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LotjaGi1g1v0321600.2

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi1g1v0321600
Transcript ID LotjaGi1g1v0321600.2
Related isoforms 2
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description DNA polymerase; TAIR: AT5G63960.1 DNA polymerase delta subunit 1; Swiss-Prot: sp|O48901|DPOD1_SOYBN DNA polymerase delta catalytic subunit; TrEMBL-Plants: tr|A0A151ST09|A0A151ST09_CAJCA DNA polymerase; Found in the gene: LotjaGi1g1v0321600
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr1:77226111..77241074) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

AGCAACAACGCCTCCAAGAAACGCCCTACGCCGGCGACGGCGCCACCGTCCCAACCCCCGCCTACAAGGCGGGCCTTCTC TCAGGAAGACGAGTTCGTCGACGAAGACGTGTTCCTGAACGAAACCCTATTTTCCGAAGACGAAGAGTCCCTCATCCTCC GTGACATCGAGCAGCGCCAGGCCCTCGCCGCTCGTCTCTCCAAATGGACCCGTCCTCCTCTCTCACCGGACTACATCTCG CAATCTCGTAGCGTCCGTGAGTAATTGATTGCACTGCTGCAATTTCTGTCAATTTTCCCCTTTTCTGTGATGCTAGGGTT TTGGGCTGTTTTGTAATTTGATAATTTTCTGTTTTCCTGTTGTTGAGTTTTAGTTTTCCAGCAATTGGAGATTGATTATG TGATTGGAGAGACTCATAGAGAATTGTTGCCGAACTCGTCTGGACCTGCTGCCATTATTAGAATATTTGGAGTTACAAAG GAAGGTTAGCTTGTGTTTTTTTGTTTTCTTCCGCGCAGCGAAACTTTGGTCGCAATTGACAGTTGCAAATTTATGTGTTG GGTTGAAGTAATTATGAATGTCTCATTTGACAAGGGAATGGTTAATAAATTTGAGTGCTTGGAGCATTTGGTTTGCTTCT AATTAGACAATTTAATCAAACATAACAAGATCAGTCCTATTTGGTTTGGTTCGGTTTAGTCCCACATGGTTTTGATCAAG TACTATTTTCTTTGATAAACTCCAATTTGACTTCACTATATCTATTATTTTCCGACCCATTCAGCAACTAATTTCCCTAA AGATATTATTAAATGTATAATCAGTAGACAGATAAACTAAAATAACTGAAGAGTTTTGTAAAAAGAGTTGAAATCTAGTT ATCTGTAAATATGTATATTTTAGACAACAGATGGATATATAACTAATTATTTAGTTCGAGTGGTTTCATGAATTCCCATA 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TATATTGTTGGTGCTAATTTGTGCACCATTAAGCAATGTTGTGAACTGCAAACACTGAGTAGATCTGATACGGTGGGAGA GGAGAACGGGAGAAGCCTTGTGGGTGAAATTTTATTTTTAAGCTATGATGTGAGAGCAAGTGTGTCTCATGCGTGCTTTC CCCTTGTCTATCAGTATAGGTTATAATTACTTTTTAGGTTTGTCCATAACCTCCCGTTTTCCAATTAGTATAGCAATTAA TAGGCTCTAGGAAGCTGTCACGTTTGACATTGGAAGGAGAGCTTTGATATATACTAGTAGTCATCTTTTAAGTACTTGCT TGTTTTCCAACGGACTAATCCATCAAATTTTTTTTCTAGATTTTTTCACATAATTTTATATTACTACTCTACTTTGATAT ATTTTGGATTTTGATATAACCTTATATTTTATATTTATTTAAAATCATATTATTTAATTTATAGCGGTAGAACCGGTTAG