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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi1g1v0202000 |
| Transcript ID | LotjaGi1g1v0202000.1 |
| Related isoforms 3 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | MMS19 nucleotide excision repair protein like; TAIR: AT5G48120.1 ARM repeat superfamily protein; Swiss-Prot: sp|Q0WVF8|MMS19_ARATH MMS19 nucleotide excision repair protein homolog; TrEMBL-Plants: tr|K7M923|K7M923_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi1g1v0202000 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr1:42848657..42860849) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
TACCTTCAAAAAGGGAAAACATTTTTCTTCTTCTTAAACCCTAAATACTTCACTCTGCTTCTCGTGCAATTGTTAAGTCT AAAACCCTCAGTTGGGTCTTCATTCATTCGTCGACGATGGCGGAAACGACTCAATTGACTCGCCACATTGAGGCCTACGT CGCATCTTCTTCTACTCCCACTCACCAGGTTCATTCCCTCACTCTATTCCTTCCTTTATGAACACTTCAATTTCCGAATC ACTTGATGTTTGAACAACACAACAATTACTTCTTCTGTTACCCATGATTCTCTATTCGCTTTGCTTTACTTTGCTAATCA TATGCTTATTCACTGCAGGCTTCTAGCTTAGACGCAATTGGGTATCTGGTAAATACCAATGCTTTAACTCTTGAAGCACT GGTACGTTTCACTTCACTTTCTCTGTTCTCTTTTCATGCGTTGTTGCTTAATTCGTAACATTGCTTGACTTGTCATGTTT TTGCTGTTTCAAATTTTAGGTTAGAGAGATGGAAATGTATTTGACCACATCAGATCACGTTGTTCGCTCAAGAGGTGTGT TTTCTTTGTTCATTTTGAAGGCATTTATTGCATATAACAACAGTCTTTTCGATTGAACTCTAGCTTAATTTGTTTGCTAA AATTCTGCCAAATAAAAGATTTTAGATATACTATGCGTGCATGTCTACAAACAGGCTTACATACATTCTCTACACATGCA TATAGATACCATTTACAGGCATTTTTATGATTGGATGTGAATTTTAAAAGCATGATTAGTGAATGCCTGAATGTCTAAAT GCCTGTTGGAAAAACTTCTTCAGGAATTCTTCTTCTAGCAGAGGTGCTTACTCGTATTGCATCGAAACCTCTTGGTAGTT CAACTATACATAGCTTGGCTGGGTTCTTCAATGAAAGACTGGTCAGTAGAAATATTTCTCCTGCTACATGACTTACTTTT 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TATTTGTTATTTGACCATAATTACACCCCGTGGATTGAGTTTATGCAGCTCTACTTTCCTTGTGTTCCTTGTTCAAAGAG TACGCTTAGATAAATCATTCTTCCTTTGGCTGGAGAGAACCATGTGTACTGTGTAGTGTCTCCGATTATTATGCAATGCA GATTTCACTTGTTTCTATCCATGGGGATTTATAATTTGTCATTGCCTGACCATATTAATAATTACCAGTTAATCATTTCA CATAATTCGTAGTTGCTGTGTAGTACTACTTTTGTTATACAGCAGTCAGAATGAATAAGTTGTCTAAATAGTCACCACAT