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LotjaGi1g1v0362300.3

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi1g1v0362300
Transcript ID LotjaGi1g1v0362300.3
Related isoforms 5
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description Calcium-transporting ATPase; TAIR: AT1G10130.1 endoplasmic reticulum-type calcium-transporting ATPase 3; Swiss-Prot: sp|Q9SY55|ECA3_ARATH Calcium-transporting ATPase 3, endoplasmic reticulum-type; TrEMBL-Plants: tr|K7KI34|K7KI34_SOYBN Calcium-transporting ATPase; Found in the gene: LotjaGi1g1v0362300
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr1:83722159..83741099) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

TTATTGTACCTAATAAATGGAAATGTTACTGTTAGTTGATTTCAGGCTAGTCAAGGTTTGTGCAAAGTTATAGAAAAATA AATTAGTTTATATATACTGTACTATAATGAACATTAGCGCCTGGGGATAATTCAAAAACCATAAATTGCTGTGCCACTGG TTTGAACCTCATCAAATATTATTGCCAATTGAGGTTCCGCTAGTTAATTGCCGATACCTTTGCTGTCCTGTAATTTTTCT GTTCTACGAAATAAACTCAATCAGTTCTTCTTAACTAATTCCTTTGAAATTTGATGTGCAGGAGCCCCGTTTTGGAAATT GGTTTTGAAACAATTTGATGATTTGCTTGTTAAGATACTAATTGTAGCTGCACTTGTATCATTCATTCTGGCGTTAATTA ACGGAGAAACAGGGTTGATGGCATTTTTGGAGCCTTCTGTAAGATTTGTTTGTACTTATATGTTGTGTATTTTTGTGAAC ATTTCTATTGGTGAAAGAATATTTGCTTGAATTGGTTCATACTTCATACCTTGATAATAAAGATGTATCCTTTTAATAGA AGCTGTAGACTATGAGCTGATTGAGTTTCTTTGCAACTTATGGAGTTTCTTGGCAAGATGACTTGTTAAATAATGTTTCT GAGTTAGAGAATGTACCAAAATTTTCACTATAAGTGTGATATTTATTAAATTGGGCTTATCAAATTGCTAGTATTATCTT GGATTAATTTCATTACTTTTACAGGTTTATTGATACAAAAAGAAATTCATTCATGTACAGGTTATTCTGATGATACTGGC AGCAAATGCAGCTGTAGGAGTGATTACAGAAACAAATGCTGAAAAAGCTCTTGAGGTAAATTTGAAATACTAATAATTTA GAGCTCCAAAGTCCCAACAATCTTACTGATAGTAGCTTATCAGTAACAAATCTTCATTGGTTTTGGATGAGTTTCCTAAA 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GCTTTTTTTCAAATTGTCTTTTAACCTGTTGTTTTATTATGCAGGTTATAATCATTGATGAGGTGTTAAAGTTCTTCTCC AGAAACCCTATTGGTAATCTTTTATTCCATCATGTTAAATTTTCAGCTCAATCTATGATACTAAGGGCCTGTTTATTTGA AAAAAAATATTTATTCTCATTTCTTGTTTTCCCAAATAATATACAAAAATATTATTTTATTTTCATTTTGTTTTTGTTTT TGAATACTAGTTCAGGAAATAGTGAAAATACCAAAATGTTGTTTGACTTGTTTCTACCATTTTCTATATGAATCGTTGAA AATATTCACAAGAAAAACAAGTACACTTTTTAAAATATTGATGAAAACTAGATATAGAAATCAAATATTTTTTCTCAAAC TGAATAGACTTAATTCTCTGTTTTGGGGGTTGGGGGTGGAGTGTTCAATGTGGCGTAAGATTGGTAGTCTCATTTTCAAT TTGATATTAACAATAATCATGGAAAAATATCAGTGGGTACATTTTCGACAGTGCTTTGACATGGGATATATACAGCATTA AGTGGTGTAAGCAACATCTCTATATTAAATATTTTCCTCATAGCTGATGTGAAAACTGTTCCTATGGTTTTAGGTTTGAG GTTCAGATTATGGTTCAGGAGGTCTGATTTACTTCCAAAAAGAGAAGTGCGTGATAAGTAA 

