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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi1g1v0160100 |
| Transcript ID | LotjaGi1g1v0160100.1 |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Sister chromatid cohesion PDS5-like protein; TAIR: AT1G77600.2 ARM repeat superfamily protein; Swiss-Prot: sp|A4L9P7|PDS5A_RAT Sister chromatid cohesion protein PDS5 homolog A; TrEMBL-Plants: tr|K7LX49|K7LX49_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi1g1v0160100 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr1:29593299..29612220) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
AGGCGGGATCCTCCTCGTCACGCAAACGACACTTCACTTCACACTTCACACACCCAAGACCTTGCCAACAAACGTGAACG CGCAACGCAACGCTTCTCTTCTCTCCACTCCATTTCCCTCCCCCAAATCGCGCAACCGTTTTCTCTCTCTCGTTCCTTCG TCGCTTCCTCCATCTCCATGGATGAACCCTCGCTGCAACTCGTCTCCGAAATCGGAACTCACATCGCTCAACGAACTCGT CCTAACAAAGACTTCATCGTCAAATCTCTCCGAGTAAGCTTCACCATTCCTTGATTACCTTCCATTTGCCCTAGTTTTTA CACCTTCACTCACAGTGTGTTCCATTTTGGGTATTTTTTCTGCTCAAATTCCATCCTATGAATCAATTGAATCACTGAAA ATTACTTTGATGACTGTGATTAGTTGGATATTTAGTCACTTTTGGTTTTGGATGAGTAGATTATTCGCTTTTCCTTGTCT CACAGTGATTTTCATCACTTCTTATAGTTATCTAAGATTCTGGTGTATGCTGTCTGAATTATCAATACTTCTGATCCTAT TTATCAGTACAGAGAGAAAAGAGAAGAAAGAAACTATGTTCCCATTCCCATTAATTCTCAATTGCAATAAAATTTCAACT GTACAGTAGTTAAAACGTCAAAGGGTAACTAGAAAAATTAACAATAATTCCAATAAATTGATTGTGTTTCTTGGTCTTTG CGTGGGTGTATTATGATTTTTGTTATTGTTGTTGATTGTTATGGTCTTGTGCAGAAAGCTGTAAATGCTTTGTCTCAGTT AGAGCAGTGTCCTCAGCCACGATCCGCCGAAAAAGTAGCAGCTGCATTGAAGCCCCTGGCAAATGCATTGGTTGGTGGTG GTCTGCTTCAACATGCGGATAAGGATGTTAGGCTTCTCGTTGCTATTTGTGTCGCTGAACTTTTTAGAGTCAATGCACCT 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AACTCATTTTCTTATTTATTTCCAGGGTAGAACAAGACGTAAAGTGTAAATATCATGCTGTTTTGACGCCTTCAGTTACA GACAGTGAACTCAAAAGACTGCATATTCCAATCAACTGAATTGTGCAGTCCCATTTTTAGAATACATACTCTTTCCCTCG TCCAGTCACCTTCCTCAGACTCAGAGCCTGATTGGAGAAAGTATTTAGTTAAAAACCTGATAAAATCCTGTAAATTATAG CAGCATGCTGAATTAAGACTGCACTGAAAATAGTTATTCTTGCGGTCATTAAACGCATTTTAGGGCAACATGTCTTTATC TGAACAGCAAAATTCTTCACATTATGCTCCACTGCACCCAATCTTGAGAAAATCACGAGCTTCTGTTAATGCTTTTCTTA ATCTGCTTAACTTTAATGTTTATAGTCAAAGGGTTTGTCTGATCTTATTATATATCCATTTAGACACGATTATAAGTTGT TATACCCCAGGTCACACGGAACCAAAATACATACTTTTTTTGTTATCTTGTTTATTTTTCAAAATTGTGATATTTGTACG CGTTTAATATATTAGACAAAAATAAAATGGGTATATTTCGTAAAATTATCAATTTCAGTTGCAATAATAAAAACAAATTC ATTCCGTTTCGAGTTTAACTTTTAAGATCCTGAATATTCAAG