ACCACGGTTTAACTACGGTTGAACCAATGAACCTTGAACCGGTGCCTTCACCGGTTTGATCACCGGTCCGGTTTTAATAA CCTTGAGTTTTATAGTTACTTCGTTAGGAAGGGAATTGCCATGTTCTTTGGTGGCTGTTGCCTTCTGTCATTAAGTTGTA AATGAGGCTGCTCGGTTTCATTTACTTCTTTGACCTGAATTTTTAGCATAACCTAACATTCTGACAAATTTTGATGAAAT AATTATTTTCCCGTGCTAATGGATTCATCAACTTTTTTTTTGTCAACCTAAATTCCATTTTGGAACCTTTTGACTCTAAA TACTGAATTTTATTTACATATATCACAATGTGAATATTAGGTACTTAGTTACATGAACATTTTACGGTTTTACCCATTAA GGTGTTGGGAAACAAATATGATTTATCCGTTATGGTCTATGAGTATATTACACATGAACGAAAACTAAAAGTGAAACAAA 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CAATTCTGAATTTACTATATTATATTCTTTATGTTATTGAATGATTTGTCTTCTACATTTCTACTTTAGGAGGCAAAGGA TCCCCTTGAGAAGGCTGTGCTAGATGGTAGACAGCTAGCCCTGAAGGTAAGCTATGCATTTTAATTTGTCTGTTTTCTAT GTCTTTTTCTTATGATAGTTGTTTAGTTTGCTCTACTGCATAGCGCATATAATAACTGGACTAGTTCTTGGTAACATTTT AAATTTCTTTTTTTTTCTTTTTTTCTTCTTCTTCAGATTAGTGCAAATTCTGTATATGGGTTTACAGGAGCTACTATTGG TCAGTTGCCATGCTTAGAGATATCGTCAAGTGTAACTAGCTATGGTATTGCTCCCGTTTATTAGTTTGTGATGCTGTATT TTATTTACAATTATCCTGCTGTTGAATTGAATTAACAACTCCATTGAGTTCTTATTGTTATGTGGATTGTTGATGCCTTG CAAAGGTCGGCAAATGATCGAGCACACTAAAAAACTTGTGGAAGATAAATTTACAATGCTGAATGGTTATGGACACACTG CTGAGGTATGATATTTAGAAATTCTTGTTTTGATGCCCACCATGTTCTATGGGGTTTCATGGGTTAGTAGTTAAGGACCT AAGGTGTCTTTATTGTTCCTTATTTCAAACTTCATTCACATGATAACAATTTTTCATCGTTGATAATTTTTAGCTGATAA ATGCTAAACAGCTAGAAAATAACGTGTTGGTCTTTGAAAGATTGTGCTCTCTATTAGGCTTTAATTTGGTCATTGGATTT TATATAGTTTCCACCAAAACATGATTCTCTATAGTTCTATAGTGCTGCATATGGCGTGGGAAGTTTAACATTGAATCAAT CAGTCAATGGTGTAAAATTTCATCCTTGGCAATAAAATTTAAATTTTTATTTATGCATATATATTTTTGAGTTTGATTTA 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TTTTAGATTTCTCTAATTTTTACACTCCCTTATTAGCTCCATTCATGTTGCAGCCAATTCTGAGAATATTTGAGCCAATT CTGAAGAATGCTAGCAATGAACTTCTCCATGGAAGCCACACAAGATCTATTTCTATTTCTACTCCGACAAACGGTGGTAT AATGAAATTTGCTAAGAAACAACTTACTTGCATTGGTTGCAAAGCTTTACTTAGGTATCAATTTTTCTCCTTATTGTTTT GTTTTGAAGCTCTAAAACTTTTCTGGTTAATTTTATGTATATATATATATATATATATATATATTTAACAGCTACTTCAT TTAATTATAGTAAAGAAAAGGCACAGGAAACAGTGTAAGTCACCTACTATGGAAATAACTGTGCTTTATGAATGTTAGCA TCCCCCAAGCCTAAAAGAGAAGAAAGCTGAAAAAACATCAGGACATGTGTAATAGATGCAATGCAAGTCCTTAAGACATC