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LotjaGi1g1v0362300.6

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi1g1v0362300
Transcript ID LotjaGi1g1v0362300.6
Related isoforms 5
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description Calcium-transporting ATPase; TAIR: AT1G10130.1 endoplasmic reticulum-type calcium-transporting ATPase 3; Swiss-Prot: sp|Q9SY55|ECA3_ARATH Calcium-transporting ATPase 3, endoplasmic reticulum-type; TrEMBL-Plants: tr|K7KI34|K7KI34_SOYBN Calcium-transporting ATPase; Found in the gene: LotjaGi1g1v0362300
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr1:83724466..83741099) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

ATGAGGATGATTGAGATGCTAAGTAATCAAGTGCGTGTTGATCAGGCTATTCTTACAGGTATTCCCGGTATACATATCTT ATACGGTGAATGGGACTATTGAATGTCTGAAAAAACATCACATAGCCCATGTGTTGACATGATCAGAGGCCTTATTGGTC AGTACTGCTAATATTTGACTTATTTGGATATAGTCTACTGATCCATAAGAGAAGTATGGTAGGTGATCCACATTAGTTCT TATTCTTGTTAGTTATATTGCATCTTATCCTTATTGGCAAATCCATAATTTTTGCTTGTGAATTTGGATGACTTGATTAA GATTTGTAAATCAATTGATAATTTCATTTGTTGTTAGTATCTTATTTAATGAGTCTTTATTGCTTGTGTTAGAAATATAA TATAAAATCATTCATGTGTGAGCCCAACAATTTAAGTTTTTGGGATAGTTGGTTCATGACATGGTATCATAACCTCTATG ACTAAGTGATCTAGACTTTGATCCTCGTTGCCCCTAATTATTCTAAAAAAGAATTTGAATTTAAGCACATTGTAGGTGGG CCTATGCATTGTCCACGCTTAAAGCCAATGAGCTCTTGCCTGAGGAGTCATGTTAGAATTATATAATAAAATCATTCATG TGTCTTCACCCAACAACTTAAGCTTTTGAGGTAGTTGGTTTATGAAATATTTTCAAAATAAATTGGAAGAATGGTTAAAG ATTGTGAAACGAATAATCGGAAGATCGTACAGAAAAAAGTATAAGTGTATTTTAACTCAAAAAAGGACAAAACTTACATC AAGTTCCTTATATCTATTTCATCAAGTTCACCAACTATATTGCATTGTTTGAGTGGAAATTTTTTTATAGTTCAAGAATG AATTCTTAATGAGTGCCATTTATTGTTAGAAAAAAAATCCATGTGTCATTGTTTGAGTGGAAAACTTGATGGCAAGGATA 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TTTTTTCTCAAACTGAATAGACTTAATTCTCTGTTTTGGGGGTTGGGGGTGGAGTGTTCAATGTGGCGTAAGATTGGTAG TCTCATTTTCAATTTGATATTAACAATAATCATGGAAAAATATCAGTGGGTACATTTTCGACAGTGCTTTGACATGGGAT ATATACAGCATTAAGTGGTGTAAGCAACATCTCTATATTAAATATTTTCCTCATAGCTGATGTGAAAACTGTTCCTATGG TTTTAGGTTTGAGGTTCAGATTATGGTTCAGGAGGTCTGATTTACTTCCAAAAAGAGAAGTGCGTGATAAGTAA 

