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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi1g1v0465300 |
| Transcript ID | LotjaGi1g1v0465300.4 |
| Related isoforms 4 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Beige/BEACH domain protein; TAIR: AT2G45540.1 WD-40 repeat family protein / beige-like protein; Swiss-Prot: sp|F4IG73|BCHC2_ARATH BEACH domain-containing protein C2; TrEMBL-Plants: tr|G7L1D4|G7L1D4_MEDTR WD-40 repeat protein/beige protein; Found in the gene: LotjaGi1g1v0465300 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr1:97313664..97338649) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
ATGGAAGAGGAGGAGGAACCAAAAGAGATCAAAATATCTGGTAACGAATTAGATACTCATGTAGCAGTAGACAGTGGTGT AAAACAGTTTGTTGAGAGTCCGCATCAGGAAAATATAAATGCTAGCAGCAGTTTTGAGATTGAAAATGTAGATGATAGGG TACACTTGCAAGAGCAAGGTATTGATTCTGCAGATACTGTTATGGATGAGGACCAGTTTGAGCAAGTATCTTTGAAAGAT CAAGACAAGAATAATGAGTTTGAGGATGCAAACAGATCATCAGGTTCTGATATTATACAACATCCCTCTGGTGGAAGTGT AGAGGATTCTCGATATTCATCTGGGTCGTACTCACCAGAGTATGATTCTTCCCTGGTTGCTGACTTACATCTTGATAATC TTTCTTATAGCCCTGAGTCAGAGGGGCAGTTTGGTCATACAAACAACCAGTTTACCCCATCAATTAGTTTTGATTCTCCT GGATATTCCAATGTTAATTCTCCACCAAAGCCCAGGCAAAAACATGCAAAACCGAACGTGTCTCCAGAATTACTACATTT AGTTGATTCTGCGATTATGGGGAAACCTGAAGGTATGGATAAGCTGAAGAATATTGCAAGTGGTGTAGAAGTTTTCGAGA GTGGTGAAGAAATGGATAGCATGCCTTTCATAATAGTAGATTCACTCCTTGCAACAATGGGTGGTGTTGAAAGTTTTGAG GAGGACGAAGATAATCCTCCTAGTGTAATGCTGAATTCCCGGGCTGCTATTGTGGCAGGTGAGATTATTCCTTGGCTTCC TTACATTGGTGATACTGATGATGTCATGTCCCCAAGGACAAGGATGGTTAGGGGACTACTTGCCATATTAAGGGCTTGCA CTAGAAATAGAGCCATGTGCTCAATTGCTGGTCTGTTAGGAGTGTTGTTGAGAACAGCAGAAAAGATTTTTACAGTTGAT 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AATAGAATAGATGTTCCATCACCATCAATTTGCTTCCTGGATATGCACACTCTGGAGGTATTTCATGAATTGAGGCTGGG AGAAGGGCAGGATATCACAGCTTTGGCTCTAAACAAGGATAGCACAAATCTTTTGGTTTCAACTTCGGATAAACAATTGA TAGTCTTCACTGATCCAGCTTTAAGCTTGAAGGTGGTAGATCAAATGCTCAAGCTTGGCTGGGAAGGTGATGGGCTTCGA CCTCTCATGAAATCATAG
Protein sequence (LotjaGi1g1v0465300.4) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MEEEEEPKEIKISGNELDTHVAVDSGVKQFVESPHQENINASSSFEIENVDDRVHLQEQGIDSADTVMDEDQFEQVSLKD QDKNNEFEDANRSSGSDIIQHPSGGSVEDSRYSSGSYSPEYDSSLVADLHLDNLSYSPESEGQFGHTNNQFTPSISFDSP GYSNVNSPPKPRQKHAKPNVSPELLHLVDSAIMGKPEGMDKLKNIASGVEVFESGEEMDSMPFIIVDSLLATMGGVESFE EDEDNPPSVMLNSRAAIVAGEIIPWLPYIGDTDDVMSPRTRMVRGLLAILRACTRNRAMCSIAGLLGVLLRTAEKIFTVD