ATTGTAATGAACATTTAAGAAGTTTAGAGCATCTAAGTGACATAATTGTTGATCATTCTCTACAAATTTCCTACTTTTCA ATAATCTGTTTCACTAGTTACCATTAATGAGATACCGCATCGCAGGAGGTGCTGTTAGTCTGAGCCACTTTGAGATCTTG AATATCTTCTTGATGCCAGTTTCCATGAGTATTTATTATGGTTTTATAAGTCTTAAAAGGAAAACTAGATTCTTCATGTG TTTTGGGAACATAAAACCAATTGTTGTCAAGTGATTGAGATGATAGACTTCGCACCTTTATCTGTCGAGTTGTAGTTTTC CCAAGTACTATTCTTGATAATACTTTGGTCTTGCTTTTTAAGTGATTCAATGTTGATGATTATTAGTGATTATTTGTGTA TGTATTCTGATGCTAATGAATTAAGATAATTATAAAGGCCTAATAATACTACTTTTTGTTGCATTTGACTCAGCAATGGA AACCACACTCTCTGCTCACATTGCAAAGGAAGGGAACCTGAACTATACTGTAAAACAGTAGCTCAAGGTAGCATGTCTTA AGCCCTGCATACCCAATTTCAAACCGATTTCAAGTTTTGTTGTAATGGATGGCTCTAGCTGTTTTTTTGGCTAAAATAAG TGGTGTTGTGGCTGCAGTGTCTGACCTAGAGATGCTTTTTGGGAGGTTGTGGACACAATGTCAGGAGTGCCAAGGTTCAC TTCATCAAGATGTTCTATGCACAAGGTATTTCATCATTATAATGGTTTATATTTCTTTGAAATTCATGTCAAGGGATTGC TTGGGCGGCTTGAGTACAATTTTTTTATTTTAAGAGTGCCATATGACAGTGTTAATCAATCACATCCCTATCTGTTTTTA TGAGAAAATTTACATAAACTTACATTTTCCTTGCATTTACTTACCACTGATTTATGCTGCACTATTGGCATTGCAGTCGG GATTGTCCCATTTTTTATCGACGTAAAAAAGCGCAGAAAGATATGGCTGAAGCAAGGTTGCAATTGGACAGATGGAACTT CTAG 

CDS sequence (LotjaGi1g1v0321600.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGCGTCCAGATGATATCTCCCGTCTTCATCAAAATCTTGAGGCAAGGATGAGAGAAGCCAATAGAAATAATAATGTGGG AAAATTCGTTCGCCGTATCGAAATGGTCCAGAGAAGGAGTATTATGTACTATCAACAGTTGGATTGCCAACCCTTTCTCA AAATTGTTGTTGCACTCCCTACAATGGTGGCCAGCTGCCGTGGTATTCTTGATAGAGGTATTCAGCTTGATGGTCTGGGC ATGAAAAGCTTCATGACTTATGAAAGCAATGTACTCTTTGCCCTTCGTTTCATGATTGATTGCAACGTAGTTGGTGGAAA TTGGATTGAAATTCCTGCTGGAAAATATAAGAAGGCAAAGAAAGCCTTGTCTCACTGCCAATTAGAGTTTTCCGAATTGA TCAGTCATGCTCCAGAAGGTGAATATTCAAAGATGGCTCCATTTCGTATTTTGAGTTTTGATATTGAGTGTGCTGGTCGT AAAGGTCATTTTCCCGAGCCTACCCATGATCCTGTTATCCAGATAGCTAATCTGGTTACTTTACAAGGAGAAGACCAACC TTTTATTCGTAATGTTATGACCCTTAAGTCATGTTCTCCTATTGTCGGTGTTGATGTGATGTCATTTGATACTGAAAGTG AAGTCCTGTTAGCTTGGAGGGATTTTATCCGTGAAGTGGATCCTGATATTATTATTGGATATAACATATGCAAATTTGAC TTGCCATATCTTATTGAGAGAGCTGCCACCTTGAAAATAGCAGAATTCCCAATTTTGGGCCGTATCAGGAACAGTAGAGT TCGAGTAAAAGATACAACTTTCTCATCAAGGCAGTTAGGGACCAGGGAAAGTAAAGAAGTAACAGTTGAAGGGAGAGTGC AGTTTGATTTGCTCCAGGTTATGCAAAGAGACTATAAATTAAGTTCTTATTCATTGAATTCTGTCTCGGCTCACTTCCTT