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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi1g1v0102200 |
| Transcript ID | LotjaGi1g1v0102200.2 |
| Related isoforms 1 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Homogentisate phytyltransferase; TAIR: AT2G18950.1 homogentisate phytyltransferase 1; Swiss-Prot: sp|B9A1Q4|G4DT_SOYBN Glycinol 4-dimethylallyltransferase; TrEMBL-Plants: tr|K7LZY0|K7LZY0_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi1g1v0102200 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr1:15568724..15588443) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
GCACACAAGAGGATATAACCTTGCACTGCATGCTACAAGTGTTGTGGGTGGTTTCAGTGTGAAAATGATGCAGTCGTTTC TTGTTGGATCTTTGCCTAATGCATGCATCTTCATTCACCACCGATATCTTCTATCTTTGACGCAGTCTTTGATTGATAAC AAAGACATTTGATTTTCCATTAACTCAGATATTTGATTTTCATTGACCAACAATCTGATCCCCCAATTCAAAGTTTGACT TTAAGACATAATTATGAAGTTAAATTTAGTCTATAAATTATATGTGTCATTAGAAGAGGAACTGCACACAAGAGGATATA ACCTTGCACTGCATGCTAAAAGTGTTGTTGGTGGTTTCAGTGTGTAAATGATGCAGTCGTTTCTTGTTGGATCTTTGCCT AATGCATCTTCATTCACCACCGGTATTTATATGTTTTTTTCATTCACCCTGTTACTTAATTTCATCTTCCATTTCATCAA TTTAATTTTTATTTCAAAATTATTTGCTGACTCTAACCATTGGTAATTGAAGGTGGAAATCTCTGGCAGAGTACTAAGCA TGGCGCCAATAAGAATAAATACTATGAAAGTATGTGTCACATATCCCTCTTTTCCTTTATTTACTTGACTATACTTGAGC ATGATCAATCTAACAAATTTTTTCTATTCATCATGCAAATTCCTTATCCGCGAGTAATGATATATACACATCTCATTTTC TCTTCCATCTTATTTTCATACATTTTTTTTTCCTATTTCTTTCTGCATTTTCTGCTACATAACAAATTATATTGCTCATT TCTCTCTTTTTCCTTCTTTTTTACCTAAGGTGGAGGTGGAAATTGATTGTTAACAACTTAACATATAAGAGTGCAGTTGT GATATCCAAAGCATGTTGTTAGCAATTGGTAGAGAAAATACTTTTAGTTTGTGGGTGGCTTTTGGATTAGGATCTCCTGC 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GAGTATGTTCATAAATCCCAACAAAGCTGGTTTTCCCCTGCTATATACTCTTTTATTGTCACTAACTATTCTTTTTCAGG TGTTTTGGATTTCTGTTTCCCTTTTTGAATTGGCTTTTGGTATCGCTCTCATGGTGGGAGCAACATCATCTTACATGTGG AGTAAAGTTGTCATGGTAATATATACTTATTGCATAAGTATGTCCAATTTTTACTCTCAAATTAATAAAATATTTCCCTA AATTTTTTTATTGGTTGCATAAAATATTCCAACTTGTTATCTTGATTGTAGCGTCAAGGTAAAAATTGATCTTTTCAGGA GCGGGTATCTAGATCTTCCTTGAGGATAATTTAACCACATTTTACATGGAGTAATCATATTTAAGATTAATGAGTTGAGA ATTTCATAATTTATTCTTTATTTTTTGTAAATAATTTTATTTATCCACTAGGGGTTAAGTTACTCAAAGGAGACTTTCTT TTAGGAGAAAGCTTAGGTCTATTGTTTTACATATTGATTCATTTGAATATAAACTTGTTTAAACTTTCCAACTATATTTG AAGCTAATTATTTGATGCCAATGTATCAGGTTTTGGGAAATATTGTTCTTGCTTCAGTTGTCTGGCACCGTGCTAAAAAT