ACTTTGATCAATTAATTTTGATGCCCAATTCTTATTACTTAGTTTTGGTATATGTCAGCTTGCTGGTTCCAGAGCGAACG GCTAAGCTAAAACTGTCCTGCTGCATTTCTGTAATCTGATTAGGTTTAAATGATTAGTCAGAATTCAAAACAAGTTTATT CAAATCTTTCTTGAGCGCTGGAGATTTATGTTTGTGTTAAATGCATGACAATAAAAGATTTACACTTTACAGCCGCTGCC TTGTGAATTTATTATATCTTTGCATAGCTGATTCCTTTTTTTCTTTTCTTACTGATGTACAGTGAAAGGTTTGCAGATAT TGGCTATGTTTCAGATAGATATTTTTCCAATACCAATATCAATATTTGAGAAGATTTTGGGGAAATTCATGTCAATTATC ATGGAGGGTTTAAACAGAACAGTATTATGGGAAGCAGCGTTGAAAGCATTATTTCATATTGGCTCGTTTGTTCAAAAGTT TCATGATTCTGAGAAAGCTATGAGCTACAGGCGTTTAGTTGTAGAAAAAATGGTGGAATTACTGTCGTTGGATGATGTTA CTCTGCCTTTTTCACTCAAAGTGGAAGCATTATCTGATATAGGCATGACAGGCATGAAATATATGCTAACAATTCTACAA 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TTCCTGCTTGTTCTTCAGGGTCGTCTTTATGCAATAATGAAAGTTATGAAAATATCTGTAGGCAGTTGCTCTGTGGAGAG TCAAAACATTATACTTCAAAAAGCTTACAGCATAATATCATCACACACTAACTTTCAGTTCAATGAAGTCGGAAGATCAC CCCTCACTCCTGAAAAATATGACATATCTCCTAGAGATGAAGGAATGCTTTCATTATTTGCATCAGTAACTATTGCAGTT TCCCCCAAAACACATATTCCAAATATAAGAGGAGTTCTGCGTTTATTTATAATAGCCCTCCTCAAGGGTGTTGTTCCAGT TGCACAGGCCTTGGGTTCTATGATTAACAAATTCATTTCAAAAGCCAACGATGCAGAGAACTTTAATGATCTTACCTTGG AAGAAGCTCTGGATGTTATATTCAGCACAAAAATATGGGTTTCTAGTACTGATGTGTTGCAGGGATGTAATGGAACAAAT AATGGGAGTGAAATGGTTCTTACTGATTTGTGCCTGGGCATTGCAAATGATAGATTACTTCAAACCAATGCCATTTGTGG GCTCTCATGGATTGGAAAAGGTCTGCTTCTGCGTGGTCATGAAAAGATTAAAGACATCACTATGATTTTTATTGAGTGCT TGATATCAGGAACAAAGAGTGCCTTGCCTTTGACCAAAGATTCCCTTGAAAATACTGAAGAGCAGAAATGGGATCCTTTG ATAATGAAATGTTCTGCTGATGCTTTTCATGTTCTTGTGAGTGATTCTGATGACTGTTTGAACAGAAAATTTCATGCCAT AATACGGCCTCTATATAAGCAGCGGTTTTTCTCTTCAATTATGCCTATCTTTCAGCAATTGATCACAAAATCTCTTTCTT CATTTTCCAGGTAAATGTACTGTTTCCTTTGTCTCTTAGAGGTGAAACTATTTTTTCTCCCAGTGGCATTTATGAGTAGC TTATTTTTTATTATGTTGATGCCTATTCAACTGGACTCGTGTCCCAGATCCCGCTATACATACAAACAATGCATTATTGC CAAAATGCCAATAAATTGTTCAACTTGGAGTTTTTCTCTGTGCCATCTCCCTTACGCCCACAAATGTCTAAACTGTTGTT TTCTACAATGTCAGATCTTTCTTGTATCGAGCCTATGCACATATCATCTCTGATACTCCGCAGATTGTTATAGTGAGTGA