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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi1g1v0202000 |
| Transcript ID | LotjaGi1g1v0202000.2 |
| Related isoforms 3 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | MMS19 nucleotide excision repair protein like; TAIR: AT5G48120.1 ARM repeat superfamily protein; Swiss-Prot: sp|Q0WVF8|MMS19_ARATH MMS19 nucleotide excision repair protein homolog; TrEMBL-Plants: tr|K7M923|K7M923_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi1g1v0202000 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr1:42848992..42866235) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
CAGGCTTCTAGCTTAGACGCAATTGGGTATCTGGTAAATACCAATGCTTTAACTCTTGAAGCACTGGTACGTTTCACTTC ACTTTCTCTGTTCTCTTTTCATGCGTTGTTGCTTAATTCGTAACATTGCTTGACTTGTCATGTTTTTGCTGTTTCAAATT TTAGGTTAGAGAGATGGAAATGTATTTGACCACATCAGATCACGTTGTTCGCTCAAGAGGTGTGTTTTCTTTGTTCATTT TGAAGGCATTTATTGCATATAACAACAGTCTTTTCGATTGAACTCTAGCTTAATTTGTTTGCTAAAATTCTGCCAAATAA AAGATTTTAGATATACTATGCGTGCATGTCTACAAACAGGCTTACATACATTCTCTACACATGCATATAGATACCATTTA CAGGCATTTTTATGATTGGATGTGAATTTTAAAAGCATGATTAGTGAATGCCTGAATGTCTAAATGCCTGTTGGAAAAAC TTCTTCAGGAATTCTTCTTCTAGCAGAGGTGCTTACTCGTATTGCATCGAAACCTCTTGGTAGTTCAACTATACATAGCT TGGCTGGGTTCTTCAATGAAAGACTGGTCAGTAGAAATATTTCTCCTGCTACATGACTTACTTTTCAGAGTTCTTGGTTG GGGAACTTTTTAAGTGTTTATTCTAGTCTGCTTCTGTCTATGGCTTTCTTATTCCCTATTCGTACCATTCCTTTCCATCT TTATTTTAATGTCATGGGGTCTGCACTCATAGTCCAAAGCTTGCTTGAATTGTGTTGATGTCATTGTGGAAATGGATATA TTTGATGCTATCAAGCACCGGTTATCCCAAAGCTTAATCTATTGGGTGAAAACACATGAACAATTTTTATATTATATTTC TCACAAACCCCCTCATACAAGAGCCCCTGGGATTGAAATATGAACAATGCACATACCCACAAATATTGAGCTGAAATTCA 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CTCTGATACTCCGCTGATTGTTATAGTAAGTGAAGCTAAAAAGGTTAGTTTGAGAAATTTAAACTATCAGCAATTACATA TATTTGTCACACTTAAGAATTTCTTCTACTGAGTTGGCTTTTCTTGATCAACTACTTTTATTAATGTAAGTTTCCTTGCA AATTTTGCAGCTCATACCAGTTCTGCTGAATTGCTTGTCCATGTTGACCGAAGATATTCAAGATAAAGATATTTTGTATG GTCTGTTGCTAGTCTTATCTGGGATATTGACTGAGAAAAATGGTAATTACTAATTACAATTGTTGTAGTATTTAATGTTT CTTATCAGAACTACTAGGGTCAAGATATGGGTCAATAACTCAGTGCGAATTTCACGTTCTCCTATAGTGATTTGATTTCT TTCCCTTTTGTTTCTCTTAATGATTTCATTGTGGGAAAGAATTTGGATCATTCGAAGGATCAATTTCAATATTAATAAGA ATTTTCACAAGGATCTTGATCATTAGCCAACGTACCTGTTGCTAGATTCTGGTGCAATATCTGGTATTTACAAATAGCCA AATACTGATGATTTGTTCCTTGCTGATGTGCTTGGTACTTATATAGCTTCAACCTGTGTTTTCATATCGTATTACTATGT TTGTCACAATTCTGTAGTGAAGGTGATAATGATCATGTAATCTTTGGCAAGTAGAAAAAACGACCATGAATGCTGTCTTA AATAAACTATGTTCATGCATGCAGGGCAAGAAGCTGTCACGGAGAATGCTTATATTATCATCAATTGTCTGATTAAATTT GTGGACTACCCTCGGAAAACATGTGTATCAGATTATTGAACTTCTATTTGTATATTTAGTCCTAAAATTATATAGAAGCT CTTTACCCTATTATTTGAATAATAATAAAAGTACTGATATTATA
