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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi1g1v0265500 |
| Transcript ID | LotjaGi1g1v0265500.1 |
| Related isoforms 4 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | VAC14-like protein; TAIR: AT2G01690.1 ARM repeat superfamily protein; Swiss-Prot: sp|Q9ZU97|VAC14_ARATH Protein VAC14 homolog; TrEMBL-Plants: tr|A0A072VR25|A0A072VR25_MEDTR VAC14-like protein; Found in the gene: LotjaGi1g1v0265500 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr1:64847742..64886568) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
CGTTTCTTTTCTTCTTTCATTCAATTTCCATTTCAAAGCTTTGGCCTTTGTGTGTTGTGCTGTGTTTTCCTTCACGTAAA CGCCGTTAGAAGCTGTCTATTTTCCATCCATCCATTTTCAAATTCCATTTCTCCCTTCATTTTCATCCCTCCTTTTTCTC TCCCTTTTCCCTTTCTCTTCCACTCTAGGGGTTTTCAATCTTCCTCAAATTCCCAATTCAACGACGTCGTTTCAAGATGA TACCCCCGGGCCTCGAAGCGCTTCTCAACCGGAAACCCCCCAAGAACCGCCGCAAGAACCACCGCAGTCCACAAACGAAA ACGCTTCTTCCGGCGAGGAACCTCTCGAATTTGGTCACAAACAGCGATGGGGTTGAATCCCCTGGCCTCTACAATGTCCG CAATGTCTGCGTTCCTCAAAGCTTGGTTTGTGGGTTCTTGCTATATTTGGTTTGTGGGTTCTCATGGGTTTGCGTTTCTC CAACAACCATGGTGGACGCTCTCTTGGTGGTTACGGCAGCCGTGCTCTGCACCCTCGCCGACGAGAAGCGCAAGAATGCT GCCCTCGAGGTTTTTCGATTTCCCTTTTCCTTTTCCTCGAGGTTAATAATGCAATTGCAATTTGGGGAATGCTTAGGGTT TTGTGGTGCGGGTTCTTGGAAATAGGTTAATGCAATACTGAAGCAGCTTGCTACTGCTGGAGATCATGGCTTGCTACTGC TGGATAACTGCTGTGATCAATTTGCTGACTACAGAATACACTTATTATTCCAGTTGATTCTAGTTGGAAGTAATAATTTG AGCATGTTATTTTTTTTAGGGAGGGTTAATAGGCTTGGCTGCATGAAGCTTTAAGGTTTGCCCACTAGTTACTGGAATGT ATAGTTTTTGAAGTCTGTATTTTTTTTCTTTTATTAGGGTTAATAGGCTTGGCTGCATTTAGAGGTGTATAATGATATCT 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AAAAAGGGCAAACGTCCTACATGTTTTCGTGCATGAATTCTTACAAAGATACTTTGCCCATTTATGATAATTCTTTTCCA GCTTTCCCCAAGTATTTTACACATGTGCCCTTATCGTTACATAATATGCAGGAATCTATTGGACGCTTTTCTCATACTAG TGCCTCTTTAGAGCATCTCCAATGCTAGTTCTTATTTCTTAGTTCTTAACATTATTCATGTGGGCCCGTATTGCCACATG TGTTTAAGCAACTCTCAAGCAATTTTGCTCCAACCATGAGTCCTTAGTTCTTAGTTCTTACCACTATTCATTTGGTCTCA CCAACCACATTATTTATACTTTTTATTTTCATAAAATAATAAAACAAAACTCATAAAGTAATAAAGTAATTTGAATGAGA GAGAATTAATTAATATTTTAAGCTAAGAACTCAAAAAGCAAAACTCCATATATAAGAACTGAGTTCTTATTTTTAAGAAC TAAGGAGTCCATGTCAGCACCTCCAATGGTAAAGTTCTTAGTTCTTAGTTCTTAACTCCAAAATAAGAACTAAGAACCTT GCATTGGAGATGCTCTTAACTCTTATTTCTTCATTTGATCTTATTAGTTGGATGAAACTTATATACTTTATTTTGAATTT