CDS sequence (LotjaGi1g1v0362300.3) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGGCATTTTTGGAGCCTTCTGTTATTCTGATGATACTGGCAGCAAATGCAGCTGTAGGAGTGATTACAGAAACAAATGC TGAAAAAGCTCTTGAGGAGCTACGCGCCTATCAAGCTGATGTGGCAACTGTCTTGCGAAATGGTTGTTTTTCCATACTTC CTGCAACTGAACTTGTTCCTGGGGATATTGTGGAAGTTTCTGTGGGGGGCAAAATTCCTGCTGATATGAGGATGATTGAG ATGCTAAGTAATCAAGTGCGTGTTGATCAGGCTATTCTTACAGGTGAGAGCAGCTCTGTGGAAAAAGAGCTCGAAACTAC CACAACAACAAATGCTGTATACCAAGACAAAACAAACATTCTGTTCTCGGGAACAGTTATGGTTGCTGGTAGGGCAAGAG CTGTTGTGGTGGGAGTTGGTCCTAACACTGCCATGGGCAGCATACGTGACTCAATGTTGCGAACAGAGGATGAGGTGACA CCATTGAAAAAGAAGCTGGATGAGTTTGGTACCTTTTTGGCCAAGGTTATTGCTGGAATATGTGTATTGGTATGGGTTGT AAATATTGGTCACTTCCGTGACCCTGCTCATGGTGGTTTCTTGCGTGGTGCAATTCATTATTTTAAGATTGCAGTTGCTC TGGCAGTTGCAGCAATTCCCGAAGGGCTCCCTGCTGTTGTTACAACGTGTTTGTCTCTTGGAACAAAGCGTATGGCTAGG TTGAATGCCATTGTTCGCTCTTTGCCATCCGTTGAGACCTTGGGCTGTACCACCGTAATTTGCAGTGACAAAACTGGGAC TCTAACTACCAATATGATGTCAGTTGCGAAGATATGTGTGCTTGAATCTGCAAATCGTAGTCCTTTTGTTACTGAATACA GTGTCAGTGGAACGACATATGCACCTGAAGGCACAATCTTTGACACGACAGGGGTTCAGCTTGACCTTCCTGCTCAATTG CCATGTCTTCTTCACATGGCTATGTGTTCTGCTCTTTGCAATGAATCAACCCTGCAGTACCATCCTGATAAAGGGAAGTA TGAAAAAATTGGTGAGTCCACTGAAGTGGCACTACGAGTCTTGGCAGAAAAGGTTGGTCTCCCTGGTTTTAATTCTTTGC CATCAGCCTTGAATATGTTGAGCAAGCATGAACGTGCTTCTTACTGTAACCATTATTGGGAGGAACAATTTAGAAAGTTA GATTATTTGGAATTTTCTCGAGATCGGAAAATGATGAGTGTTCTTTGCAGCCGGAACCAATTGCATGTTTTATTTTCTAA GGGTGCCCCAGAAAGTATAATATCTAGATGTTCAACCATTCTGTGCAATGACAATGGTTCCATTGTGCCACTTACTGCTG