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LotjaGi1g1v0587600.1

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi1g1v0587600
Transcript ID LotjaGi1g1v0587600.1
Related isoforms 1
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description Helicase/SANT-associated, DNA-binding protein, putative; TAIR: AT3G24880.1 Helicase/SANT-associated, DNA binding protein; Swiss-Prot: sp|F4J7T3|EAF1A_ARATH Chromatin modification-related protein EAF1 A; TrEMBL-Plants: tr|A0A0R0J4B4|A0A0R0J4B4_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi1g1v0587600
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr1:112783276..112801071) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

CTTTGTTTCTGCATCGTCGTCGTCTTCATTCCTCACAAAGCCCACACCACTCTCTAGCAGAGGTCGCATAGTTCCTCTTT TTCTCACCTCGAACACCAACAACAAATAACAAAATCACCTTCTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCAACTTCGAA AATCAAAACAACACACCACTTCAATTGCTTGCTTCCGCGCCCAAACGCTCCACCTTCCATGGCTGACATTCTCTCTCCAA CGTTAGGTTTTAGGGCAAATTCAACATCGTTGCGCTGAACAAAGGGACTCAAAACCCTAGCACATAGACCAATTTCGCTA CTTCAATTGTGCCCTAGTTTCCAATTTCGGATACCCTTTTGCGTTTTCAGGTGCTTCTTTTTTCTTTTCTGCTCAATTGT TGTTTTGTTGGCATTCCCTGAAACCCTAGAATTGTGTGAATTGGGGGAAATTCTGTGGCAATGAGTGTGGTTATTAGGGT TTTCAATTTTTGGGCGAATTGGGTAGTGTAGTTTCTCGTTGCGACTGTGCCATGCATTGTGCTGAAATGGAATTGCTTAT TGCTTGTACCTGGAGTTTGTATGTGTGTGCATGGACGGACTCGGGACTCCGGCGTTAGTATGCTATTAAATGTGGGATTT TTTTAGTAAGTTTTTTACCCTTATTGGGAAGCATAGAATGCGAAACTTTCCGCGGGGGAGCTAGTAATTTGAAGCATAAA TATGTGGCTTGTGATGAAAGTTTGAAAATATGAAAGGAATCATTGGCGGGAACTGCCTTTTCGTTTGTGCAATACTTGCC AAATATATGTTTTAAATTAATAAGTATTGTGACTATTACCACATATTAACTACCATCATTTGCTATAAGTTCAGTTGGCG TCTTTCTAAATTGTACGTGATTGTGCTGGCAATCCACTACTAAATTGCTATTTGTGGATTTTCTTTCCTGTGCTGCAAAC 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CDS sequence (LotjaGi1g1v0587600.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGCATGGATGTAACTCAGGATTCGCTTTCGCTGTAAATGCTGAGGTTGATTCCATGGGAGGTGTTGTTGACGGCGGAGT TGGTATAGGGTTGAAAACCTCTCCGTGCAGAGCAGCAGTTGAGGAGAAGGCTCAAGGAGACATCAGGCAGGAGTATAGCA TTCGTGACGATAGAAGAAGGGAGCTAGAGTTTCTTGAAAAAGGTGGGAATCCTCTGGACTATAAGTTAGGGAATGCTGCT TCAGTTAGTGTTCAGTCTACTTCACTCACTGATCAGCATCAAGAGCTGTTTGTGAACAGTGAAGCAAAAGGTAGTTTTGT GTTGACTGCCTCCCCTCACGGTGACTCTGTCGACAGTAGTGTCAGACCAGGGGCTCCTTCTATTAGCGAACCAAATACTG CTGATAATCTCTTACTTTTTGATGGTGAGAATGAGTTGGCTCAAGGTGAAAAGAGGTCCATGCATTCGAAAAAAAGGTAT AATATTGCTCCATCCGAACAGTCTTCTCAAATTGGTGGGAGTCAAAATGCAAAAGAGACTGAAGATTCTGCTATTGTCCG CCCATATGCGCGAAGGAACAGGTCCCGACCAAATCATGGTCCTCGGGGGGGTTCAAGGGATGTGAAGGGATTATTATCTG ATACTAACAAACATAAGGATTACCATGTGCCATCTGGTTCTAAGCCAAAACCTTCTAGTTTAAATGGTGAGATACATATT AAAGATCCAACATCTAATAGCCCACTGAATAATGAATTGGTTGGTGTGCGAGCTCATCAATCAAAAAGTGGCAGTGCTAG TGTTACTGAAGACAAATTAGGTGCTATGTTGAACAGAAATTTTAAAGGAAATCAACATATTGTACCTTCTCAAGATGATA