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LotjaGi2g1v0144500.2

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi2g1v0144500
Transcript ID LotjaGi2g1v0144500.2
Related isoforms 1
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description Myb transcription factor; TAIR: AT4G25560.1 myb domain protein 18; Swiss-Prot: sp|Q9M0K4|LAF1_ARATH Transcription factor LAF1; TrEMBL-Plants: tr|A0A0L9VIR1|A0A0L9VIR1_PHAAN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi2g1v0144500
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr2:52352789..52361545) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

AAATATATTCATGTACGATTTGGGATTATTTTGATAAATGATTGATGCAGAGAAACAAACAATGATTGGTACAAATTTAT TCTAACAGTTTCCTAGATGGTACCCTTCCAATAAGGAAAAGCATGGTTTCTACCAAGCAGGACATAATTTCTTTTTAACA TCATTTCAGAGAAGGTTTTACATGCTTGGTTAATATTTATTTTAATGATTTTTGTTTCAACTCTTTTCTGGTATAAATTA TGGGCATCCACTGCACCATAATCACAACTATTCGTTACATTATATATTAGTCTGAAATATTCTACCTCTATTTTCTTTGT GGACTACTTGGTCTCTCTGTAGTTCATATCAGCTTCAGGGAATCCAAGGTTGCCATCAAAGTGAAGTGGTGTTAGAAAAA AGCAGAATGGGGGTCCAGTTACAGGAAAAAACAAAGCCAAAATACAGAAAGGGTTTATGGTCACCTGAGGAAGATAATAA GCTCAGAAACTATATCCTTAACCATGGTCATGGCTGCTGGAGCTCTGTCCCCATTAAGGCAGGTAGGTTTCTTTCCAATT GGTGATCCTTTATCAGTAAGTAGCATAATCTTGGTCCATGTGCTGTCTTATATAATTCAATTGATTCTTCCTTGGTTTTG TTGAGGAGAAGTTTCTCTTCCTTTCATATGATAAAATGTGCATTCAACTTATTTATGTGTTTGGATTAGTGTGTAACATG AACGAATTCATAAAAAGAGTTATTATCACTTTTTATCTTGAACTCATGTTAACCTCAATTTACGTAGGGGTGAACAGTTA TACAAACATAACTCATACTTAAGTTATCAAACAGAAATGTAGGCATTCTTCACTGACTTTGGCACCAATAATTTTGAGAT ATCTAGTGAAATAAACTACTAACAATTAAGACATTCTTCTCATGAATCAGTTTTAAGAATTTTGTCCAATCCATTTAAAA 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TCAGAAAGCTTCTTTGGTTGTGGCAGATATTTACAAAACCTATACAGAGGCGTCTCTGGTGGCTGCTGAATTTAAAAGAG GATTAGCATGTCAGGTAGGTGATGGTGTTAGTGTTCGGTTTTGGTCAGATATTTGGTTCGGGGATGCACCGCTGCAGGTG AGGTTTCCTAGAGTGTTTGCTCTTGCTCGTGATAAAAATGTATCGGTGGCCCAAGTGCGTATCTCCAATGAAGAGGGGAT GGGGTGGTCCTTTGATTTTCGAAGGGCGTTCTTTGATTGGGAGTTGGGGCAATATGATGATTTTATGCAACTCATCAGTT CGCATGTGCCGGCAATGGATAAGGACGATAAATTGATTTGGAGAGGGGATCAGTCAGGGTTCTTCTCAGTCAAAGCAGTG TGTGATGCAGCGGAAGCATTGTGGATTGCGAGCGAATCCTAGATGGTACCCGTGCGTATTTCATGGGTGATCCCAGCCAA GGTTTCCTAATTCGTCTGGCAGCTGCAGGCCAATAAGGTGGCTACTAAAGATAATCTGATTGCTCGTGGTGTGCCAGATA TTGGGGAGGGACTCTGTGATTTTTGTAGGCGGGTACCAGAAACAACGGGTCATTTATTTATTCATTGCCCGGTTGTTTGG GAGCTATGGTGTAAGGTCTTGAGTAGGGAAGACATGGTGTGGGTGTGTCCGAGGATTGTTGAAGCTTTACTGTTAGCATG GGAGGGCTATCGAAGAAGGGTTGATAAGTTTGTTTGGGAATTGTTCCCTTATGTCGTGTTTTGGACAGTTTGGCTTCACC GGAATGATTGTGGGTTTAATCAAGGAACTGTTTCTTCAGTTCATTTATGGGACCTGAGTTTGGTTCATGTGTTCTGGTGG ATTAAGGGCGCGTGGGAGGAGTGTCCTTATGATTTGCAGCAGTTTGTGGCGGGTTTTGAGCATGTTCGATGGCCACAAAA ACAGAAGGTACAACGTGTTGTTTGTTGGACTCCACCGCAAGCTCCTTTGTTGAAATTTAATGTTGATGGAGCGTCAAAAG GAAACCCGGGTCAGAGTGGGATTGGTGGAGTGCTTAGAGACCATGACGGGGAACCTTTGGGTTTTTTTGCAAAAGGAATG GGTATCTTGTGGGCCTTTGAGGCAGAAGTCCAGGCTGTGTTACATGCCTTGCGGTTTTGCTCTCAATTTAGTTTTAAGGA TGTTGTGATTGAAACTGATTCTACTCTAGTGGTGGGATGGATATCTAGTGGAGATAGGAGGCCATGGAAGCTAGAACATG TTTTTAATCGTATTGACCAGCTAATGGCTGAGGTGAGGTGTGTAGGGGTGGTGCATGTACTACGTGAAGGGAATACGGTT GCAGATTTTTTGGCAAATCAAGGATGTGGTAGGGAGAATCAAATATGGGTCTGCAGTGGTATTACTGAATGATAAGGGTA ATCATAGTACTGGTATATTTACCATATATCTGCATATTTCTGTCTGCTGCAATTGTATGTGAAGTTGTTCATTTGCTGCA AGTGATTTGGTGGGTTCAAGGGGTTTCAAAGGTTTTTTTAATGTATATGCCAACGGTGGGATTGTGATATTTTGATTGTG GGAGGTTTTTTGTTATGATCTTTGGCTCTTTGTGGTGACTTGGTAGCCAAAAGTTTTGGTTCCTTGGGTACTGTAGGTGT CTCACGGGGTGACTAAAAGGAGTTTGGTTGTGTCAAGATTTTTCAAGGCTTTATATGAGACTTATTTTTCCACAGGAGCT AAAATGTGTTGGTGATGGGTTGTGTTGGAAACTACTTTTTTGGCTGTGGTCACGGTGCATTTTTGGGGGGGTTATATGAT CTGTACGGTATATGGCATCTTTGAGACTTGAGTACTCTTTTTCCTTCCTTAGGTTTTTTCCCATTGGGTTTTTCCTAGGA AGGTTTTAATGAGGCTTAGTCTCAAGGTTTTCTTTGGCCATAGGGTGGGTTTTGTCTTCCCTTTCTGGATTATACTTGTA CTCTCTTTTTGTTGTGCTTTTGTAGCACTTTATTAAT 

