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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi2g1v0076900 |
| Transcript ID | LotjaGi2g1v0076900.1 |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Pentatricopeptide repeat superfamily protein; TAIR: AT4G35850.1 Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein; Swiss-Prot: sp|Q8VYR5|PP351_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g35850, mitochondrial; TrEMBL-Plants: tr|I1N6V6|I1N6V6_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi2g1v0076900 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr2:20608303..20626138) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
GCCTGTAATCAATAAGCCCACGCTGAAGCCGTGTCCAGCAACAAACAAAAGCCCAAGAAGAGAACGAAGTAACAAAAACC AAGTCCAATCCAAGGGTTTTACGAGGAATCAAAGAGAAGAAGCTGTTCTGTTCTGAAGTGTTTCCTCTGCCATTACTATG AAGTTCCTTCAGTCCCTCATTGGCAATGGTACATTTTTTCTTCTTGTTCTTGTTAAATTCCACGTGATTTCAGAACTCAG ATTCACGTTTTTTGCCTTCTTATTAGCTCGAACCCGTTTTGCGGCGCGTGGTGGGTCACTGGGTCGGGTCTCTGGGGTCC GATTCTTCTGTGCTCCTTCTGAAGAGTACTACAAGAGAAACTACGCCAACAATGTCTCCGAGTACAACACCGTGTTCGGT TCTCTCACTGCTCAAAGAAGGTTTTTTTTTTTTTTTCAAATATTTTTGGTTAACCAATCCAAAAAAAGCTCCATTTTCAT TTCCATTTTGATTTATGTTTTTGGATTATTTTGTAGGAATTTCTTGCTGAGGGATGCTTATGATGATATGATGCTTGATG GGGTGAAGCCGAACCGTGACACTTTCCATTCCCTTGTTGTTGGGACCATGAGAGGCTCTAGAATGCAAGATGCTTTCTAC TTCTTGAATCAAATGAAAATCATGGGTTTGGTTCCTGATGTATGTACTAGTGTTACCTTTTATAACTTCATTTTGACGCT GGGCGGGGGGGTTAGGATTTCGAGCCAGTGCTATTGATAACGTGTTATTGGGCGTGTAATACTTGATGTTAGGTGCTTAA AAATGCATGGAATTTTAATTAGTTATGTGATTTGAAGGGATATCTTCAAACTAGTTGTGCTGCTTTTTCCTTGTCTCTTT CCAATTGAGCTGGGAGAATGATTATACCAAAATGTTTTAAGCTAATGTCTTGAGTGTGTTTGGTTGAACCTTTCATTTTT CTTTGATTCTTCTTAATGCAATAACTTGTAGAGTGTGGAAATGTGGATATTGTTGAGTGATATGAAGTTGTTGAGATTTT TTCTTCCATATAATCTTTCCTAGTTTCCATGCTTGCAGGATTTAATAGATACTTTGGTTATTTTTGTTTCATGGCTTCAG GCCAGAAAAATGCGGCTTCAGTTGGATGAAACTAGAGGCACGCAAGTTTTAATTTTACAATGTGCCAGCCTTGTTCTTAT ACTTGTGTGCATGAAAATGTCATTTGGTGTATAGGTGGCTGCATTGCAGTGGCTACTGGCTATTGGTTTTTTACTTCCTT ATGAAGTTAACCTTGCTTGAACTAGAGCAAAATCATTGTTCTAATTTTTTTTTTCATATAGAGCACGGCCTTGATCCTAA AAACTTGCTGCAATGTAATTCATATGAACTTTCACTTTAATTTTTCTGTTTCAAGTCGAGATCAATGACTAGTCTCACAT TGATGATTTAGGTTACTTTATACAACTTTCTGATTTCAACTTGTGGGAAATCCAAGAACTCTGATCAGGCTATTCAGGTA TCTTTCAGGCTATCACCATCTACTTGTAGACATGCTTATGACATTCCACTGCATCCGAAATGCTTAATGTTTCTCTTTCT TTAGATGTATAATGTTTTTATTTGTTGTCCTTTCATTGAAGATTTTGGAGGAGATGAAGTTCATGGAAGTAAAGCCAAAT GTACGAACCTACATCTGCTTGCTGCATGCTTGTGCAGCCGATGGACGCTTAGACCGAGTGTATGCTATACTATTACTTCT TAGCATCTTTACTTAAAAAAATGACTTTTTCCATTCATTCTTTCTCTTATGTGGTTATTTTGGTGTCATTCTTTTCTCAA GGGTTAGTGTTTTGTTTTCACAATGTGTTGTTTGCTGCTAAAATCTGCTTGCTCTTGAGTCATGTGTTGCAAATCTTTAC 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GCCCACCTCTTCTCTCACCTGTGTGCTCATCTTTCCAACCCTCTTGCTCTGTCAGACGTTTCTTCTCACAATAAAAGTGT CTTGCTCTCTTGACAGAGAATGCAGTCCAGTAGTATAAGGTTAATGAGTTGCTTTATCTAGTATGTATTATAGAAATTTC GTGGAGTATCGTAGTATATTTAGTTTTGGAAGATTTGGGATGTTTTGCGATTGTCTGAGGTGTCTAAGATGGCAAGGAAC AGTGACATCTCATATATAAATTATTTTGTTGATATTCTTAGATGCCGCAAAATCAGGTGTGCTATGGGAAATTTGTTAAT CCAATTATCTGGTTAGCTATTCAAATGATCCAACCAATTATAATTTGCCCTTTGAGTTTCTATATAACCAATCTGCTTCA CTCGAACTAACTGGACAAAAAACACACAAAAGTGACAACGTGATGCGAACCTAGGGGACACTTGAAGATTGAAGGAAAAA GGACCAAGAAGTAACAAGCACATTAGAACTTTCTATTTTCTTTTAGTTTTGTATGTATTTATGGGTGGATTTCTAG
