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LotjaGi1g1v0321600.3

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi1g1v0321600
Transcript ID LotjaGi1g1v0321600.3
Related isoforms 2
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description DNA polymerase; TAIR: AT5G63960.1 DNA polymerase delta subunit 1; Swiss-Prot: sp|O48901|DPOD1_SOYBN DNA polymerase delta catalytic subunit; TrEMBL-Plants: tr|A0A151ST09|A0A151ST09_CAJCA DNA polymerase; Found in the gene: LotjaGi1g1v0321600
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr1:77226120..77241064) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

CCTCCAAGAAACGCCCTACGCCGGCGACGGCGCCACCGTCCCAACCCCCGCCTACAAGGCGGGCCTTCTCTCAGGAAGAC GAGTTCGTCGACGAAGACGTGTTCCTGAACGAAACCCTATTTTCCGAAGACGAAGAGTCCCTCATCCTCCGTGACATCGA GCAGCGCCAGGCCCTCGCCGCTCGTCTCTCCAAATGGACCCGTCCTCCTCTCTCACCGGACTACATCTCGCAATCTCGTA GCGTCCGTGAGTAATTGATTGCACTGCTGCAATTTCTGTCAATTTTCCCCTTTTCTGTGATGCTAGGGTTTTGGGCTGTT TTGTAATTTGATAATTTTCTGTTTTCCTGTTGTTGAGTTTTAGTTTTCCAGCAATTGGAGATTGATTATGTGATTGGAGA GACTCATAGAGAATTGTTGCCGAACTCGTCTGGACCTGCTGCCATTATTAGAATATTTGGAGTTACAAAGGAAGGTTAGC TTGTGTTTTTTTGTTTTCTTCCGCGCAGCGAAACTTTGGTCGCAATTGACAGTTGCAAATTTATGTGTTGGGTTGAAGTA ATTATGAATGTCTCATTTGACAAGGGAATGGTTAATAAATTTGAGTGCTTGGAGCATTTGGTTTGCTTCTAATTAGACAA TTTAATCAAACATAACAAGATCAGTCCTATTTGGTTTGGTTCGGTTTAGTCCCACATGGTTTTGATCAAGTACTATTTTC TTTGATAAACTCCAATTTGACTTCACTATATCTATTATTTTCCGACCCATTCAGCAACTAATTTCCCTAAAGATATTATT AAATGTATAATCAGTAGACAGATAAACTAAAATAACTGAAGAGTTTTGTAAAAAGAGTTGAAATCTAGTTATCTGTAAAT ATGTATATTTTAGACAACAGATGGATATATAACTAATTATTTAGTTCGAGTGGTTTCATGAATTCCCATAAAGATAATAA 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CTCTAATTTTTACACTCCCTTATTAGCTCCATTCATGTTGCAGCCAATTCTGAGAATATTTGAGCCAATTCTGAAGAATG CTAGCAATGAACTTCTCCATGGAAGCCACACAAGATCTATTTCTATTTCTACTCCGACAAACGGTGGTATAATGAAATTT GCTAAGAAACAACTTACTTGCATTGGTTGCAAAGCTTTACTTAGGTATCAATTTTTCTCCTTATTGTTTTGTTTTGAAGC TCTAAAACTTTTCTGGTTAATTTTATGTATATATATATATATATATATATATATTTAACAGCTACTTCATTTAATTATAG TAAAGAAAAGGCACAGGAAACAGTGTAAGTCACCTACTATGGAAATAACTGTGCTTTATGAATGTTAGCATCCCCCAAGC CTAAAAGAGAAGAAAGCTGAAAAAACATCAGGACATGTGTAATAGATGCAATGCAAGTCCTTAAGACATCATTGTAATGA