CDS sequence (LotjaGi2g1v0144500.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGGGGGTCCAGTTACAGGAAAAAACAAAGCCAAAATACAGAAAGGGTTTATGGTCACCTGAGGAAGATAATAAGCTCAG AAACTATATCCTTAACCATGGTCATGGCTGCTGGAGCTCTGTCCCCATTAAGGCAGGATTGCAAAGGAATGGAAAGAGCT GCAGACTAAGGTGGATCAATTACCTGAGGCCAGGACTAAAGAGAGGGGTATTCAGCAAACATGAGGAGGATACAATCATG ACCCTTCACCACATGTTGGGTAACAAGTGGTCTCAGATATCACAGCATTTGCCAGGAAGGACTGACAATGAGATAAAAAA CTACTGGCATTCATATTTGAAAAAGAAAGTACTCAAACCTCATGAAATGGAACCTCATAGCCAAACTCAGCATGCTAGCT CAAGCTCAGACACAAAGGACTCATCACTCTCTACACAGAAACTCTCAATTCAGGATCCTAATTATGGAATTTTAGAAAAC ATGGAAAAATCAACACCACAATATTCTGATCACCACCTCTCACAAAACTATAACTTGGCCAAGGATACTTCTCAAAGCTC CTTACCAAAACTGCTATTTGCTGAGTGGCTTTCAGTGGAGCATGTGAATGCTGGTGGAAGCTCTGTAAATTCTGAAGACT CTTTGGTCAATGGATTTGATCAAACTTCAACTTTCCAAGAACCTGTGATGAATATGTCAGGAGGACACTTCGGTGAAGAG TTTCATGATAGTCTAATTCACAACTCAGCTACTGCTATGTACAATTCACAGCTTAACTTACCAGGTCAAGGGGATGAAAA TGACTATGTCCATTATATACAAGGAGGAGATTTATGTAGCAATTTCACCCTGAGCATTGATTCAATAATGTATGTATAA 

Protein sequence (LotjaGi2g1v0144500.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MGVQLQEKTKPKYRKGLWSPEEDNKLRNYILNHGHGCWSSVPIKAGLQRNGKSCRLRWINYLRPGLKRGVFSKHEEDTIM TLHHMLGNKWSQISQHLPGRTDNEIKNYWHSYLKKKVLKPHEMEPHSQTQHASSSSDTKDSSLSTQKLSIQDPNYGILEN MEKSTPQYSDHHLSQNYNLAKDTSQSSLPKLLFAEWLSVEHVNAGGSSVNSEDSLVNGFDQTSTFQEPVMNMSGGHFGEE FHDSLIHNSATAMYNSQLNLPGQGDENDYVHYIQGGDLCSNFTLSIDSIMYV 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
PANTHER 5 264 260 1.5E-127
Gene3D 5 67 63 6.6E-17
PANTHER 5 264 260 1.5E-127
ProSiteProfiles 10 62 53 16.279
SUPERFAMILY 13 109 97 1.25E-27
SMART 14 64 51 3.4E-10
Pfam 15 62 48 3.9E-12
CDD 18 62 45 1.65651E-9
ProSiteProfiles 63 117 55 24.147
SMART 67 115 49 2.2E-14
Pfam 68 113 46 7.5E-14
Gene3D 70 144 75 2.1E-19
CDD 71 113 43 4.08379E-10
MobiDBLite 121 145 25 -
MobiDBLite 127 145 19 -

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
Molecular function DNA binding Any molecular function by which a gene product interacts selectively and non-covalently with DNA (deoxyribonucleic acid).

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi2g1v0144500.2, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…