GTAAATTTGGGAAACAAAGCTTCCATGGCATCATTCTACATGCTCATATGGAAGGTAATCATTTTCCTTAAAGGCTGTGT ACAATTTGAAAAATATTCAATATCAGAGTTAGTATTGTTTAAAATAAATTGGTTACCGATAATCAATTTTTTTCAGGATT TGAGTGTTAGAATATGATATAAAATCATTCATGTGGTCATTAGTTAATATTATAAACTTTTAAGATAATTGGTTGCTTGA CATAATATTATTCAAGCCTCTATGACCAATTAATCTAGAGTTTAATCCCTACAGTCCGGTCCAATTCTTCTAACATTGGG AAAGAAGGTTATTTGATTTATTATCACTTTCTAATTCGAATTGGAATACAAAACACAAGGTCGAGTAGCTATATATTATT TTCAATTTTTTTTCTCTAAATTAAGTCTTTACTATCTTTTCTAGGTGTTGCATGATTTGTTCAAATTGTTTTCCCTGCAG ATATTATTCGCAGCGTACATGCTCATGCCTTTAGCTAGATAAGGAATACATTTGCAAAGTCAACTTGAGAATTAGTCAAC TTGGTCATGCCAGCCATGAGTCTGGACATTAGTTTTAAATTTTCAGTGAGTGAAGAATTAAATAATTATTTTAAGATTGG TATTAGTGTGTTGCTATAAGTGCTAAATTCATTGGTTTTTGTACATGTTATTATAATGAAATTAAAACTAAGTAACTCTT GCTTAAGCATTGTTATTAATATTTTATTTCTGTTAATTTTTGGGCACTCTCACAGCTTATTTTCATCATTAGATGTTGTT TACCGTGATATTTAGTAAACAAACATTTTCCGAGTTCGAC
CDS sequence (LotjaGi1g1v0102200.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGATGCAGTCGTTTCTTGTTGGATCTTTGCCTAATGCATCTTCATTCACCACCGGTGGAAATCTCTGGCAGAGTACTAA GCATGGCGCCAATAAGAATAAATACTATGAAAGTTCTTATGCACCTAAAGCTTCTCAAAACAAAGGAAACCCTCAAGAAG AATATAAACTTTTGAGGTTTCATGAGCCAAGTTTAAACTGTCAATTTAAATGCATTAAAAGAGGGTCTACATACCAAGAA TACAATCAAAAATATGTTTTGAAAGCAGCTTCTACACAACCTTTCGAGCCAGAACCTCATCCGTTTGATTCCAAAAACAC TTTGGACTCGGGCAAAAATATCTTCGTTGCTTTATACAAGTTTATCTCTCCATATGCAATTTTTGTCCGGATGTTAAGCA CGATTTCTGCATCTCTCCTCGCAGTGGAGACATTATCAGATATCTCTCCACTATTTTTCATTGGTGTATTCCAGGTTATG GTGGCTCACCTATTTATGGGTATTTATGTTGGTGGCGTGAATCAATTATTTGATATTGGAATAGATAAGGTAAACAAACC ATATCTTCCATTGGCATCCGGGAAATTGTCATTTACAACTGGTGTCATTATTGTCACATGTTGTTTACTTTTGAGCTTTT CGCTTGGCTGGATGTTCGGTTCTTGGCCATTGATTTGGTCTCTACTCTTAAGTTGTGCAGTTTGGACTTCTTATTCAGCC AACGTGCCCTTATTGAGATGGAAGGGACATCCAGTTTCAGCAGCATTGTCCATTGTTGCTACTTATGCAGTTATATTTCC AATTCCAGATTTTCTTCATATGCAGACTTTTGTGTTCAAGAGGCCACCTGTCTTTCCTAGATCATTGACTTTTGTTACAG TATTCATGAGTTTATACTCTATGGGTATAGCATTGTTGAAGGATATACCTGATGTTGAAGGAGATAAAAAATTTGGGATC TATTCTTTTCCAGCACGTTTTGGTAAAAAACGAGTGTTTTGGATTTCTGTTTCCCTTTTTGAATTGGCTTTTGGTATCGC TCTCATGGTGGGAGCAACATCATCTTACATGTGGAGTAAAGTTGTCATGGTTTTGGGAAATATTGTTCTTGCTTCAGTTG TCTGGCACCGTGCTAAAAATGTAAATTTGGGAAACAAAGCTTCCATGGCATCATTCTACATGCTCATATGGAAGATATTA TTCGCAGCGTACATGCTCATGCCTTTAGCTAGATAA
