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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi1g1v0737800 |
| Transcript ID | LotjaGi1g1v0737800.1 |
| Related isoforms 1 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Trafficking protein particle complex subunit 8; TAIR: AT5G16280.1 Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein; Swiss-Prot: sp|Q9Y2L5|TPPC8_HUMAN Trafficking protein particle complex subunit 8; TrEMBL-Plants: tr|I1JQ96|I1JQ96_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi1g1v0737800 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr1:131222437..131237425) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
CGGCATCTTAGAATTTTTTCTCATGTTTCATGATCCTGTCTTTGTTTGAGTCTGAACCCCGAAGACGACGTCGTGGAAGC CAAGTGAACCGGTTCCTTCTATCTGGCGACTGGTTCTTCAATCACGATCAAACTATTCTTTGACGGCAGAGATCCGATCT GATAGCCTTCTCAGCCACACAGTGAGCGGATTCCTCCGCACCACACCACCGTATCGGCTAGCTGTGAAAACCTGAAGAAG ATGGCGATTGATCCGGCGAGGACACCACTGGGGCAAATGCTATTGGAGGAGATCACACCGGTGGTGATGGTCCTTTCTAC TCCTTCCGTAGAAGAGGCTTGCCTCAAGAACAACCTCTCATTTCTCCAGATGCTTACTCCGTTCTGCTCCTTCAACGACA TCGACGGTAAATCATTTCCCTCTTCCTCAATTCTCAAACCCTATTTATCACCTGATTCTATGACTGGCATTAAGCATTGC TCATTCTCTTGCAGTGCCGGTGAGGACCGCCAGTGACCAGCCTTATCGCCTTCACAAGTTCAAATTGCGCTTGTTCTATG CTTCCGATGTCAGGAAGCCCGATTTGAAGGTAGAAACCAATTCTTAGCACTGACTTTTTTTTTACGAATTCCATTGACCA TGGCTTGCTTCTGAGATTTGTGTATGCATACCTTTTTTCTAGGAAGCTAAAGAGCAATTGAAGCAAGTTATCACAGATGC GGGGGAGAAAGTGTCTTCCGAGTTGGATTCAGATGTGCCAGAAATCAATCATGAACTTGGGAGTAAGTCACACTCCATGC TTTGTTTTATTTAGTTAATGTTAGAAATAATAACATAAAACTATTCAAAGTCCTTTACAAACAACTTTAGTTTTTGGGAT AATTGGTTACTTGACATGGTATAAGAGTCTGTGACCAAGTGGTCTAGAGTTCGATGATTGCCGCCCCCATTATAAAAAGT 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CDS sequence (LotjaGi1g1v0737800.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGCGATTGATCCGGCGAGGACACCACTGGGGCAAATGCTATTGGAGGAGATCACACCGGTGGTGATGGTCCTTTCTAC TCCTTCCGTAGAAGAGGCTTGCCTCAAGAACAACCTCTCATTTCTCCAGATGCTTACTCCGTTCTGCTCCTTCAACGACA TCGACGTGCCGGTGAGGACCGCCAGTGACCAGCCTTATCGCCTTCACAAGTTCAAATTGCGCTTGTTCTATGCTTCCGAT GTCAGGAAGCCCGATTTGAAGGAAGCTAAAGAGCAATTGAAGCAAGTTATCACAGATGCGGGGGAGAAAGTGTCTTCCGA GTTGGATTCAGATGTGCCAGAAATCAATCATGAACTTGGGAGTTCTGAATACAGTAATACACCATCCTGGTTTCAGTTTT TCAATAAAGAGCTTGTTCGAATGGCCTCCTTTTCAGATCATGAAGCTTTTGACCATCCCGTGGCATGTCTTCTAGCTGTT TCTTCAAAGGATGAACAGCCTATTAACAGATTTATTGACCTTTTCAATACCAACAAGCTTCCTTCCCTTCTTAATGATGG TGCCATGGATCCAAAGATTTTGAAGCATTACCTGTTAGTGCACGATAATCAAGATGGTCCTGCCGACAGAGCAAGTAAAA TATTGACAGAAATGAGGAATACATTTGGTACAAGTGACTGTTTGTTGCTCTGCATTAATTCTTCACCAGATGCTTCGATC