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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi1g1v0321600 |
| Transcript ID | LotjaGi1g1v0321600.1 |
| Related isoforms 2 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | DNA polymerase; TAIR: AT5G63960.1 DNA polymerase delta subunit 1; Swiss-Prot: sp|Q9LRE6|DPOD1_ORYSJ DNA polymerase delta catalytic subunit; TrEMBL-Plants: tr|A0A151ST09|A0A151ST09_CAJCA DNA polymerase; Found in the gene: LotjaGi1g1v0321600 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr1:77220411..77241211) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
AGAAAAACTAGTAAAGTCTTGGACAATTTTCATCCCATCCAACATAAAATGGCGGGAATTTCATAATCTCATCACACTTC CCACAGTTCCACTTTCTCATCCTCTCTCTAACTCACTTCCATTCCCACTCTCCGATGAGCAACAACGCCTCCAAGAAACG CCCTACGCCGGCGACGGCGCCACCGTCCCAACCCCCGCCTACAAGGCGGGCCTTCTCTCAGGAAGACGAGTTCGTCGACG AAGACGTGTTCCTGAACGAAACCCTATTTTCCGAAGACGAAGAGTCCCTCATCCTCCGTGACATCGAGCAGCGCCAGGCC CTCGCCGCTCGTCTCTCCAAATGGACCCGTCCTCCTCTCTCACCGGACTACATCTCGCAATCTCGTAGCGTCCGTGAGTA ATTGATTGCACTGCTGCAATTTCTGTCAATTTTCCCCTTTTCTGTGATGCTAGGGTTTTGGGCTGTTTTGTAATTTGATA ATTTTCTGTTTTCCTGTTGTTGAGTTTTAGTTTTCCAGCAATTGGAGATTGATTATGTGATTGGAGAGACTCATAGAGAA TTGTTGCCGAACTCGTCTGGACCTGCTGCCATTATTAGAATATTTGGAGTTACAAAGGAAGGTTAGCTTGTGTTTTTTTG TTTTCTTCCGCGCAGCGAAACTTTGGTCGCAATTGACAGTTGCAAATTTATGTGTTGGGTTGAAGTAATTATGAATGTCT CATTTGACAAGGGAATGGTTAATAAATTTGAGTGCTTGGAGCATTTGGTTTGCTTCTAATTAGACAATTTAATCAAACAT AACAAGATCAGTCCTATTTGGTTTGGTTCGGTTTAGTCCCACATGGTTTTGATCAAGTACTATTTTCTTTGATAAACTCC AATTTGACTTCACTATATCTATTATTTTCCGACCCATTCAGCAACTAATTTCCCTAAAGATATTATTAAATGTATAATCA 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ATGAAAGACAGATACGATAAACAACGGCAAAAGACTATAAGAAAATTGCTTTACCTTGCAGCAATGATAGAATTAATGGT TGCTTGTTCTTGTGGACTATGCTTTCCATGTGGTGTATCTGGATTTCTAGTAACCTTAGGAAGAAAAAACAAGACACTCT AGAATAAGGAAAAGAGAGCTAGGAATAAACAATCAACTCATGTCACGAAAAGAACTGCGAAAAAGAATAGATAAAACCTG TCCATCAGCAATAATGACAAGAACATGATATTGACCATTGTTCCTTTCCACAATGTCAATGGCTGCATCAATTACAGGGG CAAATGATGTTGGACCTATAGAAAAAAAGAGCGAGTTTTCACAATTAAATCATATCACCGTCAGCATACAATCATAATAA GAAATGAAGACTAACAAATAAGGTGCACAGATTCAATATTTATTCAGAGTTTCAGATAGCATACTGCTTATTTTATAAAC