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LotjaGi1g1v0416200.1

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi1g1v0416200
Transcript ID LotjaGi1g1v0416200.1
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description Exocyst complex component SEC3A; TAIR: AT1G47550.1 exocyst complex component sec3A; Swiss-Prot: sp|Q9SX85|SEC3A_ARATH Exocyst complex component SEC3A; TrEMBL-Plants: tr|I1JTE4|I1JTE4_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi1g1v0416200
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr1:90899522..90923012) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

ATTCCTTGAAAGTCTCAAACCATTCCTTACAAAGAGTGTTATCTCGTCACAATATTGTGACGATGAGATGTAGAGAAATG TGATTGTAGGAAGCCGAATCGCTATTGTACGCATAAAAACTAGTATTTCTTACCCGTGTCTTGTAGGCGGCGGGGCAAAT TAATAAATAATGGTGATGTATTGGACCGCTGATTAACGAACAATTCGTTCCTGGCGCTAAAAAGAGTGAAGTGGCACGAA GGTAGAGAAAGGTGTAAACTGCAAATGTACGTGTGAGCGTAACATTTCTCTTCGAGATCAGAGAGAGAGTGAGAGACGAA CGAAAATGGCGAAATCCAGCGCTGACGACGCGGAGCTCCGGCGAGCTTGCGAGGCTGCAATCGAAGGCACGAAGCAGAAG ATCGTCTTGTCTATTCGAGTTGTCAAGACTATCGGCACCTGGGGAAAAACCTCCAAGCTTGGCCGTCAAATGGCCAAACC TAGGGTTCTCGCTATCTCCAGTACGCACTCGCCATCTCACACTCGTTTCTTTCTAATTCCGCATTTTGCAATAACACATT TTCCATTTCAATGATGCATCTATAAGCGCAATTGAACAGTCATTCTATGAACAAGTGAATGTAGTGATTGTTGTCTCGCT TATTGGGTTTGGCATTTCCTTTTGAGGCAGGCCATAAGGGTTTACTTTGTTGCTCCAGGAGATAACATGTGGTGTTTTTG CATTCTATTACTTCTATGGGTTTTCAAACTTGTAAATTAGGTAGTAGTTTCTATTTCATGTTAATAGTCAGTGTGCAGTC AGAAACACTTTTATTTTCTATTTTTTCTTTTAATTGCAAAAATGTCACCAGAAGCTAAAAAAAAGTTCTATGGTGTTTGC TGTTTCATATACAAATATTTGGAAACAGGAATACAAGTTATACAAGATGACATTTTTGTAATTTAATAGGTGATTGTATG 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TTGGTGACTTGGAGTCTCGAATATCTATGCAATTCAGCCGTGTATGTGACTAGCTTCATAAAGACCGCAAAATGCATTTA GAAGATAGAGGTGCTAACTCAATTCATCTATTTGGAAATATTTTTCAGTATGTTGATGAAGCTTGCCATCAGATTGAAAG AAGTGAGCGCAATGTTCGCCAAACTGGTGTGCTACCGTACATTCCCAGGTGAAATGGATCCTTGCAGTCTTCTTTTCCAG TTTTCCCTTTTTCTCCAAAGAAATTGTTTTTCCCCAGGCCCAGAATGATAGTACAGTTGTCCACTCTTTTTAGCCTGTTA TACAGAGTTTAGAATATAGAAAGACCTAGAATATCATCACGACTAAATATTGTGAAAGGTTCTGTTTTTTGTGAACCACA