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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi1g1v0737800 |
| Transcript ID | LotjaGi1g1v0737800.2 |
| Related isoforms 1 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Trafficking protein particle complex subunit 8; TAIR: AT5G16280.2 Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein; Swiss-Prot: sp|Q9Y2L5|TPPC8_HUMAN Trafficking protein particle complex subunit 8; TrEMBL-Plants: tr|I1JQ96|I1JQ96_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi1g1v0737800 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr1:131222683..131236545) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
ATTGATCCGGCGAGGACACCACTGGGGCAAATGCTATTGGAGGAGATCACACCGGTGGTGATGGTCCTTTCTACTCCTTC CGTAGAAGAGGCTTGCCTCAAGAACAACCTCTCATTTCTCCAGATGCTTACTCCGTTCTGCTCCTTCAACGACATCGACG GTAAATCATTTCCCTCTTCCTCAATTCTCAAACCCTATTTATCACCTGATTCTATGACTGGCATTAAGCATTGCTCATTC TCTTGCAGTGCCGGTGAGGACCGCCAGTGACCAGCCTTATCGCCTTCACAAGTTCAAATTGCGCTTGTTCTATGCTTCCG ATGTCAGGAAGCCCGATTTGAAGGTAGAAACCAATTCTTAGCACTGACTTTTTTTTTACGAATTCCATTGACCATGGCTT GCTTCTGAGATTTGTGTATGCATACCTTTTTTCTAGGAAGCTAAAGAGCAATTGAAGCAAGTTATCACAGATGCGGGGGA GAAAGTGTCTTCCGAGTTGGATTCAGATGTGCCAGAAATCAATCATGAACTTGGGAGTAAGTCACACTCCATGCTTTGTT TTATTTAGTTAATGTTAGAAATAATAACATAAAACTATTCAAAGTCCTTTACAAACAACTTTAGTTTTTGGGATAATTGG TTACTTGACATGGTATAAGAGTCTGTGACCAAGTGGTCTAGAGTTCGATGATTGCCGCCCCCATTATAAAAAGTGGAATT TCAGCACATGGTAGGTGGGTATGTGCATTATTCACGCTTCAAGCCCAAGTGGGCTCTTGCGTAAGAGAGCGTGTTAGAAA TAATAATATAAAACTATTCAAAGTCCTTTACCCAACAACTTAAGTTTTTGAAATAATTGGTTTATTGACAGTTAACTTAA ACAATTGTTTGTAGTTCATATGTATCCTTCATTTACAATTTACATATGATTTTATCTGTAATCGTAGATTTATACGAACA 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CDS sequence (LotjaGi1g1v0737800.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGCTATTGGAGGAGATCACACCGGTGGTGATGGTCCTTTCTACTCCTTCCGTAGAAGAGGCTTGCCTCAAGAACAACCT CTCATTTCTCCAGATGCTTACTCCGTTCTGCTCCTTCAACGACATCGACGTGCCGGTGAGGACCGCCAGTGACCAGCCTT ATCGCCTTCACAAGTTCAAATTGCGCTTGTTCTATGCTTCCGATGTCAGGAAGCCCGATTTGAAGGAAGCTAAAGAGCAA TTGAAGCAAGTTATCACAGATGCGGGGGAGAAAGTGTCTTCCGAGTTGGATTCAGATGTGCCAGAAATCAATCATGAACT TGGGAGTTCTGAATACAGTAATACACCATCCTGGTTTCAGTTTTTCAATAAAGAGCTTGTTCGAATGGCCTCCTTTTCAG ATCATGAAGCTTTTGACCATCCCGTGGCATGTCTTCTAGCTGTTTCTTCAAAGGATGAACAGCCTATTAACAGATTTATT