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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi1g1v0313100 |
| Transcript ID | LotjaGi1g1v0313100.2 |
| Related isoforms 1 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Transposon protein, putative, CACTA, En/Spm sub-class; TAIR: AT5G41980.1 nuclease; Swiss-Prot: sp|Q9M2U3|ALPL_ARATH Protein ALP1-like; TrEMBL-Plants: tr|A5BND9|A5BND9_VITVI Putative uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi1g1v0313100 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr1:75730811..75737523) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
GTTTTTTGGTGTTTGGCTTTGAGGTACCCCTAGTACCTCTTCATATATATTATACTTTTGCATACCAAAAAAAAACTCAA AGATATGACATCTAACTTTGTGAAATTGGACAAGTTTGATGGAGACAATTTTAACCGATGGTAGAAAAAGATGCAATTCC TCCTTACAACCTTGAAAGTGGTGTATGTTCTGAACACCACAAGACCATTAGAGAAGGACAATGAAACCATGACTGAAACA AGAGGAAGATCAAATGGGATCAATCACACATATGAATAGAGGTTAGTACCCACAACCTTTCTAACTTGTGAAGACTATAA ATTCTTAAGACTCATCTTCTACATGCTTTAGTATGATTAAGTTTACATGTGATATCATAGCATGTGTTAGAGAATTGGTA GTTTTCCTTTAATGGTGATTTTGAACCATGGATAATGTCTTGAAATTTCTATTAATGTTTTTGAGAACTTAAGTATATTG ATTTTCTGCTGCATGAGATTATGTGATTGCTGCAATATAAAATTATTAATGTTCATGTTTGAATTTGTTTGATTTTCATT CCTTATACATGAATGAATGATGTTATGATATTAGAGTTAATTGTTTATATCATAAGAACACATAATTTTTTATGATTTCT GCTGCATAATTGCAAAATGAATTGAGTTGTAATGATTGACATCATCTATGTGATGTACATCAGTTGATGATATTTATTGT CATAAATTTACTGAAAATCTACTGTGATAGTGATGTTTTGGAAATGGACTCAAATATGGGTAATAAAACTTGAAAACTAG TAGATCTTCTACCAGGACCCAAACCAATAGGTTGTAAATGGATTTTTAAAAGGAAAATGAAAGTTGATGGCACTATTGAT AAATTTAAGACTAGACTTATTGCTAAAGAATTTACACAAAATTAAGGTATTGATTATTTTGATACTTATGCACCTGTTGC AAGAATTGCATCAATTAGAGTGCTATGGGCACTAGCTTCCATTTATAAATATGCAATTCATCAAATGGATTTTAAAACTG CTTTCCTAAACGGAGAGTTGGATGAAGAGGTGTATATGAAACAACCTGAAGGGTTTGTTACCAAAGGACAAGAACATAAA ATGTGTAAATTGACTAAGTCGTTATATTCGTTAAAACAAGCACCCAAACAATGGCACAAAAAGTTTGCTTAAGTTGTGCT TGCTAATGGATATAAAATAAATAAATCTGAAAAATGAATAGTAAATTTCAAAATGGAAAAGATGTTATGATTTGTTTATA TGTGTATGATATATTAATCTTTGAGACTAATTTAAATGATGTAGAAAAGACTAAATCTTTCCTATCCAAAAGTTCTGATA TGAAAGATCAAGGTGAAACAGATATGATTTTAGGAATTAAAATCATAAGAGATGGTGAGAGTATTGGTTTATCCCAATCT CACAATATTGAGAAAGTACTTAAGAAATTTGATCATTTTGATTGCAAATCAGTTTCTGCCCCTTTTGATCAAAATACTAA TTTACAACCACATAAGGGATGTCCTATAGCACAACTTGAATATTCAAAGGCAATCAGATGTTTAATGTATGTCATGACCT GAACTAGACCTGATATTGCATATGTTGTTGTTAGGTTAAGTCGATATACATGTAATCCAAGTAAAGATCATTGGCATGCT GTTAATAGAGTATTGAAATACTTGAAAGGGACAATTGATTATAGTTTGACCTATAATGGTTATCATTCAGTTTTGGAGGG ATATACAGATGTCAGTTGGGTAACTTATGTAGAAGATCATGCTTCCACTAGTGGATGGAACTTCAACCTTTGTGGAGGTG CAGTTTCTTGGGGTTCAAACAAACAAATTTGCATTGCCGACTCCACCATGGCTGCAGAGTTTATTGCTCTTGCTACAGGT 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GTCACGTTCCTCTTCTAGCTTCCTCTCTTTGACGACTTGATTCATCTTCTTCCTCTTCTTTCTCCTCCATTATCAAGTAA GTTATTTTTCTCCATGGATATTTTACAATTTCTCACCTTATAATCTCTTCTGTTTTCTTTCATCGTTTACATCATCCTTG TTATGAAAATTGTTAATTTTCTTATATTGAAAATTGTTTGAGTAGTTTCTTTGTGTGGGATTTTGTTGGGTAAAATTCAT ATGTTGTGATGCCTCTGTGCATCGAGGGGGCAGTGGGGTGCCTATGTCCAATTCATATGTGGTTGATATTGTCTTCATAG AGGGGAATCTCTGTGGGTGTATGGTGATTAGAATTGTCTGGCTTAAATCAGTTTATGTCATATGTGCTGTGTTTATGCAG GTGGGATTTGTGTGTTTATGCAGTTTATTTTGTCAATTTAGTATGAGGATAATTCATTGAAATTTGCGTCTGTTATATGA