CDS sequence (LotjaGi1g1v0202000.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGAAATGTATTTGACCACATCAGATCACGTTGTTCGCTCAAGAGGAATTCTTCTTCTAGCAGAGGTGCTTACTCGTAT TGCATCGAAACCTCTTGGTAGTTCAACTATACATAGCTTGGCTGGGTTCTTCAATGAAAGACTGGCAGATTGGAGAGCAG TACGAGGTGCACTTGTGGGTTGCTTGGCACTGTTAAGGAGAAAAAGTGTTGTTGATAGTGATGCCAAAGCCATTGCTCAA TCTATTTTGCAATACTTGCAAGTTCAATCTTTAGGGCAGTATGACAGGAAGCTATGTTTTGAACTGCTTCATTGCCTGCT AGAACTCTACTCTGATGCGGTTGCTCCCCTGGGGGAGGACCTTATTTATGGAATTTGTGAAGCCATTGATACTGAAAAGG ATCCGGAATGCTTAATGCTTGCTTTTCATATTGTTGAGTCTTTGGCACAATTATATCCTGAACCATCTGGTCTACTTGGA AGCTTTGCTACAGATATTTTTGCTATTTTAGAAGCTTACTTTCCCATTCACTTTACACATCCAAACAGTGGGGATATTCA TATTCAAAGAGATGACCTGTCAAGGGCTCTGATGTCTGCATTCTCTTCTACACCTCTTTTTGAACCATTTGTCATTCCTC TGCTTCTTGAGAAACTTTCTTCTTCACTACATTCAGCAAAGATTGATTCCTTAAAATATCTTAGAGAGTGCTCGTCTAAG TATGGAGCTGAGAGAATATCAAAATATGCTAAGGCTATTTGGTCTTCATTAAAAGACACCCTATATACTTATTTGGGGGA GCCAGATTTCTCTTTTACTCAAGCACCTGCCGGTGGTATTGGCTTCCCAAAGAGTGATATTGCAATAGAAGCTATGTCTC TTCTTCAGCAGCTTATTGTGCAAAATAGCAGTTTGTTAGTTAGCTTGATAATTGATGATCAGGATGTCAACATGATTTTC AACACCATTGCCTCTTATGATGTATACGATGCTATTCCTGAGCAAGAAAAGAAAAAACTACATGCTATTGGTCGTATTCT CTATATTACTGCAAAGACTTCCATTACTTCCTGCAATGCCGTGTTTCAAAGTCTTTTTTCCCAAATGATGGACAATTCTG GATTTTCTGTTAGTAATATTGATAGCTCGCTGAATGTTGATAGTATTCCCTCACAGAAAGTTAAGCTTGGCTTCCTTTAT CTCTGCATCGAACTGCTTTCTGGATGCAATGAGTTAATTGTGTCTGAGGTACCAGCACTGCAGTATAATTCCAAGTCTGA GACATGTTGCGTGATACTTCATAGTTTTTCAGCTCCATTATTTAATGCCTTTGGTTCAGTCTTGGCAGTAAGGGCTGATA GATGCCCTCTTGGTCCAGATATATACATTGGAGTGAAAGGTTTGCAGATATTGGCTATGTTTCAGATAGATATTTTTCCA ATACCAATATCAATATTTGAGAAGATTTTGGGGAAATTCATGTCAATTATCATGGAGGGTTTAAACAGAACAGTATTATG GGAAGCAGCGTTGAAAGCATTATTTCATATTGGCTCGTTTGTTCAAAAGTTTCATGATTCTGAGAAAGCTATGAGCTACA GGCGTTTAGTTGTAGAAAAAATGGTGGAATTACTGTCGTTGGATGATGTTACTCTGCCTTTTTCACTCAAAGTGGAAGCA TTATCTGATATAGGCATGACAGGCATGAAATATATGCTAACAATTCTACAAGGGTTGGGAGGAGCTGTATTTGCCAATCT ATCCGAGGTATGTAGAAATGTAAGGTCTTCTGAAATTGCTATTCAGCTTTTGGAATGCTATTCTTGCAAGTTGCTTCCAT GGATTCATGAAAATGGAGGTTCAGAAGAGTTTGTAGTGCAATTTGTTTCGGACATTTGGAGCCAAGCAGGAAATTATGTG GATTTGCGTGCCCCATTTGAGAAGGGTCGTCTTTATGCAATAATGAAAGTTATGAAAATATCTGTAGGCAGTTGCTCTGT GGAGAGTCAAAACATTATACTTCAAAAAGCTTACAGCATAATATCATCACACACTAACTTTCAGTTCAATGAAGTCGGAA GATCACCCCTCACTCCTGAAAAATATGACATATCTCCTAGAGATGAAGGAATGCTTTCATTATTTGCATCAGTAACTATT GCAGTTTCCCCCAAAACACATATTCCAAATATAAGAGGAGTTCTGCGTTTATTTATAATAGCCCTCCTCAAGGGTGTTGT TCCAGTTGCACAGGCCTTGGGTTCTATGATTAACAAATTCATTTCAAAAGCCAACGATGCAGAGAACTTTAATGATCTTA CCTTGGAAGAAGCTCTGGATGTTATATTCAGCACAAAAATATGGGTTTCTAGTACTGATGTGTTGCAGGGATGTAATGGA