CTGTACAAAACCCACTTGTCTTGGCTTCTGGGGATGCTAGTGCAGTTGGAGAAAGGGACCCAGGTTCTTCAGGTGATCTA AAGCCTCCATCTTGTGTAGTTTCTGCGTTGCCTGGAAATGAATCTTGTCCTGGTCTGTCAAATGGGTTTGGCAACATAAA ATTAGACAGGAGAGGTGTACCAGATGAAGGCCAAAATAACAGCACTTCATTAGGTGTAAAGAATTTTGATTCAGTGTCCT CCTGCGTACCCACTAGTTTTGCTGGAGATGTAAATAATGAGAGTAGTATTTGTACAAGTAGAAGCAAAGCTGATGCAAAT GGAAGTACTATGGAACAAACACCAGAATTTGAGAAGAAACTAAATTCAATTGGTTGTGAAGTTGTGAAAGAAAGGAGCAA GACCAACACTGGTGAAAGTGGTGCTACTATTAACAATGAACGTGCTTCTGGTTATTTTAACCGATTTGATGGTGATAATA TGGTCAAAAGTGAGGAGGACATTCATATTGTAAGTTCCTGCATGCAAAAAAAGTTGAATGATTTTTCCAATATTAAGGGA ATGCACCCCAGTAACAGTTGTTCTATTTCAAAGGATGGTAAAGAAGAAAATGTTGTCATGAAGGATCATTCCAATCCTAT CAGGGGAGAAACCTGTGAAAGACTTCAAGTTCCTTCCGATTTATTCACTTCTGCCACTCCTCGAACTGCTCTGACTGAAA ATGTTACTACTGCTGCATCTGACTGTCAGCCTTCTTGTAAACAACCCTTGAAGTTAGCAGATAAGGCTCATGAAGATTCT ATTTTAGAAGAGGCTCACATTATAGAGGTCAAGCGCAAGAGGATTTCCGAGCTATCTATTCGCACGTTACCCTCACAGAT CCACCACAAATCTCACTGGGATTTTGTTCTTGAGGAAATGGCTTGGTTGGCAAATGATTTTGCACAGGAGCGTCTTTGGA AGATAGCAGCTGCTGCACAATTGAGTCATCAGGCATCTAGTGCTTCTCGGTTAAGATTTGAGAAACAAAGCAAACATGTG GGGATGAAAATTTTGTCTCACAGCATAGCAAAGGCTGTCATGCAGTTTTGGCATTCAGTGGAGCTTCTTCTAGTTCGTGA CAATAACTGCATTGGTAGTTCAAATGAATCTGGGCAAGTAGATTCGAATGAAGCTTCTGGGGACAAGACCAGAAGTTCCG ACATGTTACAGGAGTCAAGCAAACTCTTAGAGGGACAGAATCCCAAAAAACGGGCGGCACTTAAAGTGCATGCATATGCT TTGAGGTTTTTAAAGGACAGTAGATCTCATGGAATTTCCTCTCAAGCAGAAGCACCGGCAACACCTGATAAGATATCTGA CTCGGGCATTGTTGACATGTCATGGGAGGATCATCTTTCCGATGAAAGTCTGTTCTATACAGTTCCTCCTACTGCCATGG AAACATACAGAAAATCTATTGAATCTCATTTCACACAGTGTGAGAAATCTTTTAGTAGCATTCAAGAGGAAGTTGAAACA TCTATGTATGATACTGCAGCAGAGCATGGATATGAAGAGCTTGTGTACGATGAGGATGAAGGAGAAACCAGCACTTATTA TTTGCCTGGTGTCTATGAGGGTAGCAGATTGTCAAAATCTGGACAGAAGAAACACAAAAACAGGATAAAGTCTTACACTC ATAGATCCAATGAAGTTGGAACTGATTTGCCTTATTTACACTATCAAACTGGAACTCAACCGTCCTCTCTATTTGGGAAA AGGCCTGCTAGTTTAAATGTTGGGACAATACCAACAAAACGCATGCGTACAGCTTCTAGGCAAAGAGTTGTGAGTCCTTT TGCAGTTGGCACTGGGACAATACATGCTCAAGCTAAGATAGACGCTGCTTCGAGCGGAGATACCAACTCCTTTCAGGATG ACCAGAGTACGTTAAATGTTGGTTCACAACTCCAGAAAAGCATGGAGGTGGAGTCAGTTGGAGATTTTGAAAAACAGTTA CCTTATGACTGTGGAGAAACATCAGTTAAAACAAAGAAGAAGAAGTCCAAGAATCCGGCTACTGCTTATGATCATGGATG GCAGTTGGATTCTGTTGTTCTAAGTGATCAGAAGGATTATCCCAAGAAGAGATTGGATAGTCATCACTTTGAATCCAATG GAAATAGTGGTTTCTTTGGCCAACATGGGAAGAAGCCAAAGATAACAAAGCAACCACATGATACTTTTGACAATATGGCT CCAATAACTAATTCTATTCCCTCTCCAGCTGCATCACAAATGAGTAACATGTCTAATCCAAATAAATTTATTCGAATCAT TAGTGGACGAGATAGGGGCAAGAAAGCTAAAGCGCTTAAGATTTCTGCTGGGCAGACTGGTTCTGGAAGTCCTTGGTCCC TTTTTGAAGACCAGGCTCTTGTTGTCCTGGTGCATGATATGGGTCCAAACTGGGAGCTTGTGAGTGATGCTATCAACAGT ACTCTACAATTCAAGTGTATCTTTCGTAAGCCAAAAGAATGCAAGGATCGTCACAAGATTTTAATGGACAAAAGTGGTGG GGATGGTGCTGATAGTGCTGATGATTCAGGGTCTTCTCAATCTTATCCATCTACGCTTCCTGGAATTCCAAAGGCATGA 