AATTATCAAGATAATCCTTGGGCTTCTAATATATCTGGCTCTTCAACTAGTCAAGATGTCGGTTGCTTTCTTAACGTTGA TGATATCAATGAGATCAAAGATTTAATGCAAGATTTATCATCTAAGCACATCATTCCAAGCATGGAGCAAAAAATTCGTG TGCTCAATCAACAGGTTTCTGCAACACGAAAAGGTTTTAAAAACCAAATAAAAAATTTATGGTGGAGAAAAGGGAAAGAC GATGGTGCAGATTCTCCCAATGGTCCTATGTATAACTTTAACTCCACTGAATCCCAGATTCGAGTTTTGGGTGACTATGC TTTCATGTTACGAGATTATGAACTTGCCTTGTCAAATTATCGCCTAATTTCCACGGATTACAAGATTGATAAAGCCTGGA AGCGTTATGCTGGCGTGCAGGAAATGATGGGACTTGCGTACTTCTTGTTGGATCAATCAAGAAAAGAAGCCGAGTATTGC ATGGAAAATGCTTTCAACACATATTTAAAACTTGGGTCATTGGGTCAGCAAAATGCAACACGATGTGGTCTATGGTGGAT AGAAATGTTGAAGGCACGAGATCTATATAAGGAGGCGGCTACTGTTTATTTTCGTATTTGTGGTGAGGATATCCTACATT CTGCTGTGATGCTTGAACAAGCATCGCACTGCTACTTGGTTTCTAAACCCTCCATGTTACGCAAATATGGATTTCATCTA GTGCTTTCCGGTGAGCAGTACAAAAAGTGTGATCAGATCAAACATGCAATTCGAACATACAGAAGTGCTCTGTCTGTTTG CAGAGGAACTACTTGGAGTTACATCAATGATCATGTTCATTTCCACATAGGACAGTGGTATGCTTCTCTTGGGATGTATG ATGTGGCTGTCAAGCATATGACGGAAATCTTGGCTTGTAGTCACCAGTCCAAGACAATGCAGGAAATATTCCTAAGTGAC TTTCTCCAAATTGTGCAGAAAACTGGACGAACTTTTGAGGTAACAAAACTTCAATTGCCTGTAATCAACATCTCTTCACT CAAGGTCATCTTTGAAGATCACCGAACTTTTGGATCACTTTCAGCTGCTAACACTAGAGAGGACCTGTGGCATTCTCTGG AAGAAGAAATGATACCATCATTCTCTGTTGTCAAGTCTAATTGGTTGGAGTTGCAATCAAAGCTTATTTCAACAAAGCTC AGTCGATCAAATGTCTGTGTCGCTGGAGAAGCTGTGAACGTTAATATTGAATTCAAAAACCCTCTGCAAATCTCAATTCC CATATCTGGTGTTTCACTCGTATGCAAATATTCTGCTAGTACTGATGAACTTACATCAGATAAAATTGAAACAAGGGTGG AGACTGATATTGAAGTTGACCACTTCAGGGATATGAGCTCAGACAATTCCTCATTTTTAGTATCTGAGGTTGATTTCTTA CTAGGAGATGGTGAAACAACCATGGTTCAACTATCAGTTACTCCCATGGCAGTAGGTACTCTTGAAATTCTTGGTGTTCG ATGGAAATTGTCTGGTACAATAGTTGGCTTTCACAACTTTGAATTGAGCCACCCAAAGAAGAATATTGTAAAAGGAAGAA GGAAAGCAAAGCTCTCTCCTAATGAGAAATTTAAATTTATGGTGATCAAGAGCATACCCAAGCTTCAGGGTTCTGTTCAA TCTTTACCTGGAAAGGCATATGCTGGAGATTTACAGCAACTTGTGCTGGAGTTGAGGAATCCATCTGAGTTTCCTGTTAA GAGTCTGAAGATGAAGATAAGTCATCCCAGATTCCTGATTATCGGGAATCAAGAAAATATGAAGTCGGAGTTTCCTGCAT GCTTAACAAAAAAGATAAATTCAGTGCAAGGTGATGCACATGCTAATCCTAATATCATGTCTGACACTGTCTTTTCATTT CCAGAGGGCACTTCAGTTCAAGGTGAAACACCCTTGCTGTGGCCTCTTTGGTTTAGGGCTGCTGTTCCAGGTGATATTTC TCTTTACATGAGCATATATTATGAAGTGGGAGATACATCAAGCGTCATTAAATATCGCACTCTTCGCTTGCATTGCAACG TGCAGGTATTACCATCCTTGGATGTCTCGTTTCAAATCAGTCCTTCTCGGTTAAGAGTACAAGAATTTCTTGTTCGATTG GATGTTATTAACAAGACAAGTTCAGAAGGCTTCCAAGTTTATCAGTTGTCCACTATTGGGCAACACTGGGAAATCTCTTT ACTTCAACCTCCTGACACTATTTTTCCTACACAAACTTTGACGGCTGGTCAAGCAATATCATGTTTCTTCACACTGAAGA ACTCCGGTAAATTATCAGCATCGGCGGAAAACACATCTACTATGCCTGTCAGAAGTGATGTAAAATTGGTTGCTCAAAGC AGTGAGGATTTAGTTTACGATACAAATAGTCTACCTTTGGTCAATTTCCACCATTATGAAAGACTGCATCAGAAAGCGTC GCAGGACGTTGGTGACTCAAATACTGTTGATTTTTTGTTGATCTCTCGGCCAATCACGAGTAACAACAATCCTAGTTTAT