TTTTTCAATCCCTTAAACAAACACTACCTTGCTTACCAATATACCAACATCTTATTAGTATTTTTCTTTTAAATTTCATT TTTTCTTAGAATGTTATATTTTAAATTAGTTTAACATCCTAACTTGAATCAAACAACAACTAATCGAGTAGGTCAAGAAC TCAATATTGAAAAAAAAAATGAACCTTGAACCTGTACAAACGCAATTAACATGAACGTTTTTTTGGTAGTTTAGATTCAT TTTACTCTTAAAAATCTCTCTATGCTAGGGATGGCAATGGGTAGGATCGGGCACGGGTTTTACAATTACCAAACCCAAAC CCAAATCCCAGAACCCAAACCCAAACACAAACCTTATGGACGATAAAATGAAATTCATGGCCAAATTCATTGGGTTTCGG ATTTACCCGAAACCCAAACCCATTAGTTACATAGCAACTCAATCCAAAACTTACTTTCATATAAAAAAAAAGTGAAATTC ATAGAAAAAAAAAAAAAAAATACTATTCATCATCCTCATCCATCGCTAAAGTGAGACAATAGTTTAGAGTTTACTTTCTC AAACATACAAAAGTACAATTAATCATCAAACACTAAGAACAAAGTTTATAAATATATATATGCATGAGGGTTTTTTTGTA ATTTTGTTTTCAGGTATCTTTGGGTTCGGGTTTGGGCGGGTATGGGCACGGATTTAACTAATATCAAACCCAAACCCATA AATGGCTACAGTAACGGGCAAAACCCAAACCCAAATCCAGTCAACTCGGATTTTGCCCGTCAAATCGGATCGGGTTTGGG CGGGTACCCATGGGTTTGGGCAAAATTGTCATCCCTACTCTATGCTCGCCTCATGCATAACAGTCTCGTGGTAGCTTTAG TGCTTGTATCTGGGTGGGTCTTATAAGCATACGACTCACCCAGTCCACCAGCCCATAGACATTGTGCTCGAAGTATGAGA GCAAAGATGTCTTTATGTTCTTGGGCTAAATTCAAGTTACGTGAAGACATGCTTTGAGGATAACCCTTTGCTTAGCGGTC ACGACCAATACCCTAGAGTGTCCATACATACAGATAGGATTCTTCTTTAGAATCAACTTTTACCCCGTTGTCGTGGCGCC TACAACATCAATTAATTCTTTAGGATTCTTCTTTACACTCTCATTTTCCTACACAAATTTTATGTAAACATCAATTAATT AAATTTATGATCAAGTTATCCCTGCTAGTCGGCTCATGCCCTTCATCCAGGTTTCATATGTGAAGCAATCGACAGATCCT TTCAACCCAAAGGTCATCTTAATTGTTGACACATGCGACGCGAGCCCCGAGACTTTGCCATCATTAGCATTGATGGCGTT TACTCTATCATGTGTGACCTAAGGAATCACCTCGTTTGGTGAAACCCCATGGGTTAAGACATGATGGTTCGCCCCCTTCT CGCTCTTTAATCCCTTTCTCTATAAAAGCCAAGTCATCTTCATTTCAAACCCGATTCCTTGACCGCCAAGATAGTTTGTT TTCCTTTCTCCCCTGTCAAGCATGATTCATCACTGTCCTTTCTTCTCCTCTCCAGTTTGTTTACTCCATCTTCTCTACTT TTCTTTCCATTTGAATCGTATGTTCATCTTTTCTTTCATCTGTTCATCTTCTTTTTCTTAAAAACCCCCTAGAAACTTTC CTGAGATTTGACTGGTAGACTTAAAATAGGTAACAAATCAATGTCAGTCTATATGGGGTCTCTCCGATGCTAGACTGCAC TATTGTGTTATAAACGCACATAACTCTTGGTAATTCTTCAGCCCACAAAACCTTTGCCTAAGAGGGACATTTGTTTTAAC TAGAACGTGAAAGCTTTGCAAGTAAGGTTGTAGAAGCCTTGCTGTTATCAGCACAACCAATGAGACCTTTTCAATCTTCT GATATCGAATTTGAGAACCTAGATCTATCTTTACTTTAGATGATCTTCTTGACTTGAACCTTGTAGATGATATGATTTTA AGGATTCTTTTATTCCATTATTTTCTTCAATAAATAATCTTTCATATAGGCTAGATAGTCTTATGTGAATGAACTTAGCT CATCGTCACAGAATAAATCCTTTATATGACTTTGAGTGCTTATGGTTGCTTTGTATGATAGATATTGTAGCTTGTATCTT CATCTATATGACATGTGATATTTCGTACCTATTATCGATTAAGATTTTGAGTGACATTATATTGTTAGCTTTTATAACTT TGCCTTCTGTCATCATTAAAACTAATAACAAGGCTTTTTCCATAACAAATATTTCATGTAGCTCAATATTGTAATTGTGT