CDS sequence (LotjaGi1g1v0160100.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGATGAACCCTCGCTGCAACTCGTCTCCGAAATCGGAACTCACATCGCTCAACGAACTCGTCCTAACAAAGACTTCAT CGTCAAATCTCTCCGAAAAGCTGTAAATGCTTTGTCTCAGTTAGAGCAGTGTCCTCAGCCACGATCCGCCGAAAAAGTAG CAGCTGCATTGAAGCCCCTGGCAAATGCATTGGTTGGTGGTGGTCTGCTTCAACATGCGGATAAGGATGTTAGGCTTCTC GTTGCTATTTGTGTCGCTGAACTTTTTAGAGTCAATGCACCTGAACCGCCGTTTAAAGCGGAGCATTTAAAGGATGTATT TAAACTTATCATCAGTTTGTTTGCGGATCTAGCTGACACTGCAAGTCCGTTCTTTTCGAAAAGGGTTAAAGTATTGGACA CTGTGGCTCAATTAAGGTGTTGTGTATTAATGCTGGAGATTAACTGCGTAGGCCTGGTTCTTGAGATGTTCAATGTTTTC TTCTCAGTTGTGAGAGACGACCACCATGATAGTTTGATTAGTGCCATGTCTTCTATAATGATAAACATATTGAATGAGAG TGAGGAGGCTTCTCAGCAACTATTGGAAGTGATTTTGCGAAATCTTATAAAGCGAAAAAAAGATGCAACTTGTGCTGCTT ATCAACTTGCTGCATCAGTCATCAAAGCCTGCACACAAGAAGACGAGCTGAATCTCCTAGTTTGTAGCTTTTTGACCTCT TGCATACATGACAGAGACACTGTGGGCTGTGAGCTTAAAGAATTTTACCATGAAATTATCTTTCAAGTTTTCCAATGTGC GCCTCAGATGCTTCTTCCTGTTATCCCAAGCTTAATTGAAGAATTATTGGCTGATCAGGTTGATATTAGGATTAAAGCTG TTAATTTGGTGGGGAAGCTTTTCGCACTTCCAGAACACCATGTTGCACACAAGTATCATGATCTTTTTGTGGAGTTCTTA AAAAGATTTTCTGATAAATCTGTGGATGTGAGAATTAGTGCTCTACAATGTGCCAAAGCTTTCTACATGGCGAATCCCTT TGGGAGAGAATCACATGAAATTATCACTTCAGTTGAAGATCGATTATTAGATTTTGATGACCGAGTGAGAATGCAGGCAG TTCTTGTTGCCTGTGATATTTGCAGCTCAAACCTGAAACTTGTTCCATCCAAACTACTGTCTCAAGCCACTGAAAGACTT CGGGATAAAAAGATATCTGTTAGAAAGAGGGCCTTGCAGAAGTTAATTGAAATATATCGAGACTACTGCAAGAAATGTAG TGAAGGAAGCATGAAAATAAGTGATCACTTTGAAGAGATTCCGTGTAAAATTATTATGCTTTGCTATGATAACGATAGTA AGGAGTTCAGGTTGCAGAATGTGGAATCTGTTCTTGCTGATGATCTATTTCCTGAGCATCTTTCTGTCGAAGAAAGGACA AAGCATTGGATACACATGTTTTCTCTTTTCAGTCCTTTTCACGAAAGGGCACTGGATAGTATTTTGGCTCAAAAAAGAAG GTTGCAAAATGAAATGAAAAACTATTTGGCCACACGGAAGAAATTTAAGGAAACTTGTTCTGAAGAAATACAGAAGAAGA TTGGAAGCATGTTTACAAAAATGGCTGCATCGTTCTCAGATTCTCACAAAGCTGAAGAGTTCCTTCATAAGTTAAACCAA ATTAAAGATAATAATGTGTTTAAATCACTTGAAAGATTGTTGGATGAACAAGATTTCACAATTGGACAAGCCCTCAAAGA TGATCTTCTGGTCATGATTGGAGACACCAATCCATATTATGAATTTTTAAGTTTACTCTTCTCCAAATGTTCATCAAACA TTTTCAGCTCAGAACATGTCCAGTGCATCTTAAATTATCTTTCCAATGATGATAGTGGAAATAAGGACTTGGAGGATTCT TCTGCAAATCTTCTGCTGGCTGTTGTTAGAATTTTCCCTTCAATGCTGAAAGGCTCGGAAAAGCAGTTCCAAACATTGTT GAAGAAGATGAATCCTATTAATGATAAACTGGTTGAGGTTATTGCAAAAGCAGGCTCTCACAGTGCTTTCAATCTTAGTG