AGCTAAAAAGGTTAGTTTGAGAAATTTAAAGTATCAGCAAATACATATATTTGTCACACTAGTATTTCTTGATCAACTAC TTTTATTAATGTAAGTTTCCTTGCAAATTATGCAGCTCATACCAGTTCTGCTGAATTGCTTGTCCATGTTGACAGATGAT ATCCAAGATAAAGATATCTTGTATGGTCTGTTGCTAGTCTTATCTGGGATATTGACTGAGAAAAATGGTAATTGCAATTG TTGTTGTATTTAACTTAATGTTTCTTGTCAGAACTTCTAGGGTCAAGATATGGGTCAATAACTCGGTGCGAATTTCATGT TCTCCTATAGTGATTTGATTTATTTCCCTTTTGTTTCTCTTAATGATTTCGTTGTGGGAAAGAATTTGGATCATTCGAAG GATCAATTTCAATATTAATACGAATTTTCACAAAGATCTTGATCATTAGCCACCGTACCTGTGGCTAGATTGTGGTGCAA TATCTGGTATTGCAAATAGCCAAATACTGATGATTCGTTCCTTGCTGATGTGCTTGGTACTTTTATATAGCTTCAACTTT TGTTTTCACATCGTATTACCATGTTTGTCACAATTCTGTAGTGATGGTGACAATGATGTTATAATCTTTGGCAAGTAGAA AGAACGGCCATGAATGCTGTCTTAAATAAATTATGTTCATGCATGCAGGGCAAGAAGCTGTCACTGAGAATGCACATATT ATCATCAATTGTCTGATTAAACTGGTGGACTACCCTCATAAGACGGTATCAGAATTTTCCTTCCATGTTATTTACTGCTG AAATCTTCTGACTCAAGTTTTGTCCTAAGGCGACTGCATTGCCTGTTATGCGTGCCAGTTTGAGTGATTGAGATATGTTT GCAGTTCTGGACCACATTAGGGGGCCAGAAGAAGATGCCTAAACACCTTTTCCCAATTTTTTTTTTCTGTGGTGATAGAT ACACTCGGTGTATAGAACTGAAATGCACTAGAGTCCCTAACTAAAAATATGCCACATTTGAAAAGGAATACACATGTCAC CAGTGTTATTACACTATAGGTGTCCAAATGTCTGCAATCTTGACTAGCTATCTCAACCCTTCACCTTGAGAACAAGGTGA ATGTTCAAGGGAAGAGTATTGATAGATAACCACAGTTAGTTGGTTGTTTACTTGATTAGTTGTTTTTAGTTAGTTTGAGA ATAAGTTAGAGGGTGAGAGGAAATATTATAAATAAGAGAAAGTTAGAGAGCATTAGGCATCTTTTGGGGACCATTTTGTA GTTGGGAATATGAGAGTCCAGGTTCTCTCGAATAACCTGGGGGGTACTTGGATAACATCAGTGTTTTCTTTCTTCTTCTT TCGCTTGTTTCTGTCATGTTTCATTGATTGTTCAAAAGAAGTCTCAGTTCAAAGACAAGCTACATCAGAAAAACTTTCAA CCTATAGTTCTTAACTAATTCAATACTATGCACAAGATTTCTGCCAAAAACCATCACTTTGTTGACATTTTGTTGTCTAA ACTGATCAAAATCAGCAATGATGTTGATGGTGGATTTCTTCTTGTGCAGCTTGTTCGAGAGACAGCTGTTCAATGTCTTG TTGCCTTGTCTGTGCTGCCCCATGTACGCATCTATCCTATGAGAACACAGGTTTGTCAACCTTTTAGCTTGGAAGGATTA TTATTAGCTTTTTGACAATAATATCTTTGGTCTTCCTATTGATGATCTTTTTTTCTCTTCGAATTTTAATTTTTTGGGAA CATGGGTGTGAAATGTCTTTTTGTTATTCATACTATTTATGTTGGTCTTATCAGGTTCTACGAGCAATATCAAAGTGTCT TGATGATAGAAAGAGAGCTGTTCGCCTTGAAGCTGTCAAATGTCAGCAAGCATGGTCAGTACTTTAGTTTTTTTGTCTTT