TTAAAAATAATTTTCAAACAATATGAAACATTGTACATATAATAGGCTAGTTGTGGAGCCACCCTAGGTATTGGTCGTGA CTGCCATTGGAAGGGTTTTCTCCAATTTTTCGCTATAGTTCAGGGACCCCAAATTTATTTAACCCTATGTTTTTCTAATA CACTTCAAGAACCGATTCTTAGGCTGGTCTTAAGCCAACCATTGCTGTCAATGAAGCTAAAACTTATCATCCAATTAATT GTTGATAAACCCAATTTCCCAGTCCATTTGATTCGCTGGGAAGAGCTAGAACCTGGTCCAAAATTGTTATACTTTGCGAA TATTGGGTGACCCCTGTAAAATTAAAA
CDS sequence (LotjaGi1g1v0265500.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGCTGAAATTCTGGTCCAGAGGGCAGGTTCTCCAGATGAATTTACGAGGTTAACCGCTATCACATGGATAAATGAGTT TGTCAAACTTGCAGGAGACCAGCTTGTTCCATATTATGCTGACATTCTTGGAGCCATTTGGCCTTGCATATCCGATAAAG AGGAGAAAATTAGAGTGGTTGCTCGGGAAACCAATGAAGAGTTACGAGCAATCAAGGCTGATCCAGTAGAAGTTTTTGAT GCAGGAGCAATCCTATCCATTACTAGGAGGCAACTGTCTAGTGAATGGAAAGCCACTCAAATTGAAGCATTGCATTGGAT ATCAACCCTTTTAAGCATACATTGTACTGAGGTTTTGACATACCTTGATGACATATTTGACACCCTACTCAAAGCACTTT CCGATCCATCTGATGAGGTCTCTCAAAGTGCCTAG
Protein sequence (LotjaGi1g1v0265500.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MAEILVQRAGSPDEFTRLTAITWINEFVKLAGDQLVPYYADILGAIWPCISDKEEKIRVVARETNEELRAIKADPVEVFD AGAILSITRRQLSSEWKATQIEALHWISTLLSIHCTEVLTYLDDIFDTLLKALSDPSDEVSQSA
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 1 | 140 | 140 | 3.5E-83 | – | |
| PANTHER | 1 | 140 | 140 | 3.5E-83 | ||
| SUPERFAMILY | 3 | 144 | 142 | 3.96E-18 | ||
| Gene3D | 4 | 144 | 141 | 3.4E-6 | ||
| Coils | 141 | 144 | 4 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Biological process | Phosphatidylinositol biosynthetic process | The chemical reactions and pathways resulting in the formation of phosphatidylinositol, any glycophospholipid in which the sn-glycerol 3-phosphate residue is esterified to the 1-hydroxyl group of 1D-myo-inositol. | ||
| Cellular component | PAS complex | A class III phosphatidylinositol 3-kinase complex that contains a phosphatidylinositol-3-phosphate 5-kinase subunit (Fab1p in yeast; PIKfyve in mammals), a kinase activator, and a phosphatase, and may also contain additional proteins; it is involved in regulating the synthesis and turnover of phosphatidylinositol 3,5-bisphosphate. In mammals the complex is composed of PIKFYVE, FIG4 and VAC14. In yeast it is composed of Atg18p, Fig4p, Fab1p, Vac14p and Vac7p. |
Expression pattern of LotjaGi1g1v0265500.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…