ACATTTAAGAAGTTTAGAGCATCTAAGTGACATAATTGTTGATCATTCTCTACAAATTTCCTACTTTTCAATAATCTGTT TCACTAGTTACCATTAATGAGATACCGCATCGCAGGAGGTGCTGTTAGTCTGAGCCACTTTGAGATCTTGAATATCTTCT TGATGCCAGTTTCCATGAGTATTTATTATGGTTTTATAAGTCTTAAAAGGAAAACTAGATTCTTCATGTGTTTTGGGAAC ATAAAACCAATTGTTGTCAAGTGATTGAGATGATAGACTTCGCACCTTTATCTGTCGAGTTGTAGTTTTCCCAAGTACTA TTCTTGATAATACTTTGGTCTTGCTTTTTAAGTGATTCAATGTTGATGATTATTAGTGATTATTTGTGTATGTATTCTGA TGCTAATGAATTAAGATAATTATAAAGGCCTAATAATACTACTTTTTGTTGCATTTGACTCAGCAATGGAAACCACACTC TCTGCTCACATTGCAAAGGAAGGGAACCTGAACTATACTGTAAAACAGTAGCTCAAGGTAGCATGTCTTAAGCCCTGCAT ACCCAATTTCAAACCGATTTCAAGTTTTGTTGTAATGGATGGCTCTAGCTGTTTTTTTGGCTAAAATAAGTGGTGTTGTG GCTGCAGTGTCTGACCTAGAGATGCTTTTTGGGAGGTTGTGGACACAATGTCAGGAGTGCCAAGGTTCACTTCATCAAGA TGTTCTATGCACAAGGTATTTCATCATTATAATGGTTTATATTTCTTTGAAATTCATGTCAAGGGATTGCTTGGGCGGCT TGAGTACAATTTTTTTATTTTAAGAGTGCCATATGACAGTGTTAATCAATCACATCCCTATCTGTTTTTATGAGAAAATT TACATAAACTTACATTTTCCTTGCATTTACTTACCACTGATTTATGCTGCACTATTGGCATTGCAGTCGGGATTGTCCCA TTTTTTATCGACGTAAAAAAGCGCAGAAAGATATGGCTGAAGCAAGGTTGCAATTGGACAGATGG 

CDS sequence (LotjaGi1g1v0321600.3) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGCGTCCAGATGATATCTCCCGTCTTCATCAAAATCTTGAGGCAAGGATGAGAGAAGCCAATAGAAATAATAATGTGGG AAAATTCGTTCGCCGTATCGAAATGGTCCAGAGAAGGAGTATTATGTACTATCAACAGTTGGATTGCCAACCCTTTCTCA AAATTGTTGTTGCACTCCCTACAATGGTGGCCAGCTGCCGTGGTATTCTTGATAGAGGTATTCAGCTTGATGGTCTGGGC ATGAAAAGCTTCATGACTTATGAAAGCAATGTACTCTTTGCCCTTCGTTTCATGATTGATTGCAACGTAGTTGGTGGAAA TTGGATTGAAATTCCTGCTGGAAAATATAAGAAGGCAAAGAAAGCCTTGTCTCACTGCCAATTAGAGTTTGATTGCTTGT TTTCCGAATTGATCAGTCATGCTCCAGAAGGTGAATATTCAAAGATGGCTCCATTTCGTATTTTGAGTTTTGATATTGAG TGTGCTGGTCGTAAAGGTCATTTTCCCGAGCCTACCCATGATCCTGTTATCCAGATAGCTAATCTGGTTACTTTACAAGG AGAAGACCAACCTTTTATTCGTAATGTTATGACCCTTAAGTCATGTTCTCCTATTGTCGGTGTTGATGTGATGTCATTTG ATACTGAAAGTGAAGTCCTGTTAGCTTGGAGGGATTTTATCCGTGAAGTGGATCCTGATATTATTATTGGATATAACATA TGCAAATTTGACTTGCCATATCTTATTGAGAGAGCTGCCACCTTGAAAATAGCAGAATTCCCAATTTTGGGCCGTATCAG GAACAGTAGAGTTCGAGTAAAAGATACAACTTTCTCATCAAGGCAGTTAGGGACCAGGGAAAGTAAAGAAGTAACAGTTG AAGGGAGAGTGCAGTTTGATTTGCTCCAGGTTATGCAAAGAGACTATAAATTAAGTTCTTATTCATTGAATTCTGTCTCG