TCTAAGCTACCTTCAAAATTTCGATATATGGCTATTTATTTTAAAAAATCTTGAGCGTGTAAATCCTAGTATGTACCACT AGACAGACAAAAAACTTAACCTTAGAAGGAGCTTTGACAAACCCTCAAACAAGCAATATCCACAACTGAGTATAAAGGAA AAGTATTACAATTATAATTTGGGAAATGTCTCTACGAGTAGTAAATCAGAAGTGTTTACAGTCAAAGAACTCTTCAAGTT TATGTAAGCCAATAATGAAGTACAAAATAAGCAATTTAGCATAGCATCAGACTGGTCTAGAACCAGCAGCTCAACCTCAA TCATTGTGCTCAACAAGGATTAGGTCCCAACAGATCCTATGTTCAGAGGCATTTGAAATTTTAAAATCATGATATGCAGT AAACCATAATATAATTCTATCTATCTAGAACAACTATGGTAAGCTATTTTGTAGAAAAAATTCAAATACATTTGTGACAG ATACTTCTAGTAAAACTGTAAAAATCTAGCCAGAAAGGAAGATAATTTTGTAAAACAAACCTGACAATTTCAGGTGTGGA ACAATCTGTCTGTAGCGTGAAAGTACTTCCTCAAAACCTTGACAAAATCTATCACCATTATAAAAGCTGAACACATTATG ATCATGTGTAGAAGCTGCAAAAGTAAATTCACAATAATTAACAGAAGAGAAAACACAACAGCCTTTATCTTCTCTAAAGT CGGAAACATCTACTCACCATCCCCAAATCCAAAACACGGTATGAGATTATCTTCATCAAAAGAAGACAGAGTACGGCCAA TGATGGAGATTGCTTGCTCATACGGATTAGGAGTGTTTCCAATACGATGAAGGCTTTTCCTGTGGAACGAGTGCTTGCCT ACAATTATCAAGGTGTGATTCTCTACACTCATGGATATAAAGCATGTACAATAATTCCATATTTGAAAGGAATAATTACC TGTCCACTCATTGCTTTTGGTGAAGTCAATACCAAGTATCAAATTTGAAGATTCCAGACCAGCTTCTCTGAGAGCAGAAA CAACCTGAAAATGTCACATAACTTCTATAAGCATGGAGCTTCTACCAAAAAGTTTTATACAATTTAAATTGTGGTTGTAG TCACGGTTGCCGCTGCGTCGCGGAATTGCAGATAAATGCAGGTTGATGCGATCGCAATTGTGGCCCTGATGCCAATGCGG CCACAATTGCAGTTGCAGACTGCAATTTGAAACCATTCAATGTAGCTCACAAATGGTGACTACACTTGGAGTCTTGGAGA GTTAAAGACTAAAACTTCACCGAGCACAAGAAGCAGTGAAAACCTGATCCAATGAGCTGAAATTGTCAGCTATGTGTTTA GATTGCTGATGGCGAGTATTCACAGATCTCCCAGCATTAGAAGAGTGTTGATTATGGGTAGTAATAGTAGTATCATCCAA ACTCCCAGCATAAGAAGAGGATTGATGATAGCTGTTATCCACAACTGAGCTCCCAGCATAATAAGGGGATTGTTGGTAAA AATTATCTTGAGATTCATCCATTGACTCTGCATTTCCCATAATGACTGTCCTGCTTTCACCAATATCAACATAAATAAAT AAATGAATACAGTAGGATAAAAAAATCACAGCACCAGAATATCACAGCTCAATCCTGTTAATGGAAAAATAAAAAGAAAG GAAACAAAAACTGAGCAGCATACAACTTCCTTATGATGTTTTCTCAAGTAAAATCTACCATAACAAGTTAAATAAGAAGC CCAGAACTAGTCAATAATAGTCAGCTGCATATAAAAGTAACACCAAAATCACCTTATCTTTCCAAAAAAACACATACAAG GATTGAGAATCCTATAATCCTGATTGTCTCTGATTTGCTAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGTGAC CTTGTTGTTGGTTTGCTTTGTTTGGTTTTTCTGAAGTTTGAGGGTGGTGCAGTTGAAAACTTTGTTGAGGAGAGAAGAGA GGGGTAATGACCATGACCATTGTTTTTTATTATTGTGTAGTAAGTAATATTTTAATGGTTAGACGTGGTGGCTACTCTCT T