Protein sequence (LotjaGi1g1v0587600.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MHGCNSGFAFAVNAEVDSMGGVVDGGVGIGLKTSPCRAAVEEKAQGDIRQEYSIRDDRRRELEFLEKGGNPLDYKLGNAA SVSVQSTSLTDQHQELFVNSEAKGSFVLTASPHGDSVDSSVRPGAPSISEPNTADNLLLFDGENELAQGEKRSMHSKKRY NIAPSEQSSQIGGSQNAKETEDSAIVRPYARRNRSRPNHGPRGGSRDVKGLLSDTNKHKDYHVPSGSKPKPSSLNGEIHI KDPTSNSPLNNELVGVRAHQSKSGSASVTEDKLGAMLNRNFKGNQHIVPSQDDTVQNPLVLASGDASAVGERDPGSSGDL KPPSCVVSALPGNESCPGLSNGFGNIKLDRRGVPDEGQNNSTSLGVKNFDSVSSCVPTSFAGDVNNESSICTSRSKADAN GSTMEQTPEFEKKLNSIGCEVVKERSKTNTGESGATINNERASGYFNRFDGDNMVKSEEDIHIVSSCMQKKLNDFSNIKG MHPSNSCSISKDGKEENVVMKDHSNPIRGETCERLQVPSDLFTSATPRTALTENVTTAASDCQPSCKQPLKLADKAHEDS ILEEAHIIEVKRKRISELSIRTLPSQIHHKSHWDFVLEEMAWLANDFAQERLWKIAAAAQLSHQASSASRLRFEKQSKHV GMKILSHSIAKAVMQFWHSVELLLVRDNNCIGSSNESGQVDSNEASGDKTRSSDMLQESSKLLEGQNPKKRAALKVHAYA LRFLKDSRSHGISSQAEAPATPDKISDSGIVDMSWEDHLSDESLFYTVPPTAMETYRKSIESHFTQCEKSFSSIQEEVET SMYDTAAEHGYEELVYDEDEGETSTYYLPGVYEGSRLSKSGQKKHKNRIKSYTHRSNEVGTDLPYLHYQTGTQPSSLFGK RPASLNVGTIPTKRMRTASRQRVVSPFAVGTGTIHAQAKIDAASSGDTNSFQDDQSTLNVGSQLQKSMEVESVGDFEKQL PYDCGETSVKTKKKKSKNPATAYDHGWQLDSVVLSDQKDYPKKRLDSHHFESNGNSGFFGQHGKKPKITKQPHDTFDNMA PITNSIPSPAASQMSNMSNPNKFIRIISGRDRGKKAKALKISAGQTGSGSPWSLFEDQALVVLVHDMGPNWELVSDAINS TLQFKCIFRKPKECKDRHKILMDKSGGDGADSADDSGSSQSYPSTLPGIPKA 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
PANTHER 1 1171 1171 0.0
PANTHER 1 1171 1171 0.0
MobiDBLite 110 137 28 -
MobiDBLite 112 134 23 -
MobiDBLite 149 251 103 -
MobiDBLite 160 181 22 -
MobiDBLite 211 225 15 -
MobiDBLite 228 251 24 -
ProSiteProfiles 580 655 76 13.306
SMART 581 647 67 2.7E-11
Pfam 589 625 37 7.2E-8
MobiDBLite 674 703 30 -
MobiDBLite 674 704 31 -
MobiDBLite 1008 1033 26 -
Gene3D 1084 1145 62 3.9E-5
SMART 1088 1144 57 0.0016
ProSiteProfiles 1090 1142 53 6.864
CDD 1091 1137 47 9.44373E-4
Pfam 1092 1139 48 3.3E-6
MobiDBLite 1137 1172 36 -
MobiDBLite 1152 1166 15 -

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

Unable to find any GO terms for the transcript with the identifier.

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi1g1v0587600.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…