CAGGAATTTGTACAATTTTATAAGGTGCTAACTATGATATTTTCATCTTTTGCTGGACTATTTGATAGGGCATCAACTGC ATCCACAAGTCTTCGTTTCTGAAGTTCAAATTATAGCCAGCTTCCCTTGCTACTGGAAATGCTTGAGCAATGTTTTGTAA AATGAGACTAGTGTGATACTCATGCGATGCTCGGCATATATGACTAACAGTAAAAAATAGATGTCATATTTATTAAAATA TTGTAGCTCAAAATGAAATTCCTTAAACACATAAAAGTATAATATTTAATTCTCTAATCCTCGCATTACATATTTTCAAT ATCAAATTATTATACTTTAATATATGTACTCAGCTTTTAAGTGTTTACTCTAAAAATTATTTAAAAAATATATAAAAATG TACATAATAATAAATATAATTTTCAATTAGTGT
CDS sequence (LotjaGi1g1v0202000.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGCGGAAACGACTCAATTGACTCGCCACATTGAGGCCTACGTCGCATCTTCTTCTACTCCCACTCACCAGGCTTCTAG CTTAGACGCAATTGGGTATCTGGTAAATACCAATGCTTTAACTCTTGAAGCACTGGTTAGAGAGATGGAAATGTATTTGA CCACATCAGATCACGTTGTTCGCTCAAGAGGAATTCTTCTTCTAGCAGAGGTGCTTACTCGTATTGCATCGAAACCTCTT GGTAGTTCAACTATACATAGCTTGGCTGGGTTCTTCAATGAAAGACTGGCAGATTGGAGAGCAGTACGAGGTGCACTTGT GGGTTGCTTGGCACTGTTAAGGAGAAAAAGTGTTGTTGATAGTGATGCCAAAGCCATTGCTCAATCTATTTTGCAATACT TGCAAGTTCAATCTTTAGGGCAGTATGACAGGAAGCTATGTTTTGAACTGCTTCATTGCCTGCTAGAACTCTACTCTGAT GCGGTTGCTCCCCTGGGGGAGGACCTTATTTATGGAATTTGTGAAGCCATTGATACTGAAAAGGATCCGGAATGCTTAAT GCTTGCTTTTCATATTGTTGAGTCTTTGGCACAATTATATCCTGAACCATCTGGTCTACTTGGAAGCTTTGCTACAGATA TTTTTGCTATTTTAGAAGCTTACTTTCCCATTCACTTTACACATCCAAACAGTGGGGATATTCATATTCAAAGAGATGAC CTGTCAAGGGCTCTGATGTCTGCATTCTCTTCTACACCTCTTTTTGAACCATTTGTCATTCCTCTGCTTCTTGAGAAACT TTCTTCTTCACTACATTCAGCAAAGATTGATTCCTTAAAATATCTTAGAGAGTGCTCGTCTAAGTATGGAGCTGAGAGAA TATCAAAATATGCTAAGGCTATTTGGTCTTCATTAAAAGACACCCTATATACTTATTTGGGGGAGCCAGATTTCTCTTTT ACTCAAGCACCTGCCGGTGGTATTGGCTTCCCAAAGAGTGATATTGCAATAGAAGCTATGTCTCTTCTTCAGCAGCTTAT TGTGCAAAATAGCAGTTTGTTAGTTAGCTTGATAATTGATGATCAGGATGTCAACATGATTTTCAACACCATTGCCTCTT ATGATGTATACGATGCTATTCCTGAGCAAGAAAAGAAAAAACTACATGCTATTGGTCGTATTCTCTATATTACTGCAAAG ACTTCCATTACTTCCTGCAATGCCGTGTTTCAAAGTCTTTTTTCCCAAATGATGGACAATTCTGGATTTTCTGTTAGTAA TATTGATAGCTCGCTGAATGTTGATAGTATTCCCTCACAGAAAGTTAAGCTTGGCTTCCTTTATCTCTGCATCGAACTGC TTTCTGGATGCAATGAGTTAATTGTGTCTGAGGTACCAGCACTGCAGTATAATTCCAAGTCTGAGACATGTTGCGTGATA