CDS sequence (LotjaGi1g1v0321600.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGAGCAACAACGCCTCCAAGAAACGCCCTACGCCGGCGACGGCGCCACCGTCCCAACCCCCGCCTACAAGGCGGGCCTT CTCTCAGGAAGACGAGTTCGTCGACGAAGACGTGTTCCTGAACGAAACCCTATTTTCCGAAGACGAAGAGTCCCTCATCC TCCGTGACATCGAGCAGCGCCAGGCCCTCGCCGCTCGTCTCTCCAAATGGACCCGTCCTCCTCTCTCACCGGACTACATC TCGCAATCTCGTAGCGTCCTTTTCCAGCAATTGGAGATTGATTATGTGATTGGAGAGACTCATAGAGAATTGTTGCCGAA CTCGTCTGGACCTGCTGCCATTATTAGAATATTTGGAGTTACAAAGGAAGGACACAGTGTTTGCTGTAATGTTCATGGGT TTGAGCCATATTTTTACATAAGCTGCCCTCCTGGAATGCGTCCAGATGATATCTCCCGTCTTCATCAAAATCTTGAGGCA AGGATGAGAGAAGCCAATAGAAATAATAATGTGGGAAAATTCGTTCGCCGTATCGAAATGGTCCAGAGAAGGAGTATTAT GTACTATCAACAGTTGGATTGCCAACCCTTTCTCAAAATTGTTGTTGCACTCCCTACAATGGTGGCCAGCTGCCGTGGTA TTCTTGATAGAGGTATTCAGCTTGATGGTCTGGGCATGAAAAGCTTCATGACTTATGAAAGCAATGTACTCTTTGCCCTT CGTTTCATGATTGATTGCAACGTAGTTGGTGGAAATTGGATTGAAATTCCTGCTGGAAAATATAAGAAGGCAAAGAAAGC CTTGTCTCACTGCCAATTAGAGTTTGATTGCTTGTTTTCCGAATTGATCAGTCATGCTCCAGAAGGTGAATATTCAAAGA TGGCTCCATTTCGTATTTTGAGTTTTGATATTGAGTGTGCTGGTCGTAAAGGTCATTTTCCCGAGCCTACCCATGATCCT GTTATCCAGATAGCTAATCTGGTTACTTTACAAGGAGAAGACCAACCTTTTATTCGTAATGTTATGACCCTTAAGTCATG TTCTCCTATTGTCGGTGTTGATGTGATGTCATTTGATACTGAAAGTGAAGTCCTGTTAGCTTGGAGGGATTTTATCCGTG AAGTGGATCCTGATATTATTATTGGATATAACATATGCAAATTTGACTTGCCATATCTTATTGAGAGAGCTGCCACCTTG AAAATAGCAGAATTCCCAATTTTGGGCCGTATCAGGAACAGTAGAGTTCGAGTAAAAGATACAACTTTCTCATCAAGGCA GTTAGGGACCAGGGAAAGTAAAGAAGTAACAGTTGAAGGGAGAGTGCAGTTTGATTTGCTCCAGGTTATGCAAAGAGACT ATAAATTAAGTTCTTATTCATTGAATTCTGTCTCGGCTCACTTCCTTTCTGAGCAGAAAGAAGATGTTCATCATTCAATT ATATCTGATCTTCAAAATGGAAATGCAGAAACTAGGAGGCGCCTCGCTGTGTATTGTTTGAAGGATGCATATCTACCCCA GAGACTTTTGGATAAGTTGATGTTCATTTACAATTATGTTGAGATGGCTCGAGTTACTGGTGTACCAATTTCTTTTCTAC TTTCTAGGGGCCAAAGTATTAAGGTACTTTCTCAACTTCTTAGGAAGGCAAAACAGAGAAATATGGTGATTCCTAACGTC AAACAGGCAGGGTCAGGGTCAGAACAAGGAACATTTGAAGGTGCCACTGTATTGGAGCCACAGGCTGGATTTTATGAAAA GCCAATTGCTACTTTAGATTTTGCATCCTTGTATCCGTCCATTATGATGGCCTACAACTTATGTTATTGCACTCTGGTGA CCCCGGAAGATGCTCGAAAGCTCAACATTCCTCCTGAGTCAGTGAACAAAACTCCATCTGGTGAAACATTTGTTAAGTCA AATTTACAAAAGGGCATACTTCCTGAAATACTCGAAGAGCTATTAGCAGCCCGTAAAAGGGCAAAAGCAGACTTAAAGGA GGCAAAGGATCCCCTTGAGAAGGCTGTGCTAGATGGTAGACAGCTAGCCCTGAAGATTAGTGCAAATTCTGTATATGGGT