GCTCACTTCCTTTCTGAGCAGAAAGAAGATGTTCATCATTCAATTATATCTGATCTTCAAAATGGAAATGCAGAAACTAG GAGGCGCCTCGCTGTGTATTGTTTGAAGGATGCATATCTACCCCAGAGACTTTTGGATAAGTTGATGTTCATTTACAATT ATGTTGAGATGGCTCGAGTTACTGGTGTACCAATTTCTTTTCTACTTTCTAGGGGCCAAAGTATTAAGGTACTTTCTCAA CTTCTTAGGAAGGCAAAACAGAGAAATATGGTGATTCCTAACGTCAAACAGGCAGGGTCAGGGTCAGAACAAGGAACATT TGAAGGTGCCACTGTATTGGAGCCACAGGCTGGATTTTATGAAAAGCCAATTGCTACTTTAGATTTTGCATCCTTGTATC CGTCCATTATGATGGCCTACAACTTATGTTATTGCACTCTGGTGACCCCGGAAGATGCTCGAAAGCTCAACATTCCTCCT GAGTCAGTGAACAAAACTCCATCTGGTGAAACATTTGTTAAGTCAAATTTACAAAAGGGCATACTTCCTGAAATACTCGA AGAGCTATTAGCAGCCCGTAAAAGGGCAAAAGCAGACTTAAAGGAGGCAAAGGATCCCCTTGAGAAGGCTGTGCTAGATG GTAGACAGCTAGCCCTGAAGATTAGTGCAAATTCTGTATATGGGTTTACAGGAGCTACTATTGGTCAGTTGCCATGCTTA GAGATATCGTCAAGTGTAACTAGCTATGGTCGGCAAATGATCGAGCACACTAAAAAACTTGTGGAAGATAAATTTACAAT GCTGAATGGTTATGGACACACTGCTGAGGTAATATATGGAGACACAGATTCAGTCATGGTACAGTTTGGTGTTTCTTCTG TAGAAGAGGCTATGAAATTGGGGAGAGAAGCTGCTGAATATATTAGTGGAACTTTCATACAACCCATCAAACTAGAATTT GAGAAGGTTTACTTTCCATATCTCCTGATTAGCAAGAAGAGATATGCTGGTTTGTTTTGGACAAAACCGGACAAATTTGA CAAAATGGACGCTAAAGGTATTGAAACAGTTCGAAGAGACAATTGCTTATTGGTCAAGAACCTGGTTAACGATTGCCTTC ACAAAATACTCATTGACAGGGATATTCCTGGGGCAGTCCAGTATGTCAAGAATGCGATTTCAGATCTTCTCATGAACCGT ATGGATTTATCACTTCTGGTTATTACAAAGGGTTTGACAAAGACTGGTGATGATTATGAAGTGAAGGCAGCTCATGTTGA ACTTGCTGAAAGGATGCGCAAGAGAGATGCCGCAACTGCTCCAAATGTTGGAGATAGGGTACCTTATGTTATTATTAAAG CTGCAAAAGGTGCTAAGAACTATGAGAAATCAGAAGATCCCATCTTTGTCCTAGAGAACAACATTCCAATAGATCCTCAT TACTATCTTGAGAATCAAATTAGCAAGCCAATTCTGAGAATATTTGAGCCAATTCTGAAGAATGCTAGCAATGAACTTCT CCATGGAAGCCACACAAGATCTATTTCTATTTCTACTCCGACAAACGGTGGTATAATGAAATTTGCTAAGAAACAACTTA CTTGCATTGCAATGGAAACCACACTCTCTGCTCACATTGCAAAGGAAGGGAACCTGAACTATACTGTAAAACAGTAG 

Protein sequence (LotjaGi1g1v0321600.3) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MRPDDISRLHQNLEARMREANRNNNVGKFVRRIEMVQRRSIMYYQQLDCQPFLKIVVALPTMVASCRGILDRGIQLDGLG MKSFMTYESNVLFALRFMIDCNVVGGNWIEIPAGKYKKAKKALSHCQLEFDCLFSELISHAPEGEYSKMAPFRILSFDIE CAGRKGHFPEPTHDPVIQIANLVTLQGEDQPFIRNVMTLKSCSPIVGVDVMSFDTESEVLLAWRDFIREVDPDIIIGYNI CKFDLPYLIERAATLKIAEFPILGRIRNSRVRVKDTTFSSRQLGTRESKEVTVEGRVQFDLLQVMQRDYKLSSYSLNSVS