CTTCATAGTTTTTCAGCTCCATTATTTAATGCCTTTGGTTCAGTCTTGGCAGTAAGGGCTGATAGATGCCCTCTTGGTCC AGATATATACATTGGAGTGAAAGGTTTGCAGATATTGGCTATGTTTCAGATAGATATTTTTCCAATACCAATATCAATAT TTGAGAAGATTTTGGGGAAATTCATGTCAATTATCATGGAGGGTTTAAACAGAACAGTATTATGGGAAGCAGCGTTGAAA GCATTATTTCATATTGGCTCGTTTGTTCAAAAGTTTCATGATTCTGAGAAAGCTATGAGCTACAGGCGTTTAGTTGTAGA AAAAATGGTGGAATTACTGTCGTTGGATGATGTTACTCTGCCTTTTTCACTCAAAGTGGAAGCATTATCTGATATAGGCA TGACAGGCATGAAATATATGCTAACAATTCTACAAGGGTTGGGAGGAGCTGTATTTGCCAATCTATCCGAGGTATGTAGA AATGTAAGGTCTTCTGAAATTGCTATTCAGCTTTTGGAATGCTATTCTTGCAAGTTGCTTCCATGGATTCATGAAAATGG AGGTTCAGAAGAGTTTGTAGTGCAATTTGTTTCGGACATTTGGAGCCAAGCAGGAAATTATGTGGATTTGCGTGCCCCAT TTGAGAAGGGTCGTCTTTATGCAATAATGAAAGTTATGAAAATATCTGTAGGCAGTTGCTCTGTGGAGAGTCAAAACATT ATACTTCAAAAAGCTTACAGCATAATATCATCACACACTAACTTTCAGTTCAATGAAGTCGGAAGATCACCCCTCACTCC TGAAAAATATGACATATCTCCTAGAGATGAAGGAATGCTTTCATTATTTGCATCAGTAACTATTGCAGTTTCCCCCAAAA CACATATTCCAAATATAAGAGGAGTTCTGCGTTTATTTATAATAGCCCTCCTCAAGGGTGTTGTTCCAGTTGCACAGGCC TTGGGTTCTATGATTAACAAATTCATTTCAAAAGCCAACGATGCAGAGAACTTTAATGATCTTACCTTGGAAGAAGCTCT GGATGTTATATTCAGCACAAAAATATGGGTTTCTAGTACTGATGTGTTGCAGGGATGTAATGGAACAAATAATGGGAGTG AAATGGTTCTTACTGATTTGTGCCTGGGCATTGCAAATGATAGATTACTTCAAACCAATGCCATTTGTGGGCTCTCATGG ATTGGAAAAGGTCTGCTTCTGCGTGGTCATGAAAAGATTAAAGACATCACTATGATTTTTATTGAGTGCTTGATATCAGG AACAAAGAGTGCCTTGCCTTTGACCAAAGATTCCCTTGAAAATACTGAAGAGCAGAAATGGGATCCTTTGATAATGAAAT GTTCTGCTGATGCTTTTCATGTTCTTGTGAGTGATTCTGATGACTGTTTGAACAGAAAATTTCATGCCATAATACGGCCT CTATATAAGCAGCGGTTTTTCTCTTCAATTATGCCTATCTTTCAGCAATTGATCACAAAATCTCTTTCTTCATTTTCCAG ATCTTTCTTGTATCGAGCCTATGCACATATCATCTCTGATACTCCGCAGATTGTTATAGTGAGTGAAGCTAAAAAGCTCA TACCAGTTCTGCTGAATTGCTTGTCCATGTTGACAGATGATATCCAAGATAAAGATATCTTGTATGGTCTGTTGCTAGTC TTATCTGGGATATTGACTGAGAAAAATGGGCAAGAAGCTGTCACTGAGAATGCACATATTATCATCAATTGTCTGATTAA ACTGGTGGACTACCCTCATAAGACGCTTGTTCGAGAGACAGCTGTTCAATGTCTTGTTGCCTTGTCTGTGCTGCCCCATG TACGCATCTATCCTATGAGAACACAGGTTCTACGAGCAATATCAAAGTGTCTTGATGATAGAAAGAGAGCTGTTCGCCTT GAAGCTGTCAAATGTCAGCAAGCATGGGCATCAACTGCATCCACAAGTCTTCGTTTCTGA