CDS sequence (LotjaGi1g1v0362300.6) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGAGGATGATTGAGATGCTAAGTAATCAAGTGCGTGTTGATCAGGCTATTCTTACAGGTGAGAGCAGCTCTGTGGAAAA AGAGCTCGAAACTACCACAACAACAAATGCTGTATACCAAGACAAAACAAACATTCTGTTCTCGGGAACAGTTATGGTTG CTGGTAGGGCAAGAGCTGTTGTGGTGGGAGTTGGTCCTAACACTGCCATGGGCAGCATACGTGACTCAATGTTGCGAACA GAGGATGAGGTGACACCATTGAAAAAGAAGCTGGATGAGTTTGGTACCTTTTTGGCCAAGGTTATTGCTGGAATATGTGT ATTGGTATGGGTTGTAAATATTGGTCACTTCCGTGACCCTGCTCATGGTGGTTTCTTGCGTGGTGCAATTCATTATTTTA AGATTGCAGTTGCTCTGGCAGTTGCAGCAATTCCCGAAGGGCTCCCTGCTGTTGTTACAACGTGTTTGTCTCTTGGAACA AAGCGTATGGCTAGGTTGAATGCCATTGTTCGCTCTTTGCCATCCGTTGAGACCTTGGGCTGTACCACCGTAATTTGCAG TGACAAAACTGGGACTCTAACTACCAATATGATGTCAGTTGCGAAGATATGTGTGCTTGAATCTGCAAATCGTAGTCCTT TTGTTACTGAATACAGTGTCAGTGGAACGACATATGCACCTGAAGGCACAATCTTTGACACGACAGGGGTTCAGCTTGAC CTTCCTGCTCAATTGCCATGTCTTCTTCACATGGCTATGTGTTCTGCTCTTTGCAATGAATCAACCCTGCAGTACCATCC TGATAAAGGGAAGTATGAAAAAATTGGTGAGTCCACTGAAGTGGCACTACGAGTCTTGGCAGAAAAGGTTGGTCTCCCTG GTTTTAATTCTTTGCCATCAGCCTTGAATATGTTGAGCAAGCATGAACGTGCTTCTTACTGTAACCATTATTGGGAGGAA CAATTTAGAAAGTTAGATTATTTGGAATTTTCTCGAGATCGGAAAATGATGAGTGTTCTTTGCAGCCGGAACCAATTGCA TGTTTTATTTTCTAAGGGTGCCCCAGAAAGTATAATATCTAGATGTTCAACCATTCTGTGCAATGACAATGGTTCCATTG TGCCACTTACTGCTGATATTCGAGCCGAGCTGGAGTCGAAGTTCCACAGGTTTGCTGGAAAAGAAACATTGAGATGCCTA GCTTTGGCCCTGAAATGGATGCCCTCAGTTCAACAAGCGCTGTCCTTTGATGATGAGAAAGATCTTACATTTATTGGACT GGTTGGGATGCTGGATCCACCAAGAGATGAAGTAAGAAATGCGATGCTTTCATGTATGACTGCTGGCATACGTGTTATAG TTGTCACTGGGGATAACAAGTCCACTGCTGAGTCACTTTGCCGCAAGATTGGAGCTTTTGACCATTTGATAGATTTTACT GAACATTCTTACACTGCTTCTGAGTTTGAAGAACTTTCAGCAGTAGAACGAACTATAGCATTGCAACGAATGGCACTTTT TACCAGGGTTGAACCTTCTCATAAAAGGATGCTGGTTGAAGCATTACAGCATCAGAATGAAGTGGTTGCAATGACGGGTG ATGGAGTCAATGATGCACCTGCATTGAAGAAGGCAGATATAGGAATTGCTATGGGTTCAGGGACATCTGTTGCTAAGAGT GCATCGGACATGGTCCTGGCTGATGACAACTTTGCTTCAATTGTTGCGGCTGTGGCAGAGGGAAGGGCTATATACAATAA TACAAAACAGTTCATTAGATATATGATTTCCTCCAATATTGGTGAAGTAGTGTGTATATTTGTGGCTGCCGTGCTTGGAC TACCTGATACTCTGGTCCCTGTCCAGTTGCTTTGGGTCAATTTGGTCACTGACGGATTGCCCGCTACTGCTATTGGCTTC AATAAGCAAGACTCCGATGTGATGAAGACTAAACCTCGAAAGGTTAGTGAAGCAGTTGTTACAGGTTGGCTCTTCTTTCG TTATTTGGTAATTGGAGCTTATGTTGGCCTTGCCACCGTTGCTGGTTTTATTTGGTGGTTTGTTTATTCTGATAGTGGCC CTAAACTACCATATTCGGAATTGATGAATTTTGACACCTGCCCAACCAGGGAGACAACTTATCCATGCAGTATATTTGAT GATCGACACCCATCGACTGTATCCATGACTGTGCTTGTCGTTGTTGAGATGTTCAATGCTTTGAACAATCTTAGTGAAAA TCAATCTCTCCTGGTCATCCCTCCCTGGAGTAACTTGTGGCTTGTTGGTTCTATAGTCATAACTATGCTCCTTCACACAC TAATATTATATGTTCGCCCACTGTCTGTTCTTTTCTCTGTAACTCCATTATCTTGGGCTGACTGGATGGTTGTCCTTTAT CTTTCACTACCGGTTATAATCATTGATGAGGTGTTAAAGTTCTTCTCCAGAAACCCTATTGGTTTGAGGTTCAGATTATG GTTCAGGAGGTCTGATTTACTTCCAAAAAGAGAAGTGCGTGATAAGTAA 