CTTATTCTCATCATGTTATGTCACATCATGTGTGTCACTTAAGTACTGCTTGCACGGGGCCCATTTCATGGCTAGTGGAT GGACCACAAACCTTGCAACATGACTTCTCTGCATCCTACTGTGAGATAAATCTGAAGATGCATCTTTACAATTCATCTGG TGCGACTGTATTTGTGCGTATTGACACCTTAGATTCTGCTAGTAATGTTGGTCACATGAACAGTGTAAATGTGGCTCAAT CAGCAACTCCTGATAACCAATCAGGATGGCATGATGTCACACCAGTGAATGAATCCAAAGTAACATCAAATGTTCTTGAA ACCCAACCAGGAAAGGCACTATCTCTGGAAAGTGTCTCCTCGCATATTTGGTCTGGATCAAGCTCAACCAATCTCCACCT TGGTCCTTTGTCATCTGCAGAAATTCCTCTTCAGATCTGTGTGTTCTCTCCAGGGACATATGACTTGTCAAATTATGTTC TTAATTGGAATATTCAATCCGGAGGTCAAGTTGAAAGTGACGAAACTAGAAAGCATTCAGGAAAGTGTCATGGTTATAAA TACTATCTTACTGTGATCCAATCCACTTGA
Protein sequence (LotjaGi1g1v0737800.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MAIDPARTPLGQMLLEEITPVVMVLSTPSVEEACLKNNLSFLQMLTPFCSFNDIDVPVRTASDQPYRLHKFKLRLFYASD VRKPDLKEAKEQLKQVITDAGEKVSSELDSDVPEINHELGSSEYSNTPSWFQFFNKELVRMASFSDHEAFDHPVACLLAV SSKDEQPINRFIDLFNTNKLPSLLNDGAMDPKILKHYLLVHDNQDGPADRASKILTEMRNTFGTSDCLLLCINSSPDASI NYQDNPWASNISGSSTSQDVGCFLNVDDINEIKDLMQDLSSKHIIPSMEQKIRVLNQQVSATRKGFKNQIKNLWWRKGKD DGADSPNGPMYNFNSTESQIRVLGDYAFMLRDYELALSNYRLISTDYKIDKAWKRYAGVQEMMGLAYFLLDQSRKEAEYC MENAFNTYLKLGSLGQQNATRCGLWWIEMLKARDLYKEAATVYFRICGEDILHSAVMLEQASHCYLVSKPSMLRKYGFHL VLSGEQYKKCDQIKHAIRTYRSALSVCRGTTWSYINDHVHFHIGQWYASLGMYDVAVKHMTEILACSHQSKTMQEIFLSD FLQIVQKTGRTFEVTKLQLPVINISSLKVIFEDHRTFGSLSAANTREDLWHSLEEEMIPSFSVVKSNWLELQSKLISTKL SRSNVCVAGEAVNVNIEFKNPLQISIPISGVSLVCKYSASTDELTSDKIETRVETDIEVDHFRDMSSDNSSFLVSEVDFL LGDGETTMVQLSVTPMAVGTLEILGVRWKLSGTIVGFHNFELSHPKKNIVKGRRKAKLSPNEKFKFMVIKSIPKLQGSVQ SLPGKAYAGDLQQLVLELRNPSEFPVKSLKMKISHPRFLIIGNQENMKSEFPACLTKKINSVQGDAHANPNIMSDTVFSF PEGTSVQGETPLLWPLWFRAAVPGDISLYMSIYYEVGDTSSVIKYRTLRLHCNVQVLPSLDVSFQISPSRLRVQEFLVRL DVINKTSSEGFQVYQLSTIGQHWEISLLQPPDTIFPTQTLTAGQAISCFFTLKNSGKLSASAENTSTMPVRSDVKLVAQS SEDLVYDTNSLPLVNFHHYERLHQKASQDVGDSNTVDFLLISRPITSNNNPSLSYSHHVMSHHVCHLSTACTGPISWLVD GPQTLQHDFSASYCEINLKMHLYNSSGATVFVRIDTLDSASNVGHMNSVNVAQSATPDNQSGWHDVTPVNESKVTSNVLE TQPGKALSLESVSSHIWSGSSSTNLHLGPLSSAEIPLQICVFSPGTYDLSNYVLNWNIQSGGQVESDETRKHSGKCHGYK YYLTVIQST
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 2 | 1268 | 1267 | 0.0 | ||
| Pfam | 167 | 520 | 354 | 1.9E-83 | ||
| SUPERFAMILY | 430 | 552 | 123 | 7.85E-7 | ||
| Pfam | 641 | 831 | 191 | 8.7E-7 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Protein binding | Interacting selectively and non-covalently with any protein or protein complex (a complex of two or more proteins that may include other nonprotein molecules). |
Expression pattern of LotjaGi1g1v0737800.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…