TTACAGGAGCTACTATTGGTCAGTTGCCATGCTTAGAGATATCGTCAAGTGTAACTAGCTATGGTCGGCAAATGATCGAG CACACTAAAAAACTTGTGGAAGATAAATTTACAATGCTGAATGGTTATGGACACACTGCTGAGGTAATATATGGAGACAC AGATTCAGTCATGGTACAGTTTGGTGTTTCTTCTGTAGAAGAGGCTATGAAATTGGGGAGAGAAGCTGCTGAATATATTA GTGGAACTTTCATACAACCCATCAAACTAGAATTTGAGAAGGTTTACTTTCCATATCTCCTGATTAGCAAGAAGAGATAT GCTGGTTTGTTTTGGACAAAACCGGACAAATTTGACAAAATGGACGCTAAAGGTATTGAAACAGTTCGAAGAGACAATTG CTTATTGGTCAAGAACCTGGTTAACGATTGCCTTCACAAAATACTCATTGACAGGGATATTCCTGGGGCAGTCCAGTATG TCAAGAATGCGATTTCAGATCTTCTCATGAACCGTATGGATTTATCACTTCTGGTTATTACAAAGGGTTTGACAAAGACT GGTGATGATTATGAAGTGAAGGCAGCTCATGTTGAACTTGCTGAAAGGATGCGCAAGAGAGATGCCGCAACTGCTCCAAA TGTTGGAGATAGGGTACCTTATGTTATTATTAAAGCTGCAAAAGGTGCTAAGAACTATGAGAAATCAGAAGATCCCATCT TTGTCCTAGAGAACAACATTCCAATAGATCCTCATTACTATCTTGAGAATCAAATTAGCAAGCCAATTCTGAGAATATTT GAGCCAATTCTGAAGAATGCTAGCAATGAACTTCTCCATGGAAGCCACACAAGATCTATTTCTATTTCTACTCCGACAAA CGGTGGTATAATGAAATTTGCTAAGAAACAACTTACTTGCATTGGTTGCAAAGCTTTACTTAGCAATGGAAACCACACTC TCTGCTCACATTGCAAAGGAAGGGAACCTGAACTATACTGTAAAACAGTAGCTCAAGTGTCTGACCTAGAGATGCTTTTT GGGAGGTTGTGGACACAATGTCAGGAGTGCCAAGGTTCACTTCATCAAGATGTTCTATGCACAAGTCGGGATTGTCCCAT TTTTTATCGACGTAAAAAAGCGCAGAAAGATATGGCTGAAGCAAGGTTGCAATTGGACAGATGGAACTTCTAG
Protein sequence (LotjaGi1g1v0321600.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MSNNASKKRPTPATAPPSQPPPTRRAFSQEDEFVDEDVFLNETLFSEDEESLILRDIEQRQALAARLSKWTRPPLSPDYI SQSRSVLFQQLEIDYVIGETHRELLPNSSGPAAIIRIFGVTKEGHSVCCNVHGFEPYFYISCPPGMRPDDISRLHQNLEA RMREANRNNNVGKFVRRIEMVQRRSIMYYQQLDCQPFLKIVVALPTMVASCRGILDRGIQLDGLGMKSFMTYESNVLFAL RFMIDCNVVGGNWIEIPAGKYKKAKKALSHCQLEFDCLFSELISHAPEGEYSKMAPFRILSFDIECAGRKGHFPEPTHDP VIQIANLVTLQGEDQPFIRNVMTLKSCSPIVGVDVMSFDTESEVLLAWRDFIREVDPDIIIGYNICKFDLPYLIERAATL KIAEFPILGRIRNSRVRVKDTTFSSRQLGTRESKEVTVEGRVQFDLLQVMQRDYKLSSYSLNSVSAHFLSEQKEDVHHSI ISDLQNGNAETRRRLAVYCLKDAYLPQRLLDKLMFIYNYVEMARVTGVPISFLLSRGQSIKVLSQLLRKAKQRNMVIPNV KQAGSGSEQGTFEGATVLEPQAGFYEKPIATLDFASLYPSIMMAYNLCYCTLVTPEDARKLNIPPESVNKTPSGETFVKS NLQKGILPEILEELLAARKRAKADLKEAKDPLEKAVLDGRQLALKISANSVYGFTGATIGQLPCLEISSSVTSYGRQMIE HTKKLVEDKFTMLNGYGHTAEVIYGDTDSVMVQFGVSSVEEAMKLGREAAEYISGTFIQPIKLEFEKVYFPYLLISKKRY AGLFWTKPDKFDKMDAKGIETVRRDNCLLVKNLVNDCLHKILIDRDIPGAVQYVKNAISDLLMNRMDLSLLVITKGLTKT GDDYEVKAAHVELAERMRKRDAATAPNVGDRVPYVIIKAAKGAKNYEKSEDPIFVLENNIPIDPHYYLENQISKPILRIF EPILKNASNELLHGSHTRSISISTPTNGGIMKFAKKQLTCIGCKALLSNGNHTLCSHCKGREPELYCKTVAQVSDLEMLF GRLWTQCQECQGSLHQDVLCTSRDCPIFYRRKKAQKDMAEARLQLDRWNF