TCTGAGCAGAAAGAAGATGTTCATCATTCAATTATATCTGATCTTCAAAATGGAAATGCAGAAACTAGGAGGCGCCTCGC TGTGTATTGTTTGAAGGATGCATATCTACCCCAGAGACTTTTGGATAAGTTGATGTTCATTTACAATTATGTTGAGATGG CTCGAGTTACTGGTGTACCAATTTCTTTTCTACTTTCTAGGGGCCAAAGTATTAAGGTACTTTCTCAACTTCTTAGGAAG GCAAAACAGAGAAATATGGTGATTCCTAACGTCAAACAGGCAGGGTCAGGGTCAGAACAAGGAACATTTGAAGGTGCCAC TGTATTGGAGCCACAGGCTGGATTTTATGAAAAGCCAATTGCTACTTTAGATTTTGCATCCTTGTATCCGTCCATTATGA TGGCCTACAACTTATGTTATTGCACTCTGGTGACCCCGGAAGATGCTCGAAAGCTCAACATTCCTCCTGAGTCAGTGAAC AAAACTCCATCTGGTGAAACATTTGTTAAGTCAAATTTACAAAAGGGCATACTTCCTGAAATACTCGAAGAGCTATTAGC AGCCCGTAAAAGGGCAAAAGCAGACTTAAAGGAGGCAAAGGATCCCCTTGAGAAGGCTGTGCTAGATGGTAGACAGCTAG CCCTGAAGATTAGTGCAAATTCTGTATATGGGTTTACAGGAGCTACTATTGGTCAGTTGCCATGCTTAGAGATATCGTCA AGTGTAACTAGCTATGGTCGGCAAATGATCGAGCACACTAAAAAACTTGTGGAAGATAAATTTACAATGCTGAATGGTTA TGGACACACTGCTGAGGTAATATATGGAGACACAGATTCAGTCATGGTACAGTTTGGTGTTTCTTCTGTAGAAGAGGCTA TGAAATTGGGGAGAGAAGCTGCTGAATATATTAGTGGAACTTTCATACAACCCATCAAACTAGAATTTGAGAAGGTTTAC TTTCCATATCTCCTGATTAGCAAGAAGAGATATGCTGGTTTGTTTTGGACAAAACCGGACAAATTTGACAAAATGGACGC TAAAGGTATTGAAACAGTTCGAAGAGACAATTGCTTATTGGTCAAGAACCTGGTTAACGATTGCCTTCACAAAATACTCA TTGACAGGGATATTCCTGGGGCAGTCCAGTATGTCAAGAATGCGATTTCAGATCTTCTCATGAACCGTATGGATTTATCA CTTCTGGTTATTACAAAGGGTTTGACAAAGACTGGTGATGATTATGAAGTGAAGGCAGCTCATGTTGAACTTGCTGAAAG GATGCGCAAGAGAGATGCCGCAACTGCTCCAAATGTTGGAGATAGGGTACCTTATGTTATTATTAAAGCTGCAAAAGGTG CTAAGAACTATGAGAAATCAGAAGATCCCATCTTTGTCCTAGAGAACAACATTCCAATAGATCCTCATTACTATCTTGAG AATCAAATTAGCAAGCCAATTCTGAGAATATTTGAGCCAATTCTGAAGAATGCTAGCAATGAACTTCTCCATGGAAGCCA CACAAGATCTATTTCTATTTCTACTCCGACAAACGGTGGTATAATGAAATTTGCTAAGAAACAACTTACTTGCATTGGTT GCAAAGCTTTACTTAGCAATGGAAACCACACTCTCTGCTCACATTGCAAAGGAAGGGAACCTGAACTATACTGTAAAACA GTAGCTCAAGGTAGCATGTCTTAA 

Protein sequence (LotjaGi1g1v0321600.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MRPDDISRLHQNLEARMREANRNNNVGKFVRRIEMVQRRSIMYYQQLDCQPFLKIVVALPTMVASCRGILDRGIQLDGLG MKSFMTYESNVLFALRFMIDCNVVGGNWIEIPAGKYKKAKKALSHCQLEFSELISHAPEGEYSKMAPFRILSFDIECAGR KGHFPEPTHDPVIQIANLVTLQGEDQPFIRNVMTLKSCSPIVGVDVMSFDTESEVLLAWRDFIREVDPDIIIGYNICKFD LPYLIERAATLKIAEFPILGRIRNSRVRVKDTTFSSRQLGTRESKEVTVEGRVQFDLLQVMQRDYKLSSYSLNSVSAHFL