TTATGGTCAGATAAGGTCACTTTTGGTTAATCTGAAATCTAAATTACATGATGTTCATACAAGCCTGTGGAAAATTGTGT TTCAACTTTCAAGTCAAGTTTCAGAAAAAAATTTATTTATTTTTCTAAGTCAATATTTAGATAGAATCAGAGATATCTCA AAGAAAGTTGCTGATCTTTCTGGAAATATACTGACATGGCAAGCAAACTAATGATAAGGAATGACTGCTTTATGATGTCA TCAAATTGCCCTAATTGCTTGCTTATGTGCATGTGAGCAATGCACTTAAGTTGTCGGCCTTGTATACTAGATGTGAGCAT GCAGTAATGTGTGGATAATAAAGAGGTGGAGAGGATAAGTGGCAGAGATATGGATGGAGAAAATTGGATATATTACTAAG TAACTAGCAAGCATTTCATTCAATTATAGGTACTTTTGTTAAATATAAAATATATATATATATATATATCGTGTTTAAAG TTTTAATTTTGAAAATTAATCTAAGTGATAGAAAATTAATTTAATGATCATTTATAAATATCTATTTGGTATGATGTTGA TTGATTGAAGAAATTAAAGTATTGATTAAGGAAATTAATTATATCCTTTGGTTGAATGATTATTTAAAAGGTAGTAAATA TTAATTTGGTTTTGATTTAATATGGAAGCTCAAGATATGTATTATAGTACAAGACACATTGATTTGTGAGACAGGAGATA CAGTATGGCATTGTTTCATAAAATTCAAGAATGACTAAAATTTAACATATAGAGGTGAATATTTCTTTGATATAATGTTA AGTGAAAAAAAAACCATTTAATTGTGTATGTTTATAAGCCTATATACTTTTGGTTTATTCAGAAAACGTGAGAATAAAGT CATTGTTTGAAAACTGCCTCCCAGTTCTAATTGTCTGTGTGTATGTTGCAGCAATGAGCAGTTATGCCGGTTGCAAATCT AATTGTGTGTGTGTGTGTACTTTCCGGTCTGTATTTAGTAACTCAAGTCTGTCTTCATATTTGGTGTTAAGTAATGCTTT TTTTTTTGCTTTCTTATAGATTTGCAACCCTTGCAACACGGATGGAACAGTACATCACAGGACAATCAAGGGATTTGGTT GATCAAGCATACACAAAATTTGTTAGTAATTCCTTTTAAGCGTCTTGTTTTGTGATATCTCCCAGACAACTTAGGGGGGA AATATAGTTAATATCTCTCAGGAACTTGCTTTCCTATTTCGATGAGACTAAAATAAATCTAGTTAATTACCCTACCACTC TTGAATTTTTTTTCCCTATCCATTTTTCCTTCTTATTTGGGGTTGTGGGAGAAGAAAGTTAGTTAAGTTGTGGTCTTTTT CATGCATATGCATTTGGTTAGAAGGAATTGTAAGAGTTTTCAGCCTATGGTGTCTATCCAGTTCCTTGTTTCCTGATATG CTATTGTATCTTTGTAGGTTTGCATTTAATTTTTAGGAGTGCTCTTTATTTCTTTTGGTGTTGGGTGATTTCCTATTTGT TCTGTTTTGCATTCTTCTTTTCTCTTATGTACATTTGGTACAAGGAATGTAATGCCATTGAATAAATAAGAACAGAAATT AGTCAATTGGAATAGAAACCTGTTCAGATTCCATAGTTTGGTACAGTTAGAAATAAAACTGCATGGAAAGTGATTCTGCA ATTTGATGCATGAAATACAATATGTAACAGGACTGAATTGATTCAAATGACATAAGTAACTGTAGTGAAAAAAATGAGAA GTTTGACCTTTTTATTCAATATATTAGTATTAAATGAATTCTCATTTTTTTTTGTGTGTTATTAATTTCTTTCTAAAGAA CAGAGAAAAGACTTTTCATCCATCAATAAAGTTTCACTGAACTTCTTTATAATTTGTGTGTGCATATCTATATTGCCTAT TCCCTGGCTTTACAACCAGTAATTTTGTGCTGTATCATTTCTATATTATTGATGCATCCTTAATGAATGAGAAATTGATA