AHFLSEQKEDVHHSIISDLQNGNAETRRRLAVYCLKDAYLPQRLLDKLMFIYNYVEMARVTGVPISFLLSRGQSIKVLSQ LLRKAKQRNMVIPNVKQAGSGSEQGTFEGATVLEPQAGFYEKPIATLDFASLYPSIMMAYNLCYCTLVTPEDARKLNIPP ESVNKTPSGETFVKSNLQKGILPEILEELLAARKRAKADLKEAKDPLEKAVLDGRQLALKISANSVYGFTGATIGQLPCL EISSSVTSYGRQMIEHTKKLVEDKFTMLNGYGHTAEVIYGDTDSVMVQFGVSSVEEAMKLGREAAEYISGTFIQPIKLEF EKVYFPYLLISKKRYAGLFWTKPDKFDKMDAKGIETVRRDNCLLVKNLVNDCLHKILIDRDIPGAVQYVKNAISDLLMNR MDLSLLVITKGLTKTGDDYEVKAAHVELAERMRKRDAATAPNVGDRVPYVIIKAAKGAKNYEKSEDPIFVLENNIPIDPH YYLENQISKPILRIFEPILKNASNELLHGSHTRSISISTPTNGGIMKFAKKQLTCIAMETTLSAHIAKEGNLNYTVKQ 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
PANTHER 6 869 864 0.0
PANTHER 6 869 864 0.0
Gene3D 10 413 404 7.1E-159
Pfam 22 319 298 3.6E-79
SUPERFAMILY 29 406 378 5.37E-97
CDD 146 375 230 4.21798E-165
SMART 150 611 462 1.6E-171
Gene3D 153 381 229 7.1E-159
Pfam 383 818 436 1.4E-154
SUPERFAMILY 408 821 414 7.23E-135
TIGRFAM 423 816 394 2.9E-91
CDD 426 819 394 0.0
Gene3D 427 656 230 9.4E-83
PRINTS 444 457 14 1.2E-11
Gene3D 500 552 53 9.4E-83
PRINTS 536 548 13 1.2E-11
PRINTS 597 605 9 1.2E-11
ProSitePatterns 599 607 9 -
Gene3D 673 828 156 1.1E-45

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
Molecular function Nucleotide binding Interacting selectively and non-covalently with a nucleotide, any compound consisting of a nucleoside that is esterified with (ortho)phosphate or an oligophosphate at any hydroxyl group on the ribose or deoxyribose.
Molecular function Nucleic acid binding Interacting selectively and non-covalently with any nucleic acid.
Molecular function DNA binding Any molecular function by which a gene product interacts selectively and non-covalently with DNA (deoxyribonucleic acid).
Molecular function DNA-directed DNA polymerase activity Catalysis of the reaction: deoxynucleoside triphosphate + DNA(n) = diphosphate + DNA(n+1); the synthesis of DNA from deoxyribonucleotide triphosphates in the presence of a DNA template and a 3'hydroxyl group.

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi1g1v0321600.3, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…