ATATTTACCCATTTCTTGAGGGAATGTGCTTGGATGGAACTCGAAGACAGGCCAAATTTGCTGTCTCTGCAATTACTGCC TTGAGTTCTAAACACTCAGTTTTCTTATACGAGAGACTAATTGATTCATTATATAGCCAAGAGAATGTCCCCACAATTTT GCAATCTTTGGGATGCATTGCACAATACTCTGTATCAACTTTTGATACTAGAGATGAAGAGATCACATCATATATTTGCC AGAAGATTATTCAAATGGAGCACATGGATGCTGGTCATGATGCAACATCCGTTTGTGATACCTCTCGGTGCAGTGAATCT TGTCAATTAAAGATTTATGGGCTGAAAACACTGGTAAAGAGTTTTTTACCCTATCAGGGGATCCATGTAAAGAAGGATAT TAGTGGACTGTTGGACATTTTAACACGAATGCTAAGGGAAAGTGATAGTTTTGTTAATGCAGATGCAGTCTCATGTGAAA ATGATAAGGCTCATATAAGATTAGCTTCTGCAAAGGCAATTCTTCGTCTTGCTAGGAAGTGGGATATACATATCACTCCA GAGATTTTTCGCTTCACTATTTTGATTGCGAAGGATACTTCTTCATTTGTAAGGAGCACATTTCTTTGTAAAACACACAA ATTGTTGAGGGAGCACAAACTACCTATCAGATTTGCCTGTGCTTTTGCGTTGGCAGTGACAGATTGCATTGAGGATCTGC AATTTCATATCTACAAATATATGGCAGATTTTATTAAGGATTACACTACAATAGCTCGTAAAAGACAAACTTCTGCTGTT CAAGGAGCAATTATTGATTTCCCTGCATACATTTTGGTCTTCTTGGTTCATGTGCTTGCTCAGATTAACAACTTTCAATT TGAAGTCTCTCAAGATGAAAAGTTGTGTGCTGACCTTTGTAGTCCACTCTTCTTTGTTCTGCAAGCATTAGTTGATCTCA GTATTGTTGATGGTGACCTGGACCTTGTTAATGAAGCTGTCTTATATCTATCGAGTATTTTTCGAGCAATCAGAAAAGCT GAAGATGCCGTTGATGCACAAATGACAACCAAGCTGCACATGCTGGCTGAAATTGGGCTATTTACCTTAAATTCATTAAA TCATGGTCGGATTTCTCTATCTCAAGCCCCACGACAAGTTTTGCTGCCTTCGTCGTTGTACAGAGTGGGAATCACTAAGA ATGATGCTAACTCAAAATGTCAGAAGTCCTTTTTTGAAGAAAGTTATCTAAGTAGAGTCTTTCACATGCTTAAAAGTTCA TGTGCCTCACAGGCATACGTTCAAAAGCCTGTGAAAGCAATTCCTAAGCATGCTCGCAAGGGTCAACATGATGTCCCAAA GTCCAATATTAGTATTTACGGCGTACTGGACTTGGTAACTAGCAAACCAGATGATTTGTTAAGGATGGATACAACAAATG ATAAAACTATGAGGCCCGATATTCCTTCAGGAAAAAGGAGAAAACACGTGCCTCTTTCTGTTTCTGGATCAATCAGTTTG CATGAATGCTCTACAATTGAGAAGCAACAAAATATAGCATTCAAACATGGTGAAAAGATTTCAGAGAGAAACCTGCTTTC ATCTAGTGATTCTGTGAGCTGTAAGGGTTCTCTGGCTGAATCACATGTGGTGACCCGTAAATCGAAAAGAGCTGCAGCTT TGGAGAATTCTGTGACAAGTAGCAAAGATACTGTTCAACATTCCAAATACCCTAGAACCAACCTCAGAGATACGTGTGGC TCAAAGAGACAAGATATACTGGCAGATGTATCAAATAAAAACAACTTCAGCCACGGTGATCCTACTGAACATTCTTCTCT CAGTAGTATAAAGAAAACTGCTGCTACAACAAGAGGCCTGGCAACCAAAGATGGAACATCACTGAATCAGGAGAATAGTG CAGCAAGTGTGCACGGAAGAGGAAAGGGCGCGGAGACATCAGCATCAGAAGTTGTCAACACGAATGCATACGCTGGTAGA ACAAGACGTAAAGTGTAA