GTCTTAACCCTTAAGTCATATCCACTATGTTGATAGACACTGCAGATGATTTCAATTGATTACTGCCTACTTACTCTCTT GTCTGCTGTCCAAGTATTCAATTTTCTTTTTTCTTTTGTTTTCTTGTCATGTTTCAACAATGTGTAACCAAAATTGGCAT GTTGTTTGCTGGTGGGATTGTTGCTTGACAGGTTAGCATAATGTTTGTAACTCTGGAAAAACTTTCACAAACAGATCCAA AGTATGCAGATATTTTTCTCATAGAGAACTATGCTGCTTTTCAGAATAGGTTGGTTTCCATTCCCCTTCAAAGGGGAAGC TCAAGGCTGTTTCAACTCTTTCCTGTTTGTCAACTTGAATCTTTATAAGGAGTTAAAAGCTGGTTTTCTCTTGTTACTTT GTTTTGCTCAGTTTGTATGACCTTGCCAACGTGGTGCCCACTTTGGCCAAGTTTTATCATCAGGCTAGTGAAGCCTATGA GCAAGCTTGTACACGCCACATCAGCATGATTATCTACTATGTGAGTATTCCGTTCTCTATTTTCTGACTTTTTGTTGACC ATACTTGAATTTATAGCCTGTAGGACATAACTCATTATCCCTTTTCTTCCTTGTAAAGCAATTTGAACGCCTCTTCCAGT TTGCTCGAAGGATTGAGGACTTGATTCTCAATAACCTTCAACCTGAAGAGGTTTGTTATGTACAATTCTGTTTGATAATC TTTCATAGATCCTGCCATCTTGAATTTTTTCAATTAACAATTATTTGCAATGTTTCTCGTACATTGATAGAAGTAATCAT TGTAGAACAAGTCTAAAAATCCTTTATGGGCACCATGTGTAAAGTATGTGTTAGAATATAATATAAAATCATTCATATGT CATTTACCCAAAAGCTAATTGGTTTATGACATGGTATGAGACTCTCTATGACCAAGTGGTCTAGAGTTCGATGCTTGTCA CCCTCAACTACTCTAATAAAAAAAGTTGAATTTCAGCATAAGGCGGGTGGGTCTGTGCATTGTCCATGCTTCAAGCCCAA AAAGAGCTCTTGCGTGAGGTGGCGTGTTAGAATATGATATAGTAATATACAACCATTGATGTGTCATTTACTCAAAACCT AAGCTTTTGGGATAATTGGTTCATGACAGTATGGAAAGTTGAAGGTCTAATAGTTTATTACACTAATTTCCGAGGTTCCC CTCCCAGTATATGCAATGAAAAGCAGACTAAATTTATCAAAATGTATCGAATTGTCTTGAGGTATTCATTTTGATTAAAG TCAGTCTATATGGGCTACTCATTTTTGTATATTTACCTTTTTTATCGTGTGTGAATAGATAGCCAAAATTAACATTTTTA TCTGGATATTTACATTCTACCCTCACTAGTGTTCTATGTCCATTTCAGGTCCCTTTCCAGATTGGGCTGTCAAAAGTTGA TCTTCGGAAGATGCTAAAATCTAGTTTATCTGGGGTAAGGTGGTGCCTATCTTTTTTTATAACCCTTTGGCAAGCGGCTT ACTTTGTGAATTATGTCTTTACTTTCCTGTAAAGGTGGACAAGTCTATTGGTGCAATGTATAAGAAATTGCAGAAGAACT TGACTTCAGAGGAATTGCTGCCTTCCTTATGGGATAAATGCAAGGTACGTGAACTTAATTCCAATTGACTAACACAAAAT AAGAATGAACCGAAAATCATATGGTAAACGTTTCCAAGGCCAAATTGCAAAGGTCATGTGATTGCTTTGGTAGTATCACC ACGTGCATTACTGATGCAATTCTACAAACTTAGAAGATGCATGTAATAAATGAACCCTTCTGTGTTGGACTCTTAGACTT TTAAGTGCTTCAAGTCCCCGACATACTTAGGACTGACAAATTACTTTAGGTCCATAGGATCATAATAATGGTGGATTTAT AATTAAAACTAAATGATAAATGAAAATACAAACTGGACATGCCTAGAATTTCTCCTAGAACAAAGTAACTTGCATGCAAC