SEQKEDVHHSIISDLQNGNAETRRRLAVYCLKDAYLPQRLLDKLMFIYNYVEMARVTGVPISFLLSRGQSIKVLSQLLRK AKQRNMVIPNVKQAGSGSEQGTFEGATVLEPQAGFYEKPIATLDFASLYPSIMMAYNLCYCTLVTPEDARKLNIPPESVN KTPSGETFVKSNLQKGILPEILEELLAARKRAKADLKEAKDPLEKAVLDGRQLALKISANSVYGFTGATIGQLPCLEISS SVTSYGRQMIEHTKKLVEDKFTMLNGYGHTAEVIYGDTDSVMVQFGVSSVEEAMKLGREAAEYISGTFIQPIKLEFEKVY FPYLLISKKRYAGLFWTKPDKFDKMDAKGIETVRRDNCLLVKNLVNDCLHKILIDRDIPGAVQYVKNAISDLLMNRMDLS LLVITKGLTKTGDDYEVKAAHVELAERMRKRDAATAPNVGDRVPYVIIKAAKGAKNYEKSEDPIFVLENNIPIDPHYYLE NQISKPILRIFEPILKNASNELLHGSHTRSISISTPTNGGIMKFAKKQLTCIGCKALLSNGNHTLCSHCKGREPELYCKT VAQGSMS 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
PANTHER 6 880 875 0.0
PANTHER 6 880 875 0.0
Gene3D 10 409 400 7.1E-158
Pfam 22 315 294 6.1E-75
SUPERFAMILY 29 402 374 7.01E-95
CDD 142 371 230 2.12726E-165
SMART 146 607 462 1.6E-171
Gene3D 149 377 229 7.1E-158
Pfam 379 814 436 1.4E-154
SUPERFAMILY 404 817 414 7.23E-135
TIGRFAM 419 812 394 3.0E-91
CDD 422 815 394 0.0
Gene3D 423 652 230 9.5E-83
PRINTS 440 453 14 1.2E-11
Gene3D 496 548 53 9.5E-83
PRINTS 532 544 13 1.2E-11
PRINTS 593 601 9 1.2E-11
ProSitePatterns 595 603 9 -
Gene3D 669 824 156 1.1E-45

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
Molecular function Nucleotide binding Interacting selectively and non-covalently with a nucleotide, any compound consisting of a nucleoside that is esterified with (ortho)phosphate or an oligophosphate at any hydroxyl group on the ribose or deoxyribose.
Molecular function Nucleic acid binding Interacting selectively and non-covalently with any nucleic acid.
Molecular function DNA binding Any molecular function by which a gene product interacts selectively and non-covalently with DNA (deoxyribonucleic acid).
Molecular function DNA-directed DNA polymerase activity Catalysis of the reaction: deoxynucleoside triphosphate + DNA(n) = diphosphate + DNA(n+1); the synthesis of DNA from deoxyribonucleotide triphosphates in the presence of a DNA template and a 3'hydroxyl group.

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi1g1v0321600.2, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…