Protein sequence (LotjaGi1g1v0202000.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MAETTQLTRHIEAYVASSSTPTHQASSLDAIGYLVNTNALTLEALVREMEMYLTTSDHVVRSRGILLLAEVLTRIASKPL GSSTIHSLAGFFNERLADWRAVRGALVGCLALLRRKSVVDSDAKAIAQSILQYLQVQSLGQYDRKLCFELLHCLLELYSD AVAPLGEDLIYGICEAIDTEKDPECLMLAFHIVESLAQLYPEPSGLLGSFATDIFAILEAYFPIHFTHPNSGDIHIQRDD LSRALMSAFSSTPLFEPFVIPLLLEKLSSSLHSAKIDSLKYLRECSSKYGAERISKYAKAIWSSLKDTLYTYLGEPDFSF TQAPAGGIGFPKSDIAIEAMSLLQQLIVQNSSLLVSLIIDDQDVNMIFNTIASYDVYDAIPEQEKKKLHAIGRILYITAK TSITSCNAVFQSLFSQMMDNSGFSVSNIDSSLNVDSIPSQKVKLGFLYLCIELLSGCNELIVSEVPALQYNSKSETCCVI LHSFSAPLFNAFGSVLAVRADRCPLGPDIYIGVKGLQILAMFQIDIFPIPISIFEKILGKFMSIIMEGLNRTVLWEAALK ALFHIGSFVQKFHDSEKAMSYRRLVVEKMVELLSLDDVTLPFSLKVEALSDIGMTGMKYMLTILQGLGGAVFANLSEVCR NVRSSEIAIQLLECYSCKLLPWIHENGGSEEFVVQFVSDIWSQAGNYVDLRAPFEKGRLYAIMKVMKISVGSCSVESQNI ILQKAYSIISSHTNFQFNEVGRSPLTPEKYDISPRDEGMLSLFASVTIAVSPKTHIPNIRGVLRLFIIALLKGVVPVAQA LGSMINKFISKANDAENFNDLTLEEALDVIFSTKIWVSSTDVLQGCNGTNNGSEMVLTDLCLGIANDRLLQTNAICGLSW IGKGLLLRGHEKIKDITMIFIECLISGTKSALPLTKDSLENTEEQKWDPLIMKCSADAFHVLVSDSDDCLNRKFHAIIRP LYKQRFFSSIMPIFQQLITKSLSSFSRSFLYRAYAHIISDTPQIVIVSEAKKLIPVLLNCLSMLTDDIQDKDILYGLLLV LSGILTEKNGQEAVTENAHIIINCLIKLVDYPHKTLVRETAVQCLVALSVLPHVRIYPMRTQVLRAISKCLDDRKRAVRL EAVKCQQAWASTASTSLRF
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 4 | 1132 | 1129 | 0.0 | ||
| SUPERFAMILY | 7 | 820 | 814 | 6.78E-20 | ||
| Pfam | 46 | 309 | 264 | 6.9E-81 | ||
| SUPERFAMILY | 533 | 1129 | 597 | 1.68E-14 | ||
| Pfam | 639 | 1068 | 430 | 2.2E-45 | ||
| Gene3D | 861 | 1135 | 275 | 1.5E-5 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Biological process | Protein maturation by iron-sulfur cluster transfer | The transfer of an assembled iron-sulfur cluster from a scaffold protein to an acceptor protein that contributes to the attainment of the full functional capacity of a protein. |
Expression pattern of LotjaGi1g1v0202000.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…