AATTTCTGATTGTCATTTCCCCAAAACTATGGCAGAAGGATTTTCTGGATAAGTACGATAGTTTTGCCCAACTTGTCGCC AAGATTTACCCTGCCGAGTCAATTCCTTCTGTAGGAGAGTTGAGAGATCTTTTAGCTTCCATGTAAAGGTTCATGCTGTA TATATTTGCTTCCAATCTTTTATACCTATTCATTCTTTTTACGACGATGTAATTTGATTTACTTAATGAAGTGCACTTCA GTGATTTTAATTACTTGAAACAAGCACCTGAATACATCAGCCAGACTATGAGATCAATAATATCTCGTGGGAGTTTCATG CTTTGATTACGTTTCGATAGTCATTTTTTGGTGTTTTGATACTGTGATACATTGAAAGGGAAACACCTCTCCAAATTGAG AGTTATAATAGAGCACCAGATCATATACTACCCCATTTACTTGCAAATTTTGTAGCATATTATTGATACATTTTACTAAA TCTTTTTATTCACGTAAATTATGTTTTAAAACTATGACAGAAGGATTTTCTGGATAAGTACGATACTTTTGCCCAACTTG TCGCCAAGATATACCCGGCTGAGTCAATTCTTTCTGTAGGAGAGTTGAGAAATCATTTAGCTTCTATGTAAAGGTTTATG CTGTATATACTTGCTTTCAATTTTTCTTACCTGTTCATCCTTTTTACAACGATGTAATTTGATTTACTTAATGAAGTGGA GACTTCAGTGATTTTAGTTACTCGATACAAGCAGTTTAATGCATCGTCCAGGCAATGAGATGAATAAAAATCTCGTGTAA GTTTCATGTTTTGATTAGGTTTCGATAGTCGTTTTTTGGTGTTTTGGTTAC 

CDS sequence (LotjaGi1g1v0416200.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGGCGAAATCCAGCGCTGACGACGCGGAGCTCCGGCGAGCTTGCGAGGCTGCAATCGAAGGCACGAAGCAGAAGATCGT CTTGTCTATTCGAGTTGTCAAGACTATCGGCACCTGGGGAAAAACCTCCAAGCTTGGCCGTCAAATGGCCAAACCTAGGG TTCTCGCTATCTCCACAAAAGCAAAAACTCAACGGACAAAAGCTTTTCTTCGAGTTTTAAAGTATTCCAACGGAGGGGTT CTTGAGCCTGCTAAGATATACAAGCTGAAGCATCTCTCAAAACTGGAAGTTGTAACAAATGATCCTAGTGGATGTACGTT TACGTTGGGATTTGATAATCTTAGAAGCCAGAGTGTGGCTCCTTCACAGTGGACAATGCGCAATATTGATGACAGGAATC GCCTCCTGCTTTGTATCTTAAATATGTGCAAAGATGTCCTGGGTCGCCTTCCTAAGGTTGTTGGTATGGATGTTGTGGAG ATGGCTCTTTGGGCAAAGGAAAATACACCTGCAGTTTCCACTCAAAGTAACCAACAAGATGGTGCTCCTGCTGAATCTTC TGTCACTGAAGCAGAATTGAAAGTCAATGTTGAAAAGGAACTTGTCTCCCAGGCAGAGGAAGAGGACATGGAGGCTCTTT TGGGAACTTATATCATGGGTATTGGTGAAGCAGAGGCATTTTCTGAAAGGTTGAAAAGAGAGCTCCAGGCTCTGGAAGCA GCAAATGTGCATGCCATTTTAGAAAGCGAACCTTTGATAGATGAGGTGTTGAAAGGGCTTGAAGCAGCTTCAAATTGTGT CGAAGACATGGATGAATGGTTAGGCATGTTCAATGTGAAACTCCGACATATGAGGGAGGATATTGAATCAATTGAAATCC GCAATAATAAGCTGGAAATGCAATCAGTAAATACAAGATCTCTCATTGAAAAGCTTGATAAGCTTCTTGAGCAATTGAGT ATCCCTTCTGAGTATTCAGCATGTCTGACAGGAGATTCATATGATGAAGAACAAATGATGCAAAATATAGAAGCATGCGA