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| MobiDBLite | 1 | 31 | 31 | - | – | |
| PANTHER | 83 | 1087 | 1005 | 0.0 | – | |
| PANTHER | 83 | 1087 | 1005 | 0.0 | – | |
| SUPERFAMILY | 112 | 534 | 423 | 3.21E-106 | ||
| Gene3D | 114 | 558 | 445 | 4.7E-177 | – | |
| Pfam | 121 | 464 | 344 | 1.4E-89 | ||
| CDD | 291 | 520 | 230 | 3.79756E-163 | – | |
| SMART | 295 | 756 | 462 | 1.6E-171 | ||
| Gene3D | 298 | 526 | 229 | 4.7E-177 | ||
| Pfam | 528 | 963 | 436 | 2.3E-154 | ||
| SUPERFAMILY | 553 | 966 | 414 | 1.17E-134 | ||
| TIGRFAM | 568 | 961 | 394 | 4.4E-91 | – | |
| CDD | 571 | 964 | 394 | 0.0 | – | |
| Gene3D | 572 | 801 | 230 | 1.4E-82 | ||
| PRINTS | 589 | 602 | 14 | 2.2E-11 | ||
| Gene3D | 645 | 697 | 53 | 1.4E-82 | – | |
| PRINTS | 681 | 693 | 13 | 2.2E-11 | ||
| PRINTS | 742 | 750 | 9 | 2.2E-11 | ||
| ProSitePatterns | 744 | 752 | 9 | - | ||
| Gene3D | 818 | 973 | 156 | 1.5E-45 | ||
| Pfam | 1000 | 1071 | 72 | 1.6E-17 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Nucleotide binding | Interacting selectively and non-covalently with a nucleotide, any compound consisting of a nucleoside that is esterified with (ortho)phosphate or an oligophosphate at any hydroxyl group on the ribose or deoxyribose. | ||
| Molecular function | Nucleic acid binding | Interacting selectively and non-covalently with any nucleic acid. | ||
| Molecular function | DNA binding | Any molecular function by which a gene product interacts selectively and non-covalently with DNA (deoxyribonucleic acid). | ||
| Molecular function | DNA-directed DNA polymerase activity | Catalysis of the reaction: deoxynucleoside triphosphate + DNA(n) = diphosphate + DNA(n+1); the synthesis of DNA from deoxyribonucleotide triphosphates in the presence of a DNA template and a 3'hydroxyl group. |
Expression pattern of LotjaGi1g1v0321600.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…