ACAAATAATGGGAGTGAAATGGTTCTTACTGATTTGTGCCTGGGCATTGCAAATGATAGATTACTTCAAACCAATGCCAT TTGTGGGCTCTCATGGATTGGAAAAGGTCTGCTTCTGCGTGGTCATGAAAAGATTAAAGACATCACTATGATTTTTATTG AGTGCTTGATATCAGGAACAAAGAGTGCCTTGCCTTTGACCAAAGATTCCCTTGAAAATACTGAAGAGCAGAAATGGGAT CCTTTGATAATGAAATGTTCTGCTGATGCTTTTCATGTTCTTGTGAGTGATTCTGATGACTGTTTGAACAGAAAATTTCA TGCCATAATACGGCCTCTATATAAGCAGCGGTTTTTCTCTTCAATTATGCCTATCTTTCAGCAATTGATCACAAAATCTC TTTCTTCATTTTCCAGATCTTTCTTGTATCGAGCCTATGCACATATCATCTCTGATACTCCGCAGATTGTTATAGTGAGT GAAGCTAAAAAGCTCATACCAGTTCTGCTGAATTGCTTGTCCATGTTGACCGAAGATATTCAAGATAAAGATATTTTGTA TGGTCTGTTGCTAGTCTTATCTGGGATATTGACTGAGAAAAATGGGCAAGAAGCTGTCACGGAGAATGCTTATATTATCA TCAATTGTCTGATTAAATTTGTGGACTACCCTCGGAAAACATGTGTATCAGATTATTGA
Protein sequence (LotjaGi1g1v0202000.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MEMYLTTSDHVVRSRGILLLAEVLTRIASKPLGSSTIHSLAGFFNERLADWRAVRGALVGCLALLRRKSVVDSDAKAIAQ SILQYLQVQSLGQYDRKLCFELLHCLLELYSDAVAPLGEDLIYGICEAIDTEKDPECLMLAFHIVESLAQLYPEPSGLLG SFATDIFAILEAYFPIHFTHPNSGDIHIQRDDLSRALMSAFSSTPLFEPFVIPLLLEKLSSSLHSAKIDSLKYLRECSSK YGAERISKYAKAIWSSLKDTLYTYLGEPDFSFTQAPAGGIGFPKSDIAIEAMSLLQQLIVQNSSLLVSLIIDDQDVNMIF NTIASYDVYDAIPEQEKKKLHAIGRILYITAKTSITSCNAVFQSLFSQMMDNSGFSVSNIDSSLNVDSIPSQKVKLGFLY LCIELLSGCNELIVSEVPALQYNSKSETCCVILHSFSAPLFNAFGSVLAVRADRCPLGPDIYIGVKGLQILAMFQIDIFP IPISIFEKILGKFMSIIMEGLNRTVLWEAALKALFHIGSFVQKFHDSEKAMSYRRLVVEKMVELLSLDDVTLPFSLKVEA LSDIGMTGMKYMLTILQGLGGAVFANLSEVCRNVRSSEIAIQLLECYSCKLLPWIHENGGSEEFVVQFVSDIWSQAGNYV DLRAPFEKGRLYAIMKVMKISVGSCSVESQNIILQKAYSIISSHTNFQFNEVGRSPLTPEKYDISPRDEGMLSLFASVTI AVSPKTHIPNIRGVLRLFIIALLKGVVPVAQALGSMINKFISKANDAENFNDLTLEEALDVIFSTKIWVSSTDVLQGCNG TNNGSEMVLTDLCLGIANDRLLQTNAICGLSWIGKGLLLRGHEKIKDITMIFIECLISGTKSALPLTKDSLENTEEQKWD PLIMKCSADAFHVLVSDSDDCLNRKFHAIIRPLYKQRFFSSIMPIFQQLITKSLSSFSRSFLYRAYAHIISDTPQIVIVS EAKKLIPVLLNCLSMLTEDIQDKDILYGLLLVLSGILTEKNGQEAVTENAYIIINCLIKFVDYPRKTCVSDY
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Phobius | 1 | 732 | 732 | - | – | |
| Pfam | 1 | 261 | 261 | 5.7E-80 | ||
| PANTHER | 1 | 1025 | 1025 | 9.9E-264 | ||
| SUPERFAMILY | 4 | 1001 | 998 | 2.55E-15 | ||
| Pfam | 590 | 1019 | 430 | 2.2E-44 | ||
| Phobius | 733 | 753 | 21 | - | – | |
| Phobius | 754 | 1032 | 279 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Biological process | Protein maturation by iron-sulfur cluster transfer | The transfer of an assembled iron-sulfur cluster from a scaffold protein to an acceptor protein that contributes to the attainment of the full functional capacity of a protein. |
Expression pattern of LotjaGi1g1v0202000.2, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…