VGLNGQMRWDGTPLCHCIQYLGGHSLSVDDLFRWLQVINKTLTTIWAPRLTLALEEAISGKESRGPACTFEFDGESSGLL GSGESRWPFINGYAFATWIYIESFADTLNTATVAAAIAAAAAARSGKSSAMSAAAAASALAGEGTAHMPRLFSFLSSDNQ GIEAYFHAQFLVVETASGKGKKSSLHFTYAFKPQCWYFIGLEHISKHGILGKTESEVRLYVDGSLYEGRPFEFPRISKPL AFCCIGTNPPPTMAGLQRRRRQCPLFAEMGPVYIFKEPIGPERMAHLASRGGDIVPSFGNAAGLPWLATNAYVQSKAEES VLLDAEIGGCFHLLYHPSLLSGRFCPDASPSGASGILRRPAEVLGQVHVATRMRPVDALWALAYGGPLSLLPLTINSVHE DTLEPQHGNFTLSSATTSLAAPIFRIISMAIQHPRNNEELSRGRGPEVLSKILNYLLQTLSSLDVRKYDGVRDEELVAAV VSLCQSQKINHKLKVQLFTTLLLDLKIWSLCSYGIQKKLLSSLADMVFTESTVMRDANAIQMLLDGCRRCYWTVPEIDSV NTFSLSGATRPVGEINALVDELLVVVELLIVAAPPSLASHDVRCLLGFMVDCPQPNQVARVLHLFYRLVVQPNSSRAHTF AEEFLACGGVETLLVLLQREAKAGDSSVLESLSNNPELKTTVIDGKNEITEGSQDDEGSEEKSEAILQDNDQGSQSVYSG NSPDPSSPDFSNDRMTFTSEIPSVNNLGGISLSISADSARKNVYNVDKSDGIVVGIIGLLGSLVASGQLRLGSHTGPDTA SNLFSVGLHDRGDSGTMFEDKVSLLLYALQKAFQAAPNRLMTNNVYTALLAASINASSSEDGLNFYDSGHRFEHSQLLLV LLRSLPFAPRQLQSRALQDLLFLACSHPENRSSMTNMEEWPEWILEVLISNYEVGPNKLSESTSVGDIEDLVHNFLIIML EHSMRQKDGWKDIEATIHCAEWLSIVGGSSTGEQRLRREESLPVFKRRLLGGLLDFAARELQVQTQIIAAAAAGVAAEGL SPKDAKAEAENAAQLSVALVENAIVILMLVEDHLRLQSKHSSSRATDASPSPLSTVYPIKNRSTSLSTIEESTEVTDDRR SESSDSGGIPLDVLSSMADGSGQIPTSAVERIAAAAAAEPYESVSCAFVSYGSCVKDLADGWKYRSRLWYGVGLPQNAVP FGGGGSGWNFWNSALEKDASGNWVELPLVKKSVAMLQALLLDESGLGGGLGIGGGSGTGMGGMAALYQLLDSDQPFLCML RMVLLSMREDDDGEDHMLMRSTSFDDSVSEGRKPRSALLWSVLSPVLNMPISDSKRQRVLVASCVLYSEVYHAVSRDQKP LRKQYLEAILPPFVAVLRRWRPLLAGIHELATGDGLNPLIADDRALAADSLPIEAALAMISPAWAAAFASPPASMALAMV AAGASGGESQAPATSSHLRRDTSLLERKQTRLQTFSSFQRPLEVPNKAPPLPKDKAAAKAAALAAARDLERFAKVGSGRG LSAVAMATSAQRRSASDMERVKRWNMSEAMGVAWMECLQQVDTKAVYGKDFNAFSYKYIAVLVASFALARNMQRSEIDRR AYVDVVDRHRISIGARAWRKLIHQLIEMRSLLGPFADNLYSPLRVFWKLDLMESSSRMRRCLRRNYQGSDHLGSAANYED YFQEKNEPSTPILSAEAISLEAVNVDEEPVETEDSVSRVDHIEYEGDNQPRLSEAAEQTVQASQESSPTQLASDEHLVQS SSPIAPGYVPSELDERIVLELPSSMVRPLKVIRGTFQVTSRRINFLVDKSETRSTTDSLHTSSEAGHQEKDRSWLMSSLH QIYSRRHLLRRSALELFMVDRSNFFFDFGSSEGRRNAYRAIVQARPPHLNNIYLATQRPEQLLKRIQLMERWARWEISNF EYLMQLNTLAGRSYNDITQYPVFPWILSDYSSESLDLSNPSSYRDLSKPVGALNPDRLKRIQERYASFDDPVIPKFHYGS HYSSAGTVLYYLVRVEPFTTLAIQLQGGKFDHADRMFSDISATWNGVLEDMSDVKELVPELFYQPEVLTNENSIDFGTTQ LGGKLDTVKLPAWAENPVDFIHKHQKALESEYVSAHLHEWIDLIFGYKQRGKEAVAANNVFFYITYEGTVDIDKISDPVQ QRATQDQIAYFGQTPSQLLTVPHLKKMPLAEVLHLQTIFRNPKEIKPYAVPSSERCNLPASAIQASSDMVVVVDMNAPAA