ATATTCGAGCCGAGCTGGAGTCGAAGTTCCACAGGTTTGCTGGAAAAGAAACATTGAGATGCCTAGCTTTGGCCCTGAAA TGGATGCCCTCAGTTCAACAAGCGCTGTCCTTTGATGATGAGAAAGATCTTACATTTATTGGACTGGTTGGGATGCTGGA TCCACCAAGAGATGAAGTAAGAAATGCGATGCTTTCATGTATGACTGCTGGCATACGTGTTATAGTTGTCACTGGGGATA ACAAGTCCACTGCTGAGTCACTTTGCCGCAAGATTGGAGCTTTTGACCATTTGATAGATTTTACTGAACATTCTTACACT GCTTCTGAGTTTGAAGAACTTTCAGCAGTAGAACGAACTATAGCATTGCAACGAATGGCACTTTTTACCAGGGTTGAACC TTCTCATAAAAGGATGCTGGTTGAAGCATTACAGCATCAGAATGAAGTGGTTGCAATGACGGGTGATGGAGTCAATGATG CACCTGCATTGAAGAAGGCAGATATAGGAATTGCTATGGGTTCAGGGACATCTGTTGCTAAGAGTGCATCGGACATGGTC CTGGCTGATGACAACTTTGCTTCAATTGTTGCGGCTGTGGCAGAGGGAAGGGCTATATACAATAATACAAAACAGTTCAT TAGATATATGATTTCCTCCAATATTGGTGAAGTAGTGTGTATATTTGTGGCTGCCGTGCTTGGACTACCTGATACTCTGG TCCCTGTCCAGTTGCTTTGGGTCAATTTGGTCACTGACGGATTGCCCGCTACTGCTATTGGCTTCAATAAGCAAGACTCC GATGTGATGAAGACTAAACCTCGAAAGGTTAGTGAAGCAGTTGTTACAGGTTGGCTCTTCTTTCGTTATTTGGTAATTGG AGCTTATGTTGGCCTTGCCACCGTTGCTGGTTTTATTTGGTGGTTTGTTTATTCTGATAGTGGCCCTAAACTACCATATT CGGAATTGATGAATTTTGACACCTGCCCAACCAGGGAGACAACTTATCCATGCAGTATATTTGATGATCGACACCCATCG ACTGTATCCATGACTGTGCTTGTCGTTGTTGAGATGTTCAATGCTTTGAACAATCTTAGTGAAAATCAATCTCTCCTGGT CATCCCTCCCTGGAGTAACTTGTGGCTTGTTGGTTCTATAGTCATAACTATGCTCCTTCACACACTAATATTATATGTTC GCCCACTGTCTGTTCTTTTCTCTGTAACTCCATTATCTTGGGCTGACTGGATGGTTGTCCTTTATCTTTCACTACCGGTT ATAATCATTGATGAGGTGTTAAAGTTCTTCTCCAGAAACCCTATTGGTTTGAGGTTCAGATTATGGTTCAGGAGGTCTGA TTTACTTCCAAAAAGAGAAGTGCGTGATAAGTAA 