GACCTTTTCAATACCAACAAGCTTCCTTCCCTTCTTAATGATGGTGCCATGGATCCAAAGATTTTGAAGCATTACCTGTT AGTGCACGATAATCAAGATGGTCCTGCCGACAGAGCAAGTAAAATATTGACAGAAATGAGGAATACATTTGGTACAAGTG ACTGTTTGTTGCTCTGCATTAATTCTTCACCAGATGCTTCGATCAATTATCAAGATAATCCTTGGGCTTCTAATATATCT GGCTCTTCAACTAGTCAAGATGTCGGTTGCTTTCTTAACGTTGATGATATCAATGAGATCAAAGATTTAATGCAAGATTT ATCATCTAAGCACATCATTCCAAGCATGGAGCAAAAAATTCGTGTGCTCAATCAACAGGTTTCTGCAACACGAAAAGGTT TTAAAAACCAAATAAAAAATTTATGGTGGAGAAAAGGGAAAGACGATGGTGCAGATTCTCCCAATGGTCCTATGTATAAC TTTAACTCCACTGAATCCCAGATTCGAGTTTTGGGTGACTATGCTTTCATGTTACGAGATTATGAACTTGCCTTGTCAAA TTATCGCCTAATTTCCACGGATTACAAGATTGATAAAGCCTGGAAGCGTTATGCTGGCGTGCAGGAAATGATGGGACTTG CGTACTTCTTGTTGGATCAATCAAGAAAAGAAGCCGAGTATTGCATGGAAAATGCTTTCAACACATATTTAAAACTTGGG TCATTGGGTCAGCAAAATGCAACACGATGTGGTCTATGGTGGATAGAAATGTTGAAGGCACGAGATCTATATAAGGAGGC GGCTACTGTTTATTTTCGTATTTGTGGTGAGGATATCCTACATTCTGCTGTGATGCTTGAACAAGCATCGCACTGCTACT TGGTTTCTAAACCCTCCATGTTACGCAAATATGGATTTCATCTAGTGCTTTCCGGTGAGCAGTACAAAAAGTGTGATCAG ATCAAACATGCAATTCGAACATACAGAAGTGCTCTGTCTGTTTGCAGAGGAACTACTTGGAGTTACATCAATGATCATGT TCATTTCCACATAGGACAGTGGTATGCTTCTCTTGGGATGTATGATGTGGCTGTCAAGCATATGACGGAAATCTTGGCTT GTAGTCACCAGTCCAAGACAATGCAGGAAATATTCCTAAGTGACTTTCTCCAAATTGTGCAGAAAACTGGACGAACTTTT GAGGTAACAAAACTTCAATTGCCTGTAATCAACATCTCTTCACTCAAGGTCATCTTTGAAGATCACCGAACTTTTGGATC ACTTTCAGCTGCTAACACTAGAGAGGACCTGTGGCATTCTCTGGAAGAAGAAATGATACCATCATTCTCTGTTGTCAAGT CTAATTGGTTGGAGTTGCAATCAAAGCTTATTTCAACAAAGCTCAGTCGATCAAATGTCTGTGTCGCTGGAGAAGCTGTG AACGTTAATATTGAATTCAAAAACCCTCTGCAAATCTCAATTCCCATATCTGGTGTTTCACTCGTATGCAAATATTCTGC TAGTACTGATGAACTTACATCAGATAAAATTGAAACAAGGGTGGAGACTGATATTGAAGTTGACCACTTCAGGGATATGA GCTCAGACAATTCCTCATTTTTAGTATCTGAGGTTGATTTCTTACTAGGAGATGGTGAAACAACCATGGTTCAACTATCA GTTACTCCCATGGCAGTAGGTACTCTTGAAATTCTTGGTGTTCGATGGAAATTGTCTGGTACAATAGTTGGCTTTCACAA CTTTGAATTGAGCCACCCAAAGAAGAATATTGTAAAAGGAAGAAGGAAAGCAAAGCTCTCTCCTAATGAGAAATTTAAAT TTATGGTGATCAAGAGCATACCCAAGCTTCAGGGTTCTGTTCAATCTTTACCTGGAAAGGCATATGCTGGAGATTTACAG CAACTTGTGCTGGAGTTGAGGAATCCATCTGAGTTTCCTGTTAAGAGTCTGAAGATGAAGATAAGTCATCCCAGATTCCT GATTATCGGGAATCAAGAAAATATGAAGTCGGAGTTTCCTGCATGCTTAACAAAAAAGATAAATTCAGTGCAAGGTGATG CACATGCTAATCCTAATATCATGTCTGACACTGTCTTTTCATTTCCAGAGGGCACTTCAGTTCAAGGTGAAACACCCTTG CTGTGGCCTCTTTGGTTTAGGGCTGCTGTTCCAGGTGATATTTCTCTTTACATGAGCATATATTATGAAGTGGGAGATAC ATCAAGCGTCATTAAATATCGCACTCTTCGCTTGCATTGCAACGTGCAGGTATTACCATCCTTGGATGTCTCGTTTCAAA