HVAQHKWQPNTPDGHGTPFLFQHRKVTSGSAGGTLMRMFKAQTASGEEWQFPQALAFAVSGIRSQAIVAITCDKEIITGG HADNSIRLISSDEAKTIETAYGHCAPVTCLGISPNSNYLVTGSRDTTVLLWRIHRALVSPSNVISEHSNGTRRLSSTSNS SSSLIEKDQRRRIEGPIQVLRGHRSEILSCCVNSDLGVVVSCSHSSDVLLHSIRRGRLIRRLDGVEADIVCLSAEGVVMT WNESQHTLSTFTLNGAPIAKAQFSFFCSISCIEISTDGTSALIGINSLENGRPDNNSLNSQLNKSGVVDFDSESEETYES NRIDVPSPSICFLDMHTLEVFHELRLGEGQDITALALNKDSTNLLVSTSDKQLIVFTDPALSLKVVDQMLKLGWEGDGLR PLMKS
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 62 | 2954 | 2893 | 0.0 | – | |
| PANTHER | 62 | 2954 | 2893 | 0.0 | – | |
| MobiDBLite | 76 | 90 | 15 | - | – | |
| MobiDBLite | 76 | 119 | 44 | - | – | |
| MobiDBLite | 91 | 119 | 29 | - | – | |
| MobiDBLite | 137 | 180 | 44 | - | – | |
| MobiDBLite | 137 | 170 | 34 | - | – | |
| Pfam | 681 | 961 | 281 | 2.2E-47 | ||
| MobiDBLite | 1000 | 1056 | 57 | - | – | |
| MobiDBLite | 1028 | 1056 | 29 | - | – | |
| MobiDBLite | 1427 | 1452 | 26 | - | – | |
| MobiDBLite | 2046 | 2085 | 40 | - | – | |
| MobiDBLite | 2052 | 2085 | 34 | - | – | |
| ProSiteProfiles | 2092 | 2202 | 111 | 33.506 | ||
| SUPERFAMILY | 2095 | 2202 | 108 | 1.6E-21 | – | |
| Gene3D | 2095 | 2201 | 107 | 5.7E-33 | – | |
| CDD | 2095 | 2205 | 111 | 5.79281E-29 | ||
| Pfam | 2104 | 2202 | 99 | 1.9E-26 | ||
| SUPERFAMILY | 2216 | 2506 | 291 | 5.89E-124 | ||
| ProSiteProfiles | 2217 | 2506 | 290 | 117.208 | ||
| Gene3D | 2218 | 2506 | 289 | 1.0E-135 | ||
| SMART | 2229 | 2506 | 278 | 2.6E-197 | ||
| CDD | 2229 | 2506 | 278 | 6.54558E-147 | ||
| Pfam | 2230 | 2505 | 276 | 1.4E-120 | ||
| Gene3D | 2575 | 2723 | 149 | 3.5E-13 | ||
| SUPERFAMILY | 2629 | 2937 | 309 | 1.98E-27 | ||
| ProSiteProfiles | 2633 | 2701 | 69 | 12.842 | ||
| SMART | 2653 | 2692 | 40 | 1.6E-7 | ||
| ProSiteProfiles | 2660 | 2693 | 34 | 13.282 | ||
| Pfam | 2661 | 2691 | 31 | 4.8E-6 | ||
| MobiDBLite | 2705 | 2728 | 24 | - | – | |
| MobiDBLite | 2705 | 2724 | 20 | - | – | |
| SMART | 2733 | 2772 | 40 | 0.015 | ||
| SMART | 2897 | 2937 | 41 | 1.2 | ||
| Coils | 2963 | 2965 | 3 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Protein binding | Interacting selectively and non-covalently with any protein or protein complex (a complex of two or more proteins that may include other nonprotein molecules). |
Expression pattern of LotjaGi1g1v0465300.4, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…