GTGGTTGACCACTGCCTTGCGTGGTCTTGAAGTGCCTAATATAGATCCTACTTATGCAAATATGAGAGCTGTTAAAGAGA AGCGAGGCGAGCTTCAAATAATAAAATCTACTTTTGTCAGGAGGGCTACTGAATTCTTGAGGAATTACTTTGCTACTTTT GTTGATTTCATGATAAATGATAAAAATTACTTTTCTCAGCGGGGACAGTTGAAAAGGCCAGACCATGCTGACCTGCGGTT CAAGTGCAGGACATATGCACGTCTTCTGCAACATTTAAAGATTCTTGATAAGAATTGCTTGGGCCCACTGAGAAAATCTT ATTGCAGTTCTCTAAACTTGCTTCTTCGCAAGGAGGCTCGTCAGTTTGCCAATGAACTTCGTGCTAGTACTAAAGCTTCT AGAAATACAAATATTTGGCTTGAAGGTTCCTCCGGTTCTAGTCAGAATGTTAATTCTGCTGACACTGCTGTAGTTTCTGA ATCATATGCAAAAATGCTAACAATTTTTATTCCACTTCTGGTGGATGAGAGCTCTTTTTGTGCACACTTTATGTGCTTTG AAGTTCCTACACTTGATGCTAACAAATCTGGATACAAGGATGATGCTAACGATGATGATTTGGGAATAGAGGACATTGAT GAGAATGACAGTAAATCTGGTAAAAACTCTGCGGAACTTGCAGCTTTAAATGAATCACTTCAGGATTTGCTCGATGGAAT TCAAGAAGACTTTTATGCTGTTGTGGATTGGGCATTCAACCTTGATCCTTTATGCTGTATATCAATGCATGGAACAACAG AACGCTATCTCTCCGGTCAGAAAAATGATGCAGCAGGATTTGTACGCCTTTTGCTTGGTGACTTGGAGTCTCGAATATCT ATGCAATTCAGCCGTTATGTTGATGAAGCTTGCCATCAGATTGAAAGAAGTGAGCGCAATGTTCGCCAAACTGGTGTGCT ACCGTACATTCCCAGATTTGCAACCCTTGCAACACGGATGGAACAGTACATCACAGGACAATCAAGGGATTTGGTTGATC AAGCATACACAAAATTTGTTAGCATAATGTTTGTAACTCTGGAAAAACTTTCACAAACAGATCCAAAGTATGCAGATATT TTTCTCATAGAGAACTATGCTGCTTTTCAGAATAGTTTGTATGACCTTGCCAACGTGGTGCCCACTTTGGCCAAGTTTTA TCATCAGGCTAGTGAAGCCTATGAGCAAGCTTGTACACGCCACATCAGCATGATTATCTACTATCAATTTGAACGCCTCT TCCAGTTTGCTCGAAGGATTGAGGACTTGATTCTCAATAACCTTCAACCTGAAGAGGTCCCTTTCCAGATTGGGCTGTCA AAAGTTGATCTTCGGAAGATGCTAAAATCTAGTTTATCTGGGGTGGACAAGTCTATTGGTGCAATGTATAAGAAATTGCA GAAGAACTTGACTTCAGAGGAATTGCTGCCTTCCTTATGGGATAAATGCAAGAAGGATTTTCTGGATAAGTACGATAGTT TTGCCCAACTTGTCGCCAAGATTTACCCTGCCGAGTCAATTCCTTCTGTAGGAGAGTTGAGAGATCTTTTAGCTTCCATG TAA 

Protein sequence (LotjaGi1g1v0416200.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MAKSSADDAELRRACEAAIEGTKQKIVLSIRVVKTIGTWGKTSKLGRQMAKPRVLAISTKAKTQRTKAFLRVLKYSNGGV LEPAKIYKLKHLSKLEVVTNDPSGCTFTLGFDNLRSQSVAPSQWTMRNIDDRNRLLLCILNMCKDVLGRLPKVVGMDVVE MALWAKENTPAVSTQSNQQDGAPAESSVTEAELKVNVEKELVSQAEEEDMEALLGTYIMGIGEAEAFSERLKRELQALEA ANVHAILESEPLIDEVLKGLEAASNCVEDMDEWLGMFNVKLRHMREDIESIEIRNNKLEMQSVNTRSLIEKLDKLLEQLS