TCAGTCCTTCTCGGTTAAGAGTACAAGAATTTCTTGTTCGATTGGATGTTATTAACAAGACAAGTTCAGAAGGCTTCCAA GTTTATCAGTTGTCCACTATTGGGCAACACTGGGAAATCTCTTTACTTCAACCTCCTGACACTATTTTTCCTACACAAAC TTTGACGGCTGGTCAAGCAATATCATGTTTCTTCACACTGAAGAACTCCGGTAAATTATCAGCATCGGCGGAAAACACAT CTACTATGCCTGTCAGAAGTGATGTAAAATTGGTTGCTCAAAGCAGTGAGGATTTAGTTTACGATACAAATAGTCTACCT TTGGTCAATTTCCACCATTATGAAAGACTGCATCAGAAAGCGTCGCAGGACGTTGGTGACTCAAATACTGTTGATTTTTT GTTGATCTCTCGGCCAATCACGAGTAACAACAATCCTAGTTTATCTTATTCTCATCATGTTATGTCACATCATGTGTGTC ACTTAAGGTATGTTTCATTACATACATAA
Protein sequence (LotjaGi1g1v0737800.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MLLEEITPVVMVLSTPSVEEACLKNNLSFLQMLTPFCSFNDIDVPVRTASDQPYRLHKFKLRLFYASDVRKPDLKEAKEQ LKQVITDAGEKVSSELDSDVPEINHELGSSEYSNTPSWFQFFNKELVRMASFSDHEAFDHPVACLLAVSSKDEQPINRFI DLFNTNKLPSLLNDGAMDPKILKHYLLVHDNQDGPADRASKILTEMRNTFGTSDCLLLCINSSPDASINYQDNPWASNIS GSSTSQDVGCFLNVDDINEIKDLMQDLSSKHIIPSMEQKIRVLNQQVSATRKGFKNQIKNLWWRKGKDDGADSPNGPMYN FNSTESQIRVLGDYAFMLRDYELALSNYRLISTDYKIDKAWKRYAGVQEMMGLAYFLLDQSRKEAEYCMENAFNTYLKLG SLGQQNATRCGLWWIEMLKARDLYKEAATVYFRICGEDILHSAVMLEQASHCYLVSKPSMLRKYGFHLVLSGEQYKKCDQ IKHAIRTYRSALSVCRGTTWSYINDHVHFHIGQWYASLGMYDVAVKHMTEILACSHQSKTMQEIFLSDFLQIVQKTGRTF EVTKLQLPVINISSLKVIFEDHRTFGSLSAANTREDLWHSLEEEMIPSFSVVKSNWLELQSKLISTKLSRSNVCVAGEAV NVNIEFKNPLQISIPISGVSLVCKYSASTDELTSDKIETRVETDIEVDHFRDMSSDNSSFLVSEVDFLLGDGETTMVQLS VTPMAVGTLEILGVRWKLSGTIVGFHNFELSHPKKNIVKGRRKAKLSPNEKFKFMVIKSIPKLQGSVQSLPGKAYAGDLQ QLVLELRNPSEFPVKSLKMKISHPRFLIIGNQENMKSEFPACLTKKINSVQGDAHANPNIMSDTVFSFPEGTSVQGETPL LWPLWFRAAVPGDISLYMSIYYEVGDTSSVIKYRTLRLHCNVQVLPSLDVSFQISPSRLRVQEFLVRLDVINKTSSEGFQ VYQLSTIGQHWEISLLQPPDTIFPTQTLTAGQAISCFFTLKNSGKLSASAENTSTMPVRSDVKLVAQSSEDLVYDTNSLP LVNFHHYERLHQKASQDVGDSNTVDFLLISRPITSNNNPSLSYSHHVMSHHVCHLRYVSLHT
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 1 | 1095 | 1095 | 0.0 | ||
| Pfam | 155 | 508 | 354 | 1.4E-83 | ||
| SUPERFAMILY | 418 | 540 | 123 | 6.33E-7 | ||
| Pfam | 629 | 819 | 191 | 6.9E-7 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Protein binding | Interacting selectively and non-covalently with any protein or protein complex (a complex of two or more proteins that may include other nonprotein molecules). |
Expression pattern of LotjaGi1g1v0737800.2, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…