CDS sequence (LotjaGi2g1v0076900.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGAAGTTCCTTCAGTCCCTCATTGGCAATGCTCGAACCCGTTTTGCGGCGCGTGGTGGGTCACTGGGTCGGGTCTCTGG GGTCCGATTCTTCTGTGCTCCTTCTGAAGAGTACTACAAGAGAAACTACGCCAACAATGTCTCCGAGTACAACACCGTGT TCGGTTCTCTCACTGCTCAAAGAAGGAATTTCTTGCTGAGGGATGCTTATGATGATATGATGCTTGATGGGGTGAAGCCG AACCGTGACACTTTCCATTCCCTTGTTGTTGGGACCATGAGAGGCTCTAGAATGCAAGATGCTTTCTACTTCTTGAATCA AATGAAAATCATGGGTTTGGTTCCTGATGTTACTTTATACAACTTTCTGATTTCAACTTGTGGGAAATCCAAGAACTCTG ATCAGGCTATTCAGATTTTGGAGGAGATGAAGTTCATGGAAGTAAAGCCAAATGTACGAACCTACATCTGCTTGCTGCAT GCTTGTGCAGCCGATGGACGCTTAGACCGAGTGAATGCAATTGTTCGCGATATGACTGCAGCTGGTCTGGGATTAAACAA GTTCTGCTATGCGGGGCTTATAGTTGCTCACAAGAACAAAACACCTGTTACCGATGATTTTGCTGCAAAAGTTATTGAGT TTGTCGAGAGGTCAAAGATTTGGTCTTCAGTTGAAGCCAACAGTGCCAATGCTGAGAATGTGATGATGGGTGTTTCTGAC GAGGAGTTATACAACTTACCAACAGCAGAATATGTTCACAGGCGCGGTGGATTTTTGGTGAGGCCATTTACGGCATATCA TACTGCATTTTATGCTGCTGCAGATGTCAAGAATGTTGAGTTGGTGGGCACACTTTTGGAAATGCTCAACAAGGAGGGGA AATCTCCGGATATCTATATTATGATGCAAGTAATTAGGTGCTATTGTCATGCAGGAGATATTGAGCGTGCTCATCAAACT TTTGAGGGCTACATAAACTCAAACAGGGTTATTGAACTTTATGTGACATTTGCACAGGGGGCAATGAATGGCTACACTGA AAAAGGAATGCAAATTGCTCAAGATACACTGGTGACAATGAACGAAAGACAATTTTTCTTGAATTCCAAATACGGAAGTG AACTCCTGCTTATAGCTGCTGGTGAAAAGACCGGAGGATACACTACTGCTAACTACATATGGGACTTGATGCGGGCCCGT AATATTGTCCCTTCATTTGCTGCGGTAGAAAGATACTATCAGGGCTTGAAAGATCGAGAGATACCTCAAGATGATCCAAG ACTGGTATTGGTTTGTCGAACTTTGGACAACTTCCGCATGAGGAACAGGGGGCCCAACGTTTAA
Protein sequence (LotjaGi2g1v0076900.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MKFLQSLIGNARTRFAARGGSLGRVSGVRFFCAPSEEYYKRNYANNVSEYNTVFGSLTAQRRNFLLRDAYDDMMLDGVKP NRDTFHSLVVGTMRGSRMQDAFYFLNQMKIMGLVPDVTLYNFLISTCGKSKNSDQAIQILEEMKFMEVKPNVRTYICLLH ACAADGRLDRVNAIVRDMTAAGLGLNKFCYAGLIVAHKNKTPVTDDFAAKVIEFVERSKIWSSVEANSANAENVMMGVSD EELYNLPTAEYVHRRGGFLVRPFTAYHTAFYAAADVKNVELVGTLLEMLNKEGKSPDIYIMMQVIRCYCHAGDIERAHQT FEGYINSNRVIELYVTFAQGAMNGYTEKGMQIAQDTLVTMNERQFFLNSKYGSELLLIAAGEKTGGYTTANYIWDLMRAR NIVPSFAAVERYYQGLKDREIPQDDPRLVLVCRTLDNFRMRNRGPNV
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 1 | 443 | 443 | 4.6E-225 | – | |
| Gene3D | 35 | 243 | 209 | 2.2E-31 | ||
| ProSiteProfiles | 46 | 80 | 35 | 7.015 | ||
| ProSiteProfiles | 81 | 115 | 35 | 8.638 | ||
| TIGRFAM | 84 | 117 | 34 | 0.0024 | ||
| Pfam | 115 | 163 | 49 | 8.0E-12 | ||
| ProSiteProfiles | 116 | 150 | 35 | 10.983 | ||
| TIGRFAM | 119 | 152 | 34 | 1.0E-5 | ||
| ProSiteProfiles | 151 | 185 | 35 | 8.912 | ||
| Gene3D | 257 | 427 | 171 | 5.8E-7 | ||
| ProSiteProfiles | 297 | 331 | 35 | 7.377 | ||
| Pfam | 304 | 322 | 19 | 0.35 | ||
| ProSiteProfiles | 369 | 404 | 36 | 5.031 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Protein binding | Interacting selectively and non-covalently with any protein or protein complex (a complex of two or more proteins that may include other nonprotein molecules). |
Expression pattern of LotjaGi2g1v0076900.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…