Protein sequence (LotjaGi1g1v0160100.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MDEPSLQLVSEIGTHIAQRTRPNKDFIVKSLRKAVNALSQLEQCPQPRSAEKVAAALKPLANALVGGGLLQHADKDVRLL VAICVAELFRVNAPEPPFKAEHLKDVFKLIISLFADLADTASPFFSKRVKVLDTVAQLRCCVLMLEINCVGLVLEMFNVF FSVVRDDHHDSLISAMSSIMINILNESEEASQQLLEVILRNLIKRKKDATCAAYQLAASVIKACTQEDELNLLVCSFLTS CIHDRDTVGCELKEFYHEIIFQVFQCAPQMLLPVIPSLIEELLADQVDIRIKAVNLVGKLFALPEHHVAHKYHDLFVEFL KRFSDKSVDVRISALQCAKAFYMANPFGRESHEIITSVEDRLLDFDDRVRMQAVLVACDICSSNLKLVPSKLLSQATERL RDKKISVRKRALQKLIEIYRDYCKKCSEGSMKISDHFEEIPCKIIMLCYDNDSKEFRLQNVESVLADDLFPEHLSVEERT KHWIHMFSLFSPFHERALDSILAQKRRLQNEMKNYLATRKKFKETCSEEIQKKIGSMFTKMAASFSDSHKAEEFLHKLNQ IKDNNVFKSLERLLDEQDFTIGQALKDDLLVMIGDTNPYYEFLSLLFSKCSSNIFSSEHVQCILNYLSNDDSGNKDLEDS SANLLLAVVRIFPSMLKGSEKQFQTLLKKMNPINDKLVEVIAKAGSHSAFNLSDIYPFLEGMCLDGTRRQAKFAVSAITA LSSKHSVFLYERLIDSLYSQENVPTILQSLGCIAQYSVSTFDTRDEEITSYICQKIIQMEHMDAGHDATSVCDTSRCSES CQLKIYGLKTLVKSFLPYQGIHVKKDISGLLDILTRMLRESDSFVNADAVSCENDKAHIRLASAKAILRLARKWDIHITP EIFRFTILIAKDTSSFVRSTFLCKTHKLLREHKLPIRFACAFALAVTDCIEDLQFHIYKYMADFIKDYTTIARKRQTSAV QGAIIDFPAYILVFLVHVLAQINNFQFEVSQDEKLCADLCSPLFFVLQALVDLSIVDGDLDLVNEAVLYLSSIFRAIRKA EDAVDAQMTTKLHMLAEIGLFTLNSLNHGRISLSQAPRQVLLPSSLYRVGITKNDANSKCQKSFFEESYLSRVFHMLKSS CASQAYVQKPVKAIPKHARKGQHDVPKSNISIYGVLDLVTSKPDDLLRMDTTNDKTMRPDIPSGKRRKHVPLSVSGSISL HECSTIEKQQNIAFKHGEKISERNLLSSSDSVSCKGSLAESHVVTRKSKRAAALENSVTSSKDTVQHSKYPRTNLRDTCG SKRQDILADVSNKNNFSHGDPTEHSSLSSIKKTAATTRGLATKDGTSLNQENSAASVHGRGKGAETSASEVVNTNAYAGR TRRKV
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 7 | 1332 | 1326 | 0.0 | ||
| PANTHER | 7 | 1332 | 1326 | 0.0 | – | |
| SUPERFAMILY | 69 | 903 | 835 | 1.84E-21 | ||
| Gene3D | 182 | 421 | 240 | 1.3E-7 | ||
| CDD | 394 | 534 | 141 | 0.00773602 | – | |
| Coils | 498 | 525 | 28 | - | – | |
| MobiDBLite | 1170 | 1192 | 23 | - | – | |
| MobiDBLite | 1170 | 1187 | 18 | - | – | |
| MobiDBLite | 1252 | 1277 | 26 | - | – | |
| MobiDBLite | 1252 | 1275 | 24 | - | – | |
| MobiDBLite | 1320 | 1336 | 17 | - | – | |
| MobiDBLite | 1320 | 1365 | 46 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Biological process | Mitotic sister chromatid cohesion | The cell cycle process in which the sister chromatids of a replicated chromosome are joined along the entire length of the chromosome, from their formation in S phase through metaphase during a mitotic cell cycle. This cohesion cycle is critical for high fidelity chromosome transmission. |
Expression pattern of LotjaGi1g1v0160100.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…