Protein sequence (LotjaGi1g1v0362300.3) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MAFLEPSVILMILAANAAVGVITETNAEKALEELRAYQADVATVLRNGCFSILPATELVPGDIVEVSVGGKIPADMRMIE MLSNQVRVDQAILTGESSSVEKELETTTTTNAVYQDKTNILFSGTVMVAGRARAVVVGVGPNTAMGSIRDSMLRTEDEVT PLKKKLDEFGTFLAKVIAGICVLVWVVNIGHFRDPAHGGFLRGAIHYFKIAVALAVAAIPEGLPAVVTTCLSLGTKRMAR LNAIVRSLPSVETLGCTTVICSDKTGTLTTNMMSVAKICVLESANRSPFVTEYSVSGTTYAPEGTIFDTTGVQLDLPAQL PCLLHMAMCSALCNESTLQYHPDKGKYEKIGESTEVALRVLAEKVGLPGFNSLPSALNMLSKHERASYCNHYWEEQFRKL DYLEFSRDRKMMSVLCSRNQLHVLFSKGAPESIISRCSTILCNDNGSIVPLTADIRAELESKFHRFAGKETLRCLALALK WMPSVQQALSFDDEKDLTFIGLVGMLDPPRDEVRNAMLSCMTAGIRVIVVTGDNKSTAESLCRKIGAFDHLIDFTEHSYT ASEFEELSAVERTIALQRMALFTRVEPSHKRMLVEALQHQNEVVAMTGDGVNDAPALKKADIGIAMGSGTSVAKSASDMV LADDNFASIVAAVAEGRAIYNNTKQFIRYMISSNIGEVVCIFVAAVLGLPDTLVPVQLLWVNLVTDGLPATAIGFNKQDS DVMKTKPRKVSEAVVTGWLFFRYLVIGAYVGLATVAGFIWWFVYSDSGPKLPYSELMNFDTCPTRETTYPCSIFDDRHPS TVSMTVLVVVEMFNALNNLSENQSLLVIPPWSNLWLVGSIVITMLLHTLILYVRPLSVLFSVTPLSWADWMVVLYLSLPV IIIDEVLKFFSRNPIGLRFRLWFRRSDLLPKREVRDK 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
SignalP_GRAM_NEGATIVE 1 17 17 -
Phobius 1 171 171 -
SignalP_EUK 1 18 18 -
TIGRFAM 1 762 762 2.6E-285
SUPERFAMILY 4 892 889 4.84E-108
PANTHER 6 908 903 0.0
PANTHER 6 908 903 0.0
Gene3D 8 155 148 1.2E-41
Coils 27 47 21 -
Pfam 38 240 203 8.3E-49
SUPERFAMILY 40 151 112 2.88E-28
PRINTS 89 103 15 9.8E-42
TIGRFAM 151 283 133 1.6E-25
Gene3D 156 892 737 0.0
TMHMM 169 191 23 -
Phobius 172 190 19 -
Phobius 191 209 19 -
Phobius 210 233 24 -
TMHMM 211 233 23 -
Phobius 234 665 432 -
SFLD 242 659 418 0.0
SFLD 242 659 418 0.0
Gene3D 243 645 403 0.0
PRINTS 261 275 15 9.8E-42
ProSitePatterns 263 269 7 -
SUPERFAMILY 268 505 238 1.83E-54
Gene3D 271 509 239 0.0
Pfam 331 440 110 5.8E-21
SUPERFAMILY 494 655 162 2.07E-44
Pfam 498 621 124 6.5E-17
PRINTS 501 512 12 9.8E-42
PRINTS 523 533 11 9.8E-42
TIGRFAM 577 696 120 6.4E-37
PRINTS 579 595 17 9.1E-14
PRINTS 607 623 17 9.1E-14
PRINTS 607 626 20 9.8E-42
PRINTS 630 642 13 9.8E-42
PRINTS 638 663 26 9.1E-14
TMHMM 666 688 23 -
Phobius 666 687 22 -
Phobius 688 698 11 -
Pfam 692 890 199 7.5E-44
TMHMM 693 715 23 -
Phobius 699 716 18 -
Phobius 717 736 20 -
Phobius 737 763 27 -
TMHMM 738 760 23 -
Phobius 764 801 38 -
TMHMM 802 819 18 -
Phobius 802 819 18 -
Phobius 820 830 11 -
Phobius 831 852 22 -
TMHMM 831 853 23 -
Phobius 853 871 19 -
TMHMM 868 890 23 -
Phobius 872 890 19 -
Phobius 891 917 27 -

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
Molecular function Nucleotide binding Interacting selectively and non-covalently with a nucleotide, any compound consisting of a nucleoside that is esterified with (ortho)phosphate or an oligophosphate at any hydroxyl group on the ribose or deoxyribose.
Molecular function Calcium-transporting ATPase activity Enables the transfer of a solute or solutes from one side of a membrane to the other according to the reaction: ATP + H2O + Ca2+(cis) = ADP + phosphate + Ca2+(trans).
Biological process Calcium ion transport The directed movement of calcium (Ca) ions into, out of or within a cell, or between cells, by means of some agent such as a transporter or pore.
Cellular component Integral component of membrane The component of a membrane consisting of the gene products and protein complexes having at least some part of their peptide sequence embedded in the hydrophobic region of the membrane.

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi1g1v0362300.3, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

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