CTTATATCTATAGTACTTTTGGCCTAAAACTTGACAATATCAATTCATTGAAATTTGACTAAAACATGTTAACTACTTCA CTCAAAGTCAGATTAAAATGAAAAGAGAAAGTGTCCACTGTACAAATCTACCTCAAATAATCTAAGTTAGTTGGTTTTAC TGGTAGTTGAGTTTACTAGTTTTTGTTTGGGTTGTCAATTGGTGTGAGATCGGTGGTTCGTGCGTGCTGGGGGGAGGGGG TGATATGTTTTATTGGAGGCTTTTGTGTCTTGTGTGGGGTGTTATGTTTTTGCAATTGTTTTGAAGTGTATGCTTGTTTT TTGTACTGTGTCTCTGCAATTGTTGTTATATTGTGTTATGTTTTTACCAAAATATACCTAGAACAAAATTAAGAGTTTGT AGTTGCTTGTGTTGTCCACTCAGAAGAAAGAAAGGTTAATAAGGAATTTTAATCAGTTAACTCTTTGCTTTATTAGTAAA 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CDS sequence (LotjaGi1g1v0313100.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGGATCAATCACACATATGAATAGAGTTTTGGAGGGATATACAGATGTCAGTTGGGTAACTTATGTAGAAGATCATGC TTCCACTAGTGGATGGAACTTCAACCTTTGTGGAGGTGCAGTTTCTTGGGGTTCAAACAAACAAATTTGCATTGCCGACT CCACCATGGCTGCAGAGTTTATTGCTCTTGCTACAGGTGAAATGGATCCTAGTAAAGGTTCTGGTCCAAATCAGTGGTTA AATGACCCTAATGAGTGGCTTAATAGTACAAGTGAGCTTCTCAATGCCTTGTCAACTTGTTTGATAATGGAACAAGCTTT TTTGGAGAAGACGATTGTATGTATTCTATCATACCTACAATTATGTCAGGTGGCTAAAAGGCAATATGAGAGGCTCCAAG AGAGACATACAATACCAAGGGTAAGAGAAGAATCAAGAGTGTCATTCATGAGTAGGCTAATAAATGATGATGTTACTTGT GTGGAACAGCTACGGATGGATACCAACACATTTCGTGTGTTGTGTTCTCTTCTACAAGTTCAGGGTAGGCTAAAGGAAGA TGGGTTAGTGCCAATAGAAGAACAAGTTGCGATGTTTCTACACATATTGGCTCACCATGCTAAAAATCGTGTCATAAAAT TTAAATTCCAAAGATCTGGAGAAACTGTTAGCAGATACTTCAATTTAGTGTTAAGTTCTGTCTTAAGGTTGCAAAAGAAT TTACTTAAAACACCAGATCCGATTCCTGAGGATTGCATTGACAATAGATGGAAATGGTTTAAGGGTTGTCTGGGGGCACT AGATGGAACTTATATTCGTATTAATGTCTCTGAGGTTGATAAACCAAGATATAGAAGTCGGAAAGGTGAAATTGCAACAA ATGTCTTAGGAGTATGCTCACGAGACATGCAATTTATATATGTGCTACCAGGTTGGGAGGGTTCAGCTTCAGATGCTAGG GTGTTGCGTGACGCAGTTAATAGGAGAAATGGTCTTAAGGTTCCTACAGGAAACTACTACTTGGTAGATGGTGGGTATAC AAATGGAGAAGGGTTTCTTGCCCCTTATAGAGGAAGTCGATACCATCTTAGTGAGTGGAGACATCAACGTGTTCCAACAA ATCCTAGAGAACTGTTCAACAAGCGACATGCTCAAGCTAGAAATGTGATAGAAAGAACATTTGGATTGCTGAAGATGCGT TGGGCAATTCTCAGAAGTCCTAGCTACTCTGTTAAAACTCATAACCGAATAATTATTGCATGTTGCTTATTGCATAATTT TATTAGGAGAGAAATGTCTGTAGATCCATTAGAAACAGAGTTGGAGAACATGCCTACCACTGAAGAGGTAGATGAACAAC CACATGATAACATTGAAACTATTGAACCAAGTGCAGCTTGGACTGCATGGAGAGACGCTTTGGCAAATGAAATGTATAAT GATTGGGTTAATCCTTGA
Protein sequence (LotjaGi1g1v0313100.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MGSITHMNRVLEGYTDVSWVTYVEDHASTSGWNFNLCGGAVSWGSNKQICIADSTMAAEFIALATGEMDPSKGSGPNQWL NDPNEWLNSTSELLNALSTCLIMEQAFLEKTIVCILSYLQLCQVAKRQYERLQERHTIPRVREESRVSFMSRLINDDVTC VEQLRMDTNTFRVLCSLLQVQGRLKEDGLVPIEEQVAMFLHILAHHAKNRVIKFKFQRSGETVSRYFNLVLSSVLRLQKN LLKTPDPIPEDCIDNRWKWFKGCLGALDGTYIRINVSEVDKPRYRSRKGEIATNVLGVCSRDMQFIYVLPGWEGSASDAR VLRDAVNRRNGLKVPTGNYYLVDGGYTNGEGFLAPYRGSRYHLSEWRHQRVPTNPRELFNKRHAQARNVIERTFGLLKMR WAILRSPSYSVKTHNRIIIACCLLHNFIRREMSVDPLETELENMPTTEEVDEQPHDNIETIEPSAAWTAWRDALANEMYN DWVNP
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| CDD | 12 | 66 | 55 | 4.35441E-16 | – | |
| Coils | 115 | 135 | 21 | - | – | |
| PANTHER | 151 | 443 | 293 | 1.5E-112 | – | |
| PANTHER | 151 | 443 | 293 | 1.5E-112 | – | |
| Pfam | 267 | 426 | 160 | 5.4E-27 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
Expression pattern of LotjaGi1g1v0313100.2, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…