IPSEYSACLTGDSYDEEQMMQNIEACEWLTTALRGLEVPNIDPTYANMRAVKEKRGELQIIKSTFVRRATEFLRNYFATF VDFMINDKNYFSQRGQLKRPDHADLRFKCRTYARLLQHLKILDKNCLGPLRKSYCSSLNLLLRKEARQFANELRASTKAS RNTNIWLEGSSGSSQNVNSADTAVVSESYAKMLTIFIPLLVDESSFCAHFMCFEVPTLDANKSGYKDDANDDDLGIEDID ENDSKSGKNSAELAALNESLQDLLDGIQEDFYAVVDWAFNLDPLCCISMHGTTERYLSGQKNDAAGFVRLLLGDLESRIS MQFSRYVDEACHQIERSERNVRQTGVLPYIPRFATLATRMEQYITGQSRDLVDQAYTKFVSIMFVTLEKLSQTDPKYADI FLIENYAAFQNSLYDLANVVPTLAKFYHQASEAYEQACTRHISMIIYYQFERLFQFARRIEDLILNNLQPEEVPFQIGLS KVDLRKMLKSSLSGVDKSIGAMYKKLQKNLTSEELLPSLWDKCKKDFLDKYDSFAQLVAKIYPAESIPSVGELRDLLASM 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
PANTHER 1 880 880 0.0
PANTHER 1 880 880 0.0
SMART 48 146 99 1.6E-18
Pfam 50 144 95 1.2E-16
MobiDBLite 169 185 17 -
MobiDBLite 169 189 21 -
Coils 188 208 21 -
Coils 221 248 28 -
Pfam 224 863 640 1.5E-84
Coils 281 301 21 -

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
Cellular component Exocyst A protein complex peripherally associated with the plasma membrane that determines where vesicles dock and fuse. At least eight complex components are conserved between yeast and mammals.
Biological process Exocytosis A process of secretion by a cell that results in the release of intracellular molecules (e.g. hormones, matrix proteins) contained within a membrane-bounded vesicle. Exocytosis can occur either by full fusion, when the vesicle collapses into the plasma membrane, or by a kiss-and-run mechanism that involves the formation of a transient contact, a pore, between a granule (for exemple of chromaffin cells) and the plasma membrane. The latter process most of the time leads to only partial secretion of the granule content. Exocytosis begins with steps that prepare vesicles for fusion with the membrane (tethering and docking) and ends when molecules are secreted from the cell.

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi1g1v0416200.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

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