCAAGAACTGTTGCAAGGTAAAAGATATTTGCTGGTTTTGGATGACGTGTGGAGAAA AGATGAAGAAATGGAATTTGGTTTAACCCAAGACAAATGGAATAAGCTGAAATGTTTGTTGTCATGTGCATCCAAAGGAG CTTCAATTTTAGTATCCACTCGCGATATGGAGGTTGCAGCCATCATGGGAACATGCCAAGCTCATCATTTGTGCGGTCTA TCTGAGGATGAATGTTTAATGCTATTCAAACAATATGCATTTGGAACTGTAAAAGAGGAGCGTGAAGAGCTTGTAGCTAT AGGCAAAGAGATAGTAAAGAAGTGCAGAGGATCACCTCTTGCAGCACAAGCACTAGGAGGTCTCTTGCACTCCAGGAATG AAGAAAAAGAATGGCTTGAAGTTATGAAAAGTGGGATTTGGAATTTAGCGGGTCAACATTCTATTTTGGCTGTCTTGAGA TTGAGCTACTTTCATTTAACGCCAACAATAAGACAGTGTTTTGCATTTTGTGCCATGTTTCCTAAAGATACAGAAATCAT GAAGGAAGATTTAATTCATCTTTGGATGGCTAATGGGTTTATATCACCAAGGGAAAACTTGGAGGTGGAAGATGTTGGCA ATATGATTTGGAATGAATTGTATCAAAAATCATTCTTTCAAGATATGAAGTTGGTTGATTATTCAGATGTTATTCATTTC AAGATGCATGATCTTGTCCATGATCTTGCTCTTTCAATAATGGGGCAAGAGTGCATGGTTTTGGGAAACACAAACATGAC AGATTTGTCAACAAGCACCCACCATGTTAGCTTTGACTCTGGTATGGATGTATTGTCACTCCACAAAAGTGCCTTGAAGA AAGTTGAATCCTTGAGAACATTTTACCAGTTAAAAGTCTCCTACAGCGTTTCTGGTTGCATCCCAATACACTGCAGCACT CTTCGGGTATTACGCACAAGTTCTTTTAATTTATCACCACTCAAGAATTTAATTCATTTGAGGTATTTGGAACTTTTCAA GCTTGAGATAGAAACCTTGCCCGACTCAATTTATAGCTTGCGGAAATTGGAAATCTTGAAATTGAGATCTTTGAAAAAAC TTGTTTGTCTACCTAAAGACTTGACTTGCTTACAGGATCTTAGACATCTTGTCATTGAAGATTGTTATTCATTGTCTTGT ATGTTCCCTAACATTGGGAAATTATCCCGTCTGAGAACGTTAAGTAAGTACATTGTCAGTTCAGAGATTGGGCATAGCCT GGCAGAATTACATGACTTAAAACTCAGAGGAAATTTGCGCATTGAAGGACTAGAAAATGTTGGCAGTTTATCCGAAGCTC AAGAGGCCAACTTGATGGGTAAAAAAGACATCCACAAATTACAGTTGATATGGAACAAGGAGGTCCACTCAAAGTCATAT GCTACTAATCCGGAGCTAGTACTTAATGCTCTTCAACCTCACTCAAATCTCAAGAATTTGAAAATAGAGGACTATGCAGG ATTAAAATTCCCAACCTGGATGGAAATGCTCACCAATTTAGTTTCTCTTGATCTTTATGGATGCAAGATGTGTGTGCGGC TTCCCTCACTTGGTAAACTGCCATATTTAAGAAGAATTGAAATAAGTGAAATGAATGATGTGCAGTACATGGATGATGAC GAATCTTATGATGGTGTGGAGGTGAAAGCTTTCCCGTCATTAGAAGAACTCTCACTATCAGGATGCTCAAAGTTAGAGCG GTTGTTGAAAGTGGAAAGAGGAGAGAATTTCCCCTCTCTTTCTTATTTGGGAATTTCTGATTGCCCTAAACTTGAGTTGC CAAGCTGCTGCATTCCGTCACTCAAAAGCCTCGATCTAGTTGATTATACGAATGAGATACTGAGGTCCCTCTCAGGTTTC AATGGCCTTACCTCCCTTCGGCTTTACGCTGGCGATGTAGACCTGACATCCTTCCCGGTGGGAACATTGACTTGTCTTCA GACTCTGTCGATATCTGGTTTCGAGGTATTGAAGGAATTACCAAATGAAATCTTCAAAAGCCTCAACAATTTGGAGCATC TGGAAATCGTTAATTGTAGGAAGCTGGAGTCTTTACCAGAGCAAGGGTGGGAAGGTCTCCGCTCCCTTCGAACTCTGATT ATTTGGGGATGTGGTGAATTGAAATCCTTGCCGGATGGTGTTCGACACCTCACTTCACTCCAGCTTTTGAGTATTGCGCT CTGCCCATTAGCCGAGAGGTGTAAAGACGGAACAGGGGAGGATTGGGACAAGATAGCACACGTTTCCAAAGTACAAATTA TTAATTCTTCAGACTCTATTTCTGATTCAATTTTTGAAGAGGACTCAGACTCAGACTGA 