Protein sequence (LotjaGi1g1v0362300.6) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MRMIEMLSNQVRVDQAILTGESSSVEKELETTTTTNAVYQDKTNILFSGTVMVAGRARAVVVGVGPNTAMGSIRDSMLRT EDEVTPLKKKLDEFGTFLAKVIAGICVLVWVVNIGHFRDPAHGGFLRGAIHYFKIAVALAVAAIPEGLPAVVTTCLSLGT KRMARLNAIVRSLPSVETLGCTTVICSDKTGTLTTNMMSVAKICVLESANRSPFVTEYSVSGTTYAPEGTIFDTTGVQLD LPAQLPCLLHMAMCSALCNESTLQYHPDKGKYEKIGESTEVALRVLAEKVGLPGFNSLPSALNMLSKHERASYCNHYWEE QFRKLDYLEFSRDRKMMSVLCSRNQLHVLFSKGAPESIISRCSTILCNDNGSIVPLTADIRAELESKFHRFAGKETLRCL ALALKWMPSVQQALSFDDEKDLTFIGLVGMLDPPRDEVRNAMLSCMTAGIRVIVVTGDNKSTAESLCRKIGAFDHLIDFT EHSYTASEFEELSAVERTIALQRMALFTRVEPSHKRMLVEALQHQNEVVAMTGDGVNDAPALKKADIGIAMGSGTSVAKS ASDMVLADDNFASIVAAVAEGRAIYNNTKQFIRYMISSNIGEVVCIFVAAVLGLPDTLVPVQLLWVNLVTDGLPATAIGF NKQDSDVMKTKPRKVSEAVVTGWLFFRYLVIGAYVGLATVAGFIWWFVYSDSGPKLPYSELMNFDTCPTRETTYPCSIFD DRHPSTVSMTVLVVVEMFNALNNLSENQSLLVIPPWSNLWLVGSIVITMLLHTLILYVRPLSVLFSVTPLSWADWMVVLY LSLPVIIIDEVLKFFSRNPIGLRFRLWFRRSDLLPKREVRDK 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
Gene3D 1 80 80 1.2E-20
Phobius 1 96 96 -
PANTHER 1 833 833 0.0
PANTHER 1 833 833 0.0
SUPERFAMILY 2 76 75 2.62E-13
TIGRFAM 6 208 203 2.0E-25
TIGRFAM 8 687 680 2.4E-256
Pfam 8 165 158 1.7E-35
PRINTS 14 28 15 6.0E-42
SUPERFAMILY 78 817 740 5.89E-100
Gene3D 81 817 737 0.0
TMHMM 94 116 23 -
Phobius 97 115 19 -
Phobius 116 134 19 -
Phobius 135 158 24 -
TMHMM 136 158 23 -
Phobius 159 590 432 -
SFLD 167 584 418 0.0
SFLD 167 584 418 0.0
Gene3D 168 570 403 0.0
PRINTS 186 200 15 6.0E-42
ProSitePatterns 188 194 7 -
SUPERFAMILY 193 430 238 1.57E-54
Gene3D 196 434 239 0.0
Pfam 256 365 110 5.2E-21
SUPERFAMILY 419 580 162 1.72E-44
Pfam 423 546 124 5.6E-17
PRINTS 426 437 12 6.0E-42
PRINTS 448 458 11 6.0E-42
TIGRFAM 502 621 120 5.7E-37
PRINTS 504 520 17 7.2E-14
PRINTS 532 551 20 6.0E-42
PRINTS 532 548 17 7.2E-14
PRINTS 555 567 13 6.0E-42
PRINTS 563 588 26 7.2E-14
TMHMM 591 613 23 -
Phobius 591 612 22 -
Phobius 613 623 11 -
Pfam 617 815 199 6.5E-44
TMHMM 618 640 23 -
Phobius 624 641 18 -
Phobius 642 661 20 -
Phobius 662 688 27 -
TMHMM 663 685 23 -
Phobius 689 726 38 -
TMHMM 727 744 18 -
Phobius 727 744 18 -
Phobius 745 755 11 -
TMHMM 756 778 23 -
Phobius 756 777 22 -
Phobius 778 796 19 -
TMHMM 793 815 23 -
Phobius 797 815 19 -
Phobius 816 842 27 -

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
Molecular function Nucleotide binding Interacting selectively and non-covalently with a nucleotide, any compound consisting of a nucleoside that is esterified with (ortho)phosphate or an oligophosphate at any hydroxyl group on the ribose or deoxyribose.
Molecular function Calcium-transporting ATPase activity Enables the transfer of a solute or solutes from one side of a membrane to the other according to the reaction: ATP + H2O + Ca2+(cis) = ADP + phosphate + Ca2+(trans).
Biological process Calcium ion transport The directed movement of calcium (Ca) ions into, out of or within a cell, or between cells, by means of some agent such as a transporter or pore.
Cellular component Integral component of membrane The component of a membrane consisting of the gene products and protein complexes having at least some part of their peptide sequence embedded in the hydrophobic region of the membrane.

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi1g1v0362300.6, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

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