Protein sequence (LotjaGi1g1v0102200.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MMQSFLVGSLPNASSFTTGGNLWQSTKHGANKNKYYESSYAPKASQNKGNPQEEYKLLRFHEPSLNCQFKCIKRGSTYQE YNQKYVLKAASTQPFEPEPHPFDSKNTLDSGKNIFVALYKFISPYAIFVRMLSTISASLLAVETLSDISPLFFIGVFQVM VAHLFMGIYVGGVNQLFDIGIDKVNKPYLPLASGKLSFTTGVIIVTCCLLLSFSLGWMFGSWPLIWSLLLSCAVWTSYSA NVPLLRWKGHPVSAALSIVATYAVIFPIPDFLHMQTFVFKRPPVFPRSLTFVTVFMSLYSMGIALLKDIPDVEGDKKFGI YSFPARFGKKRVFWISVSLFELAFGIALMVGATSSYMWSKVVMVLGNIVLASVVWHRAKNVNLGNKASMASFYMLIWKIL FAAYMLMPLAR
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Phobius | 1 | 121 | 121 | - | – | |
| PANTHER | 2 | 411 | 410 | 2.7E-153 | – | |
| PANTHER | 2 | 411 | 410 | 2.7E-153 | – | |
| TMHMM | 114 | 136 | 23 | - | – | |
| CDD | 118 | 408 | 291 | 2.86488E-110 | – | |
| Gene3D | 121 | 267 | 147 | 9.5E-6 | – | |
| Phobius | 122 | 142 | 21 | - | – | |
| Pfam | 134 | 399 | 266 | 1.6E-33 | ||
| Phobius | 143 | 147 | 5 | - | – | |
| Phobius | 148 | 177 | 30 | - | – | |
| TMHMM | 151 | 173 | 23 | - | – | |
| Phobius | 178 | 197 | 20 | - | – | |
| TMHMM | 196 | 218 | 23 | - | – | |
| Phobius | 198 | 219 | 22 | - | – | |
| Phobius | 220 | 224 | 5 | - | – | |
| TMHMM | 223 | 245 | 23 | - | – | |
| Phobius | 225 | 245 | 21 | - | – | |
| Phobius | 246 | 251 | 6 | - | – | |
| Phobius | 252 | 269 | 18 | - | – | |
| TMHMM | 252 | 274 | 23 | - | – | |
| Phobius | 270 | 288 | 19 | - | – | |
| TMHMM | 284 | 306 | 23 | - | – | |
| Gene3D | 289 | 410 | 122 | 2.8E-8 | – | |
| Phobius | 289 | 306 | 18 | - | – | |
| Phobius | 307 | 331 | 25 | - | – | |
| Phobius | 332 | 350 | 19 | - | – | |
| TMHMM | 332 | 351 | 20 | - | – | |
| Phobius | 351 | 355 | 5 | - | – | |
| Phobius | 356 | 375 | 20 | - | – | |
| TMHMM | 356 | 375 | 20 | - | – | |
| Phobius | 376 | 386 | 11 | - | – | |
| Phobius | 387 | 407 | 21 | - | – | |
| TMHMM | 388 | 410 | 23 | - | – | |
| Phobius | 408 | 411 | 4 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Cellular component | Integral component of membrane | The component of a membrane consisting of the gene products and protein complexes having at least some part of their peptide sequence embedded in the hydrophobic region of the membrane. | ||
| Molecular function | Transferase activity, transferring alkyl or aryl (other than methyl) groups | Catalysis of the transfer of an alkyl or aryl (but not methyl) group from one compound (donor) to another (acceptor). |
Expression pattern of LotjaGi1g1v0102200.2, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…