Protein sequence (LotjaGi1g1v0060300.12) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MAEALLGAVFEKLISLAQNEFATISGIKGKAEKLSHTLELIKAVVEDAEKKEITNKSIKVWLQQLKDAVYVLDDILDECS IESLRLQGLSSLKPKNIKFRYEIGNKLKEIARRFDEIADCKNKFALQEGVRERSTEVAEWRQTSSFIPQPKLYGREDDKK KILEFLLSQARESDFLSIYPIVGLGGMGKTTLAQMVYNDDQVTSNFNIKVWICVSENFSVQRILCSIIESITKAKHECLN LDVTERKVQELLQGKRYLLVLDDVWRKDEEMEFGLTQDKWNKLKCLLSCASKGASILVSTRDMEVAAIMGTCQAHHLCGL SEDECLMLFKQYAFGTVKEEREELVAIGKEIVKKCRGSPLAAQALGGLLHSRNEEKEWLEVMKSGIWNLAGQHSILAVLR LSYFHLTPTIRQCFAFCAMFPKDTEIMKEDLIHLWMANGFISPRENLEVEDVGNMIWNELYQKSFFQDMKLVDYSDVIHF KMHDLVHDLALSIMGQECMVLGNTNMTDLSTSTHHVSFDSGMDVLSLHKSALKKVESLRTFYQLKVSYSVSGCIPIHCST LRVLRTSSFNLSPLKNLIHLRYLELFKLEIETLPDSIYSLRKLEILKLRSLKKLVCLPKDLTCLQDLRHLVIEDCYSLSC MFPNIGKLSRLRTLSKYIVSSEIGHSLAELHDLKLRGNLRIEGLENVGSLSEAQEANLMGKKDIHKLQLIWNKEVHSKSY ATNPELVLNALQPHSNLKNLKIEDYAGLKFPTWMEMLTNLVSLDLYGCKMCVRLPSLGKLPYLRRIEISEMNDVQYMDDD ESYDGVEVKAFPSLEELSLSGCSKLERLLKVERGENFPSLSYLGISDCPKLELPSCCIPSLKSLDLVDYTNEILRSLSGF NGLTSLRLYAGDVDLTSFPVGTLTCLQTLSISGFEVLKELPNEIFKSLNNLEHLEIVNCRKLESLPEQGWEGLRSLRTLI IWGCGELKSLPDGVRHLTSLQLLSIALCPLAERCKDGTGEDWDKIAHVSKVQIINSSDSISDSIFEEDSDSD 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
CDD 2 119 118 1.01909E-15
Pfam 6 101 96 1.1E-24
PANTHER 23 794 772 1.6E-175
PANTHER 23 794 772 1.6E-175
Coils 31 51 21 -
Gene3D 135 314 180 6.9E-36
SUPERFAMILY 138 417 280 1.74E-64
Pfam 155 383 229 4.7E-50
PRINTS 178 193 16 4.9E-18
PRINTS 251 265 15 4.9E-18
PRINTS 355 369 15 4.9E-18
SUPERFAMILY 481 887 407 1.87E-30
Gene3D 497 659 163 2.1E-9
Gene3D 660 855 196 7.5E-25
PRINTS 809 825 17 4.9E-18
SUPERFAMILY 837 995 159 2.13E-17
Gene3D 856 1001 146 2.3E-21

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
Molecular function ADP binding Interacting selectively and non